View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4378_low_2 (Length: 319)

Name: NF4378_low_2
Description: NF4378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4378_low_2
NF4378_low_2
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (18-308)||(19278994-19279284)
chr1 (21-308)||(13271662-13271949)
chr1 (45-301)||(13080718-13080974)
chr1 (114-301)||(12963797-12963984)
chr1 (21-308)||(13244350-13244637)
chr1 (39-302)||(13086189-13086452)
chr1 (120-301)||(13204542-13204723)
chr1 (120-301)||(13007283-13007464)
chr1 (120-301)||(13094482-13094663)
chr1 (120-301)||(13070104-13070285)
chr1 (21-301)||(13129911-13130188)
chr1 (120-301)||(13101083-13101264)
chr1 (120-301)||(13161604-13161785)
chr1 (21-301)||(30367940-30368217)
chr1 (118-301)||(13065139-13065322)
chr1 (24-73)||(19727461-19727510)
chr1 (21-73)||(13007508-13007560)
chr1 (21-92)||(13161810-13161881)
chr1 (21-58)||(13070008-13070045)
chr1 (21-61)||(12963740-12963780)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (141-178)||(36668331-36668368)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (21-61)||(31396508-31396548)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 18 - 308
Target Start/End: Original strand, 19278994 - 19279284
Alignment:
Q  18 gtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  19278994 gtatcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataatttgatcacaaattttagtgtgaaag 19279093  T
Q  118 agcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatac 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19279094 agcttgataagctagtttatcttcatggagctatatgtgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatat 19279193  T
Q  218 actacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279194 actacctagtggagaccatgttagtctaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgat 19279284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 13271949 - 13271662
Alignment:
Q  21 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagc 120  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| | | | ||| ||||| ||||||| |||| |||||  ||||| | |||  || |      
T  13271949 tcaactcatcctaatgtggaagcaaaacttattcaagagatcaaagatcattgtctaacacaagaggagaatttgatcaataatttaaatgttgaaaaca 13271850  T
Q  121 ttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacact 220  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||| |||| || |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||    
T  13271849 ttgataagctgatttaccttcatgcagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctataccatttgatcacaagtgtgcagttaattctgatatact 13271750  T
Q  221 acctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgat 308  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||    
T  13271749 acctagtggacaccatgttggtccaaacacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaagaatggaacatgtatggggtggtgat 13271662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 45 - 301
Target Start/End: Original strand, 13080718 - 13080974
Alignment:
Q  45 aaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttaccttcatg 144  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| | | || || ||||  ||| | |||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13080718 aaaattattcaagagatcaaagataattgtttaaaacacgatgagaattttatcgctaatttaggtgtggaagagcttgataagctagtttaccttcatg 13080817  T
Q  145 gagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgttagtcc 244  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| |||||  ||||| ||||| | |||||||||||  | || || |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  13080818 gagccatatgtgaagccttaaggctatatccttctgtagcatttcagcacaagtgtgctatcaaatcggataaacttcctagtggagaccatgttagtcc 13080917  T
Q  245 aaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13080918 aaatacaaagttaatatattctttgtatgcaatgggaaggatggagcaaatatgggg 13080974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 114 - 301
Target Start/End: Original strand, 12963797 - 12963984
Alignment:
Q  114 aaagagcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccg 213  Q
    |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |    
T  12963797 aaagggcttgataagcttgtttatcttcatggagctatttgtgaagctttaaggctttatcctcctataccatttgaacacaagtgtgcaattaaatcag 12963896  T
Q  214 atacactacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12963897 atatattacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 12963984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 21 - 308
Target Start/End: Original strand, 13244350 - 13244637
Alignment:
Q  21 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagc 120  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||| ||||||| ||||  ||||  ||||| |  ||| || ||     
T  13244350 tcaactcatcctattggggaagcgaaaattattcaagagatcaaagataattgtctaacacaagaggagaatttaatcaataatttaaacgtggaaaaga 13244449  T
Q  121 ttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacact 220  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |||| ||||| ||||| ||| |  ||||| | |||||||| ||  | || || |||| |||    
T  13244450 ttgataagcttgtttaccttcatggagccatatgtgaaaccttgaggctatatcctcctctggcatttcagcacaagtgcgctatcaaatctgatatact 13244549  T
Q  221 acctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggtgatgat 308  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  13244550 acctagtggagaacatgttggtccaaatacaaagttgatatattctttgtatgcaatgggaaggatgcaacaaatatggggagatgat 13244637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 39 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 13086452 - 13086189
Alignment:
Q  39 gaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtgtgaaagagcttgataagctagtttacc 138  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || | ||| ||| || || | |||||||||| | |||| ||||| || ||  || ||||| |||| ||||| ||||    
T  13086452 gaagctaaaataattcaagagataaaagataattgtctatcacatgaggataatttggtcactaatttaagagttgaaaagcttaataaactagtgtacc 13086353  T
Q  139 ttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacactacctagtggagaccatgt 238  Q
    ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| | ||  | |||| |||||||||||||||  ||||    
T  13086352 ttcatggagctatatgtgaagcattgaggctttatcctcctgtaccatttcagcacaagtgtgcaatcaaagctgatatactacctagtggagattatgt 13086253  T
Q  239 tagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatggggt 302  Q
    ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13086252 taaaccaaatactaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatgaaacaaatatggggt 13086189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 120 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13204723 - 13204542
Alignment:
Q  120 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 219  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
T  13204723 cttgataagctagtgtaccttcatggagctatatgtgaagccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13204624  T
Q  220 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  13204623 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatgggg 13204542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 120 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13007464 - 13007283
Alignment:
Q  120 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 219  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | |||||||||| ||    
T  13007464 cttgataagctagtgtacctccatggagctctatgtgaagccatgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaattccgatatac 13007365  T
Q  220 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  13007364 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatgggg 13007283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 120 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13094663 - 13094482
Alignment:
Q  120 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 219  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || || |||| ||    
T  13094663 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatctgtgcaatcaaatctgatatac 13094564  T
Q  220 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  13094563 tacctagtggataccatgttactccaaatacaactttaatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatgggg 13094482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 120 - 301
Target Start/End: Original strand, 13070104 - 13070285
Alignment:
Q  120 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 219  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||| |||||||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
T  13070104 cttgataatctagtgtaccttcatggagctatatgtgaaaccttgagactttatcctcctgtaccttttgagcatatatgtgcaatcaaatccgatatac 13070203  T
Q  220 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  13070204 tacctagtggagagcgtgttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatgggg 13070285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 21 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13130188 - 13129911
Alignment:
Q  21 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcag---tgtgaaag 117  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| | ||| || |||||| |||||| ||||  ||| ||   ||| ||   ||||   |    
T  13130188 tcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggttaacacaagagggtaatcggattac---tttgaggcatgtg---g 13130095  T
Q  118 agcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatac 217  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||| || |  ||| || | || || ||||     
T  13130094 atcttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatcctcctataccttttgagcatatctgttcaatcaaatctgatat 13129995  T
Q  218 actacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  13129994 actacctagtggataccatgttagtccaaatacaactttgatttactctttgtattctatgggaaggatggaacaaatatgggg 13129911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 120 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13101264 - 13101083
Alignment:
Q  120 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 219  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |  ||| || | || ||||||| ||    
T  13101264 cttgataagctagtgtacctccatggagctatatgtgaaaccttgaggctttatcctcctgtaccttttgagcatatatgttcaatcaaatccgatatac 13101165  T
Q  220 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    | ||||||||||| | | ||||||||||||||| |||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  13101164 ttcctagtggagagcgttttagtccaaatacaaggttattgtactctttgtacgctatgggaaggatggaacaaatatgggg 13101083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 120 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 13161785 - 13161604
Alignment:
Q  120 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 219  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| || |  |||||| | || ||||||| ||    
T  13161785 cttgataagctagtatacctccatggagctatatgtgaaaccttaaggctttatccacctataccttttgagcatatctgtgcaatcaaatccgatatac 13161686  T
Q  220 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    ||||||||||||| | | |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||| | ||||| |||||||||||| |||||||    
T  13161685 tacctagtggagaacgtattagtccaaatacaagtttaatgtactctatgtattctatgggcaggatggaacaactatgggg 13161604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 21 - 301
Target Start/End: Original strand, 30367940 - 30368217
Alignment:
Q  21 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataattcgatcacaaatttcagtg-tgaaagag 119  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||| || ||||| | || |||| ||| ||    |||| || || ||       
T  30367940 tcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagagatcaaagataattgtgtatcaaaacatgagaattggataac----ttcaatggtggaaagc 30368035  T
Q  120 cttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatacac 219  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| || | ||| | |||||  ||||||| ||||| |  |   ||||| | || || |||| ||    
T  30368036 cttgataagctagtctacctccatggagctatatgtgaatccatgaggttgtatcctactgtaccttttgagcttatcagtgcaatcaaatctgatatac 30368135  T
Q  220 tacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  30368136 tacctagtggagagaatgttagtccaaataccaagttaatttactctttgtatgctatgggaaggatggaaaaaatatgggg 30368217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 301
Target Start/End: Original strand, 13065139 - 13065322
Alignment:
Q  118 agcttgataagctagtttaccttcatggagctatatttgaagccttaaggctttatccacctgtaccatttgaacacaagtgtgcagttaattccgatac 217  Q
    |||||||||| ||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | || || |||| |||| | ||  | ||||     
T  13065139 agcttgataaactaatttacctccacggagctatatgtgaagccttaaggctttatcctcctgtacctatcgagcaaaagtttgcaatcaaagctgatat 13065238  T
Q  218 actacctagtggagaccatgttagtccaaatacaaagttaatatactctttgtatgcaatgggaaggatggaacaaatatgggg 301  Q
    ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| | || |||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  13065239 acttcctagtggagtccatgtaagtccaaatacaaggatattatactatttgtattcaatgggaaggatggagaaaatatgggg 13065322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 24 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 19727510 - 19727461
Alignment:
Q  24 actcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactg 73  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  19727510 actcatcctattgtcgaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactg 19727461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 13007560 - 13007508
Alignment:
Q  21 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactg 73  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||    
T  13007560 tcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaagaaatcaaagataactg 13007508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 21 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 13161881 - 13161810
Alignment:
Q  21 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagatcaaggttaactgtttaacaaaagaggataat 92  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| | ||| ||  ||||| |||||||||||    
T  13161881 tcaacttatcctattgtggaagaaaaaatcattcaagagatcaaagataattggctaacacaagaggataat 13161810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 58
Target Start/End: Original strand, 13070008 - 13070045
Alignment:
Q  21 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaaga 58  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  13070008 tcaactcatcctattgtggaagccaaaattattcaaga 13070045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 61
Target Start/End: Original strand, 12963740 - 12963780
Alignment:
Q  21 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagat 61  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||    
T  12963740 tcaactcatcctattgtggaaactaaaattattcaagagat 12963780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 141 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 36668368 - 36668331
Alignment:
Q  141 catggagctatatttgaagccttaaggctttatccacc 178  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36668368 catggagctttatgtgaagccttaaggctttatccacc 36668331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 61
Target Start/End: Original strand, 31396508 - 31396548
Alignment:
Q  21 tcaactcatcctattgtcgaagcaaaaattattcaagagat 61  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||    
T  31396508 tcaactcatcctaatgtggaagccaaaattattcaagagat 31396548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University