View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4379-Insertion-3 (Length: 1031)

Name: NF4379-Insertion-3
Description: NF4379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4379-Insertion-3
NF4379-Insertion-3
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (7-1031)||(22415272-22416295)
chr6 (24-954)||(22399514-22400444)
chr6 (492-559)||(22492748-22492815)
chr6 (45-472)||(22496116-22496540)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (276-318)||(46138587-46138629)
[»] scaffold0007 (2 HSPs)
scaffold0007 (410-451)||(267743-267784)
scaffold0007 (370-451)||(277445-277526)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 954; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 954; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1031
Target Start/End: Complemental strand, 22416295 - 22415272
Alignment:
7 aacgttcatacttgttatgactctaagcatcgaaagtggaaatgaagcccttcactaacttaataaatttctttgctttggatggctcaaaaaactcaac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22416295 aacgttcatacttgttatgactctaagcatcgaaagtggaaatgaagcccttcactaacttaataaatttctttgctttggatggctcaaaaaactcaac 22416196  T
107 cccatgaaaaccttcttcctgaaaatctttgacaacttccacacccttctcatccatcaattgcactaactctttagcacgatcaaccaatagatcccca 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
22416195 cccatgaaaaccttcttcctgaaaatctttgacaacttccacacccttctcatccatcaattgcactaactctttagcacgatcagccaatagatcccca 22416096  T
207 ccgttaatactcaccaataccctccacccttgatcctttatcttatccaatttttcatcaacatcatttccaaccgttggattgcaatactcatgattac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22416095 ccgttaatactcaccaataccctccacccttgatcctttatcttatccaatttttcatcaacatcatttccaaccgttggattgcaatactcatgattac 22415996  T
307 gatcaactccaataggtaatgccaaatcccaacacaaatcactaacacacaaaggaaaatttggatcattttcaagtctcaactctgattcagtcctatt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22415995 gatcaactccaataggtaatgccaaatcccaacacaaatcactaacgcacaaaggaaaatttggatcattttcaagtctcaactctgattcagtcctatt 22415896  T
407 ggtcccaccaaaaaatggttgacgcaatatcaacccttggatcttcaatggctcaaaatcattcaccttttcaactacacgtaaccctgcatggtatgca 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
22415895 ggtcccaccaaaaaatggttgacgcaatatcaacccttggatcttcaatggctcaaaatcattcaccttttcaagtacacgtagccctgcatggtatgca 22415796  T
507 atggtagctccagcactatttcccattaggtaacacttagaatagtcaacatatttagtcaaccattcatcttgacttgatctaatcaaactcaatgctt 606  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22415795 atggtagctccagcactattacccattaggtaacacttagaatagtcaacatatttagtcaaccattcatcttgacttgatctaatcaaactcaatgctt 22415696  T
607 ccatagcatcatcatatgccgccggtagccggtgctccggtgcgaggcgataatctaccgaagcgacaactgcttcgacagtatcagccatatcaacaca 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
22415695 ccatagcatcatcatatgccgccggtagccggtgctccggtgcgaggcgataatcgaccgaggcgacaactgcttcaacagtatccgccatatcaacaca 22415596  T
707 taaatcatggaagttggtggaggctgcactttgcacgatgaagccactaccatgaaagaaaacaataattggtagtagcttgttgtttaggtttgaaaca 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
22415595 taaatcatggaagttggtggaggctgcactttgcacgatgaagccactaccatgaaagaaaacaataattggtagtagcttgttgtttaagtttgaaaca 22415496  T
807 tttgttgcttttttaggtaggaataatcgaagccatgtttggtttgattggttgatgaaaagatctttggtgagaacaggaagagatgtgtctaatgaag 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22415495 tttgttgcttttttaggtaggaataaccgaagccatgtttggtttgattggttgatgaaaagatctttggtgagaacaggaagagatgtgtctaatgaag 22415396  T
907 gtgaggtgtgtggatcttcaaaatatcgagtaagtgtatcattgggatggtgggtggattttggaggagttggtaaggatcggttgtaggtggtggatgc 1006  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22415395 gtgaggtgtgtggatcttcaaaatatcgagtaagtgtatcattgggatggt-gttggatttt-gaggagttggtaaggatcggttgtaggtggtggatgc 22415298  T
1007 atggtttga-tagacatagtgtgtgg 1031  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||    
22415297 atggtttgattagacatagtgtgtgg 22415272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 22400444 - 22399514
Alignment:
24 tgactctaagcatcgaaagtggaaatgaagcccttcactaacttaataaatttctttgctttggatggctcaaaaaactcaaccccatgaaaaccttctt 123  Q
    |||| ||||||||||||   ||| ||||| || ||||| | || |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
22400444 tgaccctaagcatcgaactaggagatgaaacctttcaccacctcaataaagttctttgctttggatagctcaaaaaactcaactccatgaaaaccatctt 22400345  T
124 cctgaaaatctttgacaacttccacacccttctcatccatcaattgcactaactctttagcacgatcaaccaatagatccccaccgttaatactcaccaa 223  Q
    | |||||||| || || |||||||||||||| || |||| ||||| ||| ||||| |||  ||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||    
22400344 cttgaaaatccttcaccacttccacacccttttcctccaacaatttcaccaactccttattacgatcaaccaatggatctccaccattcatactcaccaa 22400245  T
224 taccctccacccttgatcctttatcttatccaatttttcatcaacatcatttccaaccgttggattgcaatactcatgattacgatcaactccaataggt 323  Q
     ||||||||| | |||||||| |||||| | | ||||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||||||||| ||| | ||| ||||| |||    
22400244 caccctccactcatgatccttaatcttagcaagtttttcatcaacaccattcccaacccttagattggaatactcatgatcacggttaacaccaattggt 22400145  T
324 aatgccaaatcccaacacaaatcactaacacacaaaggaaaatttggatcattttcaagtctcaactctgattcagtcctattggtcccaccaaaaaatg 423  Q
    || || || |||||   |||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
22400144 aacgctaactcccacatcaaatcactaacacacaaaggaaaaacaggatcattctcaagtcttaactctgactcagtcctattggtcccaccaaaaaatg 22400045  T
424 gttgacgcaatatcaacccttggatcttcaatggctcaaaatcattcaccttttcaactacacgtaaccctgcatggtatgcaatggtagctccagcact 523  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||| || ||||| ||| ||||||||||    
22400044 gttgacgcaatatcaacccttgaattttcaacggctcaagatcattcatcttttcaactacacgtagtcctgcatgatacgcaattgtacctccagcact 22399945  T
524 atttcccattaggtaacacttagaatagtcaacatatttagtcaaccattcatcttgacttgatctaatcaaactcaatgcttccatagcatcatcatat 623  Q
    ||||||||||||  |||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
22399944 atttcccattagaaaacattttgaaaagtcaacatatttagtcaaccattcatcatcacttgacctaatcaaactcaatgcttccatagcatcatcataa 22399845  T
624 gccgccggtagccggtgctccggtgcgaggcgataatctaccgaagcgacaactgcttcgacagtatcagccatatcaacacataaatcatggaagttgg 723  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||| ||||  |||||  | |    
22399844 gccgccggcaaccggtgctccggtgcgaggcgataatcgaccgaggcgacaactgcttcgacggtttccgccatttcagcacaaaaattgtggaacattg 22399745  T
724 tggaggctgcactttgcacgatgaagccactaccatgaaagaaaacaataattggtagtagcttgttgtttaggtttgaaacatttgttgcttttttagg 823  Q
    |||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22399744 tggaggctgcacttagtacaatgaagccacttccatgaaagaaaacaataagtggtagtagcttgttgtttaggtttgaaacatttgttgcttttttagg 22399645  T
824 taggaataatcgaagccatgtttggtttgattggttgatgaaaagatctttggtgagaacaggaagagatgtgtctaatgaaggtgaggtgtgtggatct 923  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
22399644 tagaaataatcgaagccatgtttggtttgattggttgatggtgagatctttggtgagaacagaaagagaagtgtctaatgaaggtgaggtgtgtggatct 22399545  T
924 tcaaaatatcgagtaagtgtatcattgggat 954  Q
    |||| || |||||| |||||||| |||||||    
22399544 tcaagatttcgagtgagtgtatcgttgggat 22399514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 492 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 22492815 - 22492748
Alignment:
492 cctgcatggtatgcaatggtagctccagcactatttcccattaggtaacacttagaatagtcaacata 559  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||    
22492815 cctgcatggtaagcaatggtagcaccagcactttttcccataagataacacttagaataatcaacata 22492748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 22496540 - 22496116
Alignment:
45 gaaatgaagcccttcactaacttaataaatttctttgctttggatggctcaaaaaactcaaccccatgaaaaccttcttcctgaaaatctttgacaactt 144  Q
    |||||||| ||||| | ||||| ||| |||||||| || ||  |||| ||| || |||| |  |||||| |||| ||||| | ||| ||||| ||||| |    
22496540 gaaatgaaacccttaattaactcaatcaatttcttagccttcaatggatcataatactctattccatgacaaccatcttcatcaaagtctttcacaacat 22496441  T
145 ccacacccttctcatccatcaattgcactaactctttagcacgatcaaccaatagatccccaccgttaatactcaccaataccctccacccttgatcctt 244  Q
      |||||||| || |||||||||||  | ||||||||  |||||||||||| | |||||||||| ||   ||||||||| ||  ||||  |  | ||| |    
22496440 gaacacccttttcctccatcaattgtgccaactctttctcacgatcaaccactggatccccaccatttccactcaccaacactttccattcaaggtccct 22496341  T
245 tatcttatccaatttttcatcaacatcatttccaaccgttggattgcaatactcatgattacgatcaactccaataggtaatgccaaatcccaacacaaa 344  Q
    ||||||||| || |||   |||| |  ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | || || || | ||| || |||||    |||    
22496340 tatcttatcaaacttt---tcaaaactattcccaacccttggattgcaatactcatgatcacgatcagcacctattggaagtgctaactcccacattaaa 22496244  T
345 tcactaacacacaaaggaaaatttggatcattttcaagtctcaactctgattcagtcctattggtcccaccaaaaaatggttgacgcaatatcaaccctt 444  Q
    ||| ||||||| || ||||   || ||||||| |||||  |||| || ||||  || || |   |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
22496243 tcagtaacacataatggaaggatttgatcattctcaagcttcaattcagatttggttctttctttcccaccaaagaatggttggcgcaatattaaccctt 22496144  T
445 ggatcttcaatggctcaaaatcattcac 472  Q
    | ||||| | |||||||| ||| |||||    
22496143 gaatcttaagtggctcaagatccttcac 22496116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 276 - 318
Target Start/End: Original strand, 46138587 - 46138629
Alignment:
276 ccaaccgttggattgcaatactcatgattacgatcaactccaa 318  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||    
46138587 ccaaccgttggattacaatactcatgatcacggtcaactccaa 46138629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 2)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 410 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 267784 - 267743
Alignment:
410 cccaccaaaaaatggttgacgcaatatcaacccttggatctt 451  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
267784 cccaccaaaaaatggttggtgcaatatcaaccctttgatctt 267743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 370 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 277526 - 277445
Alignment:
370 gatcattttcaagtctcaactctgattcagtcctattggtcccaccaaaaaatggttgacgcaatatcaacccttggatctt 451  Q
    |||||||||| |||||||| || || |  ||||| | ||  |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
277526 gatcattttcgagtctcaattccgaatttgtcctttgggagccaccaaaaaatggttggtgcaatatcaaccctttgatctt 277445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University