View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4397-Insertion-3 (Length: 1007)
Name: NF4397-Insertion-3
Description: NF4397
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4397-Insertion-3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 847; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 847; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1005
Target Start/End: Original strand, 55641420 - 55642410
Alignment:
| Q |
7 |
ataaatcaacattgggctggatcctttaatatatcctcatagaaaatagttcataaacgtagataatactatagcaattaattgatctcttacttctgta |
106 |
Q |
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| T |
55641420 |
ataaatcaacattgggctggatcctttaatatatcctcatagaaaatagttcataaacgtagataatactatagcaattaattgatctcttacttctgta |
55641519 |
T |
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| Q |
107 |
cctagcttccaagatatgataagcatgcccaataaaatgatatctatgatttacttattatttgaaacaattagtgtgcattaattgttttcacaatatt |
206 |
Q |
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| T |
55641520 |
cctagcttccaagatatgataagcatgcccaataaaatgatatctatgatttacttattatttgaaacaattagtgtgcatgaattgttttcacaatatt |
55641619 |
T |
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| Q |
207 |
cagcttataagcttgtgattcagtgattgagtnnnnnnngaaaaccttataagcttgattatgtaacattacacgttgcgcactaaacgtatgggaaggg |
306 |
Q |
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| T |
55641620 |
cagcttataagcttgtgattcagtgattgagtaaaaaaagaaaaccttgtaagcttgattatgtaacattacacgttgcgcactaaacgtatgggaaggg |
55641719 |
T |
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| Q |
307 |
ggaaaagctttgtgattcataagagtatgtaatgaaatgtatggacacaccatctaacagaatatggacata--gatagcaaccaaaccatgttgctgtc |
404 |
Q |
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| T |
55641720 |
ggaaaagctttgtgatt-ataagagtatgtaatgaaatgtatggacacaccagctaacagaatatggacatatagatagcaaccaaaccatgttgctgcc |
55641818 |
T |
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| Q |
405 |
atgaggtttgatattttgtgtcgttgaatccttaagttatacggtatagctttttctggggttagagaattttcaaattctcctaacatttgcataaaag |
504 |
Q |
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| T |
55641819 |
atgaggtttgatattttgtgtcgttgaatccttaagctatatggtatagctttttctggggttagagaattttcaaattctcctaacatttgcataaaag |
55641918 |
T |
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| Q |
505 |
catatatattaatgttgtatgaattttaaactacatgtgcatggaacatctttggggagaaagcacaacagggtctatataaaatgttgcgataatgcct |
604 |
Q |
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| T |
55641919 |
catatatattaatgttgtatgaattttaaactacatgtgcatggaacatctttggggagaaagcacaacagggtctatataaaatgttgcgataatgcct |
55642018 |
T |
|
| Q |
605 |
taaccatatagcaacaacagggagaaactacaaaatgtttgataattaatgccttaagaatcataaatattcctacaatatcagttgatcttaatatcaa |
704 |
Q |
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| T |
55642019 |
taaccatatagcaacaacagggagaaactacaaaatgtttga----taatgccttaagaatcataaatattcctacaatatcagttgatcttaatatcaa |
55642114 |
T |
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| Q |
705 |
aatgcagatgtttctgaaactataatacaatatcaacataatcagaaaagatggtttttgctgttaccccaaaaaggtgcaccccataatacaaagcttg |
804 |
Q |
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| T |
55642115 |
aatgcagatgtttctgaaactataatac---atctacataatcagaaaagatggtttttgctattaacccaaaaaggtgcaccccataatacaaagcttg |
55642211 |
T |
|
| Q |
805 |
aatagatagttaatgaagccagcaaaaggtaccaataaacttgcagatgttccacaaaaacaacctg-aaaaaatatatagagttggatgttcaatatat |
903 |
Q |
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| T |
55642212 |
aatagatagttaatgaagccagcaaaaggtaccaataaacttgcagatgttccacaaaaacaacctgaaaaaaatatatagagttggacgttcaatatat |
55642311 |
T |
|
| Q |
904 |
atgtcgtatgatagttacgcac-aaaattgatcgacttatatagattgctaataataggcctactatttctcattttttctttgtcgacaattgcgtact |
1002 |
Q |
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|
| T |
55642312 |
atgtcgtatgatagttacgcacaaaaattgatcgacttatatagattgctaataatgggcgt----tttctcatcttttctttgtcgacaattgcgtact |
55642407 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 577
Target Start/End: Original strand, 42661781 - 42662350
Alignment:
| Q |
7 |
ataaatcaacattgggctggatcctttaatatatcctcatagaaaatagttcataaacgtagataatactatagcaattaattgatctcttacttctgta |
106 |
Q |
| |
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| T |
42661781 |
ataaatcaacattgggctggatcctttaatatatcctcatagaaaatagttcataaacgtagataatactatagtaattaattgatctcttacttctgta |
42661880 |
T |
|
| Q |
107 |
cctagcttccaagatatgataagcatgcccaataaaatgatatctatgatttacttattatttgaaacaattagtgtgcattaattgttttcacaatatt |
206 |
Q |
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|
| T |
42661881 |
cctagcttccaagatatgataagcatgcccaataaaatgatatctatgatttacttattatttgaaacaatgagtgtgcattaattgttttcacaatatt |
42661980 |
T |
|
| Q |
207 |
cagcttataagcttgtgattcagtgattgagtnnnnnnngaaaaccttataagcttgattatgtaacattacacgttgcgcactaaacgtatgggaaggg |
306 |
Q |
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| T |
42661981 |
cagcttataagcttgtgattcagtgattgagtaaaaaaagaaaaccttataagcttgattatgtaacattacacgttgcgcactaaacgtatgggaaggg |
42662080 |
T |
|
| Q |
307 |
ggaaaagctttgtgattcataagagtatgtaatgaaatgtatggacacaccatctaacagaatatggacatagatagcaaccaaaccatgttgctgtcat |
406 |
Q |
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| T |
42662081 |
ggaaaagctttgtgatt-acaagagtatgtaatgaaatgtatggacccaccagctaacagaatatggacagagatagcaaccaaaccatgttgctgccat |
42662179 |
T |
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| Q |
407 |
gaggtttgatattttgtgtcgttgaatccttaagttatacggtatagctttttctggggttagagaattttcaaattctcctaacatttgcataaaagca |
506 |
Q |
| |
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| T |
42662180 |
gaggtttgatattttgtgtcgttgaatccttaagctatatggtatagctttttctggggttagagaattttcaaattctcctaacatttgcataaaagaa |
42662279 |
T |
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| Q |
507 |
tatatattaatgttgtatgaattttaaactacatgtgcatggaacatctttggggagaaagcacaacaggg |
577 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
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| T |
42662280 |
tatatattaatgttgtatgaattttaaactacatgtgcatggaacatctttggggagaaagcacaccaggg |
42662350 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 520 - 560
Target Start/End: Original strand, 31036099 - 31036139
Alignment:
| Q |
520 |
tgtatgaattttaaactacatgtgcatggaacatctttggg |
560 |
Q |
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| T |
31036099 |
tgtatgaattttaaactacatgtgcatagaacatctttggg |
31036139 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 463 - 532
Target Start/End: Original strand, 31036010 - 31036075
Alignment:
| Q |
463 |
gggttagagaattttcaaattctcctaacatttgcataaaagcatatatattaatgttgtatgaatttta |
532 |
Q |
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| T |
31036010 |
gggttaaagaatcatcaaattctcctagcatttgcataaaag----tatattaatgttctatgaatttta |
31036075 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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