View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4391_low_1 (Length: 794)

Name: NF4391_low_1
Description: NF4391
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4391_low_1
NF4391_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-786)||(49951315-49952094)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 786
Target Start/End: Original strand, 49951315 - 49952094
Alignment:
Q  17 tttactatgtaaatgcatggaattgttgcacgatcggaattcgagagcaag--tgttactttgaaaccataaacaggtagtgaaacaaagaaaaccaaaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49951315 tttactatgtaaatgcatggaattgttgcacgatcggaattcgagagtaagagtgttaatttaaaaccataaacaagtagtgaaacaaagaaaaccaaaa 49951414  T
Q  115 aa-tcaaacatatgaatatatagaaggtaacacatgcacttatatttaaa-gggatatgctaacaaacattcttggagcacttatacgagtaggggaaaa 212  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951415 aaatcaaacatatgaatatatagaaggtaacacatgcacttatacttaaaagggagatgctaacaaacattcttggagcacttatacgagtaggggaaaa 49951514  T
Q  213 aataaactttgtattaaannnnnnnnnnnnnnnagacttttagatcgctaactacccacttatatttattgtatatgattcattaacaaaagtgacccaa 312  Q
    ||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951515 aataaactttgtattaaattttttgcgttttttagacttttagatcgctaactacccacttatatttattgtatatgattcattaacaaaagtgacccaa 49951614  T
Q  313 gaaaaattgttagcattctccatgtttaaaatgcaaaaggaaggtagaattaaaatggaaaaaatcgaggggataggaaagtttcagttgatatcgaact 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951615 gaaaaattgttagcattctccatgtttaaaatgcaaaaggaaggtagaattaaaatggaaaaaatcgaggggataggaaagtttcagttgatatcgaact 49951714  T
Q  413 tgtcgtttgttaattcccatagatcccacagctccaagccaaagtagctgagcgtgtgaatgatctcaaaaggtgtccttagttactgttgtagtaaaaa 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951715 tgtcgtttgttaattcccatagatcccacagctccaagccaaagtagctgagcgtgtgaatgatctcaaaaggtgtccttagttactgttgtagtaaaaa 49951814  T
Q  513 tttaacataaaaaccaaaataaatccaaaccacattnnnnnnnnnnnnnnatgactcatcatcacccccttagcatctgtcacattttgttatcattgaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951815 tttaacataaaaaccaaaataaaaccaaaccacatttctctctctctctcatgactcatcatcacccccttagcatctgtcacattttgttatcattgaa 49951914  T
Q  613 cagatcaacacaatcacacacagaatctctctctcactctcattagaaaccatcttgaaaccgattgatcaatgctgctgaattaggagtatttgtatct 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49951915 cagatcaacacaatcacacacagaatctctctctcactctcattagaaaccatcttgaaaccgattgatcaatgctgctgaattaggagtatttgtatct 49952014  T
Q  713 aaacgatgctgctgtcctcct------cctcctgaatagctccttccccaattcaatgtcccttccatatcttgatgatg 786  Q
    |||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49952015 aaacgatgctgctgtcctcctcctccacctcctgaatagctccttccccaattcaatgtcccttccatatcttgatgatg 49952094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University