View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4381-Insertion-4 (Length: 956)

Name: NF4381-Insertion-4
Description: NF4381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4381-Insertion-4
NF4381-Insertion-4
[»] scaffold0406 (3 HSPs)
scaffold0406 (109-533)||(3109-3532)
scaffold0406 (600-955)||(3599-3944)
scaffold0406 (8-42)||(3008-3042)
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (109-533)||(29289344-29289766)
chr1 (109-533)||(17653709-17654133)
chr1 (113-533)||(14659525-14659943)
chr1 (113-533)||(14649735-14650152)
chr1 (110-533)||(16100201-16100623)
chr1 (600-955)||(47050415-47050763)
chr1 (234-533)||(47050830-47051129)
chr1 (600-917)||(14660010-14660321)
chr1 (600-917)||(16100690-16101002)
chr1 (600-917)||(14650219-14650530)
chr1 (211-533)||(10991488-10991811)
chr1 (600-924)||(29289000-29289328)
chr1 (600-946)||(17653305-17653642)
chr1 (375-533)||(17479033-17479192)
chr1 (207-343)||(17479263-17479399)
chr1 (601-802)||(19657461-19657664)
chr1 (404-484)||(17479243-17479324)
chr1 (347-417)||(262660-262730)
chr1 (868-955)||(17478634-17478718)
chr1 (381-533)||(26143498-26143653)
chr1 (282-343)||(17479102-17479163)
chr1 (8-41)||(17654172-17654205)
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (109-533)||(4763810-4764234)
chr4 (109-533)||(27561472-27561896)
chr4 (109-525)||(18694491-18694904)
chr4 (109-526)||(27734042-27734457)
chr4 (110-533)||(54352162-54352574)
chr4 (600-955)||(27561038-27561405)
chr4 (191-525)||(51533201-51533531)
chr4 (600-924)||(4763420-4763743)
chr4 (207-525)||(11513079-11513399)
chr4 (193-533)||(5358918-5359262)
chr4 (600-808)||(11512843-11513055)
chr4 (375-500)||(27733906-27734033)
chr4 (618-790)||(5358659-5358824)
chr4 (850-955)||(5358526-5358627)
chr4 (851-940)||(27733593-27733678)
chr4 (669-777)||(54351969-54352078)
chr4 (868-955)||(51533846-51533929)
chr4 (868-955)||(18694129-18694212)
chr4 (751-808)||(8164487-8164542)
chr4 (8-41)||(4764290-4764323)
chr4 (8-41)||(18694966-18694999)
chr4 (871-924)||(54351800-54351852)
chr4 (8-41)||(27734512-27734545)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (109-533)||(6911647-6912071)
chr3 (109-533)||(28103271-28103694)
chr3 (109-533)||(28058766-28059190)
chr3 (109-533)||(28069191-28069615)
chr3 (234-533)||(19434586-19434885)
chr3 (110-525)||(5705863-5706274)
chr3 (600-955)||(19434952-19435300)
chr3 (601-917)||(28103762-28104073)
chr3 (600-924)||(6911256-6911580)
chr3 (600-917)||(28068817-28069124)
chr3 (600-917)||(28058392-28058699)
chr3 (109-533)||(11200147-11200575)
chr3 (206-503)||(9436522-9436820)
chr3 (655-790)||(11200699-11200834)
chr3 (446-503)||(17955275-17955332)
chr3 (371-533)||(17955085-17955248)
chr3 (851-947)||(17954692-17954784)
chr3 (8-41)||(6912133-6912166)
chr3 (402-450)||(17958738-17958787)
chr3 (880-944)||(23397923-23397984)
chr3 (869-917)||(5705501-5705548)
chr3 (619-680)||(11200609-11200670)
[»] chr6 (35 HSPs)
chr6 (109-533)||(33062477-33062901)
chr6 (109-533)||(25478574-25479002)
chr6 (109-533)||(27526697-27527120)
chr6 (109-533)||(22013426-22013849)
chr6 (109-500)||(9814268-9814661)
chr6 (600-955)||(25478159-25478507)
chr6 (116-529)||(28040164-28040575)
chr6 (600-955)||(28040646-28040995)
chr6 (234-516)||(27683676-27683958)
chr6 (600-917)||(27527187-27527508)
chr6 (234-516)||(27690997-27691277)
chr6 (282-533)||(33055267-33055518)
chr6 (600-917)||(33055585-33055894)
chr6 (600-946)||(22013916-22014253)
chr6 (234-502)||(17355062-17355331)
chr6 (234-503)||(13142491-13142760)
chr6 (113-525)||(27650503-27650921)
chr6 (600-726)||(33062968-33063094)
chr6 (601-955)||(27650946-27651294)
chr6 (109-254)||(9822108-9822253)
chr6 (617-955)||(15970329-15970657)
chr6 (619-946)||(27683989-27684309)
chr6 (619-941)||(6952183-6952498)
chr6 (301-491)||(15970732-15970916)
chr6 (619-946)||(27691308-27691628)
chr6 (375-533)||(30129946-30130105)
chr6 (375-501)||(6951999-6952126)
chr6 (741-917)||(33063205-33063373)
chr6 (619-784)||(17355375-17355540)
chr6 (375-503)||(9814695-9814826)
chr6 (817-946)||(17357670-17357796)
chr6 (851-924)||(9815053-9815125)
chr6 (8-41)||(9822013-9822046)
chr6 (8-41)||(25479064-25479097)
chr6 (11-41)||(33062385-33062415)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (109-533)||(18981876-18982299)
chr8 (109-533)||(4706965-4707389)
chr8 (163-533)||(15924446-15924816)
chr8 (109-525)||(26917610-26918027)
chr8 (109-533)||(26340792-26341216)
chr8 (600-955)||(18982366-18982713)
chr8 (618-955)||(4706553-4706877)
chr8 (600-955)||(26340377-26340725)
chr8 (620-955)||(26917242-26917567)
chr8 (726-952)||(28603016-28603234)
chr8 (600-917)||(15924883-15925196)
chr8 (224-418)||(15256907-15257099)
[»] scaffold0713 (3 HSPs)
scaffold0713 (109-531)||(243-664)
scaffold0713 (619-917)||(681-972)
scaffold0713 (109-245)||(4379-4515)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (109-531)||(28803015-28803437)
chr7 (127-500)||(36264736-36265108)
chr7 (167-533)||(44060341-44060706)
chr7 (154-417)||(22010734-22010996)
chr7 (376-491)||(36264587-36264703)
chr7 (600-917)||(28803505-28803815)
chr7 (669-802)||(36264288-36264422)
chr7 (194-417)||(30943752-30943971)
chr7 (677-806)||(29467042-29467169)
chr7 (845-952)||(36264122-36264224)
chr7 (868-924)||(44060071-44060127)
chr7 (299-417)||(30944887-30945004)
chr7 (282-343)||(36264614-36264675)
chr7 (114-238)||(8387466-8387590)
chr7 (407-456)||(22010864-22010914)
chr7 (872-917)||(29466938-29466983)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (109-533)||(42784945-42785368)
chr5 (110-533)||(5519787-5520209)
chr5 (600-955)||(5519374-5519720)
chr5 (221-525)||(27198631-27198935)
chr5 (222-491)||(15598156-15598426)
chr5 (618-955)||(42785455-42785782)
chr5 (614-782)||(15598657-15598824)
chr5 (120-280)||(32744999-32745158)
chr5 (851-955)||(15599016-15599116)
chr5 (614-802)||(27198353-27198541)
chr5 (367-490)||(15598460-15598585)
chr5 (111-183)||(15598087-15598159)
[»] chr2 (31 HSPs)
chr2 (109-533)||(808984-809408)
chr2 (109-533)||(44323534-44323957)
chr2 (109-516)||(39154990-39155397)
chr2 (123-491)||(10415318-10415684)
chr2 (215-533)||(45331561-45331879)
chr2 (234-533)||(2587735-2588033)
chr2 (109-533)||(4696080-4696505)
chr2 (234-516)||(31713523-31713805)
chr2 (224-502)||(4405473-4405753)
chr2 (109-500)||(9311649-9312041)
chr2 (600-946)||(44324024-44324361)
chr2 (669-955)||(45332676-45332955)
chr2 (109-503)||(15001066-15001456)
chr2 (330-502)||(26894773-26894947)
chr2 (330-502)||(26900212-26900386)
chr2 (619-946)||(31713836-31714156)
chr2 (619-946)||(39154638-39154959)
chr2 (600-706)||(2588100-2588206)
chr2 (600-955)||(808580-808917)
chr2 (402-503)||(9311380-9311484)
chr2 (375-533)||(4405785-4405946)
chr2 (600-673)||(45331946-45332019)
chr2 (405-500)||(9311516-9311614)
chr2 (375-531)||(26894582-26894741)
chr2 (375-531)||(26900021-26900180)
chr2 (845-924)||(4406347-4406425)
chr2 (872-924)||(9311079-9311131)
chr2 (282-343)||(9311420-9311482)
chr2 (8-41)||(15001506-15001539)
chr2 (282-335)||(26894820-26894873)
chr2 (282-335)||(26900259-26900312)
[»] scaffold0438 (4 HSPs)
scaffold0438 (109-533)||(7970-8396)
scaffold0438 (109-533)||(10953-11377)
scaffold0438 (600-955)||(7553-7902)
scaffold0438 (600-955)||(10538-10886)
[»] scaffold0007 (4 HSPs)
scaffold0007 (191-503)||(60019-60334)
scaffold0007 (616-946)||(60505-60830)
scaffold0007 (375-491)||(60367-60484)
scaffold0007 (282-343)||(60396-60457)
[»] scaffold0002 (8 HSPs)
scaffold0002 (235-491)||(413255-413513)
scaffold0002 (233-503)||(424624-424897)
scaffold0002 (879-955)||(406871-406944)
scaffold0002 (295-372)||(407326-407403)
scaffold0002 (872-952)||(424249-424326)
scaffold0002 (109-185)||(413547-413623)
scaffold0002 (871-955)||(412874-412955)
scaffold0002 (453-503)||(407241-407292)
[»] scaffold0654 (2 HSPs)
scaffold0654 (109-227)||(4308-4426)
scaffold0654 (109-227)||(5662-5780)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (109-211)||(115628-115730)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (325-469)||(183170-183318)


Alignment Details
Target: scaffold0406 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0406
Description:

Target: scaffold0406; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Original strand, 3109 - 3532
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaatatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 3208  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaa 3308  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3309 aggccaccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagttatccgtt 3408  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  3409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattca-ccgtttgattattttcaccaaag 3507  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  3508 ttagatttctatactttatttaaag 3532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0406; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Original strand, 3599 - 3944
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3599 ccatttcattaagcccgatttttatattctatgtgaatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 3698  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3699 tagtttcacctcttgacgacattgaaattt---gatagtcttatttggtttgataaaattacgaagttttatgaattttcatggtacatttgattgtgaa 3795  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3796 tttattata---tttttatacagttactagccttgtaaattaaaaattatatttgagaaaagtaaa-aaatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtt 3890  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3891 ggtagtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactcttttattttcta 3944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0406; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 8 - 42
Target Start/End: Original strand, 3008 - 3042
Alignment:
Q  8 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaaggc 42  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3008 gaaatgtggttttgaaatatgcgtctttgaaaggc 3042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 29289766 - 29289344
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29289766 taagtagtagatttttggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaatatggatttggcattgtgttttaagaatggtg 29289667  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  29289666 ttttgaaaattacggttacaatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaa 29289567  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29289566 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 29289467  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29289466 agatggagccgccccatggaaaggccaccatta-gaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattca-ccatttgattattttcaccaaag 29289369  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||||| ||||||||||||||||    
T  29289368 ttagatttttatactttatttaaag 29289344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 17654133 - 17653709
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17654133 taagtagtggattttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaataagttttgttatgttgtgaaatatggttttagcattgtgttttaagaatggtg 17654034  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  17654033 ttttgaaaattatggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccattagatggagccgcccctatggaa 17653934  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17653933 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 17653834  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17653833 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactaaag 17653734  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  17653733 ttggatttctatactttatttaaag 17653709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 113 - 533
Target Start/End: Original strand, 14659525 - 14659943
Alignment:
Q  113 tagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgtttt 212  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| || ||| |||| || ||||||||||||||  |||| |||||||| |   ||||||||||||||||||||||    
T  14659525 tagtagattttcgattgagttt-gatga-acgtatattgacatgagtttcgttatgttccgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtgtttt 14659622  T
Q  213 gaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  14659623 gaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaaaggc 14659722  T
Q  313 cgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagat 412  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14659723 cgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagat 14659822  T
Q  413 ggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttag 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14659823 ggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttag 14659922  T
Q  513 atttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14659923 atttctatactttatttaaag 14659943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 113 - 533
Target Start/End: Original strand, 14649735 - 14650152
Alignment:
Q  113 tagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgtttt 212  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| || ||| |||| || ||||||||||||||  |||| |||||||| |   ||||||||||||||||||||||    
T  14649735 tagtagattttcgattgagttt-gatga-acgtatattgacatgagtttcgttatgttccgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtgtttt 14649832  T
Q  213 gaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  14649833 gaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaaaggc 14649932  T
Q  313 cgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagat 412  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14649933 cgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactcc-taattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagat 14650031  T
Q  413 ggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttag 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14650032 ggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttag 14650131  T
Q  513 atttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14650132 atttctatactttatttaaag 14650152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 110 - 533
Target Start/End: Original strand, 16100201 - 16100623
Alignment:
Q  110 aagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgt 209  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| |  ||| |||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||| |   |||||||||||||||  ||    
T  16100201 aagtggtagattttcgattgagttttgatga-atgtatgttgatataagtttcgttatgttgcaaaatatggttttagacatgtgttttaagaatgaggt 16100299  T
Q  210 tttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaag 309  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||     
T  16100300 tttgaaaattacggctataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaatcaggtagaattaccccgttggatggagccgcccctatggaaa 16100399  T
Q  310 ggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtta 409  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16100400 ggctgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtta 16100499  T
Q  410 gatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagt 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  16100500 gatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgagtattttcactaaagt 16100599  T
Q  510 tagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  16100600 tagatttctatactttatttaaag 16100623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 47050763 - 47050415
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  47050763 ccatttcattaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 47050664  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47050663 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 47050564  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47050563 tttattata---tttttatacagttactagccttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtt 47050469  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  47050468 ggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactcttttattttcta 47050415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 234 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 47051129 - 47050830
Alignment:
Q  234 gacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggct 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  47051129 gacgacctaggtgcacctagtatgtgattttaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaaaggcctccattaggaggagagggct 47051030  T
Q  334 atcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47051029 atcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 47050930  T
Q  434 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47050929 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 47050830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 237; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 600 - 917
Target Start/End: Original strand, 14660010 - 14660321
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14660010 ccatttcattaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 14660109  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14660110 tggtttcacttcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattagaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 14660209  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14660210 tttattata---tttttatacagttactagccttgtaagttaaaaattagatttga-aaaaaaaaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtt 14660303  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  14660304 ggtggtggttgttgtctc 14660321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 237; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 600 - 917
Target Start/End: Original strand, 16100690 - 16101002
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16100690 ccatttcattaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 16100789  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16100790 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattctcatggtacacttgattgtgaa 16100889  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  16100890 tttattata---tttttatacagttactagccttgttagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgaccatgtgtgtttccc-ttctagtt 16100984  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||| ||| ||||||||||    
T  16100985 ggtggtgattgttgtctc 16101002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 600 - 917
Target Start/End: Original strand, 14650219 - 14650530
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14650219 ccatttcattaagcccgatttttatattctatttggatttgactatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 14650318  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14650319 tggtttcacttcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattaaaaagttttatgaattatcatggtacacttgattgtgaa 14650418  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14650419 tttattata---tttttatacagttactagccttgtaagttaaaaattagatttga-aaaaaaaaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtt 14650512  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  14650513 ggtggtggttgttgtctc 14650530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 211 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 10991811 - 10991488
Alignment:
Q  211 ttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagg 310  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||| |    
T  10991811 ttgaaaattacgggtataatgacgacgacctaagtgcacctagtatgtgatatcagttaggtagagttactccgttaggtggagccgcccctatggaaag 10991712  T
Q  311 gccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttag 410  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10991711 gccaccattaggaggagagggctatcgatgagatgtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgatag 10991612  T
Q  411 atggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagt 509  Q
    || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  10991611 attgagccgcccctatggaaaggccatcattaggaggagaagactatcaacgagatggaggtagttctcgattcacctatttgattattttcactaaagt 10991512  T
Q  510 tagatttctatactttatttaaag 533  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  10991511 tggatttctatactttatttaaag 10991488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 600 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 29289328 - 29289000
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29289328 ccatttcattaagcccgattgttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcaatttatatattttctttaaagttgtggatt 29289229  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29289228 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgttatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 29289129  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagc---------cttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccc 890  Q
    |||||||||        |||| |||||||||         |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29289128 tttattata---tttttatacggttactagccttgtaagtcttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc 29289033  T
Q  891 tttctagttggtagtggttgttgtctctcactaa 924  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29289032 -ttctagttggtggtggttgttgtctctcactaa 29289000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 600 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 17653642 - 17653305
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  17653642 ccatttcattaagtccgacttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttctatattttctttaaagttgtggatt 17653543  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17653542 tgatttcacctcttgacgacattgaaattctg--atagtcttatttggtttgataaatttacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgag 17653445  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
     ||||||||        |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17653444 gttattata---tttttatacggttactagccttgtaaattaaaaattagatttgagaagaataaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtt 17653350  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttt 946  Q
    ||| |||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||    
T  17653349 ggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgcgacttactcttt 17653305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 375 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 17479192 - 17479033
Alignment:
Q  375 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctag 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17479192 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccctatggaaagaccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctag 17479093  T
Q  474 ttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||| ||| |||||||    
T  17479092 ttctcgattcacccatttgattattgtcactaaagttggatttttatattttctttaaag 17479033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 207 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 17479399 - 17479263
Alignment:
Q  207 tgttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatgg 306  Q
    |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  17479399 tgttttgaaaattatggttttagtgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtatagttaccccgttagatggagccgccccaatgg 17479300  T
Q  307 aagggccgccattgggaggagagggctatcaatgaga 343  Q
    ||  ||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  17479299 aaaagccaccattaggaggagagggctatcaacgaga 17479263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 601 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 19657664 - 19657461
Alignment:
Q  601 catttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttg-attatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||||||||    ||||| |||||||||||||| |||  |||||    
T  19657664 catttcattaaatccgatttttatattctatttggatttctattatttcaattccttttcattatgtgtgatttctatattttctttaaggttgcggatt 19657565  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatg-gtacacttgattgtga 798  Q
    ||| || ||||||| || ||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||    
T  19657564 tgggttgacctctttacaacattgggatttcgatataatcttatttggtttgataaatttacaaagttttttgaattttcatgtatacacttgattgtga 19657465  T
Q  799 attt 802  Q
    ||||    
T  19657464 attt 19657461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 404 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 17479324 - 17479243
Alignment:
Q  404 ccgttagatggagccgcccca-tggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattca 484  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17479324 ccgttagatggagccgccccaatggaaaagccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattca 17479243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 347 - 417
Target Start/End: Original strand, 262660 - 262730
Alignment:
Q  347 aaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  262660 aaactccctaattgaaaatgttttatattttgttttgagtcgagagaaaagagctatctgttagatggagc 262730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 868 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 17478718 - 17478634
Alignment:
Q  868 aatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  17478718 aatcgtgcccttgtgcgtttccctt-ctagttggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactctctcattttcta 17478634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 381 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 26143653 - 26143498
Alignment:
Q  381 ttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc--atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctc 478  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  || |  | ||||||  |||  |||| |||| || ||||||||||||||| | |||||||||    
T  26143653 ttgagtcgagagaaaggagttatccgttagatggagctaccactaagggaaagttcactcttagaaggaaagagctatcaacgagatgaatctagttctc 26143554  T
Q  479 gattcaccca-tttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||| |||||| |||||||||||| || ||| | || |||||||||||| |||||||    
T  26143553 gatccacccattttgattattttaactaaattgagttttctatactttctttaaag 26143498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 17479163 - 17479102
Alignment:
Q  282 ccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgaga 343  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  17479163 ccgttagatggagccgcccctatggaaagaccaccattaggaggagagggctatcaacgaga 17479102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 17654205 - 17654172
Alignment:
Q  8 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 41  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17654205 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 17654172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 4764234 - 4763810
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  4764234 taagtagtagattttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaataagttttgttatgttgtgaaatatggtcttagcattgtgttttaagaatggtg 4764135  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4764134 ttttgaaaattatggttataatgacgacgacctaggtacacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaa 4764035  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4764034 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattaaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccatt 4763935  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4763934 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 4763835  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  4763834 ttagatttctatactttatttaaag 4763810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 27561896 - 27561472
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  27561896 taagtaatagatcttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaacaagtttcgttatgttgtgatatatggttttagcattgtggtttaagaatgatg 27561797  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  27561796 ttttgaaaattacggttataatggtgtcgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatggaa 27561697  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27561696 aggccgccattaggaggagggggctatcaatgagaggtaaactctctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 27561597  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  27561596 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactgaag 27561497  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  27561496 ttggatttctatactttatttaaag 27561472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 109 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 18694904 - 18694491
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18694904 taagtagtagattttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaataagttttgttatgttgtgaaatatggttttagcattgtgttttaagaatggtg 18694805  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || ||| |||||||| |||| ||||||    
T  18694804 ttttgaaaattatggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcgattaggtag--ttactccattagatggagccaccccaatggaa 18694707  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18694706 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagatgtaaactccctaattgaaaatgttt-acactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 18694608  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||    
T  18694607 agatggagccgccccatgggaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttggttattttcattaaag 18694508  T
Q  509 ttagatttctatacttt 525  Q
    || |||||| |||||||    
T  18694507 ttggatttcaatacttt 18694491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 109 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 27734457 - 27734042
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||     
T  27734457 taagtagtagattttcgattgagttttgatgatacgtatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaatatggttttagcattgtgttttaagaatggt- 27734359  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  27734358 ttttgaaaattatggttataatgatgacgacccaggtgcatctagtatgtgatttcaattagatag--ttactccgttagatggagccgcccctatggaa 27734261  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27734260 aggttgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactaccgaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaatagctatccgtt 27734161  T
Q  409 agatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaa 507  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  27734160 agatggagctgcccctatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagatagttctcgattcacccatttgattatttttactaaa 27734061  T
Q  508 gttagatttctatacttta 526  Q
     | || || ||||||||||    
T  27734060 ttgagtttactatacttta 27734042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 110 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 54352574 - 54352162
Alignment:
Q  110 aagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgt 209  Q
    |||| |||||||| || |||||||||||||| || ||| |||    |||||| ||||||||| |||| |||||||| |   |||||||||||||||| ||    
T  54352574 aagtggtagatttccgattgagttttgatga-acgtatgttggtccaagttttgttatgttgcgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggggt 54352476  T
Q  210 tttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaag 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| || ||| ||| ||| ||||| ||||||     
T  54352475 tttgaaaattacggttataatgacaacgacctaggtgcacatagtatgtgatttcgattaggtagagttactccattagatgaagctgccccaatggaaa 54352376  T
Q  310 ggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtta 409  Q
    ||| |||||||||         |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  54352375 ggctgccattggg---------ctatcaatgagatgtaaactccctaattgaaaatgttt-acactttgttttgagtcgagagaaaagagctatctgtta 54352286  T
Q  410 gatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagt 509  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  54352285 gatggagccgccccatgggaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactaaagt 54352186  T
Q  510 tagatttctatactttatttaaag 533  Q
    | ||||| ||||||||||||||||    
T  54352185 tggatttttatactttatttaaag 54352162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 27561405 - 27561038
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttct--------------- 684  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   
T  27561405 ccatttcattaagtccgacttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctatagatttatatatt 27561306  T
Q  685 ----ttaaagttctggatttggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttca 780  Q
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27561305 ttctttaaagttgtggatttggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttca 27561206  T
Q  781 tggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttg 880  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||        |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27561205 tggtacacttgattgtgaatttattata---tttttataccgttactagccttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgcccttg 27561110  T
Q  881 tgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27561109 tgtgtttccc-ttctagttggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactcttttattttcta 27561038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 191 - 525
Target Start/End: Original strand, 51533201 - 51533531
Alignment:
Q  191 tgtgttttaagaatggtgttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacat 290  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||| || ||| ||    
T  51533201 tgtgttttaagaatgaggttt-gaaaattacggttataataacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcgattaggtag--ttactccattagat 51533297  T
Q  291 ggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgag 390  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51533298 ggagccgccccaatggaaaggccgccattaggaggagagggctatcaatgagatgtaaactccctaattgaaaatgttt-acactttgttttgagtcgag 51533396  T
Q  391 agaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatt 490  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51533397 agaaaagagctatccgttatatggagccgccccatgggaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcactcatt 51533496  T
Q  491 tgattattttcaccaaagttagatttctatacttt 525  Q
    || |||||||    |||||| |||||| |||||||    
T  51533497 tggttattttagttaaagttggatttcaatacttt 51533531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 600 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 4763743 - 4763420
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4763743 ccatttcgttaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 4763644  T
Q  700 tggtttcacctcttga---cgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgt 796  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4763643 tggtttcacctcttgacgacgacattgaaattctgatatagccttatttggtttgataaaattaccaagttttatgaattttcatggtacacttgattgc 4763544  T
Q  797 gaatttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttcta 896  Q
    ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  4763543 gaatttattata---tttttatacagttactagccttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataact-attcgtgccattgtgtgtttccc-ttcta 4763449  T
Q  897 gttggtagtggttgttgtc-tctcactaa 924  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4763448 gttggtagtggttgttgtcttctcactaa 4763420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 207 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 11513399 - 11513079
Alignment:
Q  207 tgttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatgg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||| ||||||||    
T  11513399 tgttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttattccgttagatggagccgaccctatgg 11513300  T
Q  307 aagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttg-ttttgagtcgagagaaaagagctatcc 405  Q
    || ||| || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  11513299 aaaggctgctattagaaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgtttttgtgtcgagagtaaagagctatcc 11513200  T
Q  406 gttagatggagccg-ccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcacc 504  Q
    |||||||||||  | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||   ||| |||||     
T  11513199 gttagatggagttgtccctatgaaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggaggtagttctcgattcaaccattttgatatattcact 11513100  T
Q  505 aaagttagatttctatacttt 525  Q
    ||| || ||||| ||||||||    
T  11513099 aaaattggatttttatacttt 11513079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 167; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 193 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 5359262 - 5358918
Alignment:
Q  193 tgttttaagaatggtgttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtag----aattaccccgttac 288  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||   ||||||||    | |||| ||||||     
T  5359262 tgttttaagtatggtgttttgaaaattacggttataatgacgacgacatacgtgcacctactatgtgattttggttaggtagctagagttactccgttag 5359163  T
Q  289 atggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaa-ttgaaaatgttttacactttgttttgagtc 387  Q
    || ||| ||||||||||||| | | ||  |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    |||||||| |||| |||||||||||||    
T  5359162 atagagtcgcccctatggaaagtctgc--tcaggaggagagggctatcaatgagatgtaaactcccaaaccaaaaaatgttgtacattttgttttgagtc 5359065  T
Q  388 gagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacc 486  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  5359064 gagagaaaagagtgatccgttagatggagccgcccctatggaaaggccaccattaggaggagaggactatcaacaagatggagatagttctcgattcacc 5358965  T
Q  487 catttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||  ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5358964 catttatttatttttacaaaagttggatttctatactttatttaaag 5358918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 600 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 11513055 - 11512843
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  11513055 ccatttcattaaatccgatttttatattctatttggatttgattatttcgattccttttcattatgcatgattttt-tattttctttaaagttgtggatt 11512957  T
Q  700 tggtttcacctcttg-----acgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgatt 794  Q
    ||| ||||| | ||      || ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  11512956 tgggttcactttttttttttacaacattgggattttgacatagtcttatttggtttgataaagttacaaagttttccgaattttcatggtatacttgatt 11512857  T
Q  795 gtgaatttattata 808  Q
    |||| |||||||||    
T  11512856 gtgagtttattata 11512843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 375 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 27734033 - 27733906
Alignment:
Q  375 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctag 473  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27734033 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatgaagcttcccctatggaaaagccaccattaggaggagacggctatcaacgagatggagctag 27733934  T
Q  474 ttctcgattcaccca-tttgattatttt 500  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  27733933 ttctcaattcatccattttgattatttt 27733906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 618 - 790
Target Start/End: Complemental strand, 5358824 - 5358659
Alignment:
Q  618 tttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacg 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||| || |||| ||||||| |||||||||  | |||||||||||| || ||||      
T  5358824 tttttatattctatttggatttgattattttcattccttctcattatactctatttctatatttgctttaaagtggtagatttggtttca-cttttga-- 5358728  T
Q  718 acattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacactt 790  Q
        || | ||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  5358727 ----tggatttttgatatagtcttgtttggtttaataaatttataaagttttatgagttttcatggcacactt 5358659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 850 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 5358627 - 5358526
Alignment:
Q  850 atttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttat 949  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||   ||||| |||||||||||||||     
T  5358627 atttgagaaaactaaataa-tcgtgtccttgtgtgtttctctt-ctagtgggtagtggttgttgtctttcactaa--gtccttatgacttactcttttac 5358532  T
Q  950 tttcta 955  Q
    ||||||    
T  5358531 tttcta 5358526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 851 - 940
Target Start/End: Complemental strand, 27733678 - 27733593
Alignment:
Q  851 tttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgactta 940  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||    
T  27733678 tttgagaaatatacataa-tcgtgcccttgtgtgtttccctt-ctagtgggtagtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgactta 27733593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 669 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 54352078 - 54351969
Alignment:
Q  669 gatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttg-acgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagtt 767  Q
    ||||| |||| | |||||||| || ||||||||||||||||| ||  |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  54352078 gatttctatactatctttaaaattgtggatttggtttcaccttttttacgatattggaattttgatatggtcttatttggtttaataaatttacacagtt 54351979  T
Q  768 ttatgaattt 777  Q
    || |||||||    
T  54351978 ttctgaattt 54351969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 868 - 955
Target Start/End: Original strand, 51533846 - 51533929
Alignment:
Q  868 aatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  51533846 aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctag-tggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactctttcattgtcta 51533929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 868 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 18694212 - 18694129
Alignment:
Q  868 aatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  18694212 aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttccag-tggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactctttcattctcta 18694129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 751 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 8164542 - 8164487
Alignment:
Q  751 gataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattata 808  Q
    ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8164542 gataaaattacaaa--tttgtgaattttcatggtacacttgattgtaaatttattata 8164487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 4764323 - 4764290
Alignment:
Q  8 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 41  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4764323 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 4764290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 18694999 - 18694966
Alignment:
Q  8 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 41  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18694999 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 18694966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 871 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 54351852 - 54351800
Alignment:
Q  871 cgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaa 924  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  54351852 cgtgctcttgtatgtttcc-tttctagttggtggtggttgttgtctctcactaa 54351800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 27734545 - 27734512
Alignment:
Q  8 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 41  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27734545 gaaacgtggttttgaaatatgcgtttttgaaagg 27734512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 6912071 - 6911647
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  6912071 taagtagtagattttcaattgagttttgatgatacgtattttgaaataagttttgttatgttgtgaaatatggtcttagcattgtgttttaagaatggtg 6911972  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6911971 ttttgaaaattatggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaa 6911872  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6911871 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 6911772  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6911771 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagatggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccctttgattattttcaccaaag 6911672  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  6911671 ttagatttctaaactttatttaaag 6911647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Original strand, 28103271 - 28103694
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||||||  |||| |||||||| |   | ||||||||||||||||    
T  28103271 taagtagtagattttcgattgagttttgatga-acgtatattgacataagttttgttatgttccgaaatatggttttagacatatgttttaagaatggtg 28103369  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28103370 ttttgaagattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaa 28103469  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28103470 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 28103569  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28103570 agatggagtcgccccatggaaatgccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 28103669  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||||| ||||||||||||||||    
T  28103670 ttagatttttatactttatttaaag 28103694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 28059190 - 28058766
Alignment:
Q  109 taagtagtagatttt-cggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggt 207  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |   |||||||||||||||||    
T  28059190 taagtagtagatttttcgattgagttttgatga-acctatattgacataagtttcattatgttctgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggt 28059092  T
Q  208 gttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatgga 307  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  28059091 gttttaaaaattacggttataatgacgacgacctaggagcacctagtatctgatttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatgga 28058992  T
Q  308 agggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgt 407  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28058991 aaggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactctctaattgaaattgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgt 28058892  T
Q  408 tagatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  28058891 tagatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagtgctcgattcacccatttgattattttcattaaa 28058792  T
Q  508 gttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  28058791 gttggatttctatactttatttaaag 28058766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 28069615 - 28069191
Alignment:
Q  109 taagtagtagatttt-cggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggt 207  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |   |||||||||||||||||    
T  28069615 taagtagtagatttttcgattgagttttgatga-acctatattgacataagtttcattatgttctgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggt 28069517  T
Q  208 gttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatgga 307  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  28069516 gttttaaaaattacggttataatgacgacgacctaggagcacctagtatctgatttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatgga 28069417  T
Q  308 agggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgt 407  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28069416 aaggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactctctaattgaaattgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgt 28069317  T
Q  408 tagatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  28069316 tagatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagtgctcgattcacccatttgattattttcattaaa 28069217  T
Q  508 gttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  28069216 gttggatttctatactttatttaaag 28069191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 234 - 533
Target Start/End: Original strand, 19434586 - 19434885
Alignment:
Q  234 gacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggct 333  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  19434586 gacgatctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccattagatggagccgcccctatggaaaggccgccattaggaggagagggct 19434685  T
Q  334 atcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19434686 atcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 19434785  T
Q  434 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19434786 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 19434885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 110 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 5706274 - 5705863
Alignment:
Q  110 aagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgt 209  Q
    |||| ||||||||||  |||| ||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |   |||||||||||||||  ||    
T  5706274 aagtggtagattttcaattgaattttgatga-acgtatgttgatataagtttcgttatgttgcgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatgaggt 5706176  T
Q  210 tttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaag 309  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||| || ||| ||||||||||||| ||||||     
T  5706175 tttgaaaattacgattataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgacttcgattaggtag--ttactccattagatggagccgccccaatggaaa 5706078  T
Q  310 ggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtta 409  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5706077 ggccgccattaggaggagagggctatcaatgagatgtaaactccctaattgaaaatgttt-acactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtta 5705979  T
Q  410 gatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagt 509  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||    
T  5705978 gatggagccgccccataggaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttggttattttcattaaagt 5705879  T
Q  510 tagatttctatacttt 525  Q
    | |||||| |||||||    
T  5705878 tggatttcaatacttt 5705863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Original strand, 19434952 - 19435300
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19434952 ccatttcattaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 19435051  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19435052 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 19435151  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||| ||||||||    
T  19435152 tttattata---tttttatacagttactagccttgaaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgtccttttgcgtttccc-ttctagtt 19435246  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||| |||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19435247 ggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtaacttactcttttattttcta 19435300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 601 - 917
Target Start/End: Original strand, 28103762 - 28104073
Alignment:
Q  601 catttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggattt 700  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28103762 catttcattaagcctgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcaatttatatattttctttaaagttgtggattt 28103861  T
Q  701 ggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaat 800  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28103862 ggtttcacctcttgacgacattgagattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgatggtgaat 28103961  T
Q  801 ttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttg 900  Q
    ||||||||        |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28103962 ttattata---tttttatacagttactagccttgaaagtaaaaaattagatttgagataaataaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagttg 28104056  T
Q  901 gtagtggttgttgtctc 917  Q
    || ||||||||| ||||    
T  28104057 gtggtggttgttttctc 28104073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 600 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 6911580 - 6911256
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6911580 ccatttcgttaagcccgatttttatattctatttggacttgattatctcgattctttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 6911481  T
Q  700 tgg-tttcacctctt---gacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattg 795  Q
    ||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6911480 tggttttcacctcttgacgacgacattgaaattctgatatagccttatttggtttgataaaattaccaagttttatgaattttcatggtacacttgattg 6911381  T
Q  796 tgaatttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttct 895  Q
     ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  6911380 cgaatttattata---tttttatacagttactagccttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataact-attcgtgccattgtgtgtttccc-ttct 6911286  T
Q  896 agttggtagtggttgttgtc-tctcactaa 924  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6911285 agttggtagtggttgttgtcttctcactaa 6911256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 600 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 28069124 - 28068817
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  28069124 ccatttcattaagtccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttctatattttctttaaagttgtggatt 28069025  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||     
T  28069024 tgatttcacttcttgacgacattgaaattttg--atagtcttatttggtttgatagatttacaaagttttatgaattttcatggtac---tgattgtgag 28068930  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28068929 tttattata---tttttatacggttactagccttgtaaattaaaaattagatttgagaaaaataaat-attcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtt 28068835  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  28068834 ggtggtggttgttgtctc 28068817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 600 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 28058699 - 28058392
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  28058699 ccatttcattaagtccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttctatattttctttaaagttgtggatt 28058600  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||     
T  28058599 tgatttcacttcttgacgacattgaaattctg--atagtcttatttggtttgatagatttacaaagttttatgaattttcatggtac---tgattgtgag 28058505  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28058504 tttattata---tttttatacggttactagccttgtaaattaaaaattagatttgagaaaaataaat-attcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtt 28058410  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  28058409 ggtggtggttgttgtctc 28058392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Original strand, 11200147 - 11200575
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||||||| | || |||| |||| |||||||||| | | |||||||| |||||||| |   ||| |||| ||||| |||    
T  11200147 taagtagtaaattttcaattgagttttgacggtaaatattttgacataagtttcgattttttgtgaaagatggttttagatatgtattttgagaattgtg 11200246  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||||||  |  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  | ||| ||| |   ||||||||||||    
T  11200247 ttttgaaaatcgcacttataataacgacgaactaggtgcacctagtatgtgatttcagttaggtagagttactgcattagatgaaaatgcccctatggaa 11200346  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     || | ||||| |||||||||||| ||||||||||  | || | ||||| |||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11200347 aggtcaccattaggaggagagggccatcaatgagattttaattgcctaactgaaaattatttacgttttgttttgagtcgagagaaaagagctatccatt 11200446  T
Q  409 agatggagccgcccc--atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca--tttgattattttcacc 504  Q
    |||||||||  || |  |  ||||  ||||  |||| | || ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||     
T  11200447 agatggagctaccactaagagaaataccactcttagtaagaaagaactatcaatgagatggagctagttctcgattcaccaaattttgattattttcact 11200546  T
Q  505 aaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||  |||| | ||||||||||||||    
T  11200547 aaagttgaatttatgtactttatttaaag 11200575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 206 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 9436820 - 9436522
Alignment:
Q  206 gtgttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatg 305  Q
    ||||||||| || |||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||||  |||||||||    
T  9436820 gtgttttgagaaatacgattataattgtgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcggttaggtagagttactccgttagatggagttgcccctatg 9436721  T
Q  306 gaagggccgccattgggaggagagggctatc-aatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatc 404  Q
    | | |||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  9436720 ggaaggctaccattgggaggagagggctatcaaatgagatgtaaactccct-attgaaaatgttttacgttttg--ttgagtcgagagaaaagagttatc 9436624  T
Q  405 cgttagatggagccgcccc--atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttc 501  Q
    | |||||||||||  || |  |  || |||||||  |||| |||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||    
T  9436623 cattagatggagctaccactaagagagaggccactcttagaaggaaagagctatcaatgagatagagctagttctcgattcaccaattttaattattttc 9436524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 655 - 790
Target Start/End: Original strand, 11200699 - 11200834
Alignment:
Q  655 ttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgata 754  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11200699 ttttcattatactcgatttatatatttcctttatagttattgatttggtttcacctctttacgacattggaattttgatatagttttatttggtttgata 11200798  T
Q  755 aaattacaaagttttatgaattttcatggtacactt 790  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11200799 aatttacaaagttttatgaattttcatggtatactt 11200834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 446 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 17955332 - 17955275
Alignment:
Q  446 gagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcac 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17955332 gagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacacatttgattattttcac 17955275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 371 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 17955248 - 17955085
Alignment:
Q  371 acactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc--atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatgga 468  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||    |    | |||||||||||  |||| || | || ||||||||||| ||| |    
T  17955248 acactttgttttgagtcgagcgaaaagagttgtccgttagatggagttagcaataagggaaaggccactcttagtagaaaagagctatcaacgaaatgaa 17955149  T
Q  469 gctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| || || |||||||| |||||||    
T  17955148 gctagttctcgattcaccca-ttgattattttcattaaagttggagttttatactttctttaaag 17955085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 851 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 17954784 - 17954692
Alignment:
Q  851 tttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactctttt 947  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  17954784 tttgagaaatatacataa-tcgtgctcttttgtgtttccctt-ctagtgggtagtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactctttt 17954692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 6912166 - 6912133
Alignment:
Q  8 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 41  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6912166 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 6912133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 402 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 17958787 - 17958738
Alignment:
Q  402 atccgttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagag 450  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  17958787 atccgttagatggagtcgctcctatggaaaggccaccattaggaggagag 17958738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 880 - 944
Target Start/End: Complemental strand, 23397984 - 23397923
Alignment:
Q  880 gtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactct 944  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||    
T  23397984 gtgtgtttccctt-ctagttggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccctgtgacttactct 23397923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 869 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 5705548 - 5705501
Alignment:
Q  869 atcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctc 917  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  5705548 atcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagttggtggtgattgttgtctc 5705501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 619 - 680
Target Start/End: Original strand, 11200609 - 11200670
Alignment:
Q  619 ttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatatt 680  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||||| |||  |||||| ||||||    
T  11200609 ttttatattctatttgaagttgattattttgattccttttcatcatatccgatttttatatt 11200670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 35)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Original strand, 33062477 - 33062901
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33062477 taagtagtggattttcgattgagttttgatgatacatactttgaaataagttttgttatgttgtgaaatatggttttagcattgtgttttaagaatggtg 33062576  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33062577 ttttgaaaattatggttataatgacgacgacctagttgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaa 33062676  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33062677 aggccgtcattaggaggagaaggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 33062776  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33062777 agatggagccgccccatggaaaggccaccattgggaggagagggctatcaacgagatgaagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 33062876  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||| |||||||||||||||||||||    
T  33062877 ttaaatttctatactttatttaaag 33062901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 25479002 - 25478574
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||||||||  |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  25479002 taagtagtagattttcgattgagtttcgatgatacacgttttgaaataagttttattatgtagtgaaatatggtcttagcattgtgttttaagaatggtg 25478903  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25478902 ttttgaaaattatggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagatttaccccgttagatggagccgcccctatggaa 25478803  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     ||||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25478802 aggccttcattaggaggagatggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 25478703  T
Q  409 agatggagccgccccat----ggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcacc 504  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25478702 agatggagccgccccatgtacggaaaggccaccattaggtggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcacc 25478603  T
Q  505 aaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25478602 aaagttagatttctatactttatttaaag 25478574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Original strand, 27526697 - 27527120
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||| |||| || ||||||||||||||  |||| |||||||| |   ||||||||||||||||||    
T  27526697 taagtagtagattttcgattgagttt-gatga-acgtatattgacatgagtttcgttatgttccgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtg 27526794  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27526795 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctagatgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaa 27526894  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27526895 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 27526994  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattca-cccatttgattattttcaccaaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27526995 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatgaagctagttctcgattcaccccatttgattattttcaccaaa 27527094  T
Q  508 gttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  27527095 gtttgatttctatactttatttaaag 27527120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Original strand, 22013426 - 22013849
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| || ||| |||| |||| |||| ||||||| ||||| |||||||| |   ||||||||||||||||||    
T  22013426 taagtagtagactttcgattgtgttttgatga-acctatattgacataaatttcattatgttctgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtg 22013524  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  22013525 ttttgaaaattactgttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatggaa 22013624  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22013625 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactctctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 22013724  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  22013725 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagttagttctcgattcacccatttgattattttcactaaac 22013824  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |  ||||||||||||||||||||||    
T  22013825 taggatttctatactttatttaaag 22013849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 109 - 500
Target Start/End: Original strand, 9814268 - 9814661
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9814268 taagtagtggattttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaataagttttgttatgttgtgaaatatggttttagcattgtgttttaagaatggtg 9814367  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  9814368 ttttgaaaattatggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcggttaggtagaattaccccattagatggagccgcccctatggaa 9814467  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9814468 aggccaccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaacttcctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 9814567  T
Q  409 agatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattatttt 500  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||    
T  9814568 agatggagccgcccctatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcaattcacctattttgattatttt 9814661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 25478507 - 25478159
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25478507 ccatttcattaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 25478408  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25478407 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacgaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 25478308  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25478307 tttattata---tttttatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaagtaaa-aaatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtt 25478213  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25478212 ggtagtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactcttttattttcta 25478159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 116 - 529
Target Start/End: Original strand, 28040164 - 28040575
Alignment:
Q  116 tagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgttttgaa 215  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |  ||| |||| |||||||| | | |||||||||| |||  ||| |    ||||||| |||||  ||||| |||    
T  28040164 tagattttcgattgagttttgatgaaag-tattttgacataagttttgatttgttgtgaaagatgagtttagatacgtgttttgagaattttgttt-gaa 28040261  T
Q  216 aattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgc 315  Q
    |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  28040262 aatc-cggttataatgacgacgatctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgatagatggagccgcccctatggaaaggccgc 28040360  T
Q  316 cattgggaggagagggc-tatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatgg 414  Q
    |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28040361 cattaggaggggagggcatatcaatgagaggtaaacttcctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatgg 28040460  T
Q  415 agccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagat 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28040461 agccgccccatggaaaggccaccattaggaggaaagggctatcaacgagatggagttagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagat 28040560  T
Q  515 ttctatactttattt 529  Q
    |||||||||||||||    
T  28040561 ttctatactttattt 28040575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Original strand, 28040646 - 28040995
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28040646 ccatttcattaagcccagtttttatattatatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 28040745  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28040746 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttagtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 28040845  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  28040846 tttattata--ttttttatacagttactagccttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgtccttgtgtgtttccc-ttctagtt 28040941  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28040942 ggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactcttttattttcta 28040995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 234 - 516
Target Start/End: Original strand, 27683676 - 27683958
Alignment:
Q  234 gacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggct 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  27683676 gacgacctaggtgcacctagtatgtgttttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatggaaaggccgccattaggaggagagggct 27683775  T
Q  334 atcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 433  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27683776 atcaatgagtggtaaactctctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 27683875  T
Q  434 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagattt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  27683876 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgactattttcaataaagttggattt 27683958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 600 - 917
Target Start/End: Original strand, 27527187 - 27527508
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27527187 ccatttcattaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 27527286  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27527287 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattagaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 27527386  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgag--------aaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccct 891  Q
    |||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||        ||||| ||| || |||||||||||||||||||||     
T  27527387 tttattata---tttttatacagttactagccttgtaagttaaaaattagatttgagaaaagaaaaaaaaaaaaaaattcgtgcccttgtgtgtttccc- 27527482  T
Q  892 ttctagttggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||    
T  27527483 ttctagttggtggtggttgttgtctc 27527508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 234 - 516
Target Start/End: Original strand, 27690997 - 27691277
Alignment:
Q  234 gacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggct 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  27690997 gacgacctaggtgcacctagtatgtgttttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatggaaaggccgccattaggaggagagggct 27691096  T
Q  334 atcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 433  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27691097 atcaatgagtggtaaactc--taattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 27691194  T
Q  434 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagattt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  27691195 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgactattttcaataaagttggattt 27691277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 282 - 533
Target Start/End: Original strand, 33055267 - 33055518
Alignment:
Q  282 ccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttt 381  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33055267 ccgttagatggagccgcccctatggaagggccgccattaggaggaaagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttt 33055366  T
Q  382 tgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgat 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33055367 tgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggccaccattgggaggagagggctatcaacaagatggagctagttctcgat 33055466  T
Q  482 tcacccatttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33055467 tcacccatttgattattttcaccaaagttaaatttctatactttatttaaag 33055518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 600 - 917
Target Start/End: Original strand, 33055585 - 33055894
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33055585 ccatttcattaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 33055684  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  33055685 tggtttcacctcttgacaacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacact---ttgtgaa 33055781  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||| ||    
T  33055782 tttattata---tttttattcagttattagccttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgcccatatgtgtttccc-ttctattt 33055876  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||| ||| ||||||||||    
T  33055877 ggtggtgattgttgtctc 33055894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 600 - 946
Target Start/End: Original strand, 22013916 - 22014253
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  22013916 ccatttcattaagtccgacttttatattctatttggatttgattatctcgatttcttttcattataatcgatttctatattttctttaaagttgtggatt 22014015  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22014016 tgatttcacctcttgacgacattgaaattctg--atagtcttatttggtttgataaatttacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgag 22014113  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||| |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22014114 tttattata---tttttatacggttactagtcttgtaaattaaaaattagatttgagaagaataaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtt 22014208  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttt 946  Q
    ||| |||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||    
T  22014209 ggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgcgacttactcttt 22014253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 234 - 502
Target Start/End: Original strand, 17355062 - 17355331
Alignment:
Q  234 gacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggct 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  17355062 gacgacctaggtgcacctagtatgtgttttcaattaggcagagttactccgttagatggagccgccccaatggaaaggccaccattaggaggagagggct 17355161  T
Q  334 atcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-atggaaagg 432  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17355162 atcaatgagaggttcactccctaattgaaaatgttttatactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccctatggaaagg 17355261  T
Q  433 ccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttca 502  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17355262 ccaccattaggaggagcgggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccacttgattattttca 17355331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 234 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 13142760 - 13142491
Alignment:
Q  234 gacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggct 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | | ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||    
T  13142760 gacgacctaggtgcacctagtatgtgaattcaagtagggatagttaccccattagatggagccgcccctatggaaaggccgccattaggaggagacgact 13142661  T
Q  334 atcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccca-tggaaagg 432  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||     
T  13142660 atcaatgagaggtaaactccataattgaaaatgttttacac-ttgttttgagtcgagagaaaagagctacccgttagatggagccgccccattggaaaga 13142562  T
Q  433 ccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcac 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13142561 ccaccattaggaggagagggctatcaacgagatagagctagttctcgattcacccatttgattattttcac 13142491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 145; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 113 - 525
Target Start/End: Original strand, 27650503 - 27650921
Alignment:
Q  113 tagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgtttt 212  Q
    |||||| |||||| ||||||| |||||| |  ||| |||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||| |   |||| ||||||| ||| |||||    
T  27650503 tagtaggttttcgattgagttctgatgaaag-tattttgatataagtttcgttattttgcgaaatatggttttagacatgtgctttaagattggggtttt 27650601  T
Q  213 gaaaattacggttataat----gacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| || ||| | ||||||||||||||||||    
T  27650602 gaaaattacggttataattaatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcggttaggtagagttactccattagacggagccgcccctatggaa 27650701  T
Q  309 gggccg---ccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatcc 405  Q
     ||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||     
T  27650702 aggccagtaccattaggaggagagggctatcaatgagatgtaaactccctaattgaaaatgttttacaatttattttgagtcgggagaaaagagctatct 27650801  T
Q  406 gttagatggagc--cgccccatggaaaggccac-cattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttc 501  Q
     |||||||||||  || |  |  ||||| |||| |||    |||| |   | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  27650802 attagatggagctacgactaagagaaagaccactcat----aggaaatttccatcaacgatatggagctagttctcgattcatccattttgattattttc 27650897  T
Q  502 accaaagttagatttctatacttt 525  Q
    || |||||| ||||| ||||||||    
T  27650898 actaaagttggatttttatacttt 27650921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 600 - 726
Target Start/End: Original strand, 33062968 - 33063094
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33062968 ccatttcattaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 33063067  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaa 726  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  33063068 tggtttcacctcttgacgacattgaaa 33063094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 601 - 955
Target Start/End: Original strand, 27650946 - 27651294
Alignment:
Q  601 catttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggattt 700  Q
    |||||||| ||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||||| | |||||    
T  27650946 catttcattaaatccgattgttatagtctatttggatttgattatttggattccttttcattatacatgatttctatatttcctttaaagttgttgattt 27651045  T
Q  701 ggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatgg--tacacttgattgtga 798  Q
    || |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||  ||| |||||||||||    
T  27651046 ggattcacctctt-acgaaattgatattttgatatagtattatttgatttgataaatttacaaaattttctgaattttcatggtatactcttgattgtga 27651144  T
Q  799 atttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagt 898  Q
    ||||||||||        | ||  |||| ||| |||||| || ||||| | ||||||| ||||||||  ||| |||| || |||||||| ||||||||||    
T  27651145 atttattata--tttttaaaacgattacaagctttgtaaatt-aaaatcagatttgag-aaaataaaataattgtgctctcgtgtgttt-cctttctagt 27651239  T
Q  899 tggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    |||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27651240 tggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactattttattttcta 27651294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 114; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 109 - 254
Target Start/End: Original strand, 9822108 - 9822253
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9822108 taagtagtggattttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaataagttttgttatgttgtgaaatatggttttagcattgtgttttaagaatggtg 9822207  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagt 254  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9822208 ttttgaaaattatggttataatgacgacgacctaggtgcacctagt 9822253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 617 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 15970657 - 15970329
Alignment:
Q  617 atttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgac 716  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    ||||| |||||| |  |||||||| ||||||||| ||||||| |  ||    
T  15970657 atttttatattcgatttggatttgattatttcgat-ccttttcattatggatgatttctatattctaattaaagttgtggatttgggttcacctttgtac 15970559  T
Q  717 gacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnn 816  Q
    |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||| || ||||||            
T  15970558 gacattgcgattttgatgtagtcttatttggtttgataaagttacaaagttttccgaattttcaaggtacactagattatgagttgattata---ttttt 15970462  T
Q  817 atacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtct 916  Q
    |||| | |||||   |||||| || ||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  15970461 atacgggtacta--tttgtaaatt-aaaattagatttgagaaaagtaatttaatcgtgcccttgtgtgttgccc-ttctagttggtggtggttgttgtct 15970366  T
Q  917 ctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15970365 ctcactaa--gtccttgtgacttattcttttattttcta 15970329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 619 - 946
Target Start/End: Original strand, 27683989 - 27684309
Alignment:
Q  619 ttttatattctatttggatttgattatctcgattcctttt-cattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacg 717  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||  |||||  |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| || | |||    
T  27683989 ttttatattctatttggaattgattatttcgattcctttttcattatacgcgattc-tatattttctttaa-gttgtggatttgggttcacttccttacg 27684086  T
Q  718 acattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnna 817  Q
    |||||| |||||| ||||| | |||||||||||||| || |||| | |||||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||        |    
T  27684087 acattggaattttaatatacttttatttggtttgattaagttacgatgttttccgaattttcatggcacactcgattgtgagtttatcata---ttttta 27684183  T
Q  818 tacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtct- 916  Q
    ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||     
T  27684184 tacgggtactagctttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgctcttgtgtgtttccc-ttctagtcggtggtggttgttgtctc 27684281  T
Q  917 ctcactaaatttccttgtgacttactcttt 946  Q
    ||||||||   |||||||| ||||||||||    
T  27684282 ctcactaa--gtccttgtggcttactcttt 27684309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 619 - 941
Target Start/End: Original strand, 6952183 - 6952498
Alignment:
Q  619 ttttatattctatttggatttgattatctcgattcctttt-cattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacg 717  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||| | || ||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||    
T  6952183 ttttatattctatttaaatttgattatttcaattcctttttctttgtacgcaatttatatattttctttaaagttgtggatttgggttcacttctttacg 6952282  T
Q  718 acattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnna 817  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |        |    
T  6952283 acattagaattttgatatagtcttatttggtttgataaattcacaaagattttcgaattttcatggtacactttattgtgagtttattaca---ttttta 6952379  T
Q  818 tacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||| |||| || | |||||| || ||||||  |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || ||||| || || ||||||||||||||    
T  6952380 tacggttagtaactttgtaaatt-aaaatttgatttgagaaaaggaaat-aatcgtgcccttgtgtgttttcc-ttctacttagtggtggttgttgtctc 6952476  T
Q  918 tcactaaatttccttgtgacttac 941  Q
    |||||||   ||||||||||||||    
T  6952477 tcactaa--gtccttgtgacttac 6952498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 301 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 15970916 - 15970732
Alignment:
Q  301 ctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagc 400  Q
    |||||||| ||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||       ||||||||||||| ||     
T  15970916 ctatggaaaggccgtcattaagaggagagagctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatattttacactt-------agtcgagagaaaaaagt 15970824  T
Q  401 tatccgttagatggagcc-gccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccattt 491  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||    
T  15970823 tatcggttagatggagccagccctatggaaagaccaccattaggaggagagggctatcaacgagaagaatctagttctcgattcacccattt 15970732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 619 - 946
Target Start/End: Original strand, 27691308 - 27691628
Alignment:
Q  619 ttttatattctatttggatttgattatctcgattcctttt-cattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacg 717  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||  |||||  |||||||||||||| ||| ||||||||  ||||| || | |||    
T  27691308 ttttatattctatttggaattgattatttcgattcctttttcattatacgcgattc-tatattttctttaa-gttgtggatttgagttcacttccttacg 27691405  T
Q  718 acattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnna 817  Q
    |||||| |||||| ||||| | |||||||||||||| || |||  | |||||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||        |    
T  27691406 acattggaattttaatatacttttatttggtttgattaagttaagatgttttccgaattttcatggcacactcgattgtgagtttatcata---ttttta 27691502  T
Q  818 tacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtct- 916  Q
    ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||     
T  27691503 tacgggtactagctttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgctcttgtgtgtttccc-ttctagtcggtggtggttgttgtctc 27691600  T
Q  917 ctcactaaatttccttgtgacttactcttt 946  Q
    ||||||||   |||||||| ||||||||||    
T  27691601 ctcactaa--gtccttgtggcttactcttt 27691628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 375 - 533
Target Start/End: Original strand, 30129946 - 30130105
Alignment:
Q  375 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctag 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  30129946 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccacccctatggaaaggccaccattaggaggaga-ggctatcagcgagatggagctag 30130044  T
Q  474 ttctcgattcaccca-tttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| || |||   ||||||||||| ||| |||||||    
T  30130045 ttctcgattcacccattttgattatttttactaaatggagatttctatattttctttaaag 30130105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 375 - 501
Target Start/End: Original strand, 6951999 - 6952126
Alignment:
Q  375 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctag 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6951999 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagctggagtcgcctctatggaaaggccatcattatgaggagagggctatcaacgagatggagctag 6952098  T
Q  474 ttctcgattcacccatttgattattttc 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6952099 ttctcgattcacccatttgattattttc 6952126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 741 - 917
Target Start/End: Original strand, 33063205 - 33063373
Alignment:
Q  741 tatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagtt 840  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||    
T  33063205 tatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacactt---tgtgaatttattatattttt---atacagttactagccttgtaagtt 33063298  T
Q  841 aaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctc 917  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| || ||||| ||||| ||| ||||||||||    
T  33063299 aaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgcccatgcgtgttt-ccattctatttggtggtgattgttgtctc 33063373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 619 - 784
Target Start/End: Original strand, 17355375 - 17355540
Alignment:
Q  619 ttttatattctatttggatttgattatctcgattcctttt-cattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||  |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || | |||    
T  17355375 ttttatattctatttggatttgattatttcgattcctttttcattatacgcgattc-tatattttctttaaagttgtggatttgggttcacttccttacg 17355473  T
Q  718 acattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggt 784  Q
    |||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||| | |||||  |||||||||||||    
T  17355474 acattggaattttaatatacttttatttggtttgataaagttacgatgttttccgaattttcatggt 17355540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 375 - 503
Target Start/End: Original strand, 9814695 - 9814826
Alignment:
Q  375 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc--atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagcta 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || |  |  ||||||||||  |||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  9814695 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatgaagctaccactaagagaaaggccactcttagtaggaaagagctatcaacgagatggagcta 9814794  T
Q  473 gttctcgattcaccca-tttgattattttcac 503  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  9814795 gttctcgattcacctattttgattattttcac 9814826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 817 - 946
Target Start/End: Original strand, 17357670 - 17357796
Alignment:
Q  817 atacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtct 916  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||    
T  17357670 atacaggtactagctttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgcccttgtgtgttttcc-ttctagtcggtggtggttgttgtct 17357767  T
Q  917 -ctcactaaatttccttgtgacttactcttt 946  Q
     ||||||||   |||||||| ||||||||||    
T  17357768 cctcactaa--gtccttgtggcttactcttt 17357796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 851 - 924
Target Start/End: Original strand, 9815053 - 9815125
Alignment:
Q  851 tttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtct-ctcactaa 924  Q
    ||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9815053 tttgagaaaagaaaataa-tcgtgctcttgtgtgtttccctt-ctagttggtagtggttgttgtctgctcactaa 9815125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 41
Target Start/End: Original strand, 9822013 - 9822046
Alignment:
Q  8 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 41  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9822013 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 9822046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 25479097 - 25479064
Alignment:
Q  8 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 41  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25479097 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 25479064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 41
Target Start/End: Original strand, 33062385 - 33062415
Alignment:
Q  11 acgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 41  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33062385 acgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 33062415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Original strand, 18981876 - 18982299
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||| ||| || ||| |||| |||||||||||||||||  |||| ||| |||| |   ||||||||||||||||||    
T  18981876 taagtagtagatttttgattgagttttggtga-acgtatattgacataagtttcgttatgttccgaaatatgcttttagacatgtgttttaagaatggtg 18981974  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18981975 ttttgaagattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaa 18982074  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18982075 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaagctccctaattgaaaatgctttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 18982174  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18982175 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 18982274  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  18982275 ttagatttctatactttatttaaag 18982299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 4707389 - 4706965
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4707389 taagttgtggattttcgattgagttttgatgatacatattttgaaataagttttgttatgttgtgaaatatggttttagcattgtgttttaagaatggtg 4707290  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  4707289 ttttgaaaattatgattataatgacgacgacctaggtgtacctagtatgtgatttcaattaggtagagttaccccattagatggagccacccctatggaa 4707190  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4707189 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactgtctaattgaaactattttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 4707090  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  4707089 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactaaac 4706990  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  4706989 ttggatttctatactttatttaaag 4706965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 163 - 533
Target Start/End: Original strand, 15924446 - 15924816
Alignment:
Q  163 gttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatt 262  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15924446 gttatgttgtgaaatatggttttagcattgtgttttaagaatggtgttttgaaaattatggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatt 15924545  T
Q  263 tcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaa 362  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15924546 tcggttaggtagaattaccccattagatggagccgccactatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaa 15924645  T
Q  363 aatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacga 462  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15924646 aatattttacacattgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccaccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacga 15924745  T
Q  463 gatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15924746 gatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactaaagttggatttctatactttatttaaag 15924816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 109 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 26918027 - 26917610
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  26918027 taagtagtagattttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaataagtttcgttatgttgtgaaatatggtcttagcattgtgttttaagaatggtg 26917928  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  26917927 ttttaaaaattatggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttaccccgttggatggagccgccccgatggaa 26917828  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26917827 aggccaccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaacttcctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagatatccgtt 26917728  T
Q  409 agatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaa 507  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||    
T  26917727 agatggagtcgcccctatggaaaggccaccattaggaagagagtgctatcaacgagatgaagctagttctcgattcacccattagattattttcgctaaa 26917628  T
Q  508 gttagatttctatacttt 525  Q
    ||| ||||| ||||||||    
T  26917627 gttggatttttatacttt 26917610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 26341216 - 26340792
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |   ||||||||||||||||||    
T  26341216 taagtagtggattttcaattgagttttgatgatacctattttgacataagtttcgttatgttgcgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtg 26341117  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||| |||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  26341116 ttttgtaaatgacggttataaggacgacgacctgtgtgcacctagtatgtgattttggttaggtagagttactccgttaaatggagccgcccctatggaa 26341017  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaa-aatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgt 407  Q
     |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  26341016 aggccgccattaggaggaaagggctatcaatgagatgtaaactccctaaccgaataatgttttacactttgttttgagtttagagaaaagagctatccgt 26340917  T
Q  408 tagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaa 506  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  26340916 tagatggagccgcccctatggaaaggccaccatttggag--gagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactga 26340819  T
Q  507 agttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||    
T  26340818 agttggatttctatactttatttaaag 26340792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Original strand, 18982366 - 18982713
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18982366 ccatttcattaagcccgatttttatattctatt-ggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 18982464  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18982465 gggtttcacctcttgacgacattgaaattttgacatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaatttccatggtacacttgattgtgaa 18982564  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
     ||||||||        ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  18982565 cttattata---tttttatatagttactagccttgtaagttaaaaattcgatttgagaaaaataaat-aatcgtgcccttgggtgtttccc-ttctagtt 18982659  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    |||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||    
T  18982660 ggtagtggttgttgtctctcactaa--gtcctcgtgacttactcttttattttcta 18982713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 178; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 618 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 4706877 - 4706553
Alignment:
Q  618 tttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacg 717  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||     
T  4706877 tttttatattttatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttctatattttctttaaagttgtggatttgatttcacctcttgaca 4706778  T
Q  718 acattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnna 817  Q
    ||||||||||     ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||        |    
T  4706777 acattgaaat-----tatagtcttgtttggtttgataaatttacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtg-agttgttata---ttttta 4706687  T
Q  818 tacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  4706686 tacggttactagccttgtaaattaaaaattagatttgagaaaagtaact-aatcgtgctcttgtgtgtttccc-ttctagttggtggtgattgttgtctc 4706589  T
Q  918 tcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    |||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4706588 tcactaa--gtccctgtgacttactcttttattttcta 4706553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 26340725 - 26340377
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatatttt-ctttaaagttctggat 698  Q
    ||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    || ||| |||||||| |||||||||| | |||    
T  26340725 ccatttcattaaatccggttttcatattctatttggatttgattatttcgattcattttcattacc--cggtttctatatttttctttaaagttgttgat 26340628  T
Q  699 ttggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatgg--tacacttgattgt 796  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||    
T  26340627 ttggattcacctctt-acgacgttggaattttgatatattcttatttgatttgataaatttacaaagttttctgaattttcatggtatactcttgattgt 26340529  T
Q  797 gaatttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttcta 896  Q
    || |||||||||        ||   ||||||| | |||||| || ||||| |||||||||| ||  |||| |||| | | |||||||||||||| |||||    
T  26340528 gagtttattatattttttaaat--tgttactaactttgtaaatt-aaaatcatatttgagagaagaaaat-aatcatacacttgtgtgtttccc-ttcta 26340434  T
Q  897 gttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  26340433 gttggtggtggttgttgtctctcact--atgtccttgtgacttactcttctattttcta 26340377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 620 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 26917567 - 26917242
Alignment:
Q  620 tttatattctatttggatttgattatctcgattcctttt-cattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacga 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||    
T  26917567 tttatattctatttggatttgattatttcgattcctttttcattatacgcgatttctatattttctttaaagttgtggatttgggttcacttctttacga 26917468  T
Q  719 cattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnnat 818  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||  ||| |||  ||| ||| |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||        |     
T  26917467 cattggaattttggtatagtcttattt-gtttgtgaaactta-taagatttctgaattttcacggtacacttgtttgtgagtttattata---tttttac 26917373  T
Q  819 acagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctct 918  Q
    || |||| || | ||||||  | ||||||  ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||    
T  26917372 acggttagtaactttgtaa-atcaaaatttgatttgagaaaagtaaa-gaatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctag-tggtggtggttgttgtctct 26917277  T
Q  919 cactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||||||   ||||||| |||||||| || ||||||||    
T  26917276 cactaa--gtccttgtaacttactccttcattttcta 26917242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 726 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 28603234 - 28603016
Alignment:
Q  726 attttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnnatacagtta 825  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||        |||| | ||    
T  28603234 attttgatatacttttatttggtttgataaagttacaaagttttctgaattttcatggtacatttgatcgtgagtttatcata---tttttatacgggta 28603138  T
Q  826 ctagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaa 925  Q
     |||| |||||| || ||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||     
T  28603137 ttagctttgtaaatt-aaaattagatttgagaaaagtaact-aatcgtgctcttgtgtgtttccc-ttctagttggtggtgattgttgtctctcactaa- 28603042  T
Q  926 tttccttgtgacttactcttttatttt 952  Q
      ||| | |||||||||||||||||||    
T  28603041 -gtccctctgacttactcttttatttt 28603016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 600 - 917
Target Start/End: Original strand, 15924883 - 15925196
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattcc-ttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggat 698  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  15924883 ccatttcattaagtccgatttttacattctatttggatttgattatttcgattcctttttcactatatgcgatttctatattttctttaaaattgtggat 15924982  T
Q  699 ttggtttc--acctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgt 796  Q
    |||| |||     | || |||| |||| ||||| ||||| | |||||||  ||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||  ||||||||| |||     
T  15924983 ttgggttcttttttttttacgaaattggaatttcgatatggccttattt-atttgataaatttataaagatttctgaattttcacagtacacttgtttga 15925081  T
Q  797 gaatttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttcta 896  Q
    || |||||||||        |||| |||| || | |||||| || ||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  15925082 gagtttattata---tttttatacggttaataactttgtaaatt-aaaatttgatttgagaaaagtaaat-aatcgtgccgttgtgtgcttccc-ttcta 15925175  T
Q  897 gttggtagtggttgttgtctc 917  Q
    |||||| ||| ||||||||||    
T  15925176 gttggtggtgattgttgtctc 15925196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 224 - 418
Target Start/End: Original strand, 15256907 - 15257099
Alignment:
Q  224 ttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattggga 323  Q
    |||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||| ||| | || ||| ||| |||||   ||| ||||| || |||||| | || |||||||||| |||    
T  15256907 ttataattgcgatgacttaggtgtacctagtatgtcattacgatcagggagagttaccta-ttagatggatccacccctaagaaaaggccgccattagga 15257005  T
Q  324 ggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagcc 418  Q
    ||| |||| ||||||  | | ||||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| | |||||  |||||| |||||    
T  15257006 ggaaagggatatcaacaaaatgtaaactcc-taattgaaaatgttttacattgtattttgagtcgagagaaaaaatctatctattagatagagcc 15257099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0713 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0713
Description:

Target: scaffold0713; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 531
Target Start/End: Original strand, 243 - 664
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  243 taagtagtggattttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaataagttttgttatgttgtgaaatatggttttagcattgtgttttaagaatggtg 342  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  343 ttttgaaaattatggttataatgacgacgacctaggtacacctagtatgtgatttcaattaggcagaattaccccattagatggagccgcccctatggaa 442  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  443 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagatgtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 542  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||     
T  543 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaatgagatggagctagttctcgattcacccacttgattattttcaaaaaaa 642  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaa 531  Q
    || ||||| |||||||| |||||    
T  643 ttggattt-tatactttctttaa 664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0713; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 619 - 917
Target Start/End: Original strand, 681 - 972
Alignment:
Q  619 ttttatattctatttggatttgattatctcgattcctttt-cattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| || | |||    
T  681 ttttatattctatttggatttgattatttcgattcctttttcattatacgcgatt-atatattttctttaa-gttgtggatttgggttcacttccttacg 778  T
Q  718 acattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnna 817  Q
    |||||| |||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||| | |||||   ||||||||||| ||||| ||||||| | |||| |||        |    
T  779 acattggaattttaatatacttttatttggtttgataaagttacgatgttttcctaattttcatggcacactcgattgtg-agttatcata---ttttta 874  T
Q  818 tacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||    
T  875 tacgggtactagctttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagttggtggtggttgatgtctc 972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0713; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 109 - 245
Target Start/End: Original strand, 4379 - 4515
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4379 taagtagtggattttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaataagttttgttatgttgtgaaatatggttttagcattgtgttttaagaatggtg 4478  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggt 245  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4479 ttttgaaaattatggttataatgacgacgacctaggt 4515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 531
Target Start/End: Original strand, 28803015 - 28803437
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||| |||||||||| ||    
T  28803015 taagtagtagatcttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaacaagtttcgttatgttgtgatatatggttttagcactgtgatttaagaatgatg 28803114  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28803115 ttttgaaaattacggttataatggcgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttaccccgttagatggagccgcccctatggaa 28803214  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28803215 aagccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacacctttttttgagtcgagagaaaagagctatctgtt 28803314  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  28803315 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcattaaag 28803414  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaa 531  Q
    ||  |||||||||||||||||||    
T  28803415 ttgaatttctatactttatttaa 28803437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 127 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 36265108 - 36264736
Alignment:
Q  127 ttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgttttgaaaattacggtta 226  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||||||| || |||||  |||| |||||||| |   |||||||||| ||||  ||||||||||||||  |||    
T  36265108 ttgagttttgatga-acatatgttgatataagttttgtaatgttacgaaatatggttttagacatgtgttttaaaaatgaggttttgaaaattacaatta 36265010  T
Q  227 taatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggagga 326  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  36265009 taatgacgacgacctaggttcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttaccccgttagatagagccgcccctatggaaaggccgccattaggagga 36264910  T
Q  327 gagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-at 425  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  36264909 gagtgctatcaatgagaggtaaactttctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagttatccattagatggagccgcccctat 36264810  T
Q  426 ggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattatttt 500  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36264809 ggaa-ggtcaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagttagttctcgattcacccatttgattatttt 36264736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 167 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 44060706 - 44060341
Alignment:
Q  167 tgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaa 266  Q
    |||||||||| |||||||| |   |||||||| ||||  ||||||| |||||  |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44060706 tgttgtgaaagatggttttcgatatgtgttttgagaactgtgttttaaaaatcgcggttataa---cgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaa 44060610  T
Q  267 ttaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatg 366  Q
    ||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44060609 ttaggtagacttaccccattagatggagccgcccctatggaaaggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatg 44060510  T
Q  367 ttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagat 465  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44060509 ttttagattttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccctatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagat 44060410  T
Q  466 ggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||   || |||||||| ||| |||||||    
T  44060409 ggagctagttctcgattcacctattttgtttattttcactaaatggagttttctatattttctttaaag 44060341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 154 - 417
Target Start/End: Original strand, 22010734 - 22010996
Alignment:
Q  154 ataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg-ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcaccta 252  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |   ||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22010734 ataagtttcgttatgttgtgaaatatggttttagacatgtgttttaagaacgggccttttgaaaattacagttataatgatgacgacctaggtgcaccta 22010833  T
Q  253 gtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactc 352  Q
    |||||||||||| |||||| ||| |||| |  ||| |||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||| |||| | ||||| ||||||||    
T  22010834 gtatgtgatttcgattagg-agagttactca-ttagatggagccgcccctatggaaaggccaccagttggaggagaggcctattagtgagatgtaaactc 22010931  T
Q  353 cctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagc 417  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22010932 cctaattgaaaatgtgttacgttttgtttagagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagc 22010996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 376 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 36264703 - 36264587
Alignment:
Q  376 ttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagt 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36264703 ttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgctcctatggaaaggtcaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagt 36264604  T
Q  475 tctcgattcacccattt 491  Q
    |||||||||||||||||    
T  36264603 tctcgattcacccattt 36264587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 600 - 917
Target Start/End: Original strand, 28803505 - 28803815
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattcc-ttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggat 698  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||| |||||| |||||||| || |||||    
T  28803505 ccatttcattaagtccaatttttatactctatttggatttgattatttcgattcctttttcattatatgcgatttctatattctctttaaaattgtggat 28803604  T
Q  699 ttggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtga 798  Q
    |||| ||||  | || ||||||||| ||||||| | | | |||||||  ||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| ||| |||||| ||| ||    
T  28803605 ttgggttcatttttttacgacattggaattttggtttggccttattt-atttgataaatttataaagatttctgaattttcacggtgcacttgtttggga 28803703  T
Q  799 atttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagt 898  Q
     |||||||||        ||||  ||| || | ||||||  | ||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  28803704 gtttattata---tttttatacgtttaataactttgtaa--ttaaaatttgatttgagaaaagtaaat-aatcgtgcccttgtgtatttccc-ttctagt 28803796  T
Q  899 tggtagtggttgttgtctc 917  Q
    |||| ||| ||||||||||    
T  28803797 tggtggtgattgttgtctc 28803815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 669 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 36264422 - 36264288
Alignment:
Q  669 gatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttt 768  Q
    ||||| |||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||  |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  36264422 gatttctatattttctttatggttgtggatttgggttcacctctttacgacattgggatttcgatataatcttatttggtttgataaatttataaagttt 36264323  T
Q  769 tatgaattttcatg-gtacacttgattgtgaattt 802  Q
    | ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  36264322 tctgaattttcatgtatacacttgattgtgaattt 36264288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 194 - 417
Target Start/End: Original strand, 30943752 - 30943971
Alignment:
Q  194 gttttaagaatggtgttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatgga 293  Q
    ||||| |||||  |||||| | ||| ||| ||||||||| || ||| ||| |||| ||||||||||||  ||||||| |||| |||||| |||| ||| |    
T  30943752 gttttgagaattttgttttaagaatcacgattataatgatgatgacttagttgcatctagtatgtgatcacaattagatagagttaccc-gttaaatgaa 30943850  T
Q  294 gccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagaga 393  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||  ||||||| || ||||||  |||  |||||| |||  |||| ||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  30943851 gccgccc-tatggaaagaccgccattaagaggagatggttatcaacaagacttaaacttcct--ttgagaatgttttacgttttgttttgagtcgagaga 30943947  T
Q  394 aaagagctatccgttagatggagc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  30943948 aaagagctatccgttagatggagc 30943971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 677 - 806
Target Start/End: Complemental strand, 29467169 - 29467042
Alignment:
Q  677 tattttctttaaagttctggatttggttt-cacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaat 775  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| | ||||||| | ||||||| |||||||||||| || |||||| ||| |||  |||||||||    
T  29467169 tattttctttaaagttgtcgatttggttttcacctctttatgacattggacttttgat-tagtcttatttgattggataaatttataaa--tttatgaat 29467073  T
Q  776 tttcatggtacacttgattgtgaatttatta 806  Q
    || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  29467072 ttccatggtacacttgattgttgatttatta 29467042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 845 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 36264224 - 36264122
Alignment:
Q  845 attatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactct 944  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||    
T  36264224 attagatttgagaaaa-taaataa-tcgtgctcttgtgtgtttccctt-cttgttggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccctgtgacttactct 36264130  T
Q  945 tttatttt 952  Q
    ||||||||    
T  36264129 tttatttt 36264122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 868 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 44060127 - 44060071
Alignment:
Q  868 aatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtc-tctcactaa 924  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44060127 aatcgtgcccttgtgtgtttcc-tttctagttggtagtggttgttgtcttctcactaa 44060071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 299 - 417
Target Start/End: Original strand, 30944887 - 30945004
Alignment:
Q  299 ccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttg-agtcgagagaaaag 397  Q
    |||||||||| | ||||||||  ||||||| |||||||||  |||  |||||| |||  |||| ||||||||||  ||| ||||  ||||||||||||||    
T  30944887 ccctatggaaagaccgccattaagaggagatggctatcaacaagacttaaacttcct--ttgagaatgttttacgtttttttttttagtcgagagaaaag 30944984  T
Q  398 agctatccgttagatggagc 417  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  30944985 agctatctgttagatggagc 30945004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 36264675 - 36264614
Alignment:
Q  282 ccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgaga 343  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  36264675 ccgttagatggagccgctcctatggaaaggtcaccattaggaggagagggctatcaacgaga 36264614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 114 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 8387590 - 8387466
Alignment:
Q  114 agtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgttttg 213  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  ||||||| |||| |||||||| | |||||||| ||| |  ||||| |   |||||||| |||||  |||||||    
T  8387590 agtagattttcaattgagttttgattttacatattttgacataagttttgatatgttgtaaaagagtgttttagagatgtgttttcagaattttgttttg 8387491  T
Q  214 aaaattacggttataatgacgacga 238  Q
    ||||| |||| | |||||| |||||    
T  8387490 aaaatcacggatgtaatgatgacga 8387466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 407 - 456
Target Start/End: Original strand, 22010864 - 22010914
Alignment:
Q  407 ttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctat 456  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||    
T  22010864 ttagatggagccgcccctatggaaaggccaccagttggaggagaggcctat 22010914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 872 - 917
Target Start/End: Complemental strand, 29466983 - 29466938
Alignment:
Q  872 gtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctc 917  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||    
T  29466983 gtgcccttgtgtgtttcccttctaagttggtggtggttgttgtctc 29466938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Original strand, 42784945 - 42785368
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| | || |||||||||||||||||  |||| |||||||| |   ||||||||||||||||||    
T  42784945 taagtagtagattttcgattgagttttgatga-acgtatatcgacataagtttcgttatgttccgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtg 42785043  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  42785044 ttttgaagattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatggaa 42785143  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42785144 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactgtctaattgaaattgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 42785243  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42785244 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagaggactatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactaaag 42785343  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  42785344 ttggatttctatactttatttaaag 42785368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 110 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 5520209 - 5519787
Alignment:
Q  110 aagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgt 209  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||| ||||  ||||||| ||||||||| |||| |||||||| |   |||||||||||||||  ||    
T  5520209 aagtggtagattttcgattgagttttgatga-acgtatgttgatctaagttttgttatgttgcgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatgaggt 5520111  T
Q  210 tttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaag 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||     
T  5520110 tttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcgattaggtagagttactccattagatggagccgcccctatggaaa 5520011  T
Q  310 ggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtta 409  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5520010 ggccaccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactctctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtta 5519911  T
Q  410 gatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagt 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5519910 gatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactaaagt 5519811  T
Q  510 tagatttctatactttatttaaag 533  Q
    | |||||||||| |||||||||||    
T  5519810 tggatttctataatttatttaaag 5519787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 5519720 - 5519374
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  5519720 ccatttcattaagtccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttctatattttctttaaagttgtggatt 5519621  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5519620 tgatttcacctcttgaagacattgaaattctg--atagtcttatttggtttgataaatttacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgag 5519523  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  5519522 tttattata---tttttatacggttactagccttgtaaattaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctattt 5519428  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5519427 ggtggtgattgttgtctctcactaa--gtccctgtgacttactcttttattttcta 5519374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 221 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 27198935 - 27198631
Alignment:
Q  221 cggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||| | ||| ||||     
T  27198935 cggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtatagttaccccgttagatgaagccgcccctatggaaagaccgtcatta 27198836  T
Q  321 ggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgc 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27198835 ggaggagagggctatcaatgagaggtgaactccctagttgaaaatgttttacac--tattttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgc 27198738  T
Q  421 ccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttcaccaaagttagatttct 518  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||| |    
T  27198737 ccctatggaaagggcaccattaggaggagagggctatcaacgagatgaaactagttctcgattcacccattttgattattttcattaaagttggatttat 27198638  T
Q  519 atacttt 525  Q
     ||||||    
T  27198637 ttacttt 27198631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 222 - 491
Target Start/End: Original strand, 15598156 - 15598426
Alignment:
Q  222 ggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgg 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||| |||||| ||| ||||||||| |||||| | | |||||| |    
T  15598156 ggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtacgtgatttcaaataggaagagttactccgttagatgtagccgccccaatggaaagactgccattag 15598255  T
Q  322 gaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcc 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  15598256 gaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctgattaaaaatgttttacactttgtttttagtcgagagaaaagagctatctgttggatggagccgcc 15598355  T
Q  422 cc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccattt 491  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  15598356 cctatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatgaagctagttctcaattcacccattt 15598426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 618 - 955
Target Start/End: Original strand, 42785455 - 42785782
Alignment:
Q  618 tttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacg 717  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  42785455 tttttatattttatttggatttgattatctcgattcattttcattataatcgatttctatattttctttaaagttgtggatttgatttcacctcttgacg 42785554  T
Q  718 acattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnna 817  Q
    |||||||||||  |  |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||        |    
T  42785555 acattgaaattccg--atagtcttgtttggtttgataaatttacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtg-agttgttata---ttttta 42785648  T
Q  818 tacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctc 917  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  42785649 tacggttactagccttgtaaattaaaaattagatttgagaaaagtaact-aatcgtgctcttgtgtgtttccc-ttctagttggtggtgattgttgtctc 42785746  T
Q  918 tcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    |||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42785747 tcactaa--gtccctgtgacttactcttttattttcta 42785782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 614 - 782
Target Start/End: Original strand, 15598657 - 15598824
Alignment:
Q  614 ccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctctt 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  15598657 ccgatttttatattctatttggatttgattatttcgattccttt-cattatacgcgatttctatattttctttaaagttgtggatttggattcacctctt 15598755  T
Q  714 gacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatg 782  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||||||||||||||    
T  15598756 tacgacattgagattttgatatagtcttatttcgtttgataaatttaaaaggttttatgaattttcatg 15598824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 120 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 32745158 - 32744999
Alignment:
Q  120 ttttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgttttgaaaatt 219  Q
    |||||| || ||||||||||| || ||| |||| | | |||||||||||||| |||| |||||||| |   ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  32745158 ttttcgattaagttttgatga-acgtattttgatacatgtttcgttatgttgcgaaatatggttttagacatgtgtttgaagaatggggttttgaaaatt 32745060  T
Q  220 acggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattac 280  Q
     ||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  32745059 tcggttataatgacaacaacctagatgcaccttgtatgtgatttcggttaggtagagttac 32744999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 851 - 955
Target Start/End: Original strand, 15599016 - 15599116
Alignment:
Q  851 tttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttatt 950  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||    
T  15599016 tttgagaaaagtaaataa-tcgtgcccatgtgtgtttccctt-ctagttggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttactctttaatt 15599111  T
Q  951 ttcta 955  Q
    |||||    
T  15599112 ttcta 15599116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 614 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 27198541 - 27198353
Alignment:
Q  614 ccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctctt 713  Q
    |||||| |||||||||||| | |||||||||| | ||||||||| |||| ||  ||||||  ||||||  ||| || || | ||||||||||||  ||||    
T  27198541 ccgattcttatattctatt-gaatttgattattttgattcctttccattttacccgattttcatatttcttttgaaattgttgatttggtttcatttctt 27198443  T
Q  714 gacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatg-gtacacttgattgtgaattt 802  Q
     |  |||||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||  ||| |||| ||||||||||    
T  27198442 caaaacattcgaattttgatatagtcatatttggtttaataaatttacaaagttttctgaattttcatgtatactcttggttgtgaattt 27198353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 367 - 490
Target Start/End: Original strand, 15598460 - 15598585
Alignment:
Q  367 ttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc--atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgaga 464  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||  || |  | |||| | ||||  |||| |||| || |||||||||||||    
T  15598460 ttttacactttgttttgagtcgagggaaaagagccatctgttagacggagctaccactaagggaatgtccactcttagtaggaaagagctatcaacgaga 15598559  T
Q  465 tggagctagttctcgattcacccatt 490  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    
T  15598560 tggagctagttctcgattcatccatt 15598585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 111 - 183
Target Start/End: Original strand, 15598087 - 15598159
Alignment:
Q  111 agtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggtt 183  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||    
T  15598087 agtagtagattttcaattgagttttgatgatacgtattttgaaacaagtttcattatgttatgaaatatggtt 15598159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 321; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 809408 - 808984
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||| |||| |||||||||||||||||  |||| |||| ||| |   ||||||||||||||||||    
T  809408 taagtagtagattttcgattgagttttgatgaatcgtatattgacataagtttcgttatgttccgaaatatggatttagacatgtgttttaagaatggtg 809309  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  809308 ttttgaagattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatggaa 809209  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  809208 aggctgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactctctaattgaaattgttttacaccttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 809109  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  809108 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactaaag 809009  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  809008 ttggatttctatactttatttaaag 808984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Original strand, 44323534 - 44323957
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| || ||| |||| |||| |||| ||||||| ||||| |||||||| |   ||||||||||||||||||    
T  44323534 taagtagtagactttcgattgtgttttgatga-acctatattgacataaatttcattatgttctgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtg 44323632  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  44323633 ttttgaaaattactgttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatggaa 44323732  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44323733 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactctctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 44323832  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  44323833 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactaaac 44323932  T
Q  509 ttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    || ||||||||||||||||||||||    
T  44323933 ttggatttctatactttatttaaag 44323957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 109 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 39155397 - 39154990
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  39155397 taagtaatagatcttcgattgagttttgatgaaacgtattttgaaacaagtttcgttatgttgtgatatatggttttagcattgtggtttaagaatgatg 39155298  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  39155297 ttttgaaaattacggttataatggcgtcgacctaggtgcacctagtatgtgttttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatggaa 39155198  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39155197 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagtggtaaactctctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 39155098  T
Q  409 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaag 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||    
T  39155097 agatggagccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgactattttcaataaag 39154998  T
Q  509 ttagattt 516  Q
    || |||||    
T  39154997 ttggattt 39154990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 123 - 491
Target Start/End: Original strand, 10415318 - 10415684
Alignment:
Q  123 tcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtgttttgaaaattacg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415318 tcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgt---gaaatatggctttggaattgtgttttaagaatggtgttttgaaaattacg 10415414  T
Q  223 gttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattggg 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||    
T  10415415 gttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttactccgttagatggagccacccctatggaaaggccgccattagg 10415514  T
Q  323 aggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccc 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415515 aggagagggctatcaatgagaggtaaactacctaattgaagatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccc 10415614  T
Q  423 c-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccattt 491  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415615 ctatggaaaggccaccattaggagaagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccattt 10415684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 215 - 533
Target Start/End: Original strand, 45331561 - 45331879
Alignment:
Q  215 aaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccg 314  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||     
T  45331561 aaattacggttataaagacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttagatggagccgcccctatggaaaggcct 45331660  T
Q  315 ccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatgg 414  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45331661 ccattaggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatgg 45331760  T
Q  415 agccgccccatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagat 514  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45331761 agtcgccccatggaaatgccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagat 45331860  T
Q  515 ttctatactttatttaaag 533  Q
    || ||||||||||||||||    
T  45331861 ttttatactttatttaaag 45331879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 234 - 533
Target Start/End: Original strand, 2587735 - 2588033
Alignment:
Q  234 gacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggct 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  2587735 gacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccctgttagatggagccgcccctatggaaaggccgccattagaaggagagggct 2587834  T
Q  334 atcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 433  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2587835 atcaatgcgaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 2587934  T
Q  434 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2587935 caccattaggaggagagggctatcaacgaga-ggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 2588033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Original strand, 4696080 - 4696505
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||| || |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  4696080 taagtagtatatcttcgattgagttttgatgatacgtattttgaaataagtttcgttatgttgtaatatatggttttagcattgtgatttaagaatgatg 4696179  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4696180 ttttgaaaattatggttataatggcgacggcttaggtgcacctagtatgtgaattcaattaggtatagttaccccgttagatggagccgcccctatggaa 4696279  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgtt 408  Q
     ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  4696280 aggccgtcattaggaggagagggctatcaataagaggtaaactccctaatttaaaatgttttacac-ttgttttgagtcgagagaaaagatctacccgtt 4696378  T
Q  409 agatggagccgccc-catggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttcaccaa 506  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  4696379 agatggagccgcccatatggaaaggacaccattaggaggatagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccattttgattatttttactaa 4696478  T
Q  507 agttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |   || |||||||| ||| |||||||    
T  4696479 atggagttttctatattttctttaaag 4696505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 234 - 516
Target Start/End: Original strand, 31713523 - 31713805
Alignment:
Q  234 gacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggct 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  31713523 gacgacctaggtgcacctagtatgtgttttcaattaggtagagttaccccattagatggagccgcccctatggaaaggccgccattaggaggagagggct 31713622  T
Q  334 atcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 433  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31713623 atcaatgagtggtaaactctctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccccatggaaaggc 31713722  T
Q  434 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaaagttagattt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||||    
T  31713723 caccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgactattttcaataaagttggattt 31713805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 224 - 502
Target Start/End: Original strand, 4405473 - 4405753
Alignment:
Q  224 ttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattggga 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  4405473 ttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagagttaccccgttagatggagccgcccctatggaaaggccgccattagga 4405572  T
Q  324 ggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4405573 ggagagggctatcaatgagaggtaaactgcttaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttaaatggagccgcccc 4405672  T
Q  424 -atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttca 502  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4405673 tatgggaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccattttgattattttca 4405753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 109 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 9312041 - 9311649
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttgg-cattgtgttttaagaatggt 207  Q
    |||||||||||| |||   ||||||||||||||||| |  |||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  9312041 taagtagtagatattccactgagttttgatgatacacaatttgacataagttttgttatgttgcgaaatatggttttagacattgtgttttaagaatggt 9311942  T
Q  208 gttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatgga 307  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| |||||    
T  9311941 -ttttgaaaattacggttataatgatgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcgattaggtagagttactccattagatggagccgccccaatgga 9311843  T
Q  308 agggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgt 407  Q
    | |||  ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9311842 aaggcatccattaggaggagagagctatcaacgagatgtaaactccctaattgaaaatg-tttacgctttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgt 9311744  T
Q  408 tagatggagccgcccc-atg-gaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattatttt 500  Q
    |||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9311743 tagatggagccgcccctatgaaaaatgccaccatta-gaggagagggctatcaacgagatgaagctagttctcgattcacccattttgattatttt 9311649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 600 - 946
Target Start/End: Original strand, 44324024 - 44324361
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  44324024 ccatttcattaagtccgacttttatattctatttggatttgattatctcgatttcttttcattataatcgatttctatattttctttaaagttgtggatt 44324123  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44324124 tgatttcacctcttgacgacattgaaattctg--atagtcttatttggtttgataaatttacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgag 44324221  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||| |||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  44324222 tttattata---tttttatacggttactagtcttgtaaattaaaaattagatttgagaagaataaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtt 44324316  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttt 946  Q
    ||| |||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||    
T  44324317 ggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgcgacttactcttt 44324361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 669 - 955
Target Start/End: Original strand, 45332676 - 45332955
Alignment:
Q  669 gatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttt 768  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45332676 gatttatatattttctttaaagttgtggatttggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttt 45332775  T
Q  769 tatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataa 868  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |    
T  45332776 tatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattata---tttttatacagttactagccttgtaagttaaaaattagatttgagaaaagtaaat-a 45332871  T
Q  869 atcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||    
T  45332872 atcgttcccttgtgtgtttccc-ttctagttggtagtggttgttgtctctcactaa--gtcctcgtgacttactcttttattttcta 45332955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 109 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 15001456 - 15001066
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||||| ||||  || ||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||||| |||||| ||| ||||     ||| ||||||||||| ||    
T  15001456 taagtagtagactttcaatttagttttgatga-acgtattttgatataagtttggttatgtggtgaaatatgattttaaacgtgtattttaagaatgatg 15001358  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  15001357 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagcat--------aattaggtagagttactccgttagatggagccgcccctatggaa 15001266  T
Q  309 gggccgccattgggaggag---agggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatcc 405  Q
     |||||||||| |||||||   || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15001265 aggccgccattaggaggaggagagcgctatcaatgagaggtaaactccccaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatcc 15001166  T
Q  406 gttagatggagccgccc-catgg-aaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttca 502  Q
    |||||||||||| ||||  |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  15001165 gttagatggagctgcccttatggaaaaggccaccattaggtggaga-ggctatctacgagatggagttagttctggattcacccattttgtttattttca 15001067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 330 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 26894947 - 26894773
Alignment:
Q  330 ggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccca-tgga 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  26894947 ggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttattttgagtcgagagaaaagagctatccgttatatggagccgccccattgga 26894848  T
Q  429 aaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttca 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26894847 aaggccaccattaggaggagagggctattaacgagatggagcttgttctcgattcacccattttgattattttca 26894773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 330 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 26900386 - 26900212
Alignment:
Q  330 ggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccca-tgga 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  26900386 ggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttattttgagtcgagagaaaagagctatccgttatatggagccgccccattgga 26900287  T
Q  429 aaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttca 502  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26900286 aaggccaccattaggaggagagggctattaacgagatggagcttgttctcgattcacccattttgattattttca 26900212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 114; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 619 - 946
Target Start/End: Original strand, 31713836 - 31714156
Alignment:
Q  619 ttttatattctatttggatttgattatctcgattcctttt-cattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||  |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| || | ||     
T  31713836 ttttatattctatttggatttgattatttcgattcctttttcattatacgcgattc-tatattttctttaa-gttgtggatttgggttcacttccttaca 31713933  T
Q  718 acattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnna 817  Q
    |||||| |||||| ||||| | |||||||||||||| || |||| | |||||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||        |    
T  31713934 acattggaattttaatatacttttatttggtttgattaagttacgatgttttccgaattttcatggcacactcgattgtgagtttatcata---ttttta 31714030  T
Q  818 tacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtct- 916  Q
    ||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||     
T  31714031 tacgggtactagctttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagtcggtggtggttgttgtctc 31714128  T
Q  917 ctcactaaatttccttgtgacttactcttt 946  Q
    ||||||||   |||||||| ||||||||||    
T  31714129 ctcactaa--gtccttgtggcttactcttt 31714156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 619 - 946
Target Start/End: Complemental strand, 39154959 - 39154638
Alignment:
Q  619 ttttatattctatttggatttgattatctcgattcc-ttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacctcttgacg 717  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||  ||| || |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| || | |||    
T  39154959 ttttatattctatttggaattgattatttcgattcctttttcattatacgcga-ttctatattttcttt-aagttgtggatttgggttcacttccttacg 39154862  T
Q  718 acattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaag-ttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnnnnnn 816  Q
    |||||| |||||| ||||| | |||||||||||||| || |||| | | ||||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||            
T  39154861 acattggaattttaatatacttttatttggtttgattaagttacgatgtttttccgaattttcatggcacactcgattgtgagtttatcata---ttttt 39154765  T
Q  817 atacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtct 916  Q
    |||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||    
T  39154764 atacgggtactagctttgtaagttaaaaattagatttgagaaaaataaat-aatcgtgctcttgtgtgtttccc-ttctagtcggtggtggttgttgtct 39154667  T
Q  917 -ctcactaaatttccttgtgacttactcttt 946  Q
     ||||||||   |||||||| ||||||||||    
T  39154666 cctcactaa--gtccttgtggcttactcttt 39154638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 600 - 706
Target Start/End: Original strand, 2588100 - 2588206
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2588100 ccatttcattaagcccaatttttatattctatttggatttgattatcttgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttgtggatt 2588199  T
Q  700 tggtttc 706  Q
    | |||||    
T  2588200 tagtttc 2588206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 808917 - 808580
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||| ||||||||||||||| || ||||||    
T  808917 ccatttcattaagtccgacttttatattctatttggatttgattatctcgattctttttcattatacgcggtttctatattttctttaaaattgtggatt 808818  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaa 799  Q
    ||| ||||  | ||  |||||||| |||| || ||| | |||||||  ||||||        |||| ||| |||||||||| |||||||||| ||| ||     
T  808817 tgggttca-tttttttcgacattggaattgtggtatggccttattt-atttgat--------aaagatttctgaattttcacggtacacttgtttgggag 808728  T
Q  800 tttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagtt 899  Q
    |||||||||        |||| |||| ||   |||||| || ||||||| ||||||||||| ||| | |||||||| |||||| |||||||  |||||||    
T  808727 tttattata---tttttatacggttaataattttgtaaatt-aaaattagatttgagaaaagtaact-aatcgtgctcttgtgggtttccc-ctctagtt 808634  T
Q  900 ggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  808633 ggtggtgattgttgtctctcactaa--gtccctgtgacttactcttttattttcta 808580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 73; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 402 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 9311484 - 9311380
Alignment:
Q  402 atccgttagatggagccgcccc-atggaaa-ggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattatt 498  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  9311484 atccgttagatggagccgcccctatggaaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcatccattttgtttatt 9311385  T
Q  499 ttcac 503  Q
    |||||    
T  9311384 ttcac 9311380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 375 - 533
Target Start/End: Original strand, 4405785 - 4405946
Alignment:
Q  375 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc--atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagcta 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  || |  | |||||||||||  |||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  4405785 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatgaagctaccactaagggaaaggccactcttagtaggaaagagctatcaacgagatggagcta 4405884  T
Q  473 gttctcgattcacccattt-gattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||   || |||||||||||  |||||||    
T  4405885 gttctcgattcacccatttcgattactttcactaaatggagttttctatacttgctttaaag 4405946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 600 - 673
Target Start/End: Original strand, 45331946 - 45332019
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgattt 673  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45331946 ccatttcattaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgattt 45332019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 405 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 9311614 - 9311516
Alignment:
Q  405 cgttagatggagccgcccc-atggaaa-ggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattatttt 500  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  9311614 cgttagatggagccgcccctatggaaaaggccaccattaggaggaaagggctatcaacaagatggagctagttctcaattcacccattttgattatttt 9311516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 375 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 26894741 - 26894582
Alignment:
Q  375 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc--atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagcta 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||  || |  |  ||||||||||  |||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  26894741 tttgttttgagtcgagagaaaagagttatctgttagatgaagctaccactaagagaaaggccactcttagcaggaaagagctatcaacgagatggagcta 26894642  T
Q  473 gttctcgattcaccca-tttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaa 531  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||   || |||||||||||| |||||    
T  26894641 gttctcgattcacccattttgattagtttcactaaatggagttttctatactttctttaa 26894582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 375 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 26900180 - 26900021
Alignment:
Q  375 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc--atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagcta 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||  || |  |  ||||||||||  |||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  26900180 tttgttttgagtcgagagaaaagagttatctgttagatgaagctaccactaagagaaaggccactcttagcaggaaagagctatcaacgagatggagcta 26900081  T
Q  473 gttctcgattcaccca-tttgattattttcaccaaagttagatttctatactttatttaa 531  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||   || |||||||||||| |||||    
T  26900080 gttctcgattcacccattttgattagtttcactaaatggagttttctatactttctttaa 26900021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 845 - 924
Target Start/End: Original strand, 4406347 - 4406425
Alignment:
Q  845 attatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtc-tctcactaa 924  Q
    |||| ||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4406347 attagatttgagaaaaataactat-tcgtgccattgtgtgtttccctt-ctagttggtagtggttgttgtcttctcactaa 4406425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 872 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 9311131 - 9311079
Alignment:
Q  872 gtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtc-tctcactaa 924  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9311131 gtgcccttgtgtgtttccctt-ctagttggtagtggttgttgtcttctcactaa 9311079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 9311482 - 9311420
Alignment:
Q  282 ccgttacatggagccgcccctatgg-aagggccgccattgggaggagagggctatcaatgaga 343  Q
    |||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  9311482 ccgttagatggagccgcccctatggaaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgaga 9311420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 41
Target Start/End: Complemental strand, 15001539 - 15001506
Alignment:
Q  8 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 41  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15001539 gaaacgtggttttgaaatatgcgtctttgaaagg 15001506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 282 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 26894873 - 26894820
Alignment:
Q  282 ccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctat 335  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||| |||| ||||| |||||||||||||||    
T  26894873 ccgttatatggagccgccccattggaaaggccaccattaggaggagagggctat 26894820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 282 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 26900312 - 26900259
Alignment:
Q  282 ccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctat 335  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||| |||| ||||| |||||||||||||||    
T  26900312 ccgttatatggagccgccccattggaaaggccaccattaggaggagagggctat 26900259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0438 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 4)
Name: scaffold0438
Description:

Target: scaffold0438; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 8396 - 7970
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||| |   ||||||||||||||||||    
T  8396 taagtagtggattttcaattgagttttgatgatacctattttgacataagtttccttatgttgcgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtg 8297  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  8296 ttttgtaaatgacggttataaggacgacgacctaggtgcacctagtatgtgattttggttaggtagagttactccgttagacggagccgcccctatggaa 8197  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaa-aatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgt 407  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8196 aggccgccattaggaggagagggctatcaatgagatgtaaactccctaaccgaataatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgt 8097  T
Q  408 tagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaa 506  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |    
T  8096 tagatggagccgcccctatggaaaggccaccatttggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaaccatttgattattttcactga 7997  T
Q  507 agttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||| || |||||||||||||||||||    
T  7996 agttggagttctatactttatttaaag 7970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0438; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 109 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 11377 - 10953
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |   ||||||||||||||||||    
T  11377 taagtagtggattttcaattgagttttgatgatacctattttgacataagtttcgttatgttgcgaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtg 11278  T
Q  209 ttttgaaaattacggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaa 308  Q
    ||||| |||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||   ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  11277 ttttgtaaatgacggttataaggacgacgacctgtgtgcacctagtatgtgattttggttaggtagagttactccgttaaatggagccgcccctatggaa 11178  T
Q  309 gggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaa-aatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgt 407  Q
     |||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  11177 aggccgccattaggaggaaagggctatcaatgagatgtaaactccctaaccgaataatgttttacactttgttttgagtttagagaaaagagctatccgt 11078  T
Q  408 tagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcaccaa 506  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  11077 tagatggagccgcccctatggaaaggccaccatttggag--gagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccatttgattattttcactga 10980  T
Q  507 agttagatttctatactttatttaaag 533  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||    
T  10979 agttggatttctatactttatttaaag 10953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0438; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 7902 - 7553
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatt 699  Q
    ||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||  |  ||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  7902 ccatttcattaaatccggttttcatattctatttggatttgattatttcgattcattttcatcatacccagtttctatattttctttaaagttgttgatt 7803  T
Q  700 tggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatggtaca--cttgattgtg 797  Q
    ||| |||||||||| || |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  7802 tggattcacctctt-accacattggaattttgatatattcttatttgatttgataaatttacaaagttttctgaattttcatggtatattcttgattgtg 7704  T
Q  798 aatttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctag 897  Q
    | |||||||||        ||   ||||||| | |||||| || ||||| |||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  7703 agtttattatatttttaaaat--tgttactaactttgtaaatt-aaaatcatatttgagaaaagaaaat-aatcgtacccttgtgtgtttccc-ttctag 7609  T
Q  898 ttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||  || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  7608 ttggtggtggttgttgtctctccct--atgtccttgtgacttactcttctattttcta 7553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0438; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 600 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 10886 - 10538
Alignment:
Q  600 ccatttcatgaagcccgatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatatttt-ctttaaagttctggat 698  Q
    ||||||||| ||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    || ||| |||||||| |||||||||| | |||    
T  10886 ccatttcattaaatccggttttcatattctatttggatttgattatttcgattcattttcattacc--cggtttctatatttttctttaaagttgttgat 10789  T
Q  699 ttggtttcacctcttgacgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaagttttatgaattttcatgg--tacacttgattgt 796  Q
    |||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||    
T  10788 ttggattcacctctt-acgacgttggaattttgatatattcttatttgatttgataaatttacaaagttttctgaattttcatggtatactcttgattgt 10690  T
Q  797 gaatttattatannnnnnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttcta 896  Q
    || |||||||||        ||   ||||||| | |||||| || ||||| |||||||||| ||  |||| |||| | | |||||||||||||| |||||    
T  10689 gagtttattatattttttaaat--tgttactaactttgtaaatt-aaaatcatatttgagagaagaaaat-aatcatacacttgtgtgtttccc-ttcta 10595  T
Q  897 gttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  10594 gttggtggtggttgttgtctctcact--atgtccttgtgacttactcttctattttcta 10538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 181; Significance: 3e-97; HSPs: 4)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 191 - 503
Target Start/End: Original strand, 60019 - 60334
Alignment:
Q  191 tgtgttttaagaatggtgttttgaaaatt-acggttataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttaca 289  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||  ||| |    
T  60019 tgtgtttaaagaatggtgttttgaaaaatcataattataatgacgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcgattagggagagttaccca-ttaga 60117  T
Q  290 tggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaa-ttgaaaatgttttacactttgttttgagtcg 388  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||| || | |    
T  60118 tggagccgcccctatgggaaggccaccattaggaggagagggctatcaatgagacgtaaactccccaaattgaaaatgtttgacagtttgtttcgaattg 60217  T
Q  389 agagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccc 487  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  60218 agagaaaagagctatctgttagatggagccgcccctatggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccc 60317  T
Q  488 -atttgattattttcac 503  Q
      ||||||| |||||||    
T  60318 gttttgattgttttcac 60334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 616 - 946
Target Start/End: Original strand, 60505 - 60830
Alignment:
Q  616 gatttttatattctatttggatttgattatctcgattccttttcattataatcgatttatatattttctttaaagttctggatttggtttcacc-tcttg 714  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||  |||||||||||||||||  |||||||| |||||| | ||     
T  60505 gattgttatattctatttggatttgattatttcgattccttttcattatgcttgatttcgatattttctttaaagttgcggatttggattcacctttttt 60604  T
Q  715 acgacattgaaattttgatatagtcttatttggtttgataaaattacaaag--ttttatgaattttcatggtacacttgattgtgaatttattatannnn 812  Q
    ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||| |||||||||||  ||||||||| |||| ||||| |||        
T  60605 acgacatttgtattttgatatagtcttatttggtttgataaaactaccaagttttttacgaattttcatgagacacttgatcgtgagtttataata---t 60701  T
Q  813 nnnnatacagttactagccttgtaagttaaaaattatatttgagaaaaataaataaatcgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgtt 912  Q
        |||| | ||||||| |||||| || || |||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  60702 ttttatacgggtactagctttgtaaatt-aatattagatttgagaaaagt-aattaatcgtgcccttgtgtgtttccc-ttctagttggtggtggttgtt 60798  T
Q  913 gtctctcactaaatttccttgtgacttactcttt 946  Q
    ||||||||||||   |||||| ||||||||||||    
T  60799 gtctctcactaa--gtccttgcgacttactcttt 60830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 375 - 491
Target Start/End: Original strand, 60367 - 60484
Alignment:
Q  375 tttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcccc-atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctag 473  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  60367 tttgttttgagtcaagagaaaagggctatccgttagatggagccgcccttatgggaaggccacctttaggaggagagggctatcaacgagatggagctag 60466  T
Q  474 ttctcgattcacccattt 491  Q
    |||| |||||||||||||    
T  60467 ttcttgattcacccattt 60484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 282 - 343
Target Start/End: Original strand, 60396 - 60457
Alignment:
Q  282 ccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgaga 343  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| | |||| || || |||||||||||||||||| ||||    
T  60396 ccgttagatggagccgcccttatgggaaggccacctttaggaggagagggctatcaacgaga 60457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 107; Significance: 4e-53; HSPs: 8)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 235 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 413513 - 413255
Alignment:
Q  235 acgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggcta 334  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||||||   ||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  413513 acgacctaggcacacctagtatttgattttggttaggtagagttattccgttagatggagccgcccctatggaaagaccgccattaggaggagagggcta 413414  T
Q  335 tcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcc-ccatg-gaaagg 432  Q
    ||||  | | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |  || | ||| ||||||    
T  413413 tcaaacaaatgtaaactctctaattgaaaatgttttacaatttgttttgagtcgagagaaaagatctatctgttagatggaactaccactatgagaaagg 413314  T
Q  433 ccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcacccattt 491  Q
    ||||   ||| |||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  413313 ccactcatagtaggaaagaactatcaatgagatggagctagttctcgattcactcattt 413255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 233 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 424897 - 424624
Alignment:
Q  233 cgacgacctaggtgcacctagtatgtgatttcaattaggtagaattaccccgttacatggagccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggc 332  Q
    ||||||||||||  || ||||||| |||||||  ||||||||| |||  ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||    
T  424897 cgacgacctaggcacatctagtatttgatttcggttaggtagagttattccgatagatggagccgcccctatggaaaggccgccattaggtggagagagc 424798  T
Q  333 tatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttacactttgttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgcc-ccatg-gaaa 430  Q
    ||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||  || | ||| ||||    
T  424797 tatcaaacagatgtaaactctctaattgaaaatgttttacaatttgttttgagtagagagaaaagagttatctgttagatggagctaccactatgagaaa 424698  T
Q  431 ggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttcac 503  Q
    |||||    ||| |||| ||  |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||    
T  424697 ggccattcatagtaggaaagaactatcaacgagatggagcaagttcacgattcacccattttggttattttcac 424624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 879 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 406944 - 406871
Alignment:
Q  879 tgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  406944 tgtgtgtttcccttt-tagttggtggtggttgttgtctctcactaa--gtccttgtgacttaatcttttattttcta 406871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 295 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 407403 - 407326
Alignment:
Q  295 ccgcccctatggaagggccgccattgggaggagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaatgttttac 372  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  407403 ccgcccctatggaaaggccgccattaggtggagagagctatcaaacagatgtaaactctctaattgaaaatgttttac 407326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 872 - 952
Target Start/End: Complemental strand, 424326 - 424249
Alignment:
Q  872 gtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttatttt 952  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||    
T  424326 gtgcccttgtgcgtttcccttt-tagttgatggtggttgttgtctctcacta--tgtccttgtgacttaatcttttatttt 424249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 109 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 413623 - 413547
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggtttt 185  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||| |||| | ||||| ||||||||    
T  413623 taagtagtagattttcaattgagttttgatggtacatattttgacataagtttcgatatgatttgaaatatggtttt 413547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 871 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 412955 - 412874
Alignment:
Q  871 cgtgcccttgtgtgtttccctttctagttggtagtggttgttgtctctcactaaatttccttgtgacttactcttttattttcta 955  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  412955 cgtgcccttgtgtgtttcccttt-tagttagtggtagttgttgtctctcattaaga--ccttgtgacttaatcttttattttcta 412874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 453 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 407292 - 407241
Alignment:
Q  453 ctatcaacgagatggagctagttctcgattcaccca-tttgattattttcac 503  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  407292 ctatcaacgagatggagcaagttctcgattcacccattttaattattttcac 407241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0654 (Bit Score: 59; Significance: 2e-24; HSPs: 2)
Name: scaffold0654
Description:

Target: scaffold0654; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 109 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 4426 - 4308
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||| |   ||||||||||||||||||    
T  4426 taagtagtaaattttcaattgacttttgatgatacatattttgacataaatttcgttatgttgtaaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtg 4327  T
Q  209 ttttgaaaattacggttat 227  Q
    ||||||||| ||| |||||    
T  4326 ttttgaaaactacagttat 4308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0654; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 109 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 5780 - 5662
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||| |   ||||||||||||||||||    
T  5780 taagtagtaaattttcaattgacttttgatgatacatattttgacataaatttcgttatgttgtaaaatatggttttagacatgtgttttaagaatggtg 5681  T
Q  209 ttttgaaaattacggttat 227  Q
    ||||||||| ||| |||||    
T  5680 ttttgaaaactacagttat 5662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 115730 - 115628
Alignment:
Q  109 taagtagtagattttcggttgagttttgatgatacatatcttgaaataagtttcgttatgttgtgaaacatggttttggcattgtgttttaagaatggtg 208  Q
    ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||| || | |||| |||||||||||||  ||| |||||||| |   ||| ||||||||||||||    
T  115730 taagtagtaaattttcaattgagttttgatgatacctattttcacataaatttcgttatgttgcaaaatatggttttagacatgtattttaagaatggtg 115631  T
Q  209 ttt 211  Q
    |||    
T  115630 ttt 115628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 183318 - 183170
Alignment:
Q  325 gagagggctatcaatgagaggtaaactccctaattgaaaa-tgttttacacttt-gttttgagtcgagagaaaagagctatccgttagatggagccgccc 422  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| || ||| |||||||| | ||||||  ||| |||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||  ||     
T  183318 gagagagctatcaatgagatgtaagcttcctcattgaaaaatattttacgtttttgttttgagtcgagagaaaagagttatttgttaggtggagctacca 183219  T
Q  423 c--atggaaaggccaccattaggaggagagggctatcaacgagatggag 469  Q
    |  | ||||||| |||  ||||||| | || ||||||||||||||||||    
T  183218 ctaaaggaaaggtcactcttaggagaaaagagctatcaacgagatggag 183170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University