View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4396-Insertion-2 (Length: 1061)
Name: NF4396-Insertion-2
Description: NF4396
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4396-Insertion-2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 781; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 781; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 945
Target Start/End: Original strand, 55641420 - 55642357
Alignment:
| Q |
7 |
ataaatcaacattgggctggatcctttaatatatcctcatagaaaatagttcataaacggtagataacactatagcaattaattgatctcttacttctgt |
106 |
Q |
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| T |
55641420 |
ataaatcaacattgggctggatcctttaatatatcctcatagaaaatagttcataaacg-tagataatactatagcaattaattgatctcttacttctgt |
55641518 |
T |
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| Q |
107 |
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206 |
Q |
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| T |
55641519 |
acctagcttccaagatatgataagcatgcccaataaaatgatatctatgatttacttattatttgaaacaattagtgtgcatgaattgttttcacaatat |
55641618 |
T |
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| Q |
207 |
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306 |
Q |
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| T |
55641619 |
tcagcttataagcttgtgattcagtgattgagtaaaaaaagaaaaccttgtaagcttgattatgtaacattacacgttgcgcactaaacgtatgggaagg |
55641718 |
T |
|
| Q |
307 |
gggaaaagctttgtgattcataagagtatgtaatgaaatgtatggacacaccatctaacagaatatggacata--gatagcaaccaaaccatgttgctgt |
404 |
Q |
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| T |
55641719 |
gggaaaagctttgtgatt-ataagagtatgtaatgaaatgtatggacacaccagctaacagaatatggacatatagatagcaaccaaaccatgttgctgc |
55641817 |
T |
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| Q |
405 |
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504 |
Q |
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| T |
55641818 |
catgaggtttgatattttgtgtcgttgaatccttaagctatatggtatagctttttctggggttagagaattttcaaattctcctaacatttgcataaaa |
55641917 |
T |
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| Q |
505 |
gcatatatattaatgttgtatgaattttaaactacatgtgcatggaacatctttggggagaaagcacaacagggtctatataaaatgttgcgataatgcc |
604 |
Q |
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| T |
55641918 |
gcatatatattaatgttgtatgaattttaaactacatgtgcatggaacatctttggggagaaagcacaacagggtctatataaaatgttgcgataatgcc |
55642017 |
T |
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| Q |
605 |
ttaaccatatagcaacaacagggagaaactacaaaatgtttgataattaatgccttaagaatcataaatattcctacaatatcagttgatcttaatatca |
704 |
Q |
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| T |
55642018 |
ttaaccatatagcaacaacagggagaaactacaaaatgtttga----taatgccttaagaatcataaatattcctacaatatcagttgatcttaatatca |
55642113 |
T |
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| Q |
705 |
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804 |
Q |
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| T |
55642114 |
aaatgcagatgtttctgaaactataatac---atctacataatcagaaaagatggtttttgctattaacccaaaaaggtgcaccccataatacaaagctt |
55642210 |
T |
|
| Q |
805 |
gaatagatagttaatgaagccagcaaaaggtaccaataaacttgcagatgttccacaaaaacaacctg-aaaaaatatatagagttggatgttc-atata |
902 |
Q |
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| T |
55642211 |
gaatagatagttaatgaagccagcaaaaggtaccaataaacttgcagatgttccacaaaaacaacctgaaaaaaatatatagagttggacgttcaatata |
55642310 |
T |
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| Q |
903 |
tatgtcgtatgatag-tacgcacaaaa--tgatcgac-tatatagat |
945 |
Q |
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| T |
55642311 |
tatgtcgtatgatagttacgcacaaaaattgatcgacttatatagat |
55642357 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 578
Target Start/End: Original strand, 42661781 - 42662350
Alignment:
| Q |
7 |
ataaatcaacattgggctggatcctttaatatatcctcatagaaaatagttcataaacggtagataacactatagcaattaattgatctcttacttctgt |
106 |
Q |
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| T |
42661781 |
ataaatcaacattgggctggatcctttaatatatcctcatagaaaatagttcataaacg-tagataatactatagtaattaattgatctcttacttctgt |
42661879 |
T |
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| Q |
107 |
acctagcttccaagatatgataagcatgcccaataaaatgatatctatgatttacttattatttgaaacaattagtgtgcattaattgttttcacaatat |
206 |
Q |
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| T |
42661880 |
acctagcttccaagatatgataagcatgcccaataaaatgatatctatgatttacttattatttgaaacaatgagtgtgcattaattgttttcacaatat |
42661979 |
T |
|
| Q |
207 |
tcagcttataagcttgtgattcagtgattgagtnnnnnnngaaaaccttataagcttgattatgtaacattacacgttgcgcactaaacgtatgggaagg |
306 |
Q |
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| T |
42661980 |
tcagcttataagcttgtgattcagtgattgagtaaaaaaagaaaaccttataagcttgattatgtaacattacacgttgcgcactaaacgtatgggaagg |
42662079 |
T |
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| Q |
307 |
gggaaaagctttgtgattcataagagtatgtaatgaaatgtatggacacaccatctaacagaatatggacatagatagcaaccaaaccatgttgctgtca |
406 |
Q |
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| T |
42662080 |
gggaaaagctttgtgatt-acaagagtatgtaatgaaatgtatggacccaccagctaacagaatatggacagagatagcaaccaaaccatgttgctgcca |
42662178 |
T |
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| Q |
407 |
tgaggtttgatattttgtgtcgttgaatccttaagttatacggtatagctttttctggggttagagaattttcaaattctcctaacatttgcataaaagc |
506 |
Q |
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| T |
42662179 |
tgaggtttgatattttgtgtcgttgaatccttaagctatatggtatagctttttctggggttagagaattttcaaattctcctaacatttgcataaaaga |
42662278 |
T |
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| Q |
507 |
atatatattaatgttgtatgaattttaaactacatgtgcatggaacatctttggggagaaagcacaacaggg |
578 |
Q |
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| T |
42662279 |
atatatattaatgttgtatgaattttaaactacatgtgcatggaacatctttggggagaaagcacaccaggg |
42662350 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000003; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 521 - 561
Target Start/End: Original strand, 31036099 - 31036139
Alignment:
| Q |
521 |
tgtatgaattttaaactacatgtgcatggaacatctttggg |
561 |
Q |
| |
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| T |
31036099 |
tgtatgaattttaaactacatgtgcatagaacatctttggg |
31036139 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 464 - 533
Target Start/End: Original strand, 31036010 - 31036075
Alignment:
| Q |
464 |
gggttagagaattttcaaattctcctaacatttgcataaaagcatatatattaatgttgtatgaatttta |
533 |
Q |
| |
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| T |
31036010 |
gggttaaagaatcatcaaattctcctagcatttgcataaaag----tatattaatgttctatgaatttta |
31036075 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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