View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4383-Insertion-6 (Length: 901)

Name: NF4383-Insertion-6
Description: NF4383
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4383-Insertion-6
NF4383-Insertion-6
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (7-529)||(2906864-2907391)
chr7 (400-756)||(2906445-2906803)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 2907391 - 2906864
Alignment:
7 aaaactagcatggaaaattaagataaggagcttgtgaataaaa-gccaatacaatgatacaaacattgaatatcgaacatagagattaacataacacac- 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||     
2907391 aaaactagcatggaaaattaagataaggagcttgtgaataaaaagtcaatacaatgatacaaacattgaatatcaaacatagagataaacataacacact 2907292  T
105 ---actcacacatttttcttcaatgagtacaaattaaaatgaaactacattgatggtacaaagagttcagaatagtttagcgtcttgataaaacaagagc 201  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
2907291 cacactcacacatttttcttcaatgagtacaaattaaaatgaagttacattgatggtacaaagagtatagaatggtttaacgtcttgatagaacaagagc 2907192  T
202 agacaaaaggattagcattatgaagagaggaattgcaatgaaggatccaatcaatgaaccagaaattctctcacagaaagagttatattgctgacaaaaa 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2907191 agacaaaaggattagcattatgaagagaggaattgcaatgaaggatccaatcaatgaaccagaaattctctcacagaaagagttatattgctgacaaaaa 2907092  T
302 gcaaaccaatttgctttcctattccctttgtgtgccaaataaacaatagaagctgcagctgaagaaccagctgtcaataaacctagcattacctgcatat 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2907091 gcaaaccaatttgctttcctattccctttgtgtgccaaataaacaatagaagctgcagctgaagaaccagctgtcaataaacctagcattacctgcatat 2906992  T
402 atatggtataaagtttattaatcacggtccagtgcaagtggttggtgcgcaatgtgaacaaatgttgtaaaaatcgaatattatgatgatttttactcgt 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
2906991 atatggtataaagtttattaatcacggtccagtgcaagtggttggtgcgcaatgtgaacaaatgtcataaaaatcgaatattacgatgatttttactcgt 2906892  T
502 aaaaaatgtatcgagttagttaactatg 529  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||    
2906891 aaaaaatgtatccagttagttaactatg 2906864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 400 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 2906803 - 2906445
Alignment:
400 atatatggtataaagtttattaatcacgg-tccagtgcaagtggttggtgcgcaatgtgaacaaatgttgtaaaaatcgaatattatgatgatttttact 498  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| || |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
2906803 atatatggtataaagttcaataatcatgggtccagtacaagtggttggtgcgtaatgtgaacaaatgtagtaaaaatcggatattaggatgatttttact 2906704  T
499 cgtaaaaaatgtatcgagttagttaactatgatttttt-attcacacattaatccaaaaataaattgtcattaacagattaataccgtgtccaagattat 597  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2906703 cgtaaaaaatgtatcgagttaattaactatgatttttttattcacatattaatataaaaataaattgtcattaacagattaataccgtgtccaagattat 2906604  T
598 gaatataaccctagtcattccagcactgctccttatgatatgcaagatggatagaggcagagaaagaatcaggtagccactcacaatagcactagcaact 697  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2906603 gaatataaccctagtcattccagcactgctccttatgatatgcaagatggatagaggcagagaaagaatcaggtagccactcacaatagcactagcaact 2906504  T
698 acaaaaaacctgtatttaatttcaaagaccaagaaaaagagactagtttagcatattaa 756  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
2906503 acaaaaaacctgtatttaatttcaaagaccaagaaaaagagattagtttagcatattaa 2906445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University