View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4393_low_1 (Length: 666)

Name: NF4393_low_1
Description: NF4393
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4393_low_1
NF4393_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-648)||(10754823-10755460)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (11-648)||(2989647-2990281)
chr8 (11-640)||(2710455-2711081)
chr8 (18-648)||(9850273-9850900)
chr8 (18-638)||(3002645-3003262)
chr8 (26-411)||(2980779-2981164)
chr8 (115-593)||(2915398-2915876)
chr8 (113-411)||(2910438-2910736)
chr8 (29-620)||(3169448-3170042)
chr8 (28-594)||(3173019-3173581)
chr8 (115-638)||(3141433-3141956)
chr8 (113-410)||(3281772-3282069)
chr8 (113-410)||(13791825-13792122)
chr8 (543-638)||(2980552-2980647)
chr8 (454-594)||(2910779-2910919)
chr8 (26-90)||(2915309-2915373)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (17-648)||(18356047-18356675)
chr6 (122-202)||(6124507-6124587)
[»] scaffold0065 (2 HSPs)
scaffold0065 (20-646)||(45774-46401)
scaffold0065 (454-638)||(50948-51132)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (113-640)||(3918417-3918944)
chr7 (185-293)||(7157318-7157426)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 622; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 648
Target Start/End: Original strand, 10754823 - 10755460
Alignment:
Q  11 catcatcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754823 catcgtcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 10754922  T
Q  111 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10754923 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 10755022  T
Q  211 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccatt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755023 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccatt 10755122  T
Q  311 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755123 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggtactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 10755222  T
Q  411 atcctggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtca 510  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755223 atcctggtttactactccaacggaatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtca 10755322  T
Q  511 tctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccact 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755323 tctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccact 10755422  T
Q  611 tttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaac 648  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10755423 tttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaac 10755460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 11 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 2990281 - 2989647
Alignment:
Q  11 catcatcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 110  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||    
T  2990281 catcatcattaaaatttgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcattgattttcaactgaaca 2990182  T
Q  111 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2990181 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatcctgaggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgt 2990082  T
Q  211 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccatt 310  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| ||||  | |||||||| ||||||||| ||||||    
T  2990081 tgaggtgataagttctggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcaccatcacacaatttccaacattcaccttgtaagacattgatccatt 2989982  T
Q  311 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 410  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  2989981 cactttctttactttcacttcgtaatatgcctcctagtgatctaattgctaacggaactcctttgcacttttctgctatcttcttaccaattgattcaag 2989882  T
Q  411 atcctggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtca 510  Q
    |   |||||    |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||| |||| |||| ||||| ||| |||||| | |||  ||   |||||    
T  2989881 aggttggtt---cactccaacagtaacatccccaaagacaatattcttgaacaaaacccatgatttttctggagttaaacctctcaaaacatgttggtca 2989785  T
Q  511 tctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccact 610  Q
      ||||| |||| | | ||||||  | ||    |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||    
T  2989784 cttacacccattctatctgccacaatcttactgcatgttgtcattacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataaggcctcaattgatcccact 2989685  T
Q  611 tttcaaaactcttattccaaacgtcatccagaagtaac 648  Q
    ||||||||| || |||||||||||| || |||| ||||    
T  2989684 tttcaaaacactcattccaaacgtcgtcgagaactaac 2989647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 11 - 640
Target Start/End: Original strand, 2710455 - 2711081
Alignment:
Q  11 catcatcattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaaca 110  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||    
T  2710455 catcgtcattcaattctgcatcttggaagaatgaattcatcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcattgctcttcaactgaaca 2710554  T
Q  111 accaagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgt 210  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  2710555 tccaagatatccttgtgctatccacatttgaattaactcatccttcttcaatttccaatcttgaggaaatatagagcaataagcaaaacattgtctttgt 2710654  T
Q  211 tgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccatt 310  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| | |||| |    
T  2710655 tgaggcgacaagttattgtaactcaattttaggaccggcatgatgctatctttatcctcgcacaatttccaaaagtcaccttgtaagacatcgatccact 2710754  T
Q  311 caatttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 410  Q
    |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || |||| ||||||    
T  2710755 ccctttcttcccttttacttcgtaatatgcctcccagtgatctaattgctaatggaactcctttgcacttttctgctatcttctttccaattggttcaag 2710854  T
Q  411 atcctggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtca 510  Q
    |   |||||    ||||||| || |||||||  ||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||  | |||  ||| ||||||    
T  2710855 agtttggtt---cactccaatggcatcatccggaaaggtaatattctttaacaaaccccaagattcttctggagttaaaccactcaaaacataggggtca 2710951  T
Q  511 tctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccact 610  Q
      ||||| |||||| ||||||||  ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||    
T  2710952 cttacacccattgtttgtgccacaattttactacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcctcaattcatcccact 2711051  T
Q  611 tttcaaaactcttattccaaacgtcatcca 640  Q
    ||||| ||||||  ||||||| ||||||||    
T  2711052 tttcataactctcgttccaaatgtcatcca 2711081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 18 - 648
Target Start/End: Original strand, 9850273 - 9850900
Alignment:
Q  18 attcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||  |||||    
T  9850273 attcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattaacaaattggttaccaacatcttccatgctcttcccttcaactgaacagtcaaga 9850372  T
Q  118 taaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtg 217  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |    
T  9850373 taaccatgcgccatccacattcgaatcaactcatccttctcaaattcccaatccttaggatataaagagcaataagcaaaacattgtctttgttgaggcg 9850472  T
Q  218 acaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttc 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || || ||  |||| || |  ||||| | |||||   || ||||  ||||    
T  9850473 acaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctatctttatcctcacacaagttccaaaaatttccttgtaggacatcaatcaattccctttc 9850572  T
Q  318 tttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctgg 417  Q
    || |||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||     |||    
T  9850573 ttcacttttactttgtaatatgcctcctaacgatctaattgctaatggaactcctttgcacttttccgctatcttcctaccaattgattcaa-----tgg 9850667  T
Q  418 tt-tact-actccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctac 515  Q
    || || | ||||||| ||||||||||| | |  |||| ||||| || | || |||||||||||||| | ||||||| || |||  ||||||| ||  |||    
T  9850668 ttctattcactccaatggtatcatcccaagatgcaattttctttaatagactccaagattcttctggaatcaaaccattcaaaacataagggacacttac 9850767  T
Q  516 acgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttca 615  Q
    || ||| || ||||||||  ||     |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||    
T  9850768 acccatggtttgtgccacaattgcactacgagtcgtcactacaaccttacttccttgagccccacacatcaaataagtcttcaattgagcccatttttca 9850867  T
Q  616 aaactcttattccaaacgtcatccagaagtaac 648  Q
     |||||| |||||||| |||||| |||| ||||    
T  9850868 taactctcattccaaatgtcatctagaactaac 9850900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 18 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 3003262 - 3002645
Alignment:
Q  18 attcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | |   |||| ||||||  |||||    
T  3003262 attcaattttgcatcttggaagaatgatttcatcaagaaaatattcacaaattggttaccaacatcttccatgcagtgcttttcaattgaacattcaaga 3003163  T
Q  118 taaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtg 217  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||  || ||||||  ||    
T  3003162 taaccttgcgccatccacatttgaatcaactcgtccttctcaattacccaatccttaggatataaagcacaataagcaaaacattgtctctgttgaaatg 3003063  T
Q  218 acaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttc 317  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||  ||| ||   | ||| || || ||| |||| || |||||||| ||||||| | |||||||  ||||    
T  3003062 acaaattttggtaactcaattttaggaccggcaaaatggtaccgttatcctcacacaatttccaaaattcaccttgtaagacatcgatccattccctttc 3002963  T
Q  318 tttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctgg 417  Q
    || ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||   ||     
T  3002962 ttcacttttattttgtaatatgcctcccaattatctaattgctaatggaactcctctgcactttttcactatcttcttaccaattgactcaagagtttga 3002863  T
Q  418 tttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacac 517  Q
    ||    ||||||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||| || |||  ||| || ||   |||||    
T  3002862 tt---cactccaatggtatcatccccaaacgcaatcttctttaacaaacttcatgattcttctggagtcaaaccattcaaaaaatagggctctcttacac 3002766  T
Q  518 gcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaa 617  Q
     |||||| |||||||| | |||   |||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||||    
T  3002765 ccattgtttgtgccacagctttactacgagttgtcactaaaaccttggtgccttgagcatcacacatcaaataagtcctcaattgagcccatttttcaaa 3002666  T
Q  618 actcttattccaaacgtcatc 638  Q
    |||||  ||||||| ||||||    
T  3002665 actctcgttccaaatgtcatc 3002645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 26 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 2981164 - 2980779
Alignment:
Q  26 ttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagataaccttg 125  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |   ||||||||||   |||||||||||||    
T  2981164 ttgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatctttcatgcattgcttttcaactgaaccgtcaagataaccttg 2981065  T
Q  126 tgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagtta 225  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2981064 tgccatccacatttgaattaattcatccttcataaatttccaatcctggggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgttgaggtgacaagtta 2980965  T
Q  226 tggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttctttacttt 325  Q
    | |||||||||| ||||||| |||| |||||||| || ||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||| |   |||| ||  ||||||  ||||    
T  2980964 tagtaactcaatcttaggactggcaagatgctatctttatcctcgcacaatttccaaaagtcaccttgtaagacttcaatccactccctttcttcccttt 2980865  T
Q  326 tacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 411  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  2980864 tgctttgtaatatgcctcccaatgatcttattgctaatggaactcctttgcacttttctgctatcttctcaccaattgactcaaga 2980779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 115 - 593
Target Start/End: Original strand, 2915398 - 2915876
Alignment:
Q  115 agataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgag 214  Q
    ||||||||||||||||| ||||  |||||  ||||||||||||| | || ||||||||||||| |||  |||||||| ||||| ||||  || || ||||    
T  2915398 agataaccttgtgccatgcacagctgaatccactcatccttctctatttcccaatccttaggatatacggagcaatatgcaaagcattgtctgtgctgag 2915497  T
Q  215 gtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaat 314  Q
    | ||||||||  | || |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  2915498 gcgacaagtttcgatagctcagtttcagaaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcact 2915597  T
Q  315 ttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcc 414  Q
     ||||||||||||||| | |||| |||||| |||| |||||| || | |||||||||| |||| ||||  ||||||| | |||| ||||||||||||       
T  2915598 ctctttacttttactttgcaataggcctcctaatgttctaatagctagtggaactcctctgcatttttctgctatctccataccaattgattcaagagtt 2915697  T
Q  415 tggtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatcta 514  Q
    | ||| ||| || || |   || | |       ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||  ||    
T  2915698 ttgttcactccttcagcctcattaccgtatgtaacaatgttctttaacaaaccccatgattcttctggagtcaaaccattcaaagcataagggtcacata 2915797  T
Q  515 cacgcattgtgtgtgccacggtttt-ctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagt 593  Q
    ||| ||||||  ||||||| ||||| ||| ||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2915798 cacccattgtccgtgccacagttttactc-cgagtcgtcactaaaatcttactgcctttagcaccacacatcaagtaagt 2915876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 113 - 411
Target Start/End: Original strand, 2910438 - 2910736
Alignment:
Q  113 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 212  Q
    |||||||||||||||| || || | |||||| |||||||||||||| | || ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||  || |||||    
T  2910438 caagataaccttgtgcaatgcatagttgaatcaactcatccttctctatttcccaatccttaggatatatagagcaatatgcaaaacattgtctctgttg 2910537  T
Q  213 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattca 312  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2910538 aggtgacaagttttggtaactcagtttcagaaccggcacgatgctattttcgtcttggcataatctccaaaagtcaccttgtaagacattgttccattca 2910637  T
Q  313 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaaga 411  Q
     ||| |||||| |||| | | |||| |||||| |||| |||||| || | |||||| ||  |||||||||  ||||||| | |||| ||||||||||||    
T  2910638 ctttgtttactcttaccttgcaataggcctcctaatgttctaatagctagtggaaccccactgcacttttctgctatctccataccaattgattcaaga 2910736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 620
Target Start/End: Original strand, 3169448 - 3170042
Alignment:
Q  29 catcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagataaccttgtgc 128  Q
    ||||||| || ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||    ||    | | | |||||  ||||||||||||||||    
T  3169448 catcttgcaaaaatgacttcatcaagaaaatatttacgaattggttaccaatatcttccatcagcttttttttagccgaacattcaagataaccttgtgc 3169547  T
Q  129 catccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagttatgg 228  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||| |  | |||||||||||||||| ||| ||  || || ||||||||||  ||  |||| |||||||||||||||    
T  3169548 catccacaaatgaattaactcatgcttatgtattttccaatccttaggatatatagcacagtatgcaaaacattgtctaagttggggtgacaagttatgg 3169647  T
Q  229 taactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttctttacttttac 328  Q
    ||||||| ||| |  || ||||||||||| | ||| ||||| |||||  |||| |||||| |||| || |||     ||||||| |||| | ||||||||    
T  3169648 taactcagtttcaacactggcatgatgctttcttcttcttcacataacttccaaaagtcatcttgtaaaacaccaacccattcagtttcatcacttttac 3169747  T
Q  329 ttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctggtttactactcc 428  Q
     | |||| | |||||| | || ||| ||||| | |||||| ||  ||||||||   |||||||||||||| || | |||||||   ||||| |  |||||    
T  3169748 cttgtaaaaggcctcctagtgttctgattgctagtggaacaccactgcactttacagctatcttcttaccaatagtttcaagagtttggttcaaaactcc 3169847  T
Q  429 aacggtatcatccccaaa---gacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacacgcattgtg 525  Q
        || ||||||||  |    || || ||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||| || |||||||| ||| ||  ||||| ||||||     
T  3169848 ttttgtctcatccccgtatgtaacgatgttcttcaacaaactccaagatttctctggagtcaaaccattcaaagtataggggacacttacacccattgtt 3169947  T
Q  526 tgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaact 620  Q
    ||||| ||   |||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||    
T  3169948 tgtgctacaactttactacgagttgtcactacaaccttactaccttgagcaccacacatcaaataagtcttcaattgagcccatttttcaaaact 3170042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 594
Target Start/End: Original strand, 3173019 - 3173581
Alignment:
Q  28 gcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagataaccttgtg 127  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  | || ||   | ||||| |  |||  ||||||||||    
T  3173019 gcatcttggaaaaatgacttcatcaagaaaatatttacaaattg-ttaccaatatcttccataaactttcc---acctgaaaattcaaagtaaccttgtg 3173114  T
Q  128 ccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagttatg 227  Q
    ||| ||||| |||||| ||||||| |||||| | | |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||  |    
T  3173115 ccacccacagttgaatcaactcatgcttctctattctccaatccttgggatataaagagcagtaagcaaaacattgtcttagttgaggtgacaagtttag 3173214  T
Q  228 gtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttctttactttta 327  Q
    |||||||| ||| |  || ||||||||||| | ||| ||||| |||||| |||| | | ||| ||| |||||||   |||||||  || ||| | |||||    
T  3173215 gtaactcagtttcaacactggcatgatgctttcttcgtcttcacataatttccacaggccacattgtaagacatcagtccattcctttgcttcagtttta 3173314  T
Q  328 cttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctggtttactactc 427  Q
    |   |||||| |||||| | || ||| ||||| | |||||| ||  ||||||| |   ||||||| ||||| |||||||| |||   ||||| || |||     
T  3173315 ccctgtaataggcctcctagtgttctgattgctagtggaacaccaatgcacttctcttctatctttttaccaattgattccagagtttggttcac-actt 3173413  T
Q  428 caacggtatcatcccca-aagaca--atcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacacgcattgt 524  Q
    |   ||| ||||||||| | || |  || ||||||||||||| ||||||    |||| | ||||||| || |||||||||||| ||  ||||| ||||||    
T  3173414 c--tggtttcatccccatatgaaatgatgttcttcaacaaactccaagaactctctggattcaaaccattcaaagtataagggacacttacacccattgt 3173511  T
Q  525 gtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtc 594  Q
     ||||| ||  |||| | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  3173512 ttgtgctacaattttattacgagttgtcactataaccttactgtcttgagcaccacacatcaaatgagtc 3173581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 115 - 638
Target Start/End: Original strand, 3141433 - 3141956
Alignment:
Q  115 agataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgag 214  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||| | |||||||||| || |||||||||| || | ||||||    
T  3141433 agataaccttgtgccatccatagttgaatcaactcatccttctctattttccaatctttagtatataaagagcagtaggcaaaacattgccgtagttgag 3141532  T
Q  215 gtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaat 314  Q
    | |||||||| |||||||||| ||| |  |||||||||||||| | ||| ||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||   |||||||  |    
T  3141533 gagacaagttttggtaactcagtttcaacaccggcatgatgctttcttcgtcttcacataatttccaaaagtcaccttgtaaaacatcaatccattctct 3141632  T
Q  315 ttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcc 414  Q
    ||||| | |||| |   | |||| |||||| | || ||| ||||| | |||||| ||  |||||||||  || |||||||| || |||| |||||||       
T  3141633 ttcttcatttttgccctgcaataggcctcctagtgttctgattgcaagtggaacaccactgcacttttctgcaatcttcttgccaattgtttcaagagtt 3141732  T
Q  415 tggtttactactccaacggtatcatccccaaa---gacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcat 511  Q
    ||||||||| ||      || ||||||||| |    | ||| ||| ||||||||| |||||||| ||||  ||||||||| || ||| |||| | | |      
T  3141733 tggtttactgct---ttcgtctcatccccatatgtaataatgttcgtcaacaaactccaagatttttctagagtcaaaccattcaaattataggagacgc 3141829  T
Q  512 ctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccactt 611  Q
     ||||| |||| | | ||| ||  ||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | || ||| |||| ||    
T  3141830 ttacacccattctttctgcaacaattttagaacgagttgtcactacaaccttactgcctttagcaccatacatcaaataagtcctcaattgagcccattt 3141929  T
Q  612 ttcaaaactcttattccaaacgtcatc 638  Q
    | |||||||||  ||||||| ||||||    
T  3141930 tccaaaactctcgttccaaatgtcatc 3141956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 113 - 410
Target Start/End: Original strand, 3281772 - 3282069
Alignment:
Q  113 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 212  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||| |||  ||||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||     |    
T  3281772 caagataaccttgtgccatccaaagttgaatcaacatatccttctcgatttcccaatccttaggaaatagagagcaataagcaaaacattgtctcaaccg 3281871  T
Q  213 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattca 312  Q
    | | |||||  | ||||||| |||| | |||| |  ||||||||| ||||| ||||| ||| ||  ||| || || ||||| ||||||||| |||||||     
T  3281872 aagcgacaaactttggtaacccaatgtcaggatcaacatgatgcttttttcgtcttcacatgattcccaaaattcgccttgtaagacattgatccattcc 3281971  T
Q  313 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 410  Q
     ||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| | ||||||| | |||||||||  |||||||||  || || || ||||| |||||||||||    
T  3281972 ctttctttgcttttactctgtaataggcctcccaatgttttaattgctagtggaactcccatgcacttttctgcaatttttttaccaattgattcaag 3282069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 113 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 13792122 - 13791825
Alignment:
Q  113 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 212  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||   |||    
T  13792122 caagataaccctgtgccatccaaagttgaatcaacgcatccttctcaatttcccaatccttgggatataaagagcaataagcaaaacattgtctcaattg 13792023  T
Q  213 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattca 312  Q
    | | |||||  | |||||||| ||||| ||||  | |  |||||| | ||  ||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| | |||||||     
T  13792022 aagcgacaaactttggtaactaaatttcaggattgacgagatgctttctttgtcttcgcataattcccaaaagtcaccttgtaagacatcgatccattcc 13791923  T
Q  313 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaag 410  Q
     |||||| |||||| ||| | | || ||||||||| | ||||||||| | |||||||||  |||||||||  ||||| ||  |||| |||||||||||    
T  13791922 ctttcttcacttttcctttgcagtaagcctcccaaagttctaattgctagtggaactcccatgcacttttctgctatttttataccaattgattcaag 13791825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 543 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 2980647 - 2980552
Alignment:
Q  543 acgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatc 638  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||    
T  2980647 acgagttgtcactacaatcttgctgccttgagcatcacgcatcaaataagtcgtcaattgatcccacttttcattactcttgttccaaatgtcatc 2980552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 454 - 594
Target Start/End: Original strand, 2910779 - 2910919
Alignment:
Q  454 ttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtca 553  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||| || |||  |||||||||   ||||| |||||| |||||||| |||||   |||||| ||||    
T  2910779 ttctttaacaaactccatgattcttctggagtcaaaccattcaaaacataagggtcgcatacacccattgtctgtgccacagttttactacgagtcgtca 2910878  T
Q  554 ctacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtc 594  Q
    ||| || ||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  2910879 ctaaaatcttgctgtctttagcaccacacatcaagtaagtc 2910919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 26 - 90
Target Start/End: Original strand, 2915309 - 2915373
Alignment:
Q  26 ttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatg 90  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||| | || || ||||| |||||| |||||||||||    
T  2915309 ttgcatcttggaaaaatgactttgtcaagaaattcttcacgaattggttaccagcatcttccatg 2915373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 302; Significance: 1e-169; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 17 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 18356675 - 18356047
Alignment:
Q  17 cattcaattttgcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaag 116  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |   |||||||||||||||||    
T  18356675 cattcaaatctgcatcttggaagaatgaattcttcaagaaaatttttacaaattgattaccaacatctttcatgcattgcttttcaactgaacaaccaag 18356576  T
Q  117 ataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18356575 ataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaattcccaatcctgaggaaataaagagcaataagcaaaacattgcctttgttgaggt 18356476  T
Q  217 gacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaattt 316  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || || ||| |||| || || ||||| ||||||||| |||||||| |||    
T  18356475 gataagttctggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcacgatcacacaatttccaaaattctccttgtaagacattgatccattcacttt 18356376  T
Q  317 ctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctg 416  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||   ||    
T  18356375 ctttactttcacctcgtaatatgcctcctagtgatctaattgctaacggaactcctttgcacttttctactatcttcttaccaattgattcaagaggttg 18356276  T
Q  417 gtttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctaca 516  Q
    |||    |||||||| ||| |||||||||||  ||| ||||| |||||| |||| |||||||||| ||| |||||| | |||  ||   |||||  ||||    
T  18356275 gtt---cactccaacagtaacatccccaaaggtaatattcttgaacaaaacccatgattcttctggagttaaacctctcaaaacatgttggtcacttaca 18356179  T
Q  517 cgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaa 616  Q
    | |||||| | ||||||  | ||    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||    
T  18356178 ctcattgtatctgccacaatcttactgcgtgttgtcattacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataaggcctcaattgatcccacttttcaa 18356079  T
Q  617 aactcttattccaaacgtcatccagaagtaac 648  Q
    |||||| |||||||||||| || |||| ||||    
T  18356078 aactctcattccaaacgtcgtcgagaactaac 18356047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 122 - 202
Target Start/End: Original strand, 6124507 - 6124587
Alignment:
Q  122 cttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacatt 202  Q
    ||||||||||||| | |||||| ||||||| ||| |||| || |||| || ||||| |||  ||||||||||| |||||||    
T  6124507 cttgtgccatccataattgaatcaactcattcttttcaatttcccaacccataggatatatggagcaataagcgaaacatt 6124587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065 (Bit Score: 148; Significance: 9e-78; HSPs: 2)
Name: scaffold0065
Description:

Target: scaffold0065; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 20 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 46401 - 45774
Alignment:
Q  20 tcaatttt-gcatcttggaagaatgaattcgtcaagaaaatatttacaaattgattaccaacatcttccatgcatttcccctcaactgaacaaccaagat 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||   |  |     | |  ||||||  ||||||    
T  46401 tcaattttagcatcttggaagaatgacttcatcaagaaaatctttacgaattggttaccaatatcttccggaccctgtttttgagttgaacattcaagat 46302  T
Q  119 aaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttgaggtga 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |  | || ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||| ||    
T  46301 aaccttgtgccatccacagttgaatcaactcatccttttttatttcccaatccttaggatataaagagcagtaagaaaaacattgtcttagttgaggcga 46202  T
Q  219 caagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattcaatttct 318  Q
     ||||| |||||||||| ||| |  || ||||||||| | | ||| ||||| |||||| |||| |||||| |||| || |||     ||||||  |||||    
T  46201 taagttttggtaactcagtttcaacactggcatgatggtttcttcgtcttcacataatttccaaaagtcatcttgtaaaacaccaacccattccgtttct 46102  T
Q  319 ttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagatcctggt 418  Q
    | |||||||| | |||| | |||||| |||| ||| ||||| | |||||| ||  |||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||  ||||    
T  46101 tcacttttaccttgtaaaaggcctcctaatgttctgattgctagtggaacaccactgcacttttcagctatcttcttaccaattgcttcaagattttggt 46002  T
Q  419 ttactactccaacggtatcatccccaaagacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacacg 518  Q
    | |  |||||   ||| |||||||   |    || ||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||| || |||||||| ||| ||  |||||     
T  46001 tcaaaactcctttggtctcatccctgtatgtgatgttcttcaacaaacaccaagatttctctggagtcaaaccattcaaagtataggggacacttacacc 45902  T
Q  519 cattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaa 618  Q
    |||||| ||||||||  ||||   |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||| |||    
T  45901 cattgtttgtgccacaattttagaacgagtcgtcactacaaccttactaccttgagcaccacacatcaaataagtcttcaattgatcccacttttctaaa 45802  T
Q  619 ctcttattccaaacgtcatccagaagta 646  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||    
T  45801 ctctcattccaaacgtcatcaagaagta 45774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0065; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 454 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 51132 - 50948
Alignment:
Q  454 ttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtcatctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtca 553  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || |||| ||| |||  |  ||||  |||||| ||||||||  ||||   |||||| ||||    
T  51132 ttcttcaacaaaccccaagatttctctgaagtcaaaccattcaaagcataggggatacttacatccattgtttgtgccacaattttagaacgagtcgtca 51033  T
Q  554 ctacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccacttttcaaaactcttattccaaacgtcatc 638  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | || |||   || |||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  51032 ctacaaccttactaccttgagcaccacacataaaataagtcctcaattgagaacatttttcaaaactctcgttccaaatgtcatc 50948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 103; Significance: 6e-51; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 113 - 640
Target Start/End: Original strand, 3918417 - 3918944
Alignment:
Q  113 caagataaccttgtgccatccacatttgaattaactcatccttctcaaatttccaatccttaggaaataaagagcaataagcaaaacattccctttgttg 212  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| || || ||||||||||| |  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |   ||||    
T  3918417 caagataaccatgtgccatccacaattgtatcaattcatccttctctatatcccaatccttaggatataaagagcaataagcaaaacattgtcgcagttg 3918516  T
Q  213 aggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataagtcaccttgcaagacattgttccattca 312  Q
    ||| |||||||| |||||||||| ||| |  || |||||||| || | ||||||||| |||||| |||| ||||||||||| || ||||   ||||||||    
T  3918517 aggcgacaagttttggtaactcagtttcaacactggcatgatactttcttcatcttcacataatttccaaaagtcaccttgtaaaacatcaatccattca 3918616  T
Q  313 atttctttacttttacttcgtaatatgcctcccaatgatctaattgccaatggaactcctttgcactttttcgctatcttcttacctattgattcaagat 412  Q
      ||||| |||||||| | |||| | |||||| | || ||| ||||| | |||||| ||  |||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||     
T  3918617 cattcttcacttttaccttgtaacaggcctcctagtgttcttattgctagtggaaccccagtgcacttttctgctatcttcttgccgattgattcaagag 3918716  T
Q  413 cctggtttactactccaacggtatcatccccaaa---gacaatcttcttcaacaaaccccaagattcttctgaagtcaaaccttttaaagtataagggtc 509  Q
      |||||    ||||    ||  ||||||||  |    |  || || |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||| || |||  ||| |||||    
T  3918717 tttggtt---cactcttttggactcatccccgtatgtaatgatgttgttcaacaaacgccaagattctgctggagtcaaaccattcaaaacataggggtc 3918813  T
Q  510 atctacacgcattgtgtgtgccacggttttctcacgagttgtcactacaaccttactgccttgagcaccacacatcaaataagtcattaactgatcccac 609  Q
    |  ||||| |||||| |||| ||| |||||   ||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| ||||     
T  3918814 aattacacccattgtttgtgacactgttttactacgggttgtcgctacaatcttactaccttgagcaccacacatcaaaaaagtcctcaagtgagcccat 3918913  T
Q  610 ttttcaaaactcttattccaaacgtcatcca 640  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  3918914 ttttcaaaactctcgttccaaatgtcatcca 3918944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 185 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 7157426 - 7157318
Alignment:
Q  185 agcaataagcaaaacattccctttgttgaggtgacaagttatggtaactcaattttaggaccggcatgatgctattttcatcttcgcataatctccataa 284  Q
    |||| |||||||||||||  ||   |||||| |||||| | |||||||||| ||| |  || ||||| ||||||| ||| ||||| |||||| |||| ||    
T  7157426 agcagtaagcaaaacattgtctcatttgaggagacaagctttggtaactcagtttcaacactggcataatgctatcttcgtcttcacataatttccaaaa 7157327  T
Q  285 gtcaccttg 293  Q
    |||||||||    
T  7157326 gtcaccttg 7157318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University