View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4385-Insertion-1 (Length: 1105)

Name: NF4385-Insertion-1
Description: NF4385
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4385-Insertion-1
NF4385-Insertion-1
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (8-1104)||(7425547-7426658)
chr8 (8-779)||(7431536-7432304)
chr8 (8-681)||(7416561-7417234)
chr8 (212-278)||(7429973-7430039)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 893; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 893; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1104
Target Start/End: Original strand, 7425547 - 7426658
Alignment:
8 acatgttccataaaccaatcaaacttcttacccaaagtcttcattctcttcacataaccttgcaagtctaagaaatgaatccaaggaataaaatccccaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7425547 acatgttccataaaccaatcaaacttcttacccaaagtcttcattctcttcacataaccttgcaagtctaagaaatgaatccaaggaataaaatccccaa 7425646  T
108 tattgaagaccccattaagcaaaaacaattcatctaacatcttcttaaactcttcaggggaaataatagcattttcactcttctccaaatactttttccc 207  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
7425647 cattgaggaccccattaagcaaaaacaattcatctaacatcttcttaaactcttcaggggaaataatagcattttcactcttctccaaatactttttgcc 7425746  T
208 caaaaccatgcgacttataacattgagactcaaagttgaaagatggtccttcaacaaaattgttttgttttttgagttaaatagttcgtgcaagaaagca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
7425747 caaaaccatgcgacttataacattgagactcaaagttgaaagatggtccttcaacaaaattgttttgttttttgaattaaatagttcgtgcaagaaagca 7425846  T
308 tgtaactcttgttttctcatgtactcataagactcgaggcgttttacactaaacagttctagtagacacattttacgagcttgttgccaatatgggccgt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
7425847 tgtaactcttgttttctcatgtactcataagactcaaggcgttttacactaaacagttctagcagacacattttacgagcttgttgccaatatgggccat 7425946  T
408 attgggaccaagtaatgttggagtagttataagtagtatattttccagcggagaatttgggccgcccagcaaggacagcgtcgtttgttttgaggaaagc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
7425947 attgggaccaagtaatgttggagtagttataagtagtatattttccagcggagaatttgggccgcccagcaaggacagcgtcgtttgttttgaggaaaac 7426046  T
508 tttggctatttctgggctcgatcccacaatgacaggtttagagccgaaccataaatgcatgatgggtccatattttttagtgagcccatggagagattga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
7426047 tttggctatttctgggctcgatcccacaatgacaggtttagagccgaaccataaatgcatgatgggtccatattttttagtgagcccgtggagggattga 7426146  T
608 tgcgggagtgatccaataagattgagatttcctattatgggccatgattttgggccaggtggtagattgtatttacggcggtggagatgaagacggcggc 707  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
7426147 tgtggaagtgatccaataagattgagatttcctattatgggccatgattttgggccaggtggtagattgtatttacggcggtggagacgaagacggcggc 7426246  T
708 gggtaaagagaagaaggatgataaatgtagtnnnnnnngtaacccaattaggaagtggcaataattctactaccatttctagtgagttttgtgactttgt 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7426247 gggtaaagagaagaaggatgataaatgttgtaaaaaaagtaacccaattaggaagtggcaataattctactaccatttctagtgagttttgtgactttgt 7426346  T
808 -----tgtgagattagagggtgactgtgatgaaatt--agagtcatttatttataatcatagtagagaaagctgtagatgaggattacatggccccgtga 900  Q
         ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7426347 tttggtgtgagattagagagtgactgtgatgaaattagagagtcatttatttataatcatagtagagaaagctgtagatgaggattacatggccccgtga 7426446  T
901 gtagtgaggcaaaatatctcgaatagatacacctctttataatcaaatatatacttcctgttcaagcttgtttgatta-taaactttaacgtattcattt 999  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
7426447 gtagtgaggcaaaatatctccaatagatacacctctttataatcaa--atatacttcattttcaagcttgtttaattattaaactttaacgtattcattt 7426544  T
1000 attaaaacaaatgggt--catc-atgagcaataaaatatacattaatttcttaa-taggttt-acta--ctgttc-agc-tttattttataacaacgtga 1090  Q
    ||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||| ||| |||||||||| ||||| |||    
7426545 attaaaacaaatgggttcaatcaatgagcaataaaatatacattaatttcttaattaggtttaactaacctgttcaagcttttattttattacaacatga 7426644  T
1091 aagttatcttgtcg 1104  Q
    ||||||||||||||    
7426645 aagttatcttgtcg 7426658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 779
Target Start/End: Original strand, 7431536 - 7432304
Alignment:
8 acatgttccataaaccaatcaaacttcttacccaaagtcttcattctcttcacataaccttgcaagtctaagaaatgaatccaaggaataaaatccccaa 107  Q
    |||||||||||||||| || |||  |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
7431536 acatgttccataaacctattaaatctcttaccacaagccttcattctcttcacataaccttgcaagtctaagaattgaatccaaggaataaaatccccaa 7431635  T
108 tattgaagaccccattaagcaaaaacaattcatctaacatcttcttaaactcttcaggggaaataatagcattttcactcttctccaaatactttttccc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |||||    
7431636 tattgaagaccccattaagcaaaaacaactcatccaacatctccttaaactcttcaggggaaataataacattttcactcttctccaagtatttcttccc 7431735  T
208 caaaaccatgcgacttataacattgagactcaaagttgaaagatggtccttcaacaaaattgttttgttttttgagttaaatagttcgtgcaagaaagca 307  Q
    ||| |||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||  ||||  |||  |    
7431736 caacaccatgcggcttataatattaagactaaaagttgaaagatggtccttcaacaaaatagttttattttttgaattgaagagtttatgcagaaaaata 7431835  T
308 tgtaactcttgttttctcatgtactcataagactcgaggcgttttacactaaacagttctagtagacacattttacgagcttgttgccaatatgggccgt 407  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||   | || |||||||||| ||||||||  ||||||| ||||    
7431836 tgtaattcttcttttctcatgtactcataagactcgagactttttacactaaacaattccctttgaaacattttacgggcttgttgaaaatatggaccgt 7431935  T
408 attgggaccaagtaatgttggagtagttataagtagtatattttccagcggagaatttgggccgcccagcaaggacagcgtcgtttgttttgaggaaagc 507  Q
    || ||  |||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||   ||  |||||||| || ||  ||||||||  |||||||||||| ||||||||    
7431936 atgggttccaagtgatgttagagtagttataagttgtgtattttccgcaggcaaatttgggtcgtccgacaaggacaatgtcgtttgttttaaggaaagc 7432035  T
508 tttggctatttctgggctcgatcccacaatgacaggtttagagccgaaccataaatgcatgatgggtccatattttttagtgagcccatggagagattga 607  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||| || |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||    
7432036 tttggctatatctgggctcgagcccacaatgacgagtttggatccgaaccatagacgcatgatggggccatattttttagtgagcccatggatggattga 7432135  T
608 tgcgggagtgatccaataagattgagatttcctattatgggccatgattttgggccaggtggtagattgtatttacggcggtggagatgaagacggcggc 707  Q
    || ||||| ||||| ||||| || | |||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||   |||     
7432136 tgtgggagggatccgataaggttcatatttcctattataggccatggttttggtcctggtggtagattgtatttgcggcgatggagacgaaga---cggt 7432232  T
708 gggtaaagagaagaaggatgataaatgtagtnnnnnnngtaacccaattaggaagtggcaataattctacta 779  Q
    || | || || |||||||||| |||||| ||       ||||||||||||||||||   |||||||||||||    
7432233 ggatgaataggagaaggatgacaaatgttgtacaaaatgtaacccaattaggaagtacaaataattctacta 7432304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 314; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 8 - 681
Target Start/End: Original strand, 7416561 - 7417234
Alignment:
8 acatgttccataaaccaatcaaacttcttacccaaagtcttcattctcttcacataaccttgcaagtctaagaaatgaatccaaggaataaaatccccaa 107  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7416561 acatgttccataaacctatcaaactttttactcaaagtcttcatcctcttcacataaccttgcaagtctaagaaatgaatccaaggaataaaatccccaa 7416660  T
108 tattgaagaccccattaagcaaaaacaattcatctaacatcttcttaaactcttcaggggaaataatagcattttcactcttctccaaatactttttccc 207  Q
    ||||||  |  |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||| |||| ||||| |||||||||||    
7416661 tattgagaattccattaagtaaaaacaactcatccaacatcttcttaaactcatcaggggaaataactgcattatcagtcttttccaagtactttttccc 7416760  T
208 caaaaccatgcgacttataacattgagactcaaagttgaaagatggtccttcaacaaaattgttttgttttttgagttaaatagttcgtgcaagaaagca 307  Q
     |  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || || ||||  ||||| ||| ||    
7416761 tagcaccattcgacttataacatttagactcaaagttgaaagatggtctttcaccaaaattgttttgttttttgaattgaaaagtttatgcaaaaaatca 7416860  T
308 tgtaactcttgttttctcatgtactcataagactcgaggcgttttacactaaacagttctagtagacacattttacgagcttgttgccaatatgggccgt 407  Q
    || | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  || | |||||||||| ||||||||||  |||||||||| || |    
7416861 tgcatctcttgttttcttatgtactcgtaagactcgaggcgttttgcactaaacaactccaatagacacattctacgagcttgacgccaatatggaccat 7416960  T
408 attgggaccaagtaatgttggagtagttataagtagtatattttccagcggagaatttgggccgcccagcaaggacagcgtcgtttgttttgaggaaagc 507  Q
    |||| |||||||| ||||  || |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||| || |||||   ||| || |  ||||||||||| |     
7416961 attgagaccaagttatgtctgaatagttatatgttgtgtattttccagccgacaatttgggccggccggcaagagtagcatcatgggttttgaggaatga 7417060  T
508 tttggctatttctgggctcgatcccacaatgacaggtttagagccgaaccataaatgcatgatgggtccatattttttagtgagcccatggagagattga 607  Q
    |||||||| ||||  | | |  ||||||||||| ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||    
7417061 tttggctagttctacggtggcgcccacaatgacgggtttcgagccgaaatatagatgcatgatgggtccatatttttgagtgaggccatggagggattga 7417160  T
608 tgcgggagtgatccaataagattgagatttcctattatgggccatgattttgggccaggtggtagattgtattt 681  Q
    || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
7417161 tgtgggagggatccgataaggttgagatttccaattataggccatggttttgggcctggtggtagattgtattt 7417234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 212 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 7430039 - 7429973
Alignment:
212 accatgcgacttataacattgagactcaaagttgaaagatggtccttcaacaaaattgttttgtttt 278  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||    
7430039 accatgcgactaataatattgaaactaaaagttgaaagatggtcctttaacgaaatagttttatttt 7429973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University