View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4378-Insertion-7 (Length: 641)

Name: NF4378-Insertion-7
Description: NF4378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4378-Insertion-7
NF4378-Insertion-7
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-641)||(757708-758341)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (8-641)||(36989030-36989668)
chr3 (8-641)||(37014469-37015108)
chr3 (59-135)||(39160861-39160937)
chr3 (169-197)||(32898567-32898595)
chr3 (61-113)||(36874824-36874876)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (53-231)||(19179948-19180126)
chr2 (484-577)||(19180800-19180896)
chr2 (245-296)||(19180180-19180230)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (59-112)||(31824739-31824792)
chr8 (59-91)||(32116878-32116910)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 641
Target Start/End: Original strand, 757708 - 758341
Alignment:
8 acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
757708 acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatca 757807  T
108 agcaaaaaccatcgttgtgataggacaaataataacagtatacatggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatccc 207  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
757808 agcaaaaaccattgttgttataggacaaataataacagtatacatggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatccc 757907  T
208 ctaaaacaataaactctggaccaaatagcaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaa 307  Q
     |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
757908 ttaaaacaataaactgtggaccaaatagtaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaa 758007  T
308 caaagttcaatgcaacattaatttgtcnnnnnnnnnnnnngaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttccacaag 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
758008 caaagttcaatgcaacattaatttatcaaaaaaaaaaaaagaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttccacaag 758107  T
408 ctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaaaattg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
758108 ctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaaaattg 758207  T
508 aaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggtccttg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
758208 aaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggtccttg 758307  T
608 tttgctactgttctttagtatttgtcctcttcca 641  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
758308 tttgctactgttctttagtatttgtcctcttcca 758341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 552; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 36989668 - 36989030
Alignment:
8 acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
36989668 acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacatcactgaaatca 36989569  T
108 agcaaaaaccatcgttgtgataggacaaataataacagtatacatggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatccc 207  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36989568 agcaaaaaccattgttgttataggacaaataataacagtatacatggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatccc 36989469  T
208 ctaaaacaataaactctggaccaaatagcaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaa 307  Q
     |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36989468 ttaaaacaataaactgtggaccaaatagtaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaa 36989369  T
308 caaagttcaatgcaacattaatttgt-----cnnnnnnnnnnnnngaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttcc 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36989368 caaagttcaatgcaacattaatttgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttcc 36989269  T
403 acaagctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaa 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36989268 acaagctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaa 36989169  T
503 aattgaaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggt 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36989168 aattgaaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggt 36989069  T
603 ccttgtttgctactgttctttagtatttgtcctcttcca 641  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36989068 ccttgtttgctactgttctttagtatttgtcctcttcca 36989030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 641
Target Start/End: Complemental strand, 37015108 - 37014469
Alignment:
8 acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
37015108 acttgacccacatggaatcccttagtaataatgcatgtgggtattatgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacagcactgaaatca 37015009  T
108 agcaaaaaccatcgttgtgataggacaaataataacagtataca-tggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatcc 206  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37015008 agcaaaaaccattgttgttataggacaaataataacagtatacaattgaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatcc 37014909  T
207 cctaaaacaataaactctggaccaaatagcaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataa 306  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37014908 cctaaaacaataaactgtggaccaaatagtaataacagactcacagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataa 37014809  T
307 acaaagttcaatgcaacattaatttgtcnnnnnnnnnnnnn-----gaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttc 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||                   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37014808 acaaagttcaatgcaacattaatttgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttc 37014709  T
402 cacaagctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtaccta 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37014708 cacaagctattaatgtagattgaaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtaccta 37014609  T
502 aaattgaaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggagg 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37014608 aaattgaaatggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggagg 37014509  T
602 tccttgtttgctactgttctttagtatttgtcctcttcca 641  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37014508 tccttgtttgctactgttctttagtatttgtcctcttcca 37014469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 59 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 39160937 - 39160861
Alignment:
59 tagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatcaagcaaaaaccatcgttgtgataggacaa 135  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||  |||||||||||||||||| | ||| ||||| | |||||||    
39160937 tagatttgtgctaagaccaaaaaacgtgttgaaaatgacactgaaatcaagcaaacaacattgttgttacaggacaa 39160861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 169 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 32898595 - 32898567
Alignment:
169 catgacttcatgtgacatatatacttaca 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
32898595 catgacttcatgtgacatatatacttaca 32898567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 61 - 113
Target Start/End: Original strand, 36874824 - 36874876
Alignment:
61 gatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatcaagcaaa 113  Q
    ||||||| || |||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||||    
36874824 gatttgttctgagaccaaacaacgtgttgaaaacgacactgaaatcaagcaaa 36874876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 91; Significance: 9e-44; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 53 - 231
Target Start/End: Original strand, 19179948 - 19180126
Alignment:
53 atgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatcaagcaaaaaccatcgttgtgataggacaaataataacagtatacat 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  |    
19179948 atgccgtagatttgtgctaagaccaaacaatatgttgaaaacgacgctgaaatcaagcaaaaaccattgttgttattggagaaataataacagtatagtt 19180047  T
153 ggaaggcaaacaaaaacatgacttcatgtgacatatatacttacaccgtgatcccctaaaacaataaactctggaccaa 231  Q
     ||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||| || |  ||||| ||||||||    
19180048 tgaaggcaaagaaaaacacgacctcatgcgacatatatagttacatcgtgatctcctataaaatgaaactgtggaccaa 19180126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 484 - 577
Target Start/End: Original strand, 19180800 - 19180896
Alignment:
484 ggcacattttggtacctaaaattgaaat---ggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgat 577  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||    
19180800 ggcacattttggtaactaagattgaaatattggaagcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaattgtgcttaagactttgaatttgat 19180896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 245 - 296
Target Start/End: Original strand, 19180180 - 19180230
Alignment:
245 actcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacat 296  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||    
19180180 actcacagtatataaatcaaa-tgattaaatgtttgatatgataaagtacat 19180230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 59 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 31824792 - 31824739
Alignment:
59 tagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaaaacaacactgaaatcaagcaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||  ||||| |||||||||||||||||    
31824792 tagatttgtgctaagaccaaacaacgtgttcaaaacgacactgaaatcaagcaa 31824739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 59 - 91
Target Start/End: Complemental strand, 32116910 - 32116878
Alignment:
59 tagatttgtgctaagaccaaacaatatgtagaa 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
32116910 tagatttgtgctaagaccaaacaatgtgtagaa 32116878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University