View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4397_low_5 (Length: 449)

Name: NF4397_low_5
Description: NF4397
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4397_low_5
NF4397_low_5
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-442)||(10124260-10124701)
chr4 (75-441)||(28649862-28650229)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (18-438)||(25040650-25041070)
chr3 (28-441)||(25044385-25044798)
chr3 (47-437)||(25042801-25043190)
chr3 (302-399)||(54479360-54479457)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (27-438)||(21392781-21393192)
chr2 (52-441)||(21422111-21422509)
chr2 (302-405)||(1975176-1975279)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (47-441)||(24690576-24690970)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (362-435)||(39600467-39600540)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 10124701 - 10124260
Alignment:
1 tgttgacaaccatgctactgttcgttctcgccgacgaggtccgcctcgtaacggaccaatccctattccattcatatgggccaccgaccgccgagcaaaa 100  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10124701 tgttgataaccatgctcctgttcgttctcgccgacgaggtccgcctcgtaacggaccaatccctactccattcatatgggccaccgaccgccgagcaaaa 10124602  T
101 attcacagcttgaaccatcttctccaaaacagaatctttaacatcacgggcgatgttcagtgcaagagttgtctaacaaagttccagatgtcgtttgatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
10124601 attcacagcttgaaccatcttctccaaaacagaatctttaacatcaccggcgatgttaaatgcaagagttgtcaaacaaagttccagatgtcgtttgatt 10124502  T
201 tggtggcgaaattcgatgtaatctcccaatatttggttacaaacttcaacaccatgcatgatagggcaccagagactttgatgtatccaagattgatgaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10124501 tggtggcgaaattcgatgtaatctcccaatatttagttacaaacttcaacaccatgcatgatagggcaccagagactttgatgtatccaagattgatgaa 10124402  T
301 gtgtgtgcattgcaatcaagaaaactgtgtgaagccggtaattgctgagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctgttgctaggacaaatgcttggt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10124401 gtgtgtgcattgcaatcaagaaaactgtgtgaaaccggtaattgctgagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctgttgctaggacaaatgcttggt 10124302  T
401 tgttgtaagcttgaacaattgaaatatttttgcaagtataat 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10124301 tgttgtaagcttgaacaattgaaatatttttgcaagtataat 10124260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 75 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 28650229 - 28649862
Alignment:
75 tatgggccaccgaccgccgagcaaaaatt-cacagcttgaaccatcttctccaaaacagaatctttaacatcacgggcgatgttcagtgcaagagttgtc 173  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||| | |||| | | || |||||||| |||||   |||||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||    
28650229 tatgggcaacctaccgtcgagcaaaaaatgcacaacctcaatcatcttctacaaaatgaaatctttaacatcatgggtgacgttcaatgcaagagttgtc 28650130  T
174 taacaaagttccagatgtcgtttgatttggtggcgaaattcgatgtaatctcccaatatttggttacaaacttcaacaccatgcatgatagggcaccaga 273  Q
     ||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| | | | |||| | || |||||||||||||||||||||      
28650129 aaacgaaattccaaatgtcgtttgattttgtggcgaaattcgatgcaatctctcaatattcgatcataaacatgaataccatgcatgatagggcaccatg 28650030  T
274 gactttgatgtatccaagattgatgaagtgtgtgcattgcaatcaagaaaactgtgtgaagccggtaattgctgagaagaaaaagaatatcaattggttg 373  Q
    || ||||||| |||| ||||||   |   |||| || |||||||  ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
28650029 gattttgatgaatcctagattgccaagaagtgttcaatgcaatcgtgaaaacaatgtgaagccgataattgctgagaagaaaaagaatattaattggttg 28649930  T
374 tttctgttgctaggacaaatgcttggttgttgtaagcttgaacaattgaaatatttttgcaagtataa 441  Q
    ||| ||||| | |||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
28649929 tttttgttgttgggacaaatgcttggttgttgcaatcttaaacaattgaagtatttttgcaagtataa 28649862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 18 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 25041070 - 25040650
Alignment:
18 ctgttcgttctcgccgacgaggtccgcctcgtaacggaccaatccctattccattcatatgggccaccgaccgccgagcaaaaattcacagcttgaacca 117  Q
    ||||| || ||||| ||||||| || || |||| |||||  ||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | || ||    
25041070 ctgtttgtcctcgctgacgaggaccaccacgtagcggacagatccccatccctttcatatgggcaaccgatcgccgagcaaaaatccacagcctcaatca 25040971  T
118 tcttctccaaaacagaatctttaacatcacgggcgatgttcagtgcaagagttgtctaacaaagttccagatgtcgtttgatttggtggcgaaattcgat 217  Q
    |||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||   |||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| ||    
25040970 tctcttacaaaacagaatctttaacatcaccggcgatgttcaatgcaatagttgcaaaacaaagttccaaatgtcttttgatttgttggtgaaattcaat 25040871  T
218 gtaatctcccaatatttggttacaaacttcaacaccatgcatgatagggcaccagagactttgatgtatccaagattgatgaagtgtgtgcattgcaatc 317  Q
    | |||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||||| ||||   || ||| ||||||||||||    
25040870 gaaatctctcaatatttggttacaaacatgaacaccatgcatgatagggcaccacaaattttgatgaatccaaaattgccaaaatgtttgcattgcaatc 25040771  T
318 aagaaaactgtgtgaagccggtaattgctgagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctgttgctaggacaaatgcttggttgttgtaagcttgaaca 417  Q
    |||||||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||    
25040770 aagaaaatagtgttaaaccggtgattgctgagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctgttgctgggacaaataattggttgttgcaagcttgaaca 25040671  T
418 attgaaatatttttgcaagta 438  Q
    |||||| ||||||||||||||    
25040670 attgaagtatttttgcaagta 25040650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 28 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 25044798 - 25044385
Alignment:
28 tcgccgacgaggtccgcctcgtaacggaccaatccctattccattcatatgggccaccgaccgccgagcaaaaattcacagcttgaaccatcttctccaa 127  Q
    ||||||||||||||  || ||||| |  ||||||||  | || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |  |||||||| |||    
25044798 tcgccgacgaggtctaccacgtaatgatccaatcccagtccctttcgtatgggcaaccgaccgccgagcaaaaattcacaaccttagtcatcttctacaa 25044699  T
128 aacagaatctttaacatcacgggcgatgttcagtgcaagagttgtctaacaaagttccagatgtcgtttgatttggtggcgaaattcgatgtaatctccc 227  Q
    ||  |||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| | |||||| || || ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||| | |    
25044698 aatggaatctttaacatcaccggtgaggttcaatgcaagagttgccaaacaaaatttcaaatgtccttcgatttggtggcaaaatttgatgtaatcgctc 25044599  T
228 aatatttggttacaaacttcaacaccatgcatgatagggcaccagagactttgatgtatccaagattgatgaagtgtgtgcattgcaatcaagaaaactg 327  Q
    | |||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||| |  | ||||||| |||||||||||   |  ||||||||||||||  |||||||| |    
25044598 agtatttggtcacaaacatgaataccatgcatgatagggcaccgggaattttgatgaatccaagattgccaagatgtgtgcattgcaacaaagaaaacag 25044499  T
328 tgtgaagccggtaattgctgagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctgttgctaggacaaatgcttggttgttgtaagcttgaacaattgaaatat 427  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||| |||    
25044498 tgtgaagccgataattgccgagaagaagaagaatatcaattggttgtttctgctgttgggacaaatgctgggttgttgcaatcttaaacaattgaagtat 25044399  T
428 ttttgcaagtataa 441  Q
    ||||||||||||||    
25044398 ttttgcaagtataa 25044385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 47 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 25043190 - 25042801
Alignment:
47 cgtaacggaccaatccctattccattcatat--gggccaccgaccgccgagcaaaaattcacagcttgaaccatcttctccaaaacagaatctttaacat 144  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||  |||| ||| ||||||||| ||||||| | ||  | || ||||||||| ||||| ||||||||||  |    
25043190 cgtaacggaccaatccctatccctttcatatatgggctaccaaccgccgagaaaaaattgatagtctcaatcatcttctctaaaacggaatctttaatgt 25043091  T
145 cacgggcgatgttcagtgcaagagttgtctaacaaagttccagatgtcgtttgatttggtggcgaaattcgatgtaatctcccaatatttggttacaaac 244  Q
    |||   ||| |||||  |||||||||| | || ||||||| | ||| |||| ||||||||| ||||||| || |||||||  ||||||||||| ||||||    
25043090 cactatcgacgttcaacgcaagagttgccaaataaagttctaaatgacgttcgatttggtgacgaaatttgacgtaatctatcaatatttggtcacaaac 25042991  T
245 ttcaacaccatgcatgatagggcaccagagactttgatgtatccaagattgatgaagtgtgtgcattgcaatcaagaaaactgtgtgaagccggtaattg 344  Q
     | |||||||| |||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||| ||| |   ||||||| | |||| |||    
25042990 atgaacaccatacatgatagggcaccaacgcttttgatgtatccaagattgctgaagtgtgtgcatt--tatcgagata---gtgtgaaactggtacttg 25042896  T
345 ctgagaagaaaaag--aatatcaattggttgtttctgttgctaggacaaatgcttggttgttgtaagcttgaacaattgaaatatttttgcaagt 437  Q
    |  |||||||||||  |||||||| | | || |||||||| | |||||||||||||| || || |||||||||| | |||||||| ||| |||||    
25042895 ccaagaagaaaaagataatatcaactagatgcttctgttgttgggacaaatgcttggctgctgcaagcttgaaccactgaaatatattttcaagt 25042801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 302 - 399
Target Start/End: Original strand, 54479360 - 54479457
Alignment:
302 tgtgtgcattgcaatcaagaaaactgtgtgaagccggtaattgctgagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctgttgctaggacaaatgcttgg 399  Q
    |||||||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||||    
54479360 tgtgtgcactgtaatcaacaaaacagtgtgaagccggtaattgctgacaagaaacggagtatcaactggctgtttctgttattaggacaaatgcttgg 54479457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 27 - 438
Target Start/End: Original strand, 21392781 - 21393192
Alignment:
27 ctcgccgacgaggtccgcctcgtaacggaccaatccctattccattcatatgggccaccgaccgccgagcaaaaattcacagcttgaaccatcttctcca 126  Q
    ||||||||||| || | || |||| ||||||||| ||||| || ||||||||||| ||| | | |||||||||||| |||| | | || |||||  | ||    
21392781 ctcgccgacgaagtgcaccacgtagcggaccaattcctatccctttcatatgggcaaccaatcaccgagcaaaaatccacaacctcaatcatctcttaca 21392880  T
127 aaacagaatctttaacatcacgggcgatgttcagtgcaagagttgtctaacaaagttccagatgtcgtttgatttggtggcgaaattcgatgtaatctcc 226  Q
    ||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| || ||| |||| ||| ||    |||||||||||||||||||     
21392881 aaacaaaatctttagcatcaccggcgatgttcaatgcaagagttgccaaacaaagtttcaaatgccgttcgatctgcgtacgaaattcgatgtaatctct 21392980  T
227 caatatttggttacaaacttcaacaccatgcatgatagggcaccagagactttgatgtatccaagattgatgaagtgtgtgcattgcaatcaagaaaact 326  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||| ||   |  ||||  ||||||||||||||||||     
21392981 caatatttggttacgaacatgaacaccatgcatgatagggcaccaaagatcttgatgaatccaagactgccaagatgtgcacattgcaatcaagaaaaca 21393080  T
327 gtgtgaagccggtaattgctgagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctgttgctaggacaaatgcttggttgttgtaagcttgaacaattgaaata 426  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||    
21393081 gtgtgaaaccggtaattgccgagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctattgctgggacaaatgctcggttgttgcaagcttgaacaattgaagta 21393180  T
427 tttttgcaagta 438  Q
    ||||||||||||    
21393181 tttttgcaagta 21393192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 52 - 441
Target Start/End: Original strand, 21422111 - 21422509
Alignment:
52 cggaccaatccctattccattcatatgggccaccgaccgccgagcaaaaattcacagcttgaaccatcttctccaaaacagaatctttaacatcacgggc 151  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||  || || ||||| |||||||| |||||| | || |||||  | ||||||| ||||||||  ||||| ||     
21422111 cggaccaatccctattactttcatatgggaaactgatcgccgtgcaaaaatccacagcctaaatcatctcttacaaaacaaaatctttagtatcactggt 21422210  T
152 gatgt-----tcagtgcaagagttgtctaacaaagttccagatgtcgtttgatttggtggcgaaattcgatgtaatctcccaatatttggttacaaactt 246  Q
    || ||     ||| ||||||||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||   || ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |    
21422211 gacgtgacgttcaatgcaagagttgccgaacaaagttccaaatgtcgttcgatttgcaagcaaaatttgatgtaatctctcgatatttggttacaaacat 21422310  T
247 caacaccatgcatgatagggcaccagagactttgatgtatccaagattgatgaagtgtgtgcattgcaatcaagaaaactgtgtgaagccggtaattgct 346  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||   || |||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||    
21422311 gaacaacatgcatgatagggcaccagagaatttgatgaatccaaaattgcctaaatgtgtgcattgcaatcaagaaaacagtgtcaagccaataattgct 21422410  T
347 gagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctgttgct----aggacaaatgcttggttgttgtaagcttgaacaattgaaatatttttgcaagtataa 441  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
21422411 gagaagaaaaagaatatctattggttgtttctgttgctggccgggacaaatgcttggttgttgcaagcttgaacatttgaagtatttttgcaagtataa 21422509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 302 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 1975279 - 1975176
Alignment:
302 tgtgtgcattgcaatcaagaaaactgtgtgaagccggtaattgctgagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctgttgctaggacaaatgcttggtt 401  Q
    ||||| |||||||||||| ||||  ||||||| || ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||    
1975279 tgtgtacattgcaatcaaaaaaatagtgtgaaacctgtaattgctaagaagaaaaagagtatcaattggttgtttatgttgatgggacaaatgcttggtt 1975180  T
402 gttg 405  Q
    ||||    
1975179 gttg 1975176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 47 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 24690970 - 24690576
Alignment:
47 cgtaacggaccaatccctattccattcatatgggccaccgaccgccgagcaaaaattcacagcttgaaccatcttctccaaaacagaatctttaacatca 146  Q
    |||| ||||||||||| ||| || | | ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||  | ||||| | ||| ||||||||||    
24690970 cgtagcggaccaatccatataccttacttatggacaaccgaccaccgagcaaaaattcacagcctcaatcatctcttacaaaatacaatttttaacatca 24690871  T
147 cgggcgatgttcagtgcaagagttgtctaacaaagttccagatgtcgtttgatttggtggcgaaattcgatgtaatctcccaatatttggttacaaactt 246  Q
    |    || ||||| ||||||||||| | |||||||||| | || || ||||||||| |||  |||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
24690870 ccaatgacgttcaatgcaagagttgacaaacaaagttctaaatatcttttgatttgttggaaaaatgcgacgtaatttcccaatagttggttacaaactt 24690771  T
247 caacaccatgcatgatagggcaccagagactttgatgtatccaagattgatgaagtgtgtgcattgcaatcaagaaaactgtgtgaagccggtaattgct 346  Q
     |||||||||||||||||||||  | ||| ||||||| |||||||||||   || ||||| |||||||||||||||| |  ||||||||||||||||  |    
24690770 gaacaccatgcatgatagggcaagaaagattttgatgaatccaagattgtcaaaatgtgtacattgcaatcaagaaaccaatgtgaagccggtaattatt 24690671  T
347 gagaagaaaaagaatatcaattggttgtttctgttgctaggacaaatgcttggttgttgtaagcttgaacaattgaaatatttttgcaagtataa 441  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||| |||||||||| |||| |||| |||| |  |||||||||||||||||    
24690670 gagaagaaaaagaatatcaattgattgtttctgtttctgagacaaatgattggttgttgcaagcatgaataattaaggtatttttgcaagtataa 24690576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 362 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 39600540 - 39600467
Alignment:
362 atcaattggttgtttctgttgctaggacaaatgcttggttgttgtaagcttgaacaattgaaatatttttgcaa 435  Q
    ||||||||||||||| ||||| | || || ||| |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||    
39600540 atcaattggttgtttttgttgttgggtcagatgattgggtgttgcaagcttcaacatttgaaatatttctgcaa 39600467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University