View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4387-Insertion-1 (Length: 1052)

Name: NF4387-Insertion-1
Description: NF4387
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4387-Insertion-1
NF4387-Insertion-1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-998)||(1450602-1451589)
chr5 (31-239)||(1455077-1455286)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 780; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 780; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 998
Target Start/End: Complemental strand, 1451589 - 1450602
Alignment:
Q  8 ttgatttcatacaagactctgacattgttagaggaagtgcaatatgcaatcaccccttttgtgacaattgtatatctaagcatgtggctgaccaagtaat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1451589 ttgatttcatacaagactctgacattttt-gaggaagtgcaatatgcaatcaccccttttgtgacaattgtatatctaagcatgtggctgaccaagtaat 1451491  T
Q  108 ccacaacataaagaatgtttattgtccaaatccaggctgttgcgtggagctgaagccacaacatttgcaacacattt-gccgaaagaagttattggtcga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1451490 ccacaacataaagaatgtttattgtccaaatccaggctgttgcgtggagctaaagccacaacatttgcaacacattttgccgaaagaagttattggtcga 1451391  T
Q  207 tgggaatacgagtcttacattgcttggtggaatagtggataaggtagcactgtcggattgagatcagacggtccaaatttcaagtttaatagtgatttac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1451390 tgggaatacgagtcttacattgcttggtggaattgtggataaggtagtgctggcggattgagatcagacggtccaaatttcaagtttaatagtgatttac 1451291  T
Q  307 cgtcttttatatattgaggnnnnnnnnnnaatgtcgatacacaaatccagtctaggttttagttttatgattctataatctatacacatgctatgaatgt 406  Q
    |||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1451290 cgtcttttatatattgaggtttttttt--aatgtcgatacacaaatccagtctaggttttagttttatgattctataatctatacacatgctacgaatgt 1451193  T
Q  407 aaaatagagttttctgtcaatagacaaccttttcttatagtttctgatctagttcctnnnnnnntaannnnnnnnnnnnatttaaatcatccgaactcaa 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||            |||||||||||||||||||||    
T  1451192 aaaatagagttttctgtcaatagacaaccttttcttatagtttctgatctagttcctaaaaaaataattttttgtttttatttaaatcatccgaactcaa 1451093  T
Q  507 catcgttagtgtccaaaccaccgaccttctatgaagggttggagaggacactcaatcgtgtagtagacttagacgtagnnnnnnnnnnnnnnggcagcag 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||    
T  1451092 catcgttagtgtccaaaccaccgaccttctatgaagggttggagaggacactcaatcgtgtagtagacttagacgtagaaaaaaaaaa----ggcagcag 1450997  T
Q  607 taaattatttatctgaaacaggttacaaatacacacctaaagtcaagagtagtaaatataaaacagcaacaatagctacagtatcttgtcacacaagaaa 706  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1450996 taaattatttatttgaaacaggttacaaatacacacctaaagtcaagagcagtaaatataaaacagcaacaatagctacagtatcttgtcacacaagaaa 1450897  T
Q  707 acattatttacacttacagcaccatgatatgattctatacatatgcgcctaaatcctaatacattttataaaatgttcattccttattagtacttcactc 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1450896 acattatttacacttacagcaccatgatatgattctatacatatgcgcctaaatcctaatacattttataaaatgttcattccttattagtacttcactc 1450797  T
Q  807 caagtcttttcttgtatctgcacaaaaacattaaaaaatttaaaggtatggatggatttccaatcacaaaaccaatgcacagatggaggcaatttttcta 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1450796 caagtcttttcttgtatctgcacaaaaacattaaaaaatttaaaggtatggatggatttccaatcacaaaaccaatgcacagatggaggcaatttttcta 1450697  T
Q  907 gtaacatttagaacctgcagagatggatacagagagtgctcttgaaattgtagcactcttaaggag-tcatg-tcaggatctg-attaggacttc 998  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||    
T  1450696 gtaacatttagaacctgcagagatggatacagagagtgctcttgaaattgtagcactcttaaggagttcatgttcaggatctgaattaggacttc 1450602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 31 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 1455286 - 1455077
Alignment:
Q  31 attgttagaggaagtgcaatatgcaatcaccccttttgtgacaattgtatatctaagcatgtggctgaccaagtaatccacaacataaagaatgtttatt 130  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| || ||||||||  ||| ||    
T  1455286 attgtcagaggaagtaccatatgcaatcatcagttttgtgccaattgtatatctaagcatgtggctgaacaactaagccaaaatataaagaaaatttgtt 1455187  T
Q  131 gtccaaatccaggctgttgcgtggagctgaagccacaacatttgcaacaca-tttgccgaaagaagttattggtcgatgggaatacgagtcttacattgc 229  Q
    |||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1455186 gtccaaatcctgtctgtagcgtggaactgaagccacagtatttgcaacatattttgcctaaagaagtggttggtcgatgggaatacgagtcttacatggc 1455087  T
Q  230 ttggtggaat 239  Q
    ||||||||||    
T  1455086 ttggtggaat 1455077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University