View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4383-Insertion-5 (Length: 1044)

Name: NF4383-Insertion-5
Description: NF4383
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4383-Insertion-5
NF4383-Insertion-5
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-1021)||(41636257-41637279)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 811; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 811; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1021
Target Start/End: Complemental strand, 41637279 - 41636257
Alignment:
Q  8 aagacttcctcgttccaaaacagtgaggaaggaagaatggaactaattgagggttgtaacataggaaagaaattgttggtttccgtttgaacttattcga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||    
T  41637279 aagacttcctcgttccaaaacagtgaggaaagaagaatggaactagttgagggttgtaacataggaaagaaagtgttggtttccgtatgaacttgtttga 41637180  T
Q  108 nnnnnnngaaaggttatttggttttgcgtcaatattaagagatatttggttaaagagaaaggaaggaacaagtgaacggttagaagtggaaaagagaagg 207  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41637179 tttttttgaaaggttatttggttttgcgtcaatattaagagatatttggttaaagagaaaggaaggaacaagtgaacggttagaagtggaaaagagaagg 41637080  T
Q  208 aatggaaagttgatgttgaagagtgaaagagagtgtggaattgcttgttgttgaagaaagtgttgtaagatgagttagttttggaagtgaacttttgaat 307  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41637079 aatggagagttgatgttgaagagtgaaagag--tgtggaattgcttgttgttgaagaaagtgttgtaagatgagttagttttggaagtgaacttttgaat 41636982  T
Q  308 tttgaaagacagtttgaattaggtaaatgatgttcaatatatttggatgaaagggtgtttgaagaggctatttgaaagaattttagcggcattactctct 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41636981 tttgaaagacagtttgaattaggtaaatgatgttcaatatatttggatgaaagggtatttgaagaggctatttgaaagaattttagcggcattactctct 41636882  T
Q  408 atttgaagtttgaagggagcacgtgtaagaaagtttgtttaataatgacattgtattttgttactttctatttgtaatcatgttattaagagattggaat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  41636881 atttgaagtttgaagggagcacgtgtaagaaagtttgtttaataatggcattgtattttgttactttctatttgtaatcatgttattaagagattgaaat 41636782  T
Q  508 tttggtaaaatttcaaagggtggattttgaagattgcttgaatttatttatgattggtttgagttttcataccccttaagagactctcatgctaagaaca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41636781 tttggtaaaatttcaaagggtggatattgaagattgcttgaatttatttatgattggtttgagttttcttacctcttaagagactctcatgctaagaaca 41636682  T
Q  608 cactctcaagcacatatctttaacgcattctcaatgctattgttgaagttttaatcgaccccacgtaattatatgggtaccatcatcacatatgtaaatt 707  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  41636681 tactctcaagcacatatctttaacgcattctcaatgctattgttgaagttttaatcgaccccacgtaattatatgggtcccatcatcacacatgtaaatt 41636582  T
Q  708 tggttggtcctacaccgtacacattgacata---gagtc--agacctgtgtttttatgaatagactgcgttactttcaaactgaaaaagtgaaactgaaa 802  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  41636581 tggttggtcctacaccgtacactttgacatagaggagtcaaagatcagtgtttttatgaatagactgcgttactttcaaactaaaaaagtgaaactgaaa 41636482  T
Q  803 ttgttcacgtgttgtgttgtttgttcaacacttccactaacgtatagttatattgctttcaatatagagtgaatgaatgattcgatgaacacggctcttg 902  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  41636481 ttgttcacgtgttgtgttgtttgttcaacacttcaacaaacgtatagttatattgctttcaatatagagtgaatgaatgattcgatgaacacgtgtcttg 41636382  T
Q  903 tttcttgcatcttagaaaactttt-aaaaacgtaac-acatcacttttgataatgatttagg--ttggttttatcggagcttgagaaggaaaac-atgca 997  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41636381 tttcttgcatcttagaaaacttttaaaaaacgtaacaacatcacttttgataacgatttagggttgggttttatcggagcttgagaaggaaaacaatgca 41636282  T
Q  998 tccgctagg--atcatttgatagaac 1021  Q
    | |||||||  |||||||||||||||    
T  41636281 t-cgctagggaatcatttgatagaac 41636257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University