View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4394_low_1 (Length: 856)

Name: NF4394_low_1
Description: NF4394
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4394_low_1
NF4394_low_1
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (72-713)||(23072050-23072700)
chr7 (9-409)||(23071681-23072091)
chr7 (78-369)||(25193994-25194284)
chr7 (71-396)||(3958144-3958468)
chr7 (721-841)||(23077825-23077945)
chr7 (70-309)||(7741612-7741848)
chr7 (72-193)||(8356210-8356331)
chr7 (72-216)||(37223547-37223689)
chr7 (71-192)||(13789497-13789618)
chr7 (67-164)||(17944560-17944657)
chr7 (9-69)||(47261835-47261895)
chr7 (286-369)||(25194340-25194423)
chr7 (72-192)||(3958053-3958172)
chr7 (207-290)||(7406811-7406896)
chr7 (72-121)||(7734371-7734420)
chr7 (288-384)||(37223466-37223563)
chr7 (240-332)||(15019211-15019303)
chr7 (76-194)||(37223838-37223956)
chr7 (264-369)||(2414425-2414530)
chr7 (316-409)||(7734379-7734472)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (69-409)||(19987642-19987980)
chr4 (148-365)||(18930561-18930780)
chr4 (79-368)||(45015494-45015783)
chr4 (72-195)||(19987939-19988062)
chr4 (132-369)||(18936184-18936420)
chr4 (72-406)||(8107216-8107534)
chr4 (72-318)||(38978713-38978947)
chr4 (90-192)||(7833755-7833857)
chr4 (74-193)||(11028757-11028875)
chr4 (72-192)||(8107135-8107254)
chr4 (27-70)||(2244676-2244719)
chr4 (103-162)||(56101095-56101154)
chr4 (72-121)||(41206465-41206514)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (72-409)||(32024950-32025287)
chr1 (72-409)||(32025246-32025583)
chr1 (72-194)||(32025542-32025664)
chr1 (66-170)||(9448646-9448750)
chr1 (72-164)||(31412421-31412513)
chr1 (67-166)||(51865803-51865902)
chr1 (72-192)||(4119115-4119235)
chr1 (72-226)||(50013595-50013748)
chr1 (9-69)||(1803329-1803389)
chr1 (122-191)||(18215899-18215968)
chr1 (144-306)||(50013918-50014079)
chr1 (198-267)||(4662855-4662924)
chr1 (132-205)||(34228419-34228492)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (74-409)||(26533280-26533615)
chr2 (72-407)||(44279004-44279340)
chr2 (178-409)||(27836814-27837035)
chr2 (178-407)||(27187002-27187221)
chr2 (178-407)||(27836544-27836763)
chr2 (178-362)||(21088886-21089069)
chr2 (72-192)||(44279301-44279421)
chr2 (179-409)||(27187272-27187492)
chr2 (179-409)||(27837086-27837306)
chr2 (72-192)||(26533574-26533695)
chr2 (86-192)||(31074228-31074334)
chr2 (71-165)||(38144013-38144107)
chr2 (72-192)||(21089075-21089195)
chr2 (104-193)||(8596463-8596552)
chr2 (180-309)||(3736214-3736342)
chr2 (72-157)||(27187228-27187313)
chr2 (72-121)||(27187488-27187537)
chr2 (72-157)||(27836770-27836855)
chr2 (72-157)||(27837042-27837127)
chr2 (72-121)||(27837302-27837351)
[»] scaffold0007 (2 HSPs)
scaffold0007 (198-409)||(261950-262161)
scaffold0007 (72-194)||(262120-262242)
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (87-408)||(34373677-34373998)
chr8 (198-409)||(15937889-15938100)
chr8 (198-408)||(21403110-21403320)
chr8 (198-408)||(21797603-21797813)
chr8 (251-409)||(21397120-21397278)
chr8 (251-409)||(21791613-21791771)
chr8 (125-309)||(33446026-33446210)
chr8 (71-291)||(21008319-21008541)
chr8 (207-349)||(9410371-9410513)
chr8 (72-193)||(34373596-34373717)
chr8 (72-157)||(21397237-21397322)
chr8 (72-157)||(21791730-21791815)
chr8 (72-159)||(34074291-34074378)
chr8 (72-170)||(15937832-15937930)
chr8 (178-332)||(21396915-21397069)
chr8 (178-332)||(21791408-21791562)
chr8 (179-331)||(27138784-27138937)
chr8 (72-144)||(9410526-9410598)
chr8 (72-155)||(22576649-22576729)
chr8 (224-364)||(24195938-24196080)
chr8 (72-163)||(21403280-21403368)
chr8 (72-163)||(21797773-21797861)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (72-409)||(36975926-36976260)
chr5 (72-291)||(36975237-36975456)
chr5 (244-390)||(22587064-22587210)
chr5 (207-386)||(10321675-10321854)
chr5 (72-331)||(22598923-22599182)
chr5 (72-193)||(10567339-10567460)
chr5 (72-192)||(15173456-15173576)
chr5 (73-333)||(32064550-32064810)
chr5 (72-194)||(22586964-22587086)
chr5 (144-340)||(15225974-15226170)
chr5 (9-69)||(9718262-9718322)
chr5 (9-69)||(15928335-15928395)
chr5 (167-409)||(36975725-36975967)
chr5 (167-285)||(36975527-36975646)
chr5 (72-121)||(36976219-36976268)
chr5 (72-192)||(10321573-10321693)
chr5 (96-192)||(39569917-39570013)
chr5 (229-340)||(35946506-35946617)
chr5 (136-194)||(9969396-9969454)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (198-409)||(30045276-30045487)
chr6 (79-409)||(1701960-1702273)
chr6 (72-192)||(30045446-30045566)
chr6 (180-409)||(35033169-35033400)
chr6 (72-192)||(1701881-1702001)
chr6 (72-192)||(32729551-32729671)
chr6 (207-333)||(32140172-32140298)
chr6 (287-409)||(28072158-28072279)
chr6 (201-332)||(5467133-5467262)
chr6 (109-153)||(29141559-29141603)
chr6 (254-317)||(5466998-5467061)
chr6 (244-290)||(2183720-2183766)
chr6 (103-192)||(33447672-33447761)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (178-363)||(13843740-13843925)
chr3 (71-309)||(2706389-2706627)
chr3 (72-192)||(3870769-3870889)
chr3 (130-192)||(7407882-7407944)
chr3 (72-156)||(19997100-19997184)
chr3 (74-121)||(7400837-7400884)
chr3 (273-331)||(15002322-15002380)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (72-202)||(12600-12730)
[»] scaffold1212 (1 HSPs)
scaffold1212 (197-358)||(1897-2057)
[»] scaffold0781 (1 HSPs)
scaffold0781 (244-290)||(559-605)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 72 - 713
Target Start/End: Original strand, 23072050 - 23072700
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || |||||    
T  23072050 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaaatgcttaatgtgatacttaaaccatgaagttctcccacctattggactacacttttgggttaggctctct 23072149  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgata 271  Q
    ||| | ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||  |||||||||| |||||| | ||||||||| ||||| | ||||| ||||    
T  23072150 tcatgggcttaagtcgtaagaattagtgctttcattgagagttggaccacggaaagagctacttataagttggattaaggtattccaacaagtaccgata 23072249  T
Q  272 ggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgat 371  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||| || || ||| | ||||||||||| ||||||| |    
T  23072250 ggtgagtgaatccaacaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgtcgatagagtgaacgtcgtcatggacatcgacacttaaagggcgcgacaatgtt 23072349  T
Q  372 aagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg---------ccatgaagttctcccacctattgctaattgttaggactcctaacatattttcg 462  Q
    | ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  23072350 aggagtcccacatcgagtagatcaaaatgcttgatgtggtacttaaaccatgaagttctcccacctattgataattgttaggactcctaacatattttca 23072449  T
Q  463 gtggtaaccacatttcgaagaactccaacattaacaacactatgaaattttttatactgagttaacttttcaattattttctttttattacgcttggttt 562  Q
    | |||| ||||||||| | |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23072450 ggggtatccacatttccaggaactccaacattaaca---ctatgaaattttttatattgagttaacttttcaattattttctttttattacacttggttt 23072546  T
Q  563 tcaattgaacccatggcttggtttttataacaacaaagatag--aaaaagaatcattctaatttcatgattttcatagagatcgttaaaaaata-aataa 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||| | || ||    
T  23072547 tcaattgaacccatggcttggtttttataacaacaaagatagaaaaaaaaaatcattctaatttcatgatttccacagagataattaaaaaaaataaaaa 23072646  T
Q  660 ttgcttatttttggtgggagaaaggagagaagacattttcggcgtggcatttgg 713  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  23072647 ttgcttatttttggtgggagaaagcagaaaagacattttcgacgtggcatttgg 23072700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 272; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 9 - 409
Target Start/End: Original strand, 23071681 - 23072091
Alignment:
Q  9 acatcatcaataatgggcacatcacctctatttttcggatcaacactttcattctccatattttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttg 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23071681 acatcatcaataatgggcacatcacctctatttttctgatcaacactttcattctccatattttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttg 23071780  T
Q  109 atgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaacaa----------ttaat 198  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||| |||||||||          || ||    
T  23071781 atgtggtacttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggctctcatcatgggcttaaatcctaacaattcgtgcttcttcat 23071880  T
Q  199 gctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaat 298  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| ||||||| || |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23071881 gctttcattgagagttggaccacagaaagagcaacctataggttggattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccgccaaaagggaaat 23071980  T
Q  299 ggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatcaagtagatcaaaa 398  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||| ||||||||||||    
T  23071981 ggctaccatcaggtcagagccgatagagtgaaagccgtcgtggacgttggctcttaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatcgagtagatcaaaa 23072080  T
Q  399 tgcttgatgtg 409  Q
    ||||| |||||    
T  23072081 tgcttaatgtg 23072091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 78 - 369
Target Start/End: Original strand, 25193994 - 25194284
Alignment:
Q  78 gagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacga 177  Q
    ||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||| |||| |||||| | ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  25193994 gagtcccacatcgggtaaataaaaatgtttgatgtggtacttaagccatgaggctcttccacctaatggattagtcttttgggttgggctctcttcatga 25194093  T
Q  178 gcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgag 277  Q
     ||||| |||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||  |||| ||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  25194094 -cttaaatcctaataattgatgctttcgttgagagttggactacagaaagggctaactataggctggattaaagtgctccaccgaatactgataggtgag 25194192  T
Q  278 tgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatg 369  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||||   || |||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25194193 tgaagcctccaaaaaggaaagggctaccattgagttagtgtcgatagagtgaaagtcgccgtggacgtcggctcttaaagggcgtgacaatg 25194284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 71 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 3958468 - 3958144
Alignment:
Q  71 ttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctc 170  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||  ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  3958468 ttgttaggagtctcacatcgagtagatcaaagtacttgatgtggtacttaagtcatgaggttctcccatctataggactagtcttttggattgggctctc 3958369  T
Q  171 ttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgat 270  Q
     |||    |||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| | | |||||||||||| |||||| |||||||    
T  3958368 ctcattgacttaagtcctaacaattggtgctttcgttgagagttggaccacggaaagggctacttataggttggattaaggtgtttcaccgaatactgat 3958269  T
Q  271 aggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatga 370  Q
    | |||| ||||||| | |||||| ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||| |||||     
T  3958268 atgtgaatgaagccgcaaaaagg-aaagggctaccatcatgttagtgccgatagagtgaaagccgccgtggacaccggctcttaaagggcgtgtcaatgt 3958170  T
Q  371 taagagacccacatcaagtagatcaa 396  Q
    || ||| ||||| || ||||||||||    
T  3958169 taggagtcccacgtcgagtagatcaa 3958144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 721 - 841
Target Start/End: Original strand, 23077825 - 23077945
Alignment:
Q  721 aaaaataggcgggaaatattactggaggctttacaccgccacaaaccttgaaaattttagttgaatttacagaaggtttaaagctgccacaaacaacaat 820  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23077825 aaaaataggcgggaaatattactggaggctttacaccgccacaaaccgtgaaaattttagttgaatttacagaaggtttaaagctgccacaaacaacaat 23077924  T
Q  821 aatcatccactaggtgataaa 841  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  23077925 aatcatccactaagtgataaa 23077945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 70 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 7741848 - 7741612
Alignment:
Q  70 tttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttct 169  Q
    ||||||||||||||| ||| || ||||| ||| || |||||||| |||| || | |||| | ||||| | ||| |||| |||||||||||||||   | |    
T  7741848 tttgttaggagtcccgcattgaatagataaaagtgattgatgtgatattcaagcaatgatgctctcctagctaatggattagtcttttgggttgaacttt 7741749  T
Q  170 cttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactga 269  Q
    ||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||   | || |||| |||||| |||||| | |||||| |||||||  ||| ||||||    
T  7741748 cttcatgggcttaaatcctaacaattgatgctttcattgagagtt---ccacgaaaaaagctacctataagttggattaatgtgttccgtcgattactga 7741652  T
Q  270 taggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatca 309  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||    
T  7741651 taggtgagtgaagccgtcaaaatggaaagggctaccatca 7741612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 72 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 8356331 - 8356210
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||     
T  8356331 tgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctataggactagttttttgggttgggctctcc 8356232  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaa 193  Q
    ||| | ||||||||||||||||    
T  8356231 tcatgggcttaagtcctaacaa 8356210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 72 - 216
Target Start/End: Original strand, 37223547 - 37223689
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| | || |||||  |||||||| |||| |||| | | ||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| ||||     
T  37223547 tgttaggagtcccacattgagtagttaaatatgttcaatgtggtacttaagccattaggctctcccacctaatggactagttttt--ggttgggctctcc 37223644  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttgg 216  Q
    ||| | ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  37223645 tcatgtgcttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttgg 37223689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 13789618 - 13789497
Alignment:
Q  71 ttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctc 170  Q
    |||||||||||||| ||||| |||  | ||| || ||||||||||| |||| |||||  | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  13789618 ttgttaggagtcccacatcgggtaactaaaagtgcttgatgtggtacttaagccatggggctctcccacctattggactagttttttaggttgggctctc 13789519  T
Q  171 ttcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
     ||  | |||||||||||||||    
T  13789518 ctcttgggcttaagtcctaaca 13789497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 164
Target Start/End: Original strand, 17944560 - 17944657
Alignment:
Q  67 tattttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgg 164  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| || | ||||||||| |||| |||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  17944560 tattctgttaggagtcccacatcgagtagataaaagtgctcgatgtggtacttaagccatgaggctctcccatctaatggactagtctttttggttgg 17944657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 69
Target Start/End: Original strand, 47261835 - 47261895
Alignment:
Q  9 acatcatcaataatgggcacatcacctctatttttcggatcaacactttcattctccatat 69  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  47261835 acatcatcaacaatgggcacatcatctctattttccggatcaacactttcattctcaatat 47261895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 369
Target Start/End: Original strand, 25194340 - 25194423
Alignment:
Q  286 ccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatg 369  Q
    |||||| | ||| |||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  25194340 ccaaaaagaaaagggctaccatcgggtcagtatcgatagagtgaaaaccgtcgtggacatcgactcttaaagggcgtgacaatg 25194423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 3958172 - 3958053
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||  |  |||||||| || ||||   |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| | |||||    
T  3958172 tgttaggagtcccacgtcgagtagatcaag-tacttgatgtgatacttaagttatgaggttctcccacctataggactagtcttttgagttgagctctct 3958074  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    ||  | |||||||||||||||    
T  3958073 tcgtgggcttaagtcctaaca 3958053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 207 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 7406896 - 7406811
Alignment:
Q  207 tgagagttggactacaaaaagagctac--atataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaa 290  Q
    |||||||| |||||| ||||  |||||  |||||  ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  7406896 tgagagttagactacgaaaatggctacttatatatactaaattaaggtgttccaccgaatactgataggtgagtgaaaccgccaaa 7406811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 7734420 - 7734371
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaa 121  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  7734420 tgttaggagtcctacatcgagtagataaaaatgcttgatgtggtatttaa 7734371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 288 - 384
Target Start/End: Original strand, 37223466 - 37223563
Alignment:
Q  288 aaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctctt-aaagggcgtgacaatgataagagacccacat 384  Q
    |||| ||||| |||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||  |||| |||||| ||||| |||||||||| ||||| || ||| |||||||    
T  37223466 aaaaaggaaagggcttccatctgatcagtgccaatagagtgaaagcccccgtggacgtcgactcttaaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacat 37223563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 240 - 332
Target Start/End: Original strand, 15019211 - 15019303
Alignment:
Q  240 gctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaag 332  Q
    |||| ||||||||  |||| ||| |||||||||||||| | |||   ||||| |||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||    
T  15019211 gctatattaaggtcatccatcgaatactgataggtgagcggagctgtcaaaaaggaaatggctaccatcatatcagtgtcgatcgagtgaaag 15019303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 76 - 194
Target Start/End: Original strand, 37223838 - 37223956
Alignment:
Q  76 aggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcac 175  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||| || |  ||| |||| |||| ||||||   ||||||||||| ||||||||||||  | |||||| |||| | |     
T  37223838 aggagtcccacattgagtagataaaagtgctcaatgaggtacttaagccatgagactctcccacctaatggactagtcttaggcgttgggctctccttat 37223937  T
Q  176 gagcttaagtcctaacaat 194  Q
    | |||||||||||||||||    
T  37223938 gggcttaagtcctaacaat 37223956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 264 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 2414530 - 2414425
Alignment:
Q  264 tactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtg 363  Q
    |||||||||||| |||||||| |  |||  || | ||||||||||| ||| ||| ||||||| |||||| |||| || |||| |  |||||||||| |||    
T  2414530 tactgataggtgggtgaagccgcagaaaaagatagggctaccatcaagtcggtgtcgatagattgaaagtcgtcatggacgttgattcttaaagggtgtg 2414431  T
Q  364 acaatg 369  Q
    ||||||    
T  2414430 acaatg 2414425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 316 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 7734472 - 7734379
Alignment:
Q  316 tgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    |||||||||||||||||||| |||  | || | |||||||| | | ||| |||| || ||| || ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  7734472 tgccgatagagtgaaagccgccgtagatgttgactcttaaacgacctgaaaatgttaggagtcctacatcgagtagataaaaatgcttgatgtg 7734379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 69 - 409
Target Start/End: Original strand, 19987642 - 19987980
Alignment:
Q  69 ttttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttc 168  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||    
T  19987642 ttttgttaggagtcccacatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtacttaagccatgaggttctcccacctattggactagtcttctgggttaggctc 19987741  T
Q  169 tcttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactg 268  Q
    || ||| |  |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  19987742 tcctcatggacttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactg 19987841  T
Q  269 ataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaat 368  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  19987842 ataggtgagtgaagcctccaaaaaggaaagggctaccatcaggtcagtgccgat--agtgaaagccgtcgtggacgtcggctcttaaagggcgtggcaat 19987939  T
Q  369 gataagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    | || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19987940 gttaggagtcccacatcgagtagatcaaaatgcttgatgtg 19987980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 148 - 365
Target Start/End: Original strand, 18930561 - 18930780
Alignment:
Q  148 ctagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaacaat--taatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctaga 245  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |    ||||||||||||||||  |  |||| ||  |||||||||||| ||  ||||   || |||||  |||||    
T  18930561 ctagtcttttggattgggttctctttatagacttaagtcctaacaatattggtgctctcgttgagagttggaccacggaaaggtttatatatattctaga 18930660  T
Q  246 ttaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgt 345  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  18930661 ttcaggtgctccaccgaatactgataggtgagtgaagccgccaaaaaggaaagggctaccattaggtcagtgccgatagagtaaaagtcgtcgtggacgt 18930760  T
Q  346 cggctcttaaagggcgtgac 365  Q
    ||||||||||| || |||||    
T  18930761 cggctcttaaaaggtgtgac 18930780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 79 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 45015783 - 45015494
Alignment:
Q  79 agtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgag 178  Q
    |||||| |||||| || || ||| |||||  ||||||||| ||| ||||| | ||||| | ||| ||||||||| |||||||| ||  |||||||| | |    
T  45015783 agtcccacatcgaatacataaaagtgtttactgtggtattcaaatcatgaggctctcctatctaatggactagttttttgggtcggactctcttcatggg 45015684  T
Q  179 cttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagt 278  Q
    |||||||||||||||||  |||||||  |||||||| ||| ||  |||| | ||| |||| ||| |||||||||| |||||  | ||| |||||||||||    
T  45015683 cttaagtcctaacaattggtgctttcggtgagagttagacgacggaaagggttacctataggctggattaaggtgctccactaaataccgataggtgagt 45015584  T
Q  279 gaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaat 368  Q
    |||||| |||||| || ||||||||||||| ||||| |  | ||||||||||| | | |||||||||  | |||||||||| ||||||||    
T  45015583 gaagccgccaaaaaggtaatggctaccatcgggtcaatatcaatagagtgaaaactgccgtgaacgtaagttcttaaagggtgtgacaat 45015494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 72 - 195
Target Start/End: Original strand, 19987939 - 19988062
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||     
T  19987939 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaaatgcttgatgtggtacttaagccatgaggttctcccacctattggactagtcttctgggttgggctctcc 19988038  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaatt 195  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||    
T  19988039 tcatggacttaagtcccaacaatt 19988062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 132 - 369
Target Start/End: Original strand, 18936184 - 18936420
Alignment:
Q  132 tctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagct 231  Q
    |||||||| || | || ||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||| |||| ||||| ||  |||||||||||  ||  |||| |||    
T  18936184 tctcccacttaatagaatagtcttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaagaattgatgctctcgttgagagttggatcacggaaagggct 18936283  T
Q  232 acatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaa 331  Q
    |||||||   | |||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||||  |||||||   ||||||||||||    
T  18936284 acatatattatggattaaggtgctccattgaatactgataggtgagtgaagccgccaaaaaggaaagagctaccattgggtcagt-ttgatagagtgaaa 18936382  T
Q  332 gccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatg 369  Q
    | ||||||| ||| || ||||||||||||||| |||||    
T  18936383 gtcgtcgtggacgccgactcttaaagggcgtggcaatg 18936420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 72 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 8107534 - 8107216
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||| | |||| ||||||||| | |||| ||||| |||||| |||||| ||||     
T  8107534 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtggtacttaagctatgaggttctcccatccattgaactagccttttgagttgggctctcc 8107435  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttca-ctgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgat 270  Q
    | | | |||| |||||||||||||  ||||||||  ||| |||||||| ||| |||| ||||  |||| | | ||||||| || ||| |||| ||         
T  8107434 ttatgggcttcagtcctaacaattgttgctttcatttgatagttggaccacagaaagggctatctataggttggattaagctgctccgccgaata----- 8107340  T
Q  271 aggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatga 370  Q
                || |||||| |||||  |||| |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||     
T  8107339 ------------ccgccaaaaaggaaagagctatcatcgggtcaatgccgacagagtgaaagccgtcgtggacgtcggctcttaaaggacgtggcaatgt 8107252  T
Q  371 taagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgat 406  Q
    ||  || ||||||||||||| |||||| || |||||    
T  8107251 tagaagtcccacatcaagtatatcaaagtgtttgat 8107216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 318
Target Start/End: Original strand, 38978713 - 38978947
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||  |   |    
T  38978713 tgttaggagtcccacatggagtagataaaagtgtttgatgtggtacttaaaccatgaggctcttccacctaatggattagtctttttggttggact---t 38978809  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgata 271  Q
    ||| | ||||||||||||||||||  ||||        | ||||||| ||  |||||||||| ||||| || ||||||||| ||||| |||  |||||||    
T  38978810 tcatgggcttaagtcctaacaattgttgct--------gtgttggaccacggaaagagctacctataaactggattaaggt-ttccaacgaacactgata 38978900  T
Q  272 ggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgc 318  Q
    |||||||||| || || ||| ||||| || ||||||||| |||||||    
T  38978901 ggtgagtgaatccgccgaaaaggaaagggataccatcagatcagtgc 38978947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 90 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 7833857 - 7833755
Alignment:
Q  90 gagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtccta 189  Q
    |||||||| ||| || ||||||||||| ||||  ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||| | ||||||||||||    
T  7833857 gagtagataaaagtgcttgatgtggtacttaagtcatgaggctctcccacctaatggactagtcttttgggttgggtttccctcatgggcttaagtccta 7833758  T
Q  190 aca 192  Q
    |||    
T  7833757 aca 7833755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 74 - 193
Target Start/End: Original strand, 11028757 - 11028875
Alignment:
Q  74 ttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttc 173  Q
    ||||||||| | ||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||| ||||||| | |||||||||||  |||  ||    
T  11028757 ttaggagtctcacatcgagtaaataaaagtgtttgatgtgatatttaaaccatgaggatctctcacctaatggacta-ttttttgggttggtctcttctc 11028855  T
Q  174 acgagcttaagtcctaacaa 193  Q
    | | ||||||||||||||||    
T  11028856 atgggcttaagtcctaacaa 11028875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 8107254 - 8107135
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    |||||| |||||| |||| |||| |||||| ||||||||  |||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||  |||||  ||||     
T  8107254 tgttagaagtcccacatcaagtatatcaaagtgtttgatccggtacttaagccatgatgttctcccacccattggactaatctttt-cgttggactctcc 8107156  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    ||| | |||||||||||||||    
T  8107155 tcatgggcttaagtcctaaca 8107135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 2244719 - 2244676
Alignment:
Q  27 acatcacctctatttttcggatcaacactttcattctccatatt 70  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||    
T  2244719 acatcacctctattttccaaatcaacactttcattctccatatt 2244676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 103 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 56101154 - 56101095
Alignment:
Q  103 tgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggtt 162  Q
    |||||||||||||||||||  ||||  | |||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  56101154 tgtttgatgtggtatttaagtcatggggctctagcacctattggactagtcttttgggtt 56101095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 72 - 121
Target Start/End: Original strand, 41206465 - 41206514
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaa 121  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  41206465 tgttaggcgtcccatatcgagtagataaaagtgtttgatgtggtatttaa 41206514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 72 - 409
Target Start/End: Original strand, 32024950 - 32025287
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||     
T  32024950 tgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcc 32025049  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgata 271  Q
    ||| | ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32025050 tcatgggcttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgata 32025149  T
Q  272 ggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgat 371  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  32025150 ggtgagtgaagccgccaaaaaggaaagggctaccatcgggtcagtgtcgatagagtgaaagccgccgtgaacgtcggctcttaaagagcgtggcaatgtt 32025249  T
Q  372 aagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    | ||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||    
T  32025250 aggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtg 32025287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 72 - 409
Target Start/End: Original strand, 32025246 - 32025583
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||     
T  32025246 tgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcc 32025345  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgata 271  Q
    ||| | ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32025346 tcatgggcttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgata 32025445  T
Q  272 ggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgat 371  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  32025446 ggtgagtgaagccgccaaaaaggaaagggctaccatcgggtcagtgtcgatagagtgaaagccgccgtgaacgtcggctcttaaagagcgtggcaatgtt 32025545  T
Q  372 aagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    | ||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||    
T  32025546 aggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtg 32025583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 72 - 194
Target Start/End: Original strand, 32025542 - 32025664
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||     
T  32025542 tgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcc 32025641  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaat 194  Q
    ||| | |||||||||||||||||    
T  32025642 tcatgggcttaagtcctaacaat 32025664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 66 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 9448750 - 9448646
Alignment:
Q  66 atattttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttggg 165  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9448750 atatattgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttggg 9448651  T
Q  166 ttctc 170  Q
     ||||    
T  9448650 ctctc 9448646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 31412513 - 31412421
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgg 164  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  31412513 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaaatgcttgatgtggtacttaagccgtgaggttctcccacctattcaactagtcttttgggttgg 31412421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 67 - 166
Target Start/End: Original strand, 51865803 - 51865902
Alignment:
Q  67 tattttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggt 166  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||||| || | |||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  51865803 tattctgttaggagtcccacatagagtagaacatagtgtttgatgtggtacttaagtcatgaagttctcccacctattagactagtctttcaggttgggt 51865902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Original strand, 4119115 - 4119235
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| ||  ||||| |||| |||||| | ||| ||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||     
T  4119115 tgttaggagtcccacatcgagtagataaaagtgttcgacatggtacttaagccatgaggctctgccaccgaatggactagtcttttgggtcgggctctcc 4119214  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    | | |||||||||||||||||    
T  4119215 ttatgagcttaagtcctaaca 4119235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 72 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 50013748 - 50013595
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||  ||||| | |||| ||| || |||||  ||||||||| ||| ||||| |    
T  50013748 tgttaggagtcccacattgagtaaattaaaaggtttgatgtggtatttaagtcatgatgctctctcacttaatggacgggtcttttggattgtgttcttt 50013649  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaa 226  Q
    ||| | | ||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||  |||||||    
T  50013648 tcatgggtttaagtcctaacaattggtg-tttcattgagagttggaacacaaaaa 50013595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 69
Target Start/End: Original strand, 1803329 - 1803389
Alignment:
Q  9 acatcatcaataatgggcacatcacctctatttttcggatcaacactttcattctccatat 69  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  1803329 acatcatcaacaatgggcacatcatctctattttccggatcaacactttcattctcaatat 1803389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 122 - 191
Target Start/End: Original strand, 18215899 - 18215968
Alignment:
Q  122 accatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaac 191  Q
    ||||||| | |||||||| || ||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  18215899 accatgatgctctcccacataatggactagtattttgggttgggatctcatcacgggcttaagtcctaac 18215968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 50014079 - 50013918
Alignment:
Q  144 tggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagag-ctacatataagct 242  Q
    ||||||||| ||||||||||| | ||| | | | ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||| || ||||| | |||| ||||||||    
T  50014079 tggactagtattttgggttggct-ctcctaatgggcttaagtccttacaattggtgctttcattgagagttggaccacgaaaagggcctacctataagct 50013981  T
Q  243 agattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctacca 306  Q
      ||||| |||||||  ||| || ||||||| ||||||| || ||| || |||||  |||||||    
T  50013980 caattaa-gtgttccttcgaatattgataggggagtgaaaccgccagaaaggaaagtgctacca 50013918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 198 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 4662924 - 4662855
Alignment:
Q  198 tgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtact 267  Q
    |||||||| |||||||||||| ||   ||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  4662924 tgctttcattgagagttggaccactgcaagggctgcatataggctagattaagttgttccaccgaatact 4662855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 34228492 - 34228419
Alignment:
Q  132 tctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttca 205  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||  |||| ||| |  |||||||||||| || | |||||||||    
T  34228492 tctcccacttaatggactagtcttttgggttggactctcctcatggacttaagtcctaataaatgatgctttca 34228419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 184; Significance: 4e-99; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 4e-99
Query Start/End: Original strand, 74 - 409
Target Start/End: Original strand, 26533280 - 26533615
Alignment:
Q  74 ttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttc 173  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  26533280 ttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctaatggactagtcttttgggttgggctctcctc 26533379  T
Q  174 acgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgatagg 273  Q
    | | ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||| |   |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26533380 atgggcttaagtcctaacagttggtgctttcattgagagttggaccatggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgatagg 26533479  T
Q  274 tgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataa 373  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |      
T  26533480 tgagtgaagccaccaaaaaggaaagggctaccattgggtcagtgtcgatagagtgaaagccgccgtggacgtcagctcttaaagggcgtggcaatgtttg 26533579  T
Q  374 gagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  26533580 gagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtg 26533615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 72 - 407
Target Start/End: Original strand, 44279004 - 44279340
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtctttt-gggttgggttctc 170  Q
    ||||||||||| | |||| | ||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||    
T  44279004 tgttaggagtctcacatcaaatagatcatagtgtatgatgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggagtagtctttttgggttgggctctc 44279103  T
Q  171 ttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgat 270  Q
     ||||| | ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||  |||| | ||| |||| | |  |||||||||||||||||| ||||| |    
T  44279104 ctcacgggtttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggttacctatatgttgaattaaggtgttccaccgaatactggt 44279203  T
Q  271 aggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatga 370  Q
    ||||||||||||||  ||||| ||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||| |||| ||||||||||| |||||     
T  44279204 aggtgagtgaagccgtcaaaaaggaaagggctatcatcgggtcagtgacgatagagtgaaagtcgtcgtagacgtctgctcctaaagggcgtggcaatgt 44279303  T
Q  371 taagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatg 407  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  44279304 taggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatg 44279340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 178 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 27837035 - 27836814
Alignment:
Q  178 gcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgag 277  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  27837035 gcttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgat 27836936  T
Q  278 tgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagaga 377  Q
    ||||||| |||||| ||||| |          ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||     
T  27836935 tgaagccgccaaaaaggaaagg----------ggtcagtgccgatagagtgaaagtcgccgtggacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagt 27836846  T
Q  378 cccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    | |||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  27836845 ctcacatcgagtagatcaaactacttgatgtg 27836814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 178 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 27187221 - 27187002
Alignment:
Q  178 gcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgag 277  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  27187221 gcttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgat 27187122  T
Q  278 tgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagaga 377  Q
    ||||||| |||||| ||||| |          ||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |||     
T  27187121 tgaagccgccaaaaaggaaagg----------ggtcagtgccgatagagtgaaagtcaccgtggacgtcggctcttaaagggcgtggcaatgttaggagt 27187032  T
Q  378 cccacatcaagtagatcaaaatgcttgatg 407  Q
    | |||||| ||||||||||| |||||||||    
T  27187031 ctcacatcgagtagatcaaagtgcttgatg 27187002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 178 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 27836763 - 27836544
Alignment:
Q  178 gcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgag 277  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  27836763 gcttaagtcctaacaattggtgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgat 27836664  T
Q  278 tgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagaga 377  Q
    ||||||| |||||| ||||| |          ||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||| ||||| || |||     
T  27836663 tgaagccgccaaaaaggaaagg----------ggtcagtgccgatagagtgaaagtcaccgtggacgtcggctcttaaagggcgtggcaatgttaggagt 27836574  T
Q  378 cccacatcaagtagatcaaaatgcttgatg 407  Q
    | |||||| ||||||||||| |||||||||    
T  27836573 ctcacatcgagtagatcaaagtgcttgatg 27836544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 178 - 362
Target Start/End: Original strand, 21088886 - 21089069
Alignment:
Q  178 gcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgag 277  Q
    |||||| |||||||||||  || ||||| |||||||||||  ||  |||| ||||| ||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  21088886 gcttaaatcctaacaatttgtgttttcattgagagttggagcacggaaagggctacctatagtctagattaaggtgtttcaccgaatactgataggtgag 21088985  T
Q  278 tgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgt 362  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||   ||  || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  21088986 tgaagccgccaaaaaggaaagggctattgtcgagt-agtgccgatagagtgaaagccgtcgtggacgtcggctcttaaagagcgt 21089069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Original strand, 44279301 - 44279421
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||     
T  44279301 tgttaggagtcccacatcaagtagatcaaagtgtttgatgcggtacttaaaccttgaggttctcccacctattagactaatcttttgggttgggctctcc 44279400  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  44279401 tcacgagcttaagtcctaaca 44279421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 179 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 27187492 - 27187272
Alignment:
Q  179 cttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagt 278  Q
    |||||||||||||||    || ||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| | |  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  27187492 cttaagtcctaacaacgggtgttttcattgagagttggacaacggaaagggctacctataggttgtattaaggtgttccaccgaatactgataggtgatt 27187393  T
Q  279 gaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagac 378  Q
    |||||| |||||| ||||| ||          |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  27187392 gaagccgccaaaaaggaaaggg----------gtcagtgccgatagagtgaaagtcgccgtggacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagtc 27187303  T
Q  379 ccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
     |||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  27187302 tcacatcgagtagatcaaactacttgatgtg 27187272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 179 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 27837306 - 27837086
Alignment:
Q  179 cttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagt 278  Q
    |||||||||||||||    || ||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| | |  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  27837306 cttaagtcctaacaacgggtgttttcattgagagttggacaacggaaagggctacctataggttgtattaaggtgttccaccgaatactgataggtgatt 27837207  T
Q  279 gaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagac 378  Q
    |||||| |||||| ||||| ||          |||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  27837206 gaagccgccaaaaaggaaaggg----------gtcagtgccgatagagtgaaagtcgccgtggacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagtc 27837117  T
Q  379 ccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
     |||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  27837116 tcacatcgagtagatcaaactacttgatgtg 27837086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Original strand, 26533574 - 26533695
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaa-ccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctc 170  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26533574 tgtttggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtggtacttaaaaccatgaggttctcccacctattggactagtcttttgggttgggctctc 26533673  T
Q  171 ttcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
     ||| | |||||||||||||||    
T  26533674 ctcatgggcttaagtcctaaca 26533695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 86 - 192
Target Start/End: Original strand, 31074228 - 31074334
Alignment:
Q  86 catcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagt 185  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||    
T  31074228 catcgagtagatcaaagtatttgatgtggtacttaagccatgaggttctcatatctattggactagtcttttgggttgggctctcctcatgggcttaagt 31074327  T
Q  186 cctaaca 192  Q
    |||||||    
T  31074328 cctaaca 31074334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 71 - 165
Target Start/End: Original strand, 38144013 - 38144107
Alignment:
Q  71 ttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttggg 165  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38144013 ttgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttggg 38144107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Original strand, 21089075 - 21089195
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || | | ||||| |||||||||||||||||| | | ||| | ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  21089075 tgttaggagtcccacatcgagtaaataagagtgttttatgtggtatttaaaccatcaggctctgcgacctaatggattagtcttttgggttgggctctct 21089174  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    ||| | |||||| ||||||||    
T  21089175 tcatgggcttaaatcctaaca 21089195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 104 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 8596552 - 8596463
Alignment:
Q  104 gtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaacaa 193  Q
    ||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||  | ||||||||||||||||    
T  8596552 gtttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcctcgtgggcttaagtcctaacaa 8596463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 180 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 3736342 - 3736214
Alignment:
Q  180 ttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtg 279  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||| ||| || |||  | ||||||||| | || ||||||||| || || || ||||||||||||||||    
T  3736342 ttaagtcttaacaattgatgttttcattgagagtttgaccacgaaacta-ctacatatatgttaaattaaggtgctctactgaatactgataggtgagtg 3736244  T
Q  280 aagccaccaaaagggaaatggctaccatca 309  Q
    ||| |  ||||| | ||||||||| |||||    
T  3736243 aagtcgacaaaaagaaaatggctatcatca 3736214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 27187313 - 27187228
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtctttt 157  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||| |  |||||||| || ||||  ||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  27187313 tgttaggagtctcacatcgagtagatcaaactacttgatgtgatacttaagtcatgaggttttctcacctattggagtagtctttt 27187228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 27187537 - 27187488
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaa 121  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  27187537 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtggtacttaa 27187488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 27836855 - 27836770
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtctttt 157  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||| |  |||||||| || ||||  ||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  27836855 tgttaggagtctcacatcgagtagatcaaactacttgatgtgatacttaagtcatgaggttttctcacctattggagtagtctttt 27836770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 27837127 - 27837042
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtctttt 157  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||| |  |||||||| || ||||  ||||| ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  27837127 tgttaggagtctcacatcgagtagatcaaactacttgatgtgatacttaagtcatgaggttttctcacctattggagtagtctttt 27837042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 27837351 - 27837302
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaa 121  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  27837351 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtggtacttaa 27837302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 198 - 409
Target Start/End: Original strand, 261950 - 262161
Alignment:
Q  198 tgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaa 297  Q
    |||||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  261950 tgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgagtgaagccgccaaaaaggaaa 262049  T
Q  298 tggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatcaagtagatcaaa 397  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||| |||||||| |||| ||||||    
T  262050 gggctaccatcaggtcagtgtcgatagagtgaaagccgccgtgaacgtcggctcttaaagagcgtggcaatgttaggagtcccacatcgagtatatcaaa 262149  T
Q  398 atgcttgatgtg 409  Q
     |||||||||||    
T  262150 gtgcttgatgtg 262161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 72 - 194
Target Start/End: Original strand, 262120 - 262242
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||     
T  262120 tgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcc 262219  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaat 194  Q
    ||| | |||||||||||||||||    
T  262220 tcatgggcttaagtcctaacaat 262242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 1e-62; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 87 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 34373998 - 34373677
Alignment:
Q  87 atcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtc 186  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||||| |||| || ||| ||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |||  ||| | |||||||||    
T  34373998 atcgagtagattaaagtgcttgatgtggtacttaagccgtgaggttctcctacatattggactagtcttttgcgttgggctcttctcatg-gcttaagtc 34373900  T
Q  187 ctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccac 286  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| | || ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  34373899 ctaacaattgatgctttcattgagagttggaccacgtaaagtgctacctgtaggctggattaaggtgttccatcgaatactgataggtgagtgaagccac 34373800  T
Q  287 c-aaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatc 385  Q
    | |||| ||||| |||| |||||  || | |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| || ||  | ||||||    
T  34373799 caaaaaaggaaagggctgccatcgagttattgccgatagagtgaaagttgtcgtggacgtcggctcttaaagggtgtggcaatgttaggactctcacatc 34373700  T
Q  386 aagtagatcaaaatgcttgatgt 408  Q
     ||||||| ||| ||||||||||    
T  34373699 gagtagattaaagtgcttgatgt 34373677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 198 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 15938100 - 15937889
Alignment:
Q  198 tgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaa 297  Q
    ||||||||||||  ||||||| |   |||| ||||| ||||  || |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  15938100 tgctttcactgacggttggaccaaggaaagggctacctatagactggattaaggtgctccactgaatactgataggtgagtgaagccaccaatagaaaaa 15938001  T
Q  298 tggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatcaagtagatcaaa 397  Q
     |||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||||||||  ||| || |||    
T  15938000 gggctaccatcgggttagtgccgatagaatgaaagcctccgtgtacatcggctcttaaagggcgtggcaatgttagaagtcccacatcgggtatataaaa 15937901  T
Q  398 atgcttgatgtg 409  Q
     |||||||||||    
T  15937900 ttgcttgatgtg 15937889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 198 - 408
Target Start/End: Original strand, 21403110 - 21403320
Alignment:
Q  198 tgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaa 297  Q
    |||||||| |||||||||||| |   |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||| | || |||||| ||| |    
T  21403110 tgctttcattgagagttggaccatggaaagagctacctataggctggattaaggtgttccaccaaatactgattggtgggtgtaaccgccaaaaaggaga 21403209  T
Q  298 tggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatcaagtagatcaaa 397  Q
     |||||||||| | |||||||| ||||||||||||  | |||  | |||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||||| | ||||| |||    
T  21403210 gggctaccatcggctcagtgccaatagagtgaaagttgccgtagatgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagtcctacatcgaatagataaaa 21403309  T
Q  398 atgcttgatgt 408  Q
     || |||||||    
T  21403310 gtgtttgatgt 21403320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 198 - 408
Target Start/End: Original strand, 21797603 - 21797813
Alignment:
Q  198 tgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaa 297  Q
    |||||||| |||||||||||| |   |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||| | || |||||| ||| |    
T  21797603 tgctttcattgagagttggaccatggaaagagctacctataggctggattaaggtgttccaccaaatactgattggtgggtgtaaccgccaaaaaggaga 21797702  T
Q  298 tggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatcaagtagatcaaa 397  Q
     |||||||||| | |||||||| ||||||||||||  | |||  | |||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||||| | ||||| |||    
T  21797703 gggctaccatcggctcagtgccaatagagtgaaagttgccgtagatgtcggctcttaaagggcgtgacaatgttaggagtcctacatcgaatagataaaa 21797802  T
Q  398 atgcttgatgt 408  Q
     || |||||||    
T  21797803 gtgtttgatgt 21797813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 251 - 409
Target Start/End: Original strand, 21397120 - 21397278
Alignment:
Q  251 gtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggct 350  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| ||||  ||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||    
T  21397120 gtgttccaccaaatactgataggtgagtgcagccgtcaaagaggaaagggctaccatcgggtcagtgccgatagagtgaaagtcgtcgtggatgttggct 21397219  T
Q  351 cttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
     ||| |||| ||| ||||| || ||| ||||| || ||||||| ||| || ||||||||    
T  21397220 tttatagggtgtggcaatgttaggagtcccacgtcgagtagataaaagtgattgatgtg 21397278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 251 - 409
Target Start/End: Original strand, 21791613 - 21791771
Alignment:
Q  251 gtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggct 350  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||| ||||  ||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | || ||||    
T  21791613 gtgttccaccaaatactgataggtgagtgcagccgtcaaagaggaaagggctaccatcgggtcagtgccgatagagtgaaagtcgtcgtggatgttggct 21791712  T
Q  351 cttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
     ||| |||| ||| ||||| || ||| ||||| || ||||||| ||| || ||||||||    
T  21791713 tttatagggtgtggcaatgttaggagtcccacgtcgagtagataaaagtgattgatgtg 21791771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 125 - 309
Target Start/End: Original strand, 33446026 - 33446210
Alignment:
Q  125 atgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaa 224  Q
    |||| ||||| |||| || || ||||||||||| ||||||| ||||  || |||||||| || |||||| |  |||||||| ||| |||||||| ||  |    
T  33446026 atgaggttcttccacttaatgaactagtcttttaggttgggctctccgcatgagcttaaatcttaacaaatgttgctttcattgaaagttggaccacgta 33446125  T
Q  225 aagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatca 309  Q
    ||| |||||||||| ||| |||||||||| || ||| | ||||||||||||| ||||||| |||||| | ||| |||||||||||    
T  33446126 aagggctacatataggctggattaaggtgctcaaccaaatactgataggtgaatgaagccgccaaaaagaaaagggctaccatca 33446210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 71 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 21008541 - 21008319
Alignment:
Q  71 ttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctc 170  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| || ||| |||||| ||||||| ||||   | || | || |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||    
T  21008541 ttgttaagagtcccacatcgagtacataaaagtgtttgttgtggtacttaagttacgaggctcccccacctaatggacttgtcttttgggttgggctctc 21008442  T
Q  171 ttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccga--gtactg 268  Q
     ||| | | ||||||||||| ||||  |||| ||  ||| | |||||| ||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |   |||||    
T  21008441 ctcatgggtttaagtcctaataattggtgctctcgttgaaatttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccaaatatactg 21008342  T
Q  269 ataggtgagtgaagccaccaaaa 291  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  21008341 ataggtgagtgaagccgccaaaa 21008319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 207 - 349
Target Start/End: Original strand, 9410371 - 9410513
Alignment:
Q  207 tgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctacca 306  Q
    |||||||| ||| ||  |||||||| | |||| |||  |||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||| |||||| |||||  |||||||    
T  9410371 tgagagttagaccacggaaagagctgcctataggctgaattaaggtgttccaccaaatactggtatgtgagtgaagccgccaaaaaggaaaatgctacca 9410470  T
Q  307 tcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggc 349  Q
    || | ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  9410471 tcggatcagtgccgatagagtgcaagtcgtcgtggacgtcggc 9410513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 72 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 34373717 - 34373596
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    |||||||| || | |||||||||||| ||| || ||||||| ||| ||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||     
T  34373717 tgttaggactctcacatcgagtagattaaagtgcttgatgtagtacttaagtcgtgaggttctcccacctattggactagtcttttggattgggctctcc 34373618  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaa 193  Q
    ||| |||||||| |||||||||    
T  34373617 tcatgagcttaaatcctaacaa 34373596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 72 - 157
Target Start/End: Original strand, 21397237 - 21397322
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtctttt 157  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |  | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  21397237 tgttaggagtcccacgtcgagtagataaaagtgattgatgtggtatttaaaccacggggctctcccacctaatggactagtctttt 21397322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 72 - 157
Target Start/End: Original strand, 21791730 - 21791815
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtctttt 157  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |  | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  21791730 tgttaggagtcccacgtcgagtagataaaagtgattgatgtggtatttaaaccacggggctctcccacctaatggactagtctttt 21791815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 159
Target Start/End: Original strand, 34074291 - 34074378
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgg 159  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||||||  |||||||| || ||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34074291 tgttaggattctcacatcgagtagatcaaaatacttgatgtgatacttaaggcatgaggctctcccacctattggactagtcttttgg 34074378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 72 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 15937930 - 15937832
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctc 170  Q
    |||||| |||||| ||||| ||| || ||| || ||||||||||| |||| ||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  15937930 tgttagaagtcccacatcgggtatataaaattgcttgatgtggtacttaagccatgagtctctcccacctaatggactagtcttttgggttgggatctc 15937832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 21397069 - 21396915
Alignment:
Q  178 gcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgag 277  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||  ||  |||| ||||| |||   || ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  21397069 gcttaagtcctaaaaattggtgctttcattgagagtttgatcacggaaagggctacgtattgtctggattaagatgttccaccgaatacttataggtgag 21396970  T
Q  278 tgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaag 332  Q
    ||||| | |||||| |||| ||||||  ||  ||||||||   ||||||||||||    
T  21396969 tgaaggcgccaaaaaggaattggctattattgggtcagtgttaatagagtgaaag 21396915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 21791562 - 21791408
Alignment:
Q  178 gcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgag 277  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| ||  ||  |||| ||||| |||   || ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  21791562 gcttaagtcctaaaaattggtgctttcattgagagtttgatcacggaaagggctacgtattgtctggattaagatgttccaccgaatacttataggtgag 21791463  T
Q  278 tgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaag 332  Q
    ||||| | |||||| |||| ||||||  ||  ||||||||   ||||||||||||    
T  21791462 tgaaggcgccaaaaaggaattggctattattgggtcagtgttaatagagtgaaag 21791408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 179 - 331
Target Start/End: Original strand, 27138784 - 27138937
Alignment:
Q  179 cttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagt 278  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||  |  ||||| ||||| |||| | | |||||||||||| |||  | ||||||||| | |||    
T  27138784 cttaagtcataacaattagtgctttaaatgagagttggatcatgaaaagtgctacctataggttggattaaggtgttgcacataatactgatagattagt 27138883  T
Q  279 gaagccaccaaaagggaaatggcta-ccatcaggtcagtgccgatagagtgaaa 331  Q
    |||||||||||||   ||| || |  |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  27138884 gaagccaccaaaaaataaaagggttgccatcaggtccgtgccgatagaatgaaa 27138937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 144
Target Start/End: Original strand, 9410526 - 9410598
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctatt 144  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  9410526 tgttaggaatctcacatcgagtagatcaaagtgtttgatgtaatacttaaaccatgaggttctcccatctatt 9410598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 72 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 22576729 - 22576649
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtctt 155  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||| |  |||||||||||  |||||||||||    
T  22576729 tgttaggagtcccacatcgagtagataaaaatgcttgatgtggtagttaagccatgga-ctctcccaccta--ggactagtctt 22576649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 224 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 24196080 - 24195938
Alignment:
Q  224 aaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgag--tgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccga 321  Q
    |||| ||||| |||| |||  ||||||||| || | ||| |||||||||| |||  |||| ||||||||| ||||| |||||||||| | ||| || |||    
T  24196080 aaagggctacctataggctgaattaaggtgctctatcgaatactgataggagagagtgaaaccaccaaaaaggaaagggctaccatcggatcaatgtcga 24195981  T
Q  322 tagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtga 364  Q
    || ||||||||||  |  |||| ||||||||||||| ||||||    
T  24195980 taaagtgaaagccaccaagaacatcggctcttaaagagcgtga 24195938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 163
Target Start/End: Original strand, 21403280 - 21403368
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttg 163  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||| ||| ||||||||||   ||||| || |||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  21403280 tgttaggagtcctacatcgaatagataaaagtgtttgatgt---atttatacaatgaaactctcccacctattggactaaccttttgggttg 21403368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 163
Target Start/End: Original strand, 21797773 - 21797861
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttg 163  Q
    ||||||||||||  |||||| ||||| ||| ||||||||||   ||||| || |||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  21797773 tgttaggagtcctacatcgaatagataaaagtgtttgatgt---atttatacaatgaaactctcccacctattggactaaccttttgggttg 21797861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 117; Significance: 4e-59; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 72 - 409
Target Start/End: Original strand, 36975926 - 36976260
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| | | |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||     
T  36975926 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgtttgatgtggtatttaagtcataaggctctcccacctgttggactagtcttttgggttaggctctcc 36976025  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtac-tgat 270  Q
    ||| | |||||| |||||||||||  |||||||| ||| |||||||| |  |||||  |||| |||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||    
T  36976026 tcatgggcttaaatcctaacaatttttgctttcattgaaagttggaccatgaaaaggactacttataagctggattaaggtgttccactgaatacgtgat 36976125  T
Q  271 aggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatga 370  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||  | || ||| ||||| |||||||| |||||||   ||||  ||||||| ||| ||||||||     
T  36976126 aggtgagtgaagccataaaaaaggaaagggctaccattggatc-gtgtcgatatagtgaaagtcgtcgtg---gtcgaatcttaaacggcatgacaatgt 36976221  T
Q  371 taagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    || ||| | |||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  36976222 taggagtctcacatcgagtagatcaaagtgtttgatgtg 36976260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 72 - 291
Target Start/End: Original strand, 36975237 - 36975456
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||  ||| | | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  36975237 tgttaggagtcccacatcgagtagattaaagtgtttgatgtagtatttaagtcataaggctctcccatctattgaactagtcttttgggttgggctctct 36975336  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagta-ctgat 270  Q
    ||| | |||||| ||| |||||||  |||||| | ||| || ||||| ||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| || || |||||    
T  36975337 tcatgggcttaa-tcccaacaatttgtgctttgattgaaagctggaccacagaaagggctacttataacctagattaaggtgttccacggaatacctgat 36975435  T
Q  271 aggtgagtgaagccaccaaaa 291  Q
    ||||||||| ||||| |||||    
T  36975436 aggtgagtggagccatcaaaa 36975456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 244 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 22587210 - 22587064
Alignment:
Q  244 gattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaac 343  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||    
T  22587210 gattaaggtgcgccaccgaatactgataggtgagtgaagctgccaaaaaggaaagggcaaccatcaggtcagtgccgatagagggaaagacgtcgtggac 22587111  T
Q  344 gtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatcaagta 390  Q
    | || ||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||    
T  22587110 gccgactcttaaagggcgtgacaatgttacgagtcccacatcgagta 22587064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 207 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 10321854 - 10321675
Alignment:
Q  207 tgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctacca 306  Q
    |||||||||||| ||| |||  |||||||||| ||| |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||| ||| |  |||||||    
T  10321854 tgagagttggaccacagaaatggctacatataggctggattaaagtgctccaccgattactgataggtgagtgtagccgccaaaaaggatagagctacca 10321755  T
Q  307 tcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatca 386  Q
    |||||| ||||||||||||||||||   |||||| || || | |||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||    
T  10321754 tcaggttagtgccgatagagtgaaaattgtcgtggacatctgttcttaaagggcgtggcaatgttaggagtcccacatca 10321675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 72 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 22599182 - 22598923
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||| |||  | ||| |||||||| ||||| ||||  ||||| | |||| || |||||||||||||||||| |||||   | |      
T  22599182 tgttaggagtcccacatcgggtaactaaaagtgtttgatatggtacttaagtcatgaggctctctcatctattggactagtcttttaggttgaacttttc 22599083  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgata 271  Q
    ||| | ||||||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||| |   |||||| |    ||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22599082 tcatgggcttaagtcctaacaattggtgcattcattgagagttggaccatggaaagagttttccataggttggattaaggtgttccaccgaatactgata 22598983  T
Q  272 ggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaa 331  Q
    | ||||||||| |  ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22598982 gatgagtgaagtcgtcaaaaaggaaagggctaccatcgggtcagtgccgatagagtgaaa 22598923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 72 - 193
Target Start/End: Original strand, 10567339 - 10567460
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| |||||| || |||||||| || ||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||     
T  10567339 tgttaggagtcccacattgagtatatcaaagtgcttgatgtgatacttaaggcatgaggttctcccacctattgcactagtcttttgggttgggctctcc 10567438  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaa 193  Q
    ||| | ||||||||||||||||    
T  10567439 tcatgggcttaagtcctaacaa 10567460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 15173576 - 15173456
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||| ||||||| || || |||| | ||| || ||||||||||| |||| |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||     
T  15173576 tgttaagagtcccacaccgggtagctaaaagtgcttgatgtggtacttaacccatgaggctctcccaccttttggactagtcttttgggttgggctctcc 15173477  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    ||| | |||||||||||||||    
T  15173476 tcatgggcttaagtcctaaca 15173456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 73 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 32064810 - 32064550
Alignment:
Q  73 gttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctctt 172  Q
    ||||||||| || | ||||||| || ||| |||||||||||||| |||||| ||||  |||||  ||||| | || |||| |||||| |||| ||||| |    
T  32064810 gttaggagttccccgtcgagtaaataaaagtgtttgatgtggtacttaaactatgacattctcttacctaatagattagttttttggattggattctcct 32064711  T
Q  173 cacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgatag 272  Q
    |  || ||||| |||||||||||  |||||||| |||||||||| | ||| |||||| ||| || | |||  |||||| || || ||||| |||||||||    
T  32064710 cgtgaacttaaatcctaacaatttttgctttcattgagagttggcccacataaagagttacctagatgctgaattaagatggtctaccgaatactgatag 32064611  T
Q  273 gtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagc 333  Q
    ||  |||||||  |||||||| |||  | ||||||| | |||||  ||||||| |||||||    
T  32064610 gtatgtgaagctgccaaaaggaaaagagttaccatctgatcagtatcgatagaatgaaagc 32064550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 72 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 22587086 - 22586964
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||| ||||||| |||||||||  | ||| |||||||||| ||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||      
T  22587086 tgttacgagtcccacatcgagtaactaaaagtgtttgatgtagtacttaagccatgaggctctcacacctattggactagtcttttgggtttggctcttc 22586987  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaat 194  Q
    ||| | |||||||||||||||||    
T  22586986 tcatgggcttaagtcctaacaat 22586964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 144 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 15226170 - 15225974
Alignment:
Q  144 tggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagcta 243  Q
    ||||||| |||||||| ||| | |||| ||| | |||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||| ||  |||  ||||| |||| | |     
T  15226170 tggactattcttttggattgagctctcctcatgggcttaagtcctaacaattgatgttttaattgagagttggaccacggaaaaggctacctataggttg 15226071  T
Q  244 gattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaa-gggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtg 340  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||  || ||||||||| | ||||  ||||| | |||||||| | ||| || |||||||||||||| |||||||    
T  15226070 gattaaggtgtt-caccgaatactgatgagttagtgaagccgctaaaataggaaaggactaccatcggatcattgtcgatagagtgaaagtcgtcgtg 15225974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 9718322 - 9718262
Alignment:
Q  9 acatcatcaataatgggcacatcacctctatttttcggatcaacactttcattctccatat 69  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  9718322 acatcatcaacaatgggcacatcatctctattttccggatcaacactttcattctcaatat 9718262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 9 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 15928395 - 15928335
Alignment:
Q  9 acatcatcaataatgggcacatcacctctatttttcggatcaacactttcattctccatat 69  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  15928395 acatcatcaacaatgggcacatcatctctattttccggatcaacactttcattctcaatat 15928335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 409
Target Start/End: Original strand, 36975725 - 36975967
Alignment:
Q  167 tctcttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtac 266  Q
    |||||||| | |||||  |||| ||||||  |||||||| ||| ||||||||  || |||  ||||| |||||||| ||| |||||||||||   | |||    
T  36975725 tctcttcatgggcttatatccttacaatttgtgctttcattgaaagttggacctcagaaaaggctacttataagctggatcaaggtgttccattaaatac 36975824  T
Q  267 -tgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgac 365  Q
     ||||||||||||||||||  |||||   ||| | ||| ||||   |||| | ||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || | ||    
T  36975825 ctgataggtgagtgaagccgtcaaaaataaaaggactatcatcgaatcagagtcga-agagtgaaaaccgtcgtggacgtcggctcttaaagagcataac 36975923  T
Q  366 aatgataagagacccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    | || || ||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  36975924 agtgttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgtttgatgtg 36975967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 285
Target Start/End: Original strand, 36975527 - 36975646
Alignment:
Q  167 tctcttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagta- 265  Q
    |||||||| | |||||| |||||||||||  | |||||| ||| |||||||| ||  |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||| || ||     
T  36975527 tctcttcatgggcttaaatcctaacaatttgttctttcattgaaagttggaccacggaaagggctacttataagctggattaaggggttccactgaatac 36975626  T
Q  266 ctgataggtgagtgaagcca 285  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  36975627 ctgataggtgagtgtagcca 36975646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 121
Target Start/End: Original strand, 36976219 - 36976268
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaa 121  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  36976219 tgttaggagtctcacatcgagtagatcaaagtgtttgatgtgatatttaa 36976268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 10321693 - 10321573
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||   || || ||| |||||||||||||| |||| |||||| | ||||  ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||     
T  10321693 tgttaggagtcccacatcagataaataaaagtgtttgatgtggtacttaagccatgaggctctcttacctattggactaatcttttgagttgagctctcc 10321594  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    ||| |  |||||||| |||||    
T  10321593 tcatggccttaagtcttaaca 10321573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 39570013 - 39569917
Alignment:
Q  96 atcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    |||||| || ||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||   |||| ||| |  ||||||||||||||    
T  39570013 atcaaagtgcttgatgtagtacttaaaccttgaggttcttccacctattggactagtctcttggattgaactctcctcatggacttaagtcctaaca 39569917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 340
Target Start/End: Original strand, 35946506 - 35946617
Alignment:
Q  229 gctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtg 328  Q
    ||||| |||||| | |||||| ||| |||| |||  ||||||||||||| |||||| ||||||  |||| |||||| ||| ||| | || || |||||||    
T  35946506 gctacttataagttggattaaagtgctccaacgaacactgataggtgagagaagcctccaaaaaagaaagggctactatcgggttaatgtcggtagagtg 35946605  T
Q  329 aaagccgtcgtg 340  Q
    |||| |||||||    
T  35946606 aaagtcgtcgtg 35946617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 136 - 194
Target Start/End: Original strand, 9969396 - 9969454
Alignment:
Q  136 ccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaacaat 194  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| ||  |||||||| | |||||||||||||||||    
T  9969396 ccacctaatgtactagtcttttgggtcggtctctcttcatgtgcttaagtcctaacaat 9969454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 198 - 409
Target Start/End: Original strand, 30045276 - 30045487
Alignment:
Q  198 tgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaa 297  Q
    |||||||| |||||||||||| ||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  30045276 tgctttcattgagagttggaccacggaaagggctacctataggctggattaaggtgttccaccgaatactgataggtgagtgaagccgccaaaaaggaaa 30045375  T
Q  298 tggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatcaagtagatcaaa 397  Q
     |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| || ||| |||||||| |||| ||||||    
T  30045376 gggctaccatcgggtcagtgtcgatagagtgaaagccgtcgtggaagtcggctcttaaagagcgtggcaatgttaggagtcccacatcgagtatatcaaa 30045475  T
Q  398 atgcttgatgtg 409  Q
     |||||||||||    
T  30045476 gtgcttgatgtg 30045487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 79 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 1702273 - 1701960
Alignment:
Q  79 agtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgag 178  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| | |||||||| | ||||||||||||||| |||  ||| |||    
T  1702273 agtcccacatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtacttaagccatgaggttctcctatctattggattggtcttttgggttgggctcttctcatgag 1702174  T
Q  179 cttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagt 278  Q
     ||||||||||||||||  |||| ||       ||||          || ||| | ||||  || || |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  1702173 attaagtcctaacaattggtgctctc-------gttg----------agggctgcctatagactggactaaggtgttccaccgaatactaataggtgagt 1702091  T
Q  279 gaagccaccaaaagggaaatggctacca-tcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagaga 377  Q
    |||||| | |||  | ||| |||||||| | |||| ||| |||||||||||||||||| | || |||||||| || |||||  ||||||||| || |||     
T  1702090 gaagccgcaaaatagaaaagggctaccattgaggt-agtaccgatagagtgaaagccgccttggacgtcggccctaaaaggatgtgacaatgttaggagt 1701992  T
Q  378 cccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    | |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  1701991 ctcacatcgagtagatcaaaatacttgatgtg 1701960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Original strand, 30045446 - 30045566
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||     
T  30045446 tgttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgcttgatgtggtacttaagccttgaggttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcc 30045545  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    ||| | |||||||||||||||    
T  30045546 tcatgggcttaagtcctaaca 30045566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 180 - 409
Target Start/End: Original strand, 35033169 - 35033400
Alignment:
Q  180 ttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtg 279  Q
    ||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||| | | |||   |||  |||| ||||  ||||||||||||||||| |||| | | |||||||    
T  35033169 ttaagtcctaacaattggtgctttcgttgagagttggaccatagaaatgactatctataggctaatttaaggtgttccaccgaatactaacatgtgagtg 35033268  T
Q  280 aagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgcc--gatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagaga 377  Q
    |||||  ||||| |||||  ||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||     
T  35033269 aagccttcaaaaaggaaagagctacgatcaggtcagtgtctcgatagagtgaaagcatccgtgaacgtcggctcttaaagggcgcgacaatgttaggagt 35033368  T
Q  378 cccacatcaagtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    | |||||  ||||||| ||| |||||||||||    
T  35033369 ctcacattgagtagattaaagtgcttgatgtg 35033400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 1702001 - 1701881
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||     
T  1702001 tgttaggagtctcacatcgagtagatcaaaatacttgatgtggtacttaagccaagaggttctcccacttattggactagtcttttaggttggcctctcc 1701902  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    ||| || ||||||||||||||    
T  1701901 tcatgaccttaagtcctaaca 1701881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Original strand, 32729551 - 32729671
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||     
T  32729551 tgttaggagtctcacatcgagtagatcaaactgcttgatgtgatacttaagtcatgaagttctcccacctattggactagtcttttgagttgggctctcc 32729650  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    ||| |  | ||||||||||||    
T  32729651 tcatggacgtaagtcctaaca 32729671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 207 - 333
Target Start/End: Original strand, 32140172 - 32140298
Alignment:
Q  207 tgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctacca 306  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| |||| |||| |||||||| | ||||||| ||||| ||| ||||||||| ||  |||||||||||| | | ||    
T  32140172 tgagagttggattacgaaaagagctacttatatgctaaattaaggtataccaccgattactggtagatgagtgaagtcattaaaagggaaatgaccagca 32140271  T
Q  307 tcaggtcagtgccgatagagtgaaagc 333  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||    
T  32140272 tcaggtcagtgccgatagaatgaaagc 32140298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 287 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 28072279 - 28072158
Alignment:
Q  287 caaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtgacaatgataagagacccacatca 386  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||| |||| |||| | |||||||||    
T  28072279 caaaaaggaaagggctaccatcgggtcagtgctgatagagtgaaagccgtcgtggatgtcggctcttgaagggtgtgataatgttaag-gtcccacatca 28072181  T
Q  387 agtagatcaaaatgcttgatgtg 409  Q
    ||||||  ||| || ||||||||    
T  28072180 agtagaaaaaagtgattgatgtg 28072158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 201 - 332
Target Start/End: Original strand, 5467133 - 5467262
Alignment:
Q  201 tttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatgg 300  Q
    ||||| ||||||||| || || || | |||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||| |||||   |||||| ||||| ||    
T  5467133 tttcattgagagttgaaccacgaacaaagctacctataggctagataaaggtgttccatcga--actgataggtgaatgaagtttccaaaaaggaaaggg 5467230  T
Q  301 ctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaag 332  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5467231 ctaccatcgggtcagtgtcgatagagtgaaag 5467262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 153
Target Start/End: Original strand, 29141559 - 29141603
Alignment:
Q  109 atgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtc 153  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29141559 atgtggtacttaaaccatgaggttctcccacctattggactagtc 29141603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 254 - 317
Target Start/End: Original strand, 5466998 - 5467061
Alignment:
Q  254 ttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtg 317  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  5466998 ttccatcgaatactgataggtgaatgaagtcgccaaaaaggaaagggctaccatcaggtcagtg 5467061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 244 - 290
Target Start/End: Original strand, 2183720 - 2183766
Alignment:
Q  244 gattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaa 290  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  2183720 gattaaggtgttccaccgaatactaataagtgagtgaagccatcaaa 2183766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 192
Target Start/End: Original strand, 33447672 - 33447761
Alignment:
Q  103 tgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    |||||||||||||| |||||||||||   ||  ||||| |||| |||||||||||||||||   |||| ||  || ||||||||||||||    
T  33447672 tgtttgatgtggtacttaaaccatgagactcgtccaccaattgaactagtcttttgggttgaactctcctcgtgaacttaagtcctaaca 33447761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 78; Significance: 7e-36; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 178 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 13843925 - 13843740
Alignment:
Q  178 gcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgag 277  Q
    |||||||||| |||||||  |||| ||  ||| |||||||| ||  |||| ||||| ||||  || ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  13843925 gcttaagtcccaacaattggtgctctcgttgaaagttggaccaccgaaagggctacctatagactggattaaggtgttccatcgaatactgataggtgag 13843826  T
Q  278 tgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagggcgtg 363  Q
    |||||||  |||||  |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  13843825 tgaagccgtcaaaaaagaaagggctaccatcgggtcagtgcagatagagtgaaagccgtcgtggacgtcagcttttaaagggcgtg 13843740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 71 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 2706627 - 2706389
Alignment:
Q  71 ttgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctc 170  Q
    |||||| |||| || | |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||| | | ||| ||||||||| |||||| |||   |||     
T  2706627 ttgttaagagttccacgtcgagtagataaaagtgtttgatgtgatatttaaaccacgaggctcttctagctaatggactagtattttggtttgatatctt 2706528  T
Q  171 ttcacgagcttaagtcctaacaattaatgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgat 270  Q
     ||| |   |||  ||||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  2706527 atcatggaattacatcctaacaatcgatgctttcattgagagttggaccacaaaaagagctacttataggctggattaagatgttccaccgaataccgat 2706428  T
Q  271 aggtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatca 309  Q
    |||||||| ||||| ||||||  |||| |||||||||||    
T  2706427 aggtgagtaaagccgccaaaaaagaaagggctaccatca 2706389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 72 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 3870889 - 3870769
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||| | | || | |||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||     
T  3870889 tgttaggagtctcacatcgagtagatttaaatgcttgatgtggtacttaagctacgaggctctcccaccatttggactagtcttttgggttgggctctcc 3870790  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    ||| | |||||||||||||||    
T  3870789 tcatgggcttaagtcctaaca 3870769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 130 - 192
Target Start/End: Original strand, 7407882 - 7407944
Alignment:
Q  130 gttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctcttcacgagcttaagtcctaaca 192  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||    
T  7407882 gttctcccacctattggactagttttttgggttgggctctcctcatgggcttaagtcctaaca 7407944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 72 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 19997184 - 19997100
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttt 156  Q
    |||||||| || | ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||  | | |  |||||||||||||| |||||||||||    
T  19997184 tgttaggaatctcacatcgagtatatcaaaatgcttgatgtggtacttaagtcctaagattctcccacctattagactagtcttt 19997100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 121
Target Start/End: Original strand, 7400837 - 7400884
Alignment:
Q  74 ttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaa 121  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||    
T  7400837 ttaggagtcccacatcgagtatatcaaagtgtttgatgtggtacttaa 7400884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 273 - 331
Target Start/End: Original strand, 15002322 - 15002380
Alignment:
Q  273 gtgagtgaagccaccaaaagggaaatggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaa 331  Q
    |||||||||||| | |||| ||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||||    
T  15002322 gtgagtgaagccgcaaaaaaggaaagggctaccatcaggcgagtgccaatagagtgaaa 15002380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 75; Significance: 4e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 72 - 202
Target Start/End: Original strand, 12600 - 12730
Alignment:
Q  72 tgttaggagtccctcatcgagtagatcaaaatgtttgatgtggtatttaaaccatgaagttctcccacctattggactagtcttttgggttgggttctct 171  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| || |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  12600 tgttaggagtcccacatcgagtagatcaaagtgcttgatgtgttacttaagccatgaggttcttccacctattggactagtcttttgggttgggctctcc 12699  T
Q  172 tcacgagcttaagtcctaacaattaatgctt 202  Q
    ||| | ||||| |||||||||||| ||||||    
T  12700 tcatgggcttaggtcctaacaattgatgctt 12730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1212 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold1212
Description:

Target: scaffold1212; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 197 - 358
Target Start/End: Original strand, 1897 - 2057
Alignment:
Q  197 atgctttcactgagagttggactacaaaaagagctacatataagctagattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaaagggaa 296  Q
    ||||||||| |||||||||||| |   |||| ||||| |||| ||| ||| |||  |||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  1897 atgctttcattgagagttggaccatggaaagggctacctataggctggat-aagaagttccacccaatactaataggtgagtgaagccgccaaaaaggaa 1995  T
Q  297 atggctaccatcaggtcagtgccgatagagtgaaagccgtcgtgaacgtcggctcttaaagg 358  Q
    |  ||||||||| |||||||| || |||||| |||| || |||| |||||||||||||||||    
T  1996 agagctaccatcgggtcagtgtcggtagagtaaaagtcgccgtggacgtcggctcttaaagg 2057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0781 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0781
Description:

Target: scaffold0781; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 244 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 605 - 559
Alignment:
Q  244 gattaaggtgttccaccgagtactgataggtgagtgaagccaccaaa 290  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  605 gattaaggtgttccaccgaatactaataagtgagtgaagccatcaaa 559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University