View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4385-Insertion-5 (Length: 588)
Name: NF4385-Insertion-5
Description: NF4385
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4385-Insertion-5 |
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| [»] chr4 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 11592995 - 11592415
Alignment:
| Q |
8 |
gcatcttcatcacattataatcttcatactcctaatgctagagatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaag |
107 |
Q |
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| T |
11592995 |
gcatcttcatcacattataatcttcatactcctaatgccaaaaatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtgatggagaaag |
11592896 |
T |
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| Q |
108 |
caaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagt |
207 |
Q |
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| T |
11592895 |
caaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagt |
11592796 |
T |
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| Q |
208 |
tgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatggga |
307 |
Q |
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| T |
11592795 |
tgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatggga |
11592696 |
T |
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| Q |
308 |
caaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatga |
407 |
Q |
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| T |
11592695 |
caaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatga |
11592596 |
T |
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| Q |
408 |
gtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaaca |
507 |
Q |
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| T |
11592595 |
gtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaaca |
11592496 |
T |
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| Q |
508 |
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588 |
Q |
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| T |
11592495 |
atttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtca |
11592415 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 588
Target Start/End: Original strand, 11645124 - 11645704
Alignment:
| Q |
8 |
gcatcttcatcacattataatcttcatactcctaatgctagagatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaag |
107 |
Q |
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11645124 |
gcatcttcatcacattataatcttcatactcctaatgccaaaaatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtgatggagaaag |
11645223 |
T |
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| Q |
108 |
caaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagt |
207 |
Q |
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| T |
11645224 |
caaaggataaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagt |
11645323 |
T |
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| Q |
208 |
tgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatggga |
307 |
Q |
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tgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatggga |
11645423 |
T |
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| Q |
308 |
caaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatga |
407 |
Q |
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| T |
11645424 |
caaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatga |
11645523 |
T |
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| Q |
408 |
gtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaaca |
507 |
Q |
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| T |
11645524 |
gtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaaca |
11645623 |
T |
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| Q |
508 |
atttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtca |
588 |
Q |
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| T |
11645624 |
atttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtca |
11645704 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 56 - 447
Target Start/End: Original strand, 37180666 - 37181056
Alignment:
| Q |
56 |
aaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgttt |
155 |
Q |
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| T |
37180666 |
aaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacacgcaatggagaaagcaaaggataaagcctcataaacaattgataagaagagagatattgttt |
37180765 |
T |
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| Q |
156 |
attcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatga |
255 |
Q |
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| T |
37180766 |
atgcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgttaaagagaaagtttatgataaagctaatgatgtttatga |
37180865 |
T |
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| Q |
256 |
taatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagg-gaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaaga |
354 |
Q |
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| T |
37180866 |
taatgttcaagattccacaaaagggtcattggaaaaaggaaaaaaaaatgggacaaacattgaaggaacatgttggt---aacgtgaccgagacataaga |
37180962 |
T |
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| Q |
355 |
cggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttatt-gggattttcaagtggttatggaat |
447 |
Q |
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| T |
37180963 |
cggtgtaaagaagtttgtgtcattatctatggagagagttgaatcattgacgaaagagttgaatttgttagggatttgcaagtggttatggaat |
37181056 |
T |
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