View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4382-Insertion-11 (Length: 811)

Name: NF4382-Insertion-11
Description: NF4382
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4382-Insertion-11
NF4382-Insertion-11
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-811)||(35409639-35410441)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 743; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 743; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 811
Target Start/End: Complemental strand, 35410441 - 35409639
Alignment:
Q  8 cgtgatgcatcctgtattcaagcttctgcatccccatatgcgatacacactcaagacaaatgcaacagcccgcgaggtactcgttaatgcagacggttcc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410441 cgtgatgcatcctgtattcaagcttctgcatccccatatgcgatacacactcaagacaaatgcaacagcccgcgaggtactcgttaatgcagacggttcc 35410342  T
Q  108 atagagaaaaactacactcccgggagatactgtatgcaaattacgtgtgctgcctataaagattggtggcgatttgacatggaaggtcttcctgccgatc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410341 atagagaaaaactacactcccgggagatactgtatgcaaattacgtgtgctgcctataaagattggtggcggtttgacatggaaggtcttcctgccgatc 35410242  T
Q  208 ttaaaagaaggtaaagaagatagtttccttcatcaaagttttctgtgcaatgagcttggttttacttgttctttcatttgttttttcactaagtgaagaa 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35410241 ttaaaagaaggtaaagaagatagtttccttcatcaaagttttctgctcaatgagcttggttttacttgttctttcatttgttctttcactaagtgaagaa 35410142  T
Q  308 gataagatctaactatttattctttcnnnnnnnncagaggtttggcggttccagatgccactcagccacatggcattagactacttattgaagattatcc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410141 gataagatctaactatttattctttcttttttt-cagaggtttggcggttccagatgccactcggccacatggcattagactacttattgaagattatcc 35410043  T
Q  408 ttatgcggctgatggactccttatatggactagtatagagaagttggtcaggacctatgtgaaccattactacaaagatttgaatgccgtttcttctgac 507  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35410042 ttatgcggctgatggactcctcatatggtctagtatagagaagttggtcaggacctatgtgaaccattactacaaagatttgaatgccatttcttctgac 35409943  T
Q  508 aatgaactccagtcctggtacaaagaattcatcaacatggggcaccctgatcataaaaatgctacctggtggcctaaactaaacacccctgaggatctca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409942 aatgaactccagtcctggtacaaagaattcatcaacatggggcaccctgatcataaaaatgctacctggtggcctaaactaaacacccctgaggatctca 35409843  T
Q  608 tctccttgcttaccaccattatctggactgtatcagcgcaacatgctgtcttgaacttcagtcaatacccctatggtggatatgttccaatccggccaca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409842 tctccttgcttaccaccattatctggactgtatcagcgcaacatgctgtcttgaacttcagtcaatacccctatggtggatatgttccaatccggccaca 35409743  T
Q  708 attaatgcgaaaattaattcctaatgaggaggttcctgatcacgcggcctttgtcaaggatccgcagagatactttctatcatcactgccaagcttattt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409742 attaatgcgaaaattaattcctaatgaggaggttcctgatcacgcggcctttgtcaaggatccgcagagatactttctatcatcactgccaagcttattt 35409643  T
Q  808 cagg 811  Q
    ||||    
T  35409642 cagg 35409639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University