View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4383-Insertion-4 (Length: 1063)

Name: NF4383-Insertion-4
Description: NF4383
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4383-Insertion-4
NF4383-Insertion-4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-1040)||(46460955-46461997)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 946; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 946; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1040
Target Start/End: Complemental strand, 46461997 - 46460955
Alignment:
Q  8 agaaccgggttactcctaatacaatggcaacaaaactaaatgaggacaggttggcatctccccttcagggaaatgctttagatgacaggacctttaaggt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461997 agaaccgggttactcctaatacaatggcaacaaaactaaatgaggacaggttggcatctccccttcagggaaatgctttagatgacaggacctttaaggt 46461898  T
Q  108 attacgtttgttcgaagattataatatagacctgannnnnnnnatatgatttctatcacaacatgatattgtttctactttataccatttaatatacaga 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461897 attacgtttgttcgaagattataatatagacctgattttttttatatgatttctatcacaacatgatattgtttctactttataccatttaatatacaga 46461798  T
Q  208 taatgaatgcttatacccgcggtcagcttccaatggaggattgtgccatgttgttcaacgaaataacaccaataactggtggacaaccttcagggtgcct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461797 taatgaatgcttatacccgcggtcagcttccaatggaggattgtgccatgttgttcaacgaaataacaccaataactggtggacaaccttcagggtgcct 46461698  T
Q  308 actaatcatttgtctttgatgaaattattagttattcatgtcattttgttcttgatgatacttatctcattttgggctgaatttgcaagttgtaaaattc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461697 actaatcatttgtctttgatgaaattattagttattcatgtcattttgttcttgatgatacttatctcattttgggctgaatttgcaagttgtaaaattc 46461598  T
Q  408 tgtttgcagacaaacattggccagtgcacttagcattttacaagagaaacttcgacaggatcaaaatcagaaccagcaacttccagggtttacacaagta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461597 tgtttgcagacaaacattggccagtgcacttagcattttacaagagaaacttcgacaggatcaaaatcagaaccagcaacttccagggtttacacaagta 46461498  T
Q  508 atcatgaacataacttttttcttgatttgcgtgttacccgcatataaattcacaacgatctgctgtatttaccatcttttgttttgaatcaggccatgca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461497 atcatgaacataacttttttcttgatttgcgtgttacccgcatataaattcacaacgatctgctgtatttaccatcttttgttttgaatcaggccatgca 46461398  T
Q  608 cagtggcatgagtgcaatgatgaggtctcgagctgttgcttcagaaggatccagttacagtgttcatcatggtactggttttgttgtttcatgttgaatt 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461397 cagtggcatgagtgcaatgatgaggtctcgagctgttgtttcagaaggatccagttacagtgttcatcatggtactggttttgttgtttcatgttgaatt 46461298  T
Q  708 taacattacctagtttacgttttcttgttagtctttcaatagaggactcggtatgttcaataagggacctttaaagatattcactctctgtattactgta 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461297 taacattacctagtttacgttttcttgttagtctttcaatagaggactcggtatgttcaataagggacctttaaagatattcactctctgtattactgta 46461198  T
Q  808 aactggcttcaatatttttaattcccaactaattttcagccccttttttggaaagtgtatgctactggatttatttgttgttgttgcctgaaaggctgaa 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46461197 aactggcttcaatatttttaattcccaactaattttcagccccttttttggaaagtgtatgctactggatttatttgttgttgttgcctgaaaggctgaa 46461098  T
Q  908 agtcatcattcatactatcttaggttgtaaatagttatgttgtagtagt--gtctgcaaaa-tat-aattggacatgg-tacttgcaaaatacttct-ag 1001  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  46461097 agtcatcattcatactatcttaggttgtaaatagttatgttgtagtagttgttctgcaaaattataaattggacatggttacttgcaaaatacttctaag 46460998  T
Q  1002 ctattt--agctat--gagtgaacatcttatgatagaactgga 1040  Q
    ||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  46460997 ctattttaagctattggagtgaacatcttatgatagaactgga 46460955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University