View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4386-Insertion-1 (Length: 1102)

Name: NF4386-Insertion-1
Description: NF4386
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4386-Insertion-1
NF4386-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-1064)||(4419989-4421056)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (23-123)||(35847680-35847780)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (675-725)||(47798402-47798452)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1064
Target Start/End: Complemental strand, 4421056 - 4419989
Alignment:
Q  8 ctttggatgtcatatagttgaagagataaggaacgggcgagggctatggagttttattaatgacaaaattgatacgcttgatggttttgtggcattattc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4421056 ctttggatgtcatatagttgaagagataagaaacgagcgagggctatggagttttattaatgacaaaattgatacgcttgatggttttgtggcgttattc 4420957  T
Q  108 tttcaacttcttgattctttgtctcaacaaaatctatgtaagtttgctataactcaggtgtatctagaatcagaaaaatgataaaatctagaacgatgtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4420956 tttcaacttcttgattctttgtctcaacaaaatctatgtaagtttgctataactcgggtgtatctagaatcagaaaaatgataaattctagaacgatgtt 4420857  T
Q  208 gaaattcctccatgtttaacggtgcatttggtgcatgatacttgtatcgagtggaagaatgtgtgtattcgaagagaacaacatgaagcattgtaagatg 307  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4420856 gaaattcctccatgtctgacggtgcatttggtgcatgatacttgtctcgaatggaagaatgtgt--attcgaagagaacaacatgaagcattgtaagatg 4420759  T
Q  308 cctcatcttcaagctctaatcagatagatgttgataagattcgttggcaatgacttgaagcaggagcgttgaagtgcaatgtggcttggaaatctttaag 407  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4420758 cctcatcttcaagctctaatcaaatagatgttgataagatttgttggcaatgacctgaagcaggagcgttgaagtgcaatgtggcttggaaatctttaag 4420659  T
Q  408 gagcaaggatggtatggtatagggatgtatcgaaggaacgacagaggcgacttcatagaagcaaaaacttcttagtatagagcgatactacaaccctgaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4420658 gagcaaggatggtatggtatagggatgtatcgaaggaacgatagaggcgacttcatagaagcaaaaacttcttagtatagagcgatactacaaccctaaa 4420559  T
Q  508 aagcagagacatgaggcttaaatgatgcaattagttggtttggtaacatgagtttatcacatgtatctattgaatttaacttcaataaagtgcttgatgg 607  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4420558 aagcataggcatgaggcttaaatgatgcaattagttggcttggtaacatgagtttatcgcatgtatctattgaatttaacttcaataaagtgcttgatgg 4420459  T
Q  608 cattcaaagtaaatttagggtcagtttcaaccttgatgctatttcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccgtttaggtttacacaaaactttaagaaaagtt 707  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||                    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4420458 catccaaagtaaatttagggtcagtttcaactttgatgctatttcagaattttttattttttttt--cgtttaggtttacacaaaactttaagaaaagtt 4420361  T
Q  708 ttatccggagacaaataacaaataatattgctattttgttagcccaagcgacatagtggtacgtttgttcttaaatttatgtgcatgttatcttgtatta 807  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4420360 ttatccggagacaaataataaataatattgctcttttgttagcccaagcgacattgtggtacgtttgttcttaaatttatgtgcatgttatcttgtatta 4420261  T
Q  808 tgattaaagttatgaatgaactccattaattttatt--------nnnnnnnnnnngtattgctaattcattttttaagnnnnnnnnnntccaattctag- 898  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||                   ||| |||||||||||||||||||          ||||||||| |     
T  4420260 tgattaaagttatgaatgaactccattaattgtttttttgttaaaaaaaaaaaaggtactgctaattcattttttaagaaaaaaaaaatccaattcttga 4420161  T
Q  899 caaatcacccaatttaaatttctcacttaaaat-aaacttttatctcaaaatttgttttatttctc-atctagagg-agtgctgatggagtt-atgatc- 993  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||| ||||||     
T  4420160 aaaaacacccaatttaaatttctcacttaaaataaaacttttatctcagaatttgttttatttctcaatctagaggaagtgatgat-gagttaatgatct 4420062  T
Q  994 ttttcatgagaaatacgtgaaaattact-aaaatg-aataaaa--tgaattatttttaaatatattatttggatg 1064  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4420061 ttttcatgagaaataagtgaaaataactaaaaatgaaataaaaattgaattattttt--atatattatttggatg 4419989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 41; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 35847780 - 35847680
Alignment:
Q  23 agttgaagagataaggaacgggcgagggctatggagttttattaatgacaaaattgatacgcttgatggttttgtggcattattctttcaacttcttgat 122  Q
    ||||||||||||| |||||| |  | | ||||||||||||||| |||| |||||||| ||   ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35847780 agttgaagagatatggaacgagacatgactatggagttttatttatgagaaaattgaaacaactgaagattttgtggcgttattctttcaacttcttgat 35847681  T
Q  123 t 123  Q
    |    
T  35847680 t 35847680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 675 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 47798452 - 47798402
Alignment:
Q  675 cgtttaggtttacacaaaactttaagaaaagttttatccggagacaaataa 725  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||    
T  47798452 cgtttagttttacacaaaactttaagataagttttattaagagacaaataa 47798402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University