View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4385_low_1 (Length: 697)

Name: NF4385_low_1
Description: NF4385
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4385_low_1
NF4385_low_1
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (20-686)||(14766786-14767452)
chr1 (431-660)||(14873019-14873248)
chr1 (209-539)||(14786016-14786346)
chr1 (122-560)||(14877850-14878288)
chr1 (116-522)||(14759446-14759852)
chr1 (524-608)||(14872226-14872310)
chr1 (102-165)||(14873394-14873457)
[»] scaffold0042 (1 HSPs)
scaffold0042 (20-607)||(83863-84453)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (122-466)||(11999596-11999940)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 639; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 14767452 - 14766786
Alignment:
Q  20 tggcgttgtcggacaatcgcgttacaaccagacaccgatgaagaagttcgcataatctgcattgtcaatgctcgtggcaagtttaatccaccgttaccaa 119  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14767452 tggcgttgtcgtacaatcgcgttacaaccagacactgacgaagaagttcgcataatctgcattgtcaatgctcgtggcaagtttaatccaccgttgccaa 14767353  T
Q  120 acggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgccgggaaactaatggaaaatccattagggtatgcactagagttagttaaaaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14767352 acggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgcggggaaactaatggaaaatccattagggtatgcactagagttagttaaaaa 14767253  T
Q  220 agctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggttagaagttatcttgtg 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14767252 agctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtcgaccacattttactgtggttagaagttatcttgtg 14767153  T
Q  320 tctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagttggtgctatacctggtg 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14767152 tctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctgtatatggtggaccagctaaaggaggagttggtgctatacctggtg 14767053  T
Q  420 ttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatggagaagttcgttaaaga 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14767052 ttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatggagaagttcgttaaaga 14766953  T
Q  520 gttagatagtgtgcttaagaacaacatcaaccaacctactattggtggtccaaaacctagtttcattatttcttccttgtagaccttaaactaatgtttg 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14766952 gttagatagtgtgcttaagaacaacatcaaccaacctactattggtggtccaaaacctagtttcattatttcttccttgtagaccttaaactaatgtttg 14766853  T
Q  620 tttcaatttcctttgctatgattggtgtgagactatatataatcacgatggtcaattttagtataat 686  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14766852 tttcaatttcctttgctatgattggtgtgagactatatataatcacgatggtcaattttagtataat 14766786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 431 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 14873248 - 14873019
Alignment:
Q  431 tatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatggagaagttcgttaaagagttagatagtg 530  Q
    |||||||| || |||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||| |||| |||||||||| ||| |||    
T  14873248 tatataccatttaaaaatgctaaaggaatagaaggtttggttataccagtttgtttgccaactaaagccatggagaggttcattaaagagttggatggtg 14873149  T
Q  531 tgcttaagaacaacatcaaccaacctactattggtggtccaaaacctagtttcattatttcttccttgtagaccttaaactaatgtttgtttcaatttcc 630  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||| || | |||||||    
T  14873148 tgcttaagaacaaaattaaccaacctactatgggtggtccaaaacctagattcataatttctcccttgtaaaccttgaactaatgttcgtatgaatttcc 14873049  T
Q  631 tttgctatgattggtgtgagactatatata 660  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||    
T  14873048 tttgctatgatatgtgtgagactatatata 14873019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 209 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 14786346 - 14786016
Alignment:
Q  209 ttagttaaaaaagctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggttagaa 308  Q
    |||||||| ||||| ||| || |||| || ||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||| ||| || | |     
T  14786346 ttagttaagaaagcaaaagctaatgtcacccaagagtacatgcattcgattgcggatttaatggttatcaagggtcgacctcactttaatgtagtaaaat 14786247  T
Q  309 gttatcttgtgtctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagttggtgc 408  Q
      |||||||| ||||| |||||||| | ||| || |   | ||||| | ||||||||| ||| | || ||||| |||||||||| ||||| || |||||     
T  14786246 cctatcttgtttctgacgtgacacgcggcgggtttgagaaggttgattatggttgggggaaacccatctatggaggaccagctagaggagcagatggtga 14786147  T
Q  409 tatacctggtgttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatggagaag 508  Q
    ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||  ||||| |||||||| |    
T  14786146 tattcctggtcttgctagctttcatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccattttattttccaaatcaagtcatggagagg 14786047  T
Q  509 ttcgttaaagagttagatagtgtgcttaaga 539  Q
    || ||||||||  | ||||||||||||||||    
T  14786046 tttgttaaagaaatggatagtgtgcttaaga 14786016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 122 - 560
Target Start/End: Complemental strand, 14878288 - 14877850
Alignment:
Q  122 ggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgccgggaaactaatggaaaatccattagggtatgcactagagttagttaaaaaag 221  Q
    |||||||| ||||| ||| | | |||||| || ||||||||||| || || |||||||| |||||||| || |  |||||| |  | |||||||| ||||    
T  14878288 ggttactatggtaacgctatagtatttcccgttgcggttacaactgcaggaaaactaattgaaaatccgttggcttatgcattgaatttagttaagaaag 14878189  T
Q  222 ctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggttagaagttatcttgtgtc 321  Q
    | ||| ||  ||| |   |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || | ||| |||   |   ||   ||||| |||||    
T  14878188 caaaagctagtgtcaacaaagagtatatgcattcagtggcagatttaatggttatcaagggtcgtcctcctttaactactgcaggattgtatctagtgtc 14878089  T
Q  322 tgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagttggtgctatacctggtgtt 421  Q
    |||||| ||||| || |||||  |||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| | ||||||       
T  14878088 tgatgttacacgagctggatttcgagatgttgattttggttgggggaaagctgtttatggaggaccagctaaaggaggggatggtgctcttcctggtcaa 14877989  T
Q  422 gctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatggagaagttcgttaaagagt 521  Q
    |||  |||| |||| || || | ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  14877988 gctgtctttcatattccatttacaaatgataaaggagagaaaggtttggttataccagtttttttgccaactcaagtcatggagaggttggttaaagagt 14877889  T
Q  522 tagatagtgtgcttaagaacaacatcaaccaacctacta 560  Q
    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  14877888 tggatagtgttcttaagaacaacattaaccagcctacta 14877850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 116 - 522
Target Start/End: Original strand, 14759446 - 14759852
Alignment:
Q  116 ccaaacggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgccgggaaactaatggaaaatccattagggtatgcactagagttagtta 215  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||| | || ||||| || ||||||||||| || || ||||| || ||||||||| | | ||||||| |  | |||||||    
T  14759446 ccaaaaggttattatggtaacgctatagcgtttcccgttgcggttacaactgcaggaaaacttattgaaaatccactggagtatgcattgaatttagtta 14759545  T
Q  216 aaaaagctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggttagaagttatct 315  Q
    | ||||| ||| || |||| |   |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | || | ||| |||   | | ||   ||| |    
T  14759546 agaaagcaaaagctaatgtcaacaaagagtatatgcattcagtggcagatttaatggttatcaagggtcgtcctcctttaactactgctggattatattt 14759645  T
Q  316 tgtgtctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagttggtgctatacct 415  Q
     ||||||||| | |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||   ||||||||||| | || |||||| |||    
T  14759646 agtgtctgatattacacgtgctggacttggagatgttgaatttggttgggggaaagctctctatggaggaatggctaaaggaggtgatgttgctattcct 14759745  T
Q  416 ggtgttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatggagaagttcgtta 515  Q
    |||   |||   ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||  || || ||||||| |||||||| ||| ||||    
T  14759746 ggtcaagctgtatttcatatacctttcaaaaatgctaaaggagaagaaggtttggttataccgtttttcttgcctgctcaagtcatggagaggttggtta 14759845  T
Q  516 aagagtt 522  Q
    |||||||    
T  14759846 aagagtt 14759852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 524 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 14872310 - 14872226
Alignment:
Q  524 gatagtgtgcttaagaacaacatcaaccaacctactattggtggtccaaaacctagtttcattatttcttccttgtagaccttaa 608  Q
    |||| |||||||||||||||||| | |||||||||||  | |||||| ||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||    
T  14872310 gataatgtgcttaagaacaacattagccaacctactaaggatggtccgaaacctagtctcgttatttcttcattgtaaaccttaa 14872226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14873457 - 14873394
Alignment:
Q  102 ttaatccaccgttaccaaacggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaac 165  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||  |||||||||||    
T  14873457 ttaacccacccttaccaaacggtaactacggtaacagttttgcatttcctgctgcggttacaac 14873394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0042 (Bit Score: 109; Significance: 2e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0042
Description:

Target: scaffold0042; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 20 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 84453 - 83863
Alignment:
Q  20 tggcgttgtcggacaatcgcgttacaaccagacaccgatgaagaagttcgcataatctgcattgtcaatgctcgtggcaagttt---aatccaccgttac 116  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||| ||| ||  | ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||| |||   || | ||   |||    
T  84453 tggcgttgtcgtacactagcgttacaactagatactaacgaagaagttcgcataatctgcatcgtcgatgcacgtagcaaatttgttaacctacttgtac 84354  T
Q  117 caaacggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgccgggaaactaatggaaaatccattagggtatgcactagagttagttaa 216  Q
    |||| |||||||| ||||| ||| | ||  |||| |  ||  ||||||| |  || |||||||| ||||| |||||   ||||||||| || ||||||||    
T  84353 caaatggttactatggtaacgctatagcgcttcccgctgcaattacaactgtaggaaaactaattgaaaacccattgacgtatgcactggatttagttaa 84254  T
Q  217 aaaagctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggttagaagttatctt 316  Q
     ||||| ||| || |||| ||  |||| |||||||||||  | ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||   |  |    || | |     
T  84253 gaaagcaaaagctaatgtcaccgaagagtacatgcattccatggcagatttattggtaatcaagggtagacctcattttactacagcgaatgcttgttta 84154  T
Q  317 gtgtctgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagttggtgctatacctg 416  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||| |||  ||||| || ||||| |||| |||  ||||    
T  84153 gtgtctgatgttacacgtgctggatttagagatgttgattttggttgggggaaagctgtttatggaggattagctagagcaggagatggtactaatcctg 84054  T
Q  417 gtgttgctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggtttggttataccactttgtttaccagctcaagccatggagaagttcgttaa 516  Q
    || || ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||||| ||| |||| ||| |||||    
T  84053 gtatttctaccatttatataccttttaaaaatgctaaaggagaggaaggttttgttataccagttttttttccaactcaagtcatcgagaggttggttaa 83954  T
Q  517 agagttagatagtgtgcttaagaacaacatcaaccaacctactattggtggtccaaaacctagtttcattatttcttccttgtagacctta 607  Q
    |||||| ||||  || |||||||||||||| |||   |||||||| |||| |  |||| || |  |||||| |||||| |||||| |||||    
T  83953 agagttggataaagttcttaagaacaacattaactcgcctactatgggtgatagaaaatctggaatcattaattcttcgttgtagtcctta 83863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 61; Significance: 8e-26; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 122 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 11999940 - 11999596
Alignment:
Q  122 ggttactacggtaatgcttttgcatttcctgtcgcggttacaaccgccgggaaactaatggaaaatccattagggtatgcactagagttagttaaaaaag 221  Q
    |||||||||||||||||||| |  |   ||||| |  |||||||||| || |||||||| |||||||| || |  |||||  |||| |||||||| ||||    
T  11999940 ggttactacggtaatgctttcgtgtactctgtcacaattacaaccgcaggaaaactaattgaaaatccgttggcatatgctttagatttagttaagaaag 11999841  T
Q  222 ctaaatctgatgtaactcaagaatacatgcattcagttgcagatttaatggttatcaagggtagaccacattttactgtggttagaagttatcttgtgtc 321  Q
      ||| || |||| ||| |||| || ||||| |||    |||||||||||||||| |||||| ||||  |||||| |  |   |||   ||| | || ||    
T  11999840 aaaaaactaatgttactaaagagtatatgcaatcaacgacagatttaatggttataaagggtcgaccgtattttaataagtcgagattatatttagtttc 11999741  T
Q  322 tgatgtgacacgtgccggattcggagatgttgaatttggttggggaaaagctatatatggtggaccagctaaaggaggagttggtgctatacctggtgtt 421  Q
    |||||| |||||||| |||||  |||||||||| ||||||||||| ||| || | ||||| |||||||||||||||||||  |||||||  || ||| ||    
T  11999740 tgatgttacacgtgctggatttagagatgttgagtttggttgggggaaacctgtgtatggaggaccagctaaaggaggagacggtgctaatcccggtctt 11999641  T
Q  422 gctagcttttatatacctttcaaaaatgctaaaggagaggaaggt 466  Q
    ||| |||||  |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  11999640 gcttgctttcgtatagcttttaaaaatgttaaaggagaggaaggt 11999596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University