View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4385-Insertion-5 (Length: 588)

Name: NF4385-Insertion-5
Description: NF4385
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4385-Insertion-5
NF4385-Insertion-5
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-588)||(11592415-11592995)
chr4 (8-588)||(11645124-11645704)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (56-447)||(37180666-37181056)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 11592995 - 11592415
Alignment:
8 gcatcttcatcacattataatcttcatactcctaatgctagagatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaag 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
11592995 gcatcttcatcacattataatcttcatactcctaatgccaaaaatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtgatggagaaag 11592896  T
108 caaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagt 207  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11592895 caaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagt 11592796  T
208 tgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatggga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
11592795 tgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatggga 11592696  T
308 caaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatga 407  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11592695 caaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatga 11592596  T
408 gtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaaca 507  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11592595 gtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaaca 11592496  T
508 atttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtca 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11592495 atttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtca 11592415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 588
Target Start/End: Original strand, 11645124 - 11645704
Alignment:
8 gcatcttcatcacattataatcttcatactcctaatgctagagatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaag 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
11645124 gcatcttcatcacattataatcttcatactcctaatgccaaaaatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtgatggagaaag 11645223  T
108 caaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagt 207  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11645224 caaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagt 11645323  T
208 tgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatggga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
11645324 tgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatggga 11645423  T
308 caaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatga 407  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11645424 caaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatga 11645523  T
408 gtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaaca 507  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11645524 gtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaaca 11645623  T
508 atttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtca 588  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11645624 atttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtca 11645704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 56 - 447
Target Start/End: Original strand, 37180666 - 37181056
Alignment:
56 aaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgttt 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
37180666 aaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacacgcaatggagaaagcaaaggataaagcctcataaacaattgataagaagagagatattgttt 37180765  T
156 attcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatga 255  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
37180766 atgcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgttaaagagaaagtttatgataaagctaatgatgtttatga 37180865  T
256 taatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagg-gaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaaga 354  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||  ||| | ||||||||||| || ||||||||||||| |   |||||||||||  |  ||||    
37180866 taatgttcaagattccacaaaagggtcattggaaaaaggaaaaaaaaatgggacaaacattgaaggaacatgttggt---aacgtgaccgagacataaga 37180962  T
355 cggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttatt-gggattttcaagtggttatggaat 447  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||    
37180963 cggtgtaaagaagtttgtgtcattatctatggagagagttgaatcattgacgaaagagttgaatttgttagggatttgcaagtggttatggaat 37181056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University