View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4380-Insertion-2 (Length: 956)

Name: NF4380-Insertion-2
Description: NF4380
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4380-Insertion-2
NF4380-Insertion-2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (36-956)||(35653994-35654929)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 751; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 751; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 956
Target Start/End: Original strand, 35653994 - 35654929
Alignment:
Q  36 ccttaaattctccacacaaacctcttaaatgaaaaatgtatcatccatatattggaaataggacatcgtctcctctgatacaagtgtttggaacccattg 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35653994 ccttaaattctccacacaaacctcttaaatgaaaaatgtatcatccgtatattgaaaataggacatcgtctcctccgatacaagtgtttggaacccattg 35654093  T
Q  136 ataaaaccaacctccatcctctttagacattagaacaccccacctctccgtggccaacaagtataaaaattgctcgaaaggaccccttcct--------- 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||             
T  35654094 ataaaaccaacctccatcctctttagacattagaacaccccacctctccgtggccaacaagaataaaaattgctcgaaaggaccccttcctacaaattac 35654193  T
Q  227 --------ccgttcaactttcttttagcaaaatcgacattgaacccgagaacacccaagccttcacccaacctcttcactttacatcaaaacaaaacatg 318  Q
            |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35654194 cacttcctccgttcgactttcgtttagcaaaatcgacattgaacccgagaacacccaaaccttcacccaacctcttcactttacatcaaaacaaaacatg 35654293  T
Q  319 agcatataacataaaaaatttcaacttaccgaatcataagcatttttgaaatccatttgaaaaactatactacataatttctttgacctctttgctagat 418  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35654294 aacatataacataaaaaatttcaacttgccaaatcataagcatttttgaaatccatttggaaaactatactacataatttctttgacctctttgctagat 35654393  T
Q  419 ctaccacatcatttaacatcaacacctcatccaccaaacaccttcccttaacgacaaccgaaacaatataatacattacctctgctaccttgtggtgaaa 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35654394 ctaccacatcatttaacatcaacacctcatccaccaaataccttcccttaacgacaaccgaaacaatataatacattacctctgctaccttttggtgaaa 35654493  T
Q  519 accttagataatatacccttatatcactattataaacaaacaataannnnnnnnaaaattaattgaacaactgatgtatctaagtcatagtaatccagat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        || ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  35654494 accttagataatatacccttatatcactattataaacaaacaataattttttttaagattaattgaacaactgatggatctaagccatagtaatccagat 35654593  T
Q  619 attatgagataattgacaaacttcaaaaattattcttttttgtctataacaatgattggaaggtgtaggttggagagtaaagagggccaaattcatccaa 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35654594 attatgagataattgacaaacttcaaaaattatt-ttttttgtctataacaatgattcgaaggtgtaggttggagagtaaagagggccaaattcatccaa 35654692  T
Q  719 aggtaaa-ctggttgtgtataagtactggagcgaatctgttgcacttgcacgcgtaacttgtgttgcccactagtacataaccgtctttcaaaatctcca 817  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35654693 aggtaaaactggttgtgtataagtactggagcgaatctgttgcacttgcacgcgtaacttgtgttgcccactagtacataaccgtctttcaaaatctcca 35654792  T
Q  818 aaaacccactcaatcaataaggttaaacatttacctgttaggggtaatttaggaatctaactaacttataaaccctgtgagttctaaattctcaaagcag 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35654793 aaaacccactcaatcaataaggttaaacatttacctgttaggggtaatttaggaatctaact-acttataaaccctgtgagttctaaattctcaaagcag 35654891  T
Q  918 aacaacgcagccgtctccttgcgtcaagccttcgtcaaa 956  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  35654892 aacaacgcagccgtcttc-tgcgtcaagcctccgtcaaa 35654929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University