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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4381_low_28 (Length: 404)
Name: NF4381_low_28
Description: NF4381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4381_low_28 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 17993050 - 17992670
Alignment:
| Q |
18 |
aaaaccgtgtttcaaagccagttcaaagaaattatacataataaatagaagccaaatatatattatcttccttaagttaaatgtgttatagagaaaagat |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17993050 |
aaaaccgtgtttcaaagccagttcaaagaaattatacataataaatagaagccaaatatatattatcttccttaagttaaatgtgttatagagaaaagat |
17992951 |
T |
|
| Q |
118 |
atatgtttaggtcattgcatgttgaaacaatttgattttcattatattaatttgttattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgt |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17992950 |
atatgtttaggtcattgcatgttgaaacaatttgattttcattatattaatttgttattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgt |
17992851 |
T |
|
| Q |
218 |
atttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacat |
317 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17992850 |
atttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacat |
17992751 |
T |
|
| Q |
318 |
gttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttggaatataatgatgatgtc |
398 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
17992750 |
gttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttggaatataatgatggtgtc |
17992670 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 138; Significance: 5e-72; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 173 - 390
Target Start/End: Original strand, 25074372 - 25074589
Alignment:
| Q |
173 |
tattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
272 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25074372 |
tattatatatcaagacatatatgtgattattattctaatgcatgtatttaaatatttatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
25074471 |
T |
|
| Q |
273 |
atagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttc |
372 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25074472 |
atagttagagacgtctccaacaagattaaccaaattcctttacatgttactgattaccttgttggtcttcgatctcgaatttcagaagtgaattcacttc |
25074571 |
T |
|
| Q |
373 |
tagacttggaatataatg |
390 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
25074572 |
tagacttgggatataatg |
25074589 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 173 - 381
Target Start/End: Original strand, 26636148 - 26636356
Alignment:
| Q |
173 |
tattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
272 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| || |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26636148 |
tattatatatcaatacatatacgtgattgttattctgatacatgtatttaaatattcatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
26636247 |
T |
|
| Q |
273 |
atagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttc |
372 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26636248 |
atagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattaccttgttggactcaaatctcgaatatcagaagtgaactcacttc |
26636347 |
T |
|
| Q |
373 |
tagacttgg |
381 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
26636348 |
tagacttgg |
26636356 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 173 - 381
Target Start/End: Original strand, 26742114 - 26742322
Alignment:
| Q |
173 |
tattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
272 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| || |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26742114 |
tattatatatcaatacatatacgtgattgttattctgatacatgtatttaaatattcatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
26742213 |
T |
|
| Q |
273 |
atagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttc |
372 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26742214 |
atagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctctacatgttgctgattaccttgttggactcaaatctcgaatatcagaagtgaactcacttc |
26742313 |
T |
|
| Q |
373 |
tagacttgg |
381 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
26742314 |
tagacttgg |
26742322 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 179 - 371
Target Start/End: Original strand, 26959634 - 26959826
Alignment:
| Q |
179 |
atatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagtt |
278 |
Q |
| |
|
||||||| || ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26959634 |
atatcaatacatatatgtgattgttattctaatacatgtatttaaatatttatgattggacagaaatgagtatgaacgtgattttattgaaaaaatagtt |
26959733 |
T |
|
| Q |
279 |
acagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcactt |
371 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
26959734 |
acagacgtctccaacaagattaaccatgttcctttacatgttgctgattaccttgttggtctcaaatctcgaatatcaaaagtgaattcactt |
26959826 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 173 - 381
Target Start/End: Original strand, 26975453 - 26975661
Alignment:
| Q |
173 |
tattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
272 |
Q |
| |
|
||||| |||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26975453 |
tattatatatcagtacatatatgtgattgttattctgatgcatgtatttaaatatttatgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaa |
26975552 |
T |
|
| Q |
273 |
atagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttc |
372 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||| | |
|
|
| T |
26975553 |
atagttacagacgtctcctacaagatcaaccacgttcctttacatgttgctgattaccttgttggactcaaatctcgaatattaaaagtgaactcactac |
26975652 |
T |
|
| Q |
373 |
tagacttgg |
381 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
26975653 |
tagacttgg |
26975661 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 202 - 371
Target Start/End: Original strand, 26950274 - 26950443
Alignment:
| Q |
202 |
ttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaa |
301 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |
|
|
| T |
26950274 |
ttattctgatgcatttatttaaatatttatgattggacagaaatgaatatgaacgcgattttattgaaaaaatagttacagacgtctcctacaagatcaa |
26950373 |
T |
|
| Q |
302 |
ccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcactt |
371 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26950374 |
ccacgttcctctacatgttgctgattaccttgttggactcaaatctcgaatatcagaagtgaattcactt |
26950443 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 202 - 352
Target Start/End: Original strand, 31288836 - 31288986
Alignment:
| Q |
202 |
ttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaa |
301 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
31288836 |
ttattctgatgcatttatttaaatatttatgattggacataaatgaatatgaacgagattttattgaaaaaatagttacagatgtctccaacaagattaa |
31288935 |
T |
|
| Q |
302 |
ccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaat |
352 |
Q |
| |
|
||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31288936 |
ccatgttcctttacatgttgctgattaccttgttggtctcaaatctcgaat |
31288986 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 217 - 393
Target Start/End: Original strand, 26849258 - 26849434
Alignment:
| Q |
217 |
tatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaacaagattaaccacgttccattaca |
316 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || || |
|
|
| T |
26849258 |
tattcaaatatttctgaatgaacagaaatgaatatgaacaccattttattgggaaaatagttaaggatgtctccaacaagatcaaccatgttcctttgca |
26849357 |
T |
|
| Q |
317 |
tgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttggaatataatgatg |
393 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
26849358 |
tgttgctgattaccttgttggacttaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagaattggaatctaatgatg |
26849434 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 194 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 27664864 - 27664677
Alignment:
| Q |
194 |
tgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagttacagacacttccaac |
293 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| || ||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
27664864 |
tgtgattgttattctaatacatctatttaaatatgtatgattggacagaaataaatatgaatacaaatttattgaagaaatagttacagacgtctccaac |
27664765 |
T |
|
| Q |
294 |
aagattaaccacgttccattacatgttgccgattaccttattggtctcaaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttgg |
381 |
Q |
| |
|
||||| |||| || ||||||||||| || |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27664764 |
aagatcaaccgttgtcatttacatgttgctgagtaccttgttggactcgaatctcgaatatcagaagtgaattcacttctagacttgg |
27664677 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 190 - 279
Target Start/End: Original strand, 24716104 - 24716193
Alignment:
| Q |
190 |
tatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttattgaaaaaatagtta |
279 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24716104 |
tatatgtgattgttattctgatgcacgtattataacatttatgattggacagaaatgaacatgaaggcgatgttattgaaaaaatagtta |
24716193 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 173 - 265
Target Start/End: Original strand, 25074191 - 25074283
Alignment:
| Q |
173 |
tattacatatcaagacgtatatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaatatttttgattggacagaaatgaatatgaacgtgattttat |
265 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||||||||| |||||| |||| | || |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25074191 |
tattacatatcaatacatatatgtgattgctattctaatgcgtatagttaaatatctatgattggacataaatgaatatgaacgtgattttat |
25074283 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 191 - 255
Target Start/End: Original strand, 25074023 - 25074088
Alignment:
| Q |
191 |
atatgtgatttttattctgatgcatgtatttaaa-tatttttgattggacagaaatgaatatgaac |
255 |
Q |
| |
|
|||| ||||| |||| || |||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
25074023 |
atatatgattgttatcctaatgcatgtatataaaatatttatgattggacagaaatggatatgaac |
25074088 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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