View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4402_low_29 (Length: 429)

Name: NF4402_low_29
Description: NF4402
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4402_low_29
NF4402_low_29
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (41-421)||(9302013-9302386)
chr5 (57-421)||(9352174-9352524)
chr5 (41-421)||(9367089-9367459)
chr5 (42-421)||(9332434-9332811)
chr5 (41-361)||(9305632-9305950)
chr5 (161-399)||(9297890-9298127)
chr5 (57-399)||(9288662-9288999)
chr5 (57-402)||(9373026-9373366)
chr5 (161-401)||(9293283-9293522)
chr5 (42-421)||(9309441-9309832)
chr5 (57-399)||(9355873-9356225)
chr5 (57-421)||(9348481-9348855)
chr5 (41-108)||(9293191-9293258)
chr5 (41-96)||(9297801-9297856)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 421
Target Start/End: Original strand, 9302013 - 9302386
Alignment:
Q  41 cttctaagatagttgaaaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataat 140  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302013 cttctaagatagttgaaaagctagaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataat 9302112  T
Q  141 tattaaattgatataataatgaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcaggatttccctttaaatatgg 240  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302113 tgttaaattgatataataatgaaattaataaaatatgcagcactt--gttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcaggatttccctttaaatatgg 9302210  T
Q  241 taagcttgtttgatgttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgca 340  Q
    ||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302211 taagcttgtttgatgt-----caacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgca 9302305  T
Q  341 tgatgaatatagctggcatgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaactagtttgcctcctttgct 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9302306 tgatgaatatagctggcatgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaactagtttgcctcctttgct 9302386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 57 - 421
Target Start/End: Original strand, 9352174 - 9352524
Alignment:
Q  57 aaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataattattaaattgatataa 156  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  9352174 aaagctcaatgtttgtgtgatgttaccaagttcttgaatctctatttatataagaggtattcgtcatattgattggttgataattattaaattcatatga 9352273  T
Q  157 taatgaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcaggatttccctttaaatatggtaagcttgtttgatgt 256  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  9352274 taatgaaattaataaaataaacagcactt--gttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcatgatttcc-tttaaatatggtaagcttgttacatgt 9352370  T
Q  257 tttcccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatatagctgg 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9352371 tttcccaacattgtgaatatgtgaatgatactgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggttcatgatgaatatagctgg 9352470  T
Q  357 catgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaactagtttgcctcctttgct 421  Q
    ||||| ||           || | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  9352471 catgtttt-----------cagttagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcctttgct 9352524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 41 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 9367459 - 9367089
Alignment:
Q  41 cttctaagatagttgaaaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataat 140  Q
    ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9367459 cttctaagataattataaagctctaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactctctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgagaat 9367360  T
Q  141 tattaaattgatataataatgaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcaggatttccctttaaatatgg 240  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||    
T  9367359 tattaaattcatatgataatgaaattaataaaatatgaagcactt--gtcggtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcatgattcccctttgaatatgg 9367262  T
Q  241 taagcttgtttgatgttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgca 340  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||        |||||||| ||||||||||||||||||    
T  9367261 taagcttgttagatgttttcccaacattgtgaatatttgaatgatatagcatgtgttaatctgca--------atgatattaaaatgagtttgaggtgca 9367170  T
Q  341 tgatgaatatagctggcatgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaactagtttgcctcctttgct 421  Q
     ||||||||||||||||||||| |   |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||    
T  9367169 cgatgaatatagctggcatgtcctccgagtgttggcaattagaaaacctcattagtcaccaattagcttgcctcctttgct 9367089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 42 - 421
Target Start/End: Original strand, 9332434 - 9332811
Alignment:
Q  42 ttctaagatagttgaaaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataatt 141  Q
    |||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9332434 ttctaagataattgtaaagctcaatgtttgtgtgatgttaccaagttcttgatgctctatttatataagaggtattcgtcatattgattggttgataatt 9332533  T
Q  142 attaaattgatataata-atgaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcaggatttccctttaaatatgg 240  Q
    ||| |||| |||||||| |  || || ||||||||||||| ||||  |||  ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||| |    
T  9332534 atttaattcatataatataataagttgataaaatatgcagtactt--gttgatgatggtttagagcatgtggtgcctgtatgatttccttttgaatatag 9332631  T
Q  241 taagcttgtttgatgttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgca 340  Q
    ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||||| ||||    
T  9332632 taaccttgttagatgttttcccagcattgtgaatatgtgaatggtatcgcatgtggtattatgcaagatgct-atgatattaaaatgaatttgagatgca 9332730  T
Q  341 tgatgaatatagctggcatgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaactagtttgcctcctttgct 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  9332731 tgatgaatatagctggcatgtcttcctagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaattagcttgcctcctttgct 9332811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 41 - 361
Target Start/End: Original strand, 9305632 - 9305950
Alignment:
Q  41 cttctaagatagttgaaaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataat 140  Q
    ||||||||||| ||| ||||||  | |||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9305632 cttctaagataattgtaaagctaaatgtttgtgttatgttaccaaggtcttgactc--tatttatataagatgtattcatcatattgattggtggataat 9305729  T
Q  141 tattaaattgatataataatgaaatt-aataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcagga-tttccctttaaatat 238  Q
    ||||||||| |||| |||||||  || |||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| || || ||||||||| |||||    
T  9305730 tattaaattcatatgataatgatttttaataaaatatacagcactt--gttagtgatggtgtagagcatgtggggcctacatgaatttccctttgaatat 9305827  T
Q  239 ggtaagcttgtttgatgttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtg 338  Q
    ||||||||||||  |||||   |||||||||||||| | | ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9305828 ggtaagcttgttacatgttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgatattttgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtt 9305927  T
Q  339 catgatgaatatagctggcatgt 361  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  9305928 catgatgaatatagctggcatgt 9305950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 161 - 399
Target Start/End: Original strand, 9297890 - 9298127
Alignment:
Q  161 gaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgca-ggatttccctttaaatatggtaagcttgtttgatgtttt 259  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||  ||||  |||||||| |||||||||||| |   | |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||      
T  9297890 gaaatgaataaaatatgcagcagtt--gttaaggatggtgttgagcatgtggtgtcaatatggatttccctttgaatatggtaagcttgttacatgttag 9297987  T
Q  260 cccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatatagctggcat 359  Q
     |||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  9297988 tccaacattgtgaatatattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgcttatgatattaaaatgagtttgagatgcatgatgaatatagctgccat 9298087  T
Q  360 gtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcat 399  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9298088 gtctttatagtgttggcaatcagaaaacatcattagtcat 9298127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 57 - 399
Target Start/End: Original strand, 9288662 - 9288999
Alignment:
Q  57 aaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataattattaaattgatataa 156  Q
    ||||||||| |||||  |||| ||||||||| |||||||| || |||||||||||| || |||| ||||||    ||||||||||||||  || ||||||    
T  9288662 aaagctcgatgtttgcttgatattaccaagtgcttgactctctctttatataagagctaatcatgatattg----gttgataattattatgttcatataa 9288757  T
Q  157 taatgaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcaggatttccc-tttaaatatggtaagcttgtttgatg 255  Q
    |||  ||||||||||||||  ||||| ||  ||||  |||||||||||||||||||||||| ||  | || || ||| |||||||||||||||||  |||    
T  9288758 taacaaaattaataaaatagacagcagtt--gttaaggatggtgtagagcatgtggtgcctacataaattgccatttgaatatggtaagcttgttacatg 9288855  T
Q  256 ttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatga-tattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatatagct 354  Q
    ||   ||||||||| |||| | | ||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9288856 ttagtccaacattgagaatttattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgct-atgaatattgaaatgagtttgagatgcatgatgaatatagct 9288954  T
Q  355 ggcatgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcat 399  Q
    ||||||||||  | |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  9288955 ggcatgtcttctttgtgttggcaatcggaaaacctcagtagtcat 9288999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 57 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 9373366 - 9373026
Alignment:
Q  57 aaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataattattaaattgatataa 156  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||||||| || ||||| || |||||||||||| || |||| ||||||    |||||||||||| || || |||||     
T  9373366 aaagctcgatgtttgtttgatattaccaagtgctagactctctctttatataagagctaatcatgatattg----gttgataattatcaagttcatatag 9373271  T
Q  157 taatgaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcagga-tttccctttaaatatggtaagcttgtttgatg 255  Q
     || ||||| |||||||||    ||| ||  |||| |||||| |||||||||||||||||| || || ||| ||||| |||||||||||||||||  |||    
T  9373270 aaaggaaatgaataaaatagagggcagtt--gttaatgatggagtagagcatgtggtgcctacatgaattttcctttgaatatggtaagcttgttacatg 9373173  T
Q  256 ttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatga-tattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatatagct 354  Q
    ||   |||||||||||||| | | ||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9373172 ttagtccaacattgtgaatttattaatgatactgcatgtgttattctgcaagatgcc-atgaatattaaaatgagtttgagatgcatgatgaatatagct 9373074  T
Q  355 ggcatgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaa 402  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9373073 ggcatgtcttctttgtgttggcaatcagaaaacatcattagtcatcaa 9373026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 161 - 401
Target Start/End: Original strand, 9293283 - 9293522
Alignment:
Q  161 gaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcaggatttccc-tttaaatatggtaagcttgtttgatgtttt 259  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||| || || || || ||| |||||||||||||||||  |||||      
T  9293283 gaaattaataaaatagacagcagtt--gttaatgatggtgtagagcatgtggtgcctacatgaattgccatttgaatatggtaagcttgttacatgttag 9293380  T
Q  260 cccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatga-tattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatatagctggca 358  Q
     |||||||||||||| | | ||||| | |||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9293381 tccaacattgtgaatttattaatgagactgcatgtgttattctgctagatgct-atgaatattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatatagctggca 9293479  T
Q  359 tgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatca 401  Q
    ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9293480 tgtcttcatagtgttggcaatcataaaacctcattagtcatca 9293522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 42 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 9309832 - 9309441
Alignment:
Q  42 ttctaagatagttgaaaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataatt 141  Q
    |||||||| | ||| ||||||| | ||||||||| |||| |||||||| |||||| ||  |||||||||||  |||||| ||    |||||||| | |||    
T  9309832 ttctaagaaaattgtaaagctcaatgtttgtgtggtgttcccaagttcctgactctct--ttatataagagccattcatgatcgatattggttgctgatt 9309735  T
Q  142 attaaattgatataataatgaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgca-ggatttccctttaaatatgg 240  Q
    ||||| || |||||||||  ||||||||||||||   | |||||  |||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  9309734 attaatttcatataataagtaaattaataaaatagttatcactt--gttaatcatggtttagagcatgtggtgcctgcatggatttccctttgaatatgg 9309637  T
Q  241 taagcttgtttgatgttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgca 340  Q
    |||||||||   |  | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||  |||  || ||||    
T  9309636 taagcttgtcatacctctacccaacattgtgaatatgttaatgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tctgatattgaaattggttcaagatgca 9309538  T
Q  341 tgatga------------atatagctggcatgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaa----ctagtttgcctcctttgct 421  Q
    ||||||            ||||| ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| ||||    
T  9309537 tgatgaatattattcactatataactggcatgtcttcctaatgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaattagctagtttgcctcctctgct 9309441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 57 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 9356225 - 9355873
Alignment:
Q  57 aaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataattattaaattgatataa 156  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||| || ||||||||||||  |||||| ||    |||||||| | |||||||| || ||||||    
T  9356225 aaagctcaatgtttgtgtggtgttaccaagtgcctgactctctctttatataagagccattcatgattgatattggttgctgattattaatttcatataa 9356126  T
Q  157 taatgaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcagga-tttccctttaaatatggtaagcttgtttgatg 255  Q
    ||| |||||| |||||||| | | |||||  |||| | ||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| ||| ||||||||||| ||||   ||     
T  9356125 taaggaaattgataaaataggtatcactt--gttaatcatggtttagagcatgtgctggctgcatgaatttccatttgaatatggtaaggttgtcatatc 9356028  T
Q  256 ttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgcatgatga--------- 346  Q
    | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||  |||  || ||||||||||             
T  9356027 tctacccaacattgtgaatatgttaatgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tctgatattgaaattggttcaagatgcatgatgaatattattc 9355929  T
Q  347 ---atatagctggcatgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcat 399  Q
       ||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9355928 actatataactggcatgtcttcctaatgttggcaatcagaaaacctcattagtcat 9355873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 57 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 9348855 - 9348481
Alignment:
Q  57 aaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatataagaggtattcatcatattgattggttgataattattaaattgatataa 156  Q
    ||||||| | ||||||||  ||||||||||||| | |||| || |||||||||||   |||||| ||    |||||| | | ||||||||  | ||||||    
T  9348855 aaagctcaatgtttgtgttgtgttaccaagttccttactctctctttatataagatccattcatgattgatattggtagctgattattaatctcatataa 9348756  T
Q  157 taatgaaattaataaaatatgcagcacttaagttagtgatggtgtagagcatgtggtgcctgcagga-tttccctttaaatatggtaagcttgtttgatg 255  Q
    ||| |||||| |||||||| | | |||||  |||| | ||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| ||| ||||||||||| ||||   ||     
T  9348755 taaggaaattgataaaataggtatcactt--gttaatcatggtttagagcatgtgctggctgcatgaatttccatttgaatatggtaaggttgtcatatc 9348658  T
Q  256 ttttcccaacattgtgaatatgtgaatgatattgcatgtgatattctgcaagatgcttatgatattgaaatgagtttgaggtgcatgatgaatat----- 350  Q
    | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||  || ||||||||||||||         
T  9348657 tctacccaacattgtgaatatgttaatgatattgcatgtgatactctgcaagatgc-tatgatattgaaattggttcaagatgcatgatgaatattattc 9348559  T
Q  351 -------agctggcatgtctttgtagtgttggcaatcagaaaacctcattagtcatcaactagtttgcctcctttgct 421  Q
           | ||||||||||||  || ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  9348558 actataaaactggcatgtcttcctaatgttggcaaacagaaaacctgattagtcatcaattagtttgcctcctctgct 9348481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 108
Target Start/End: Original strand, 9293191 - 9293258
Alignment:
Q  41 cttctaagatagttgaaaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactccctatttatata 108  Q
    ||||||||||| ||| ||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9293191 cttctaagataattgtaaagcttaatgtttgtgtgatgttaccaagttcttgactctctatttatata 9293258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 96
Target Start/End: Original strand, 9297801 - 9297856
Alignment:
Q  41 cttctaagatagttgaaaagctcgaagtttgtgtgatgttaccaagttcttgactc 96  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  9297801 cttctaagataattgtaaagctcaatgtttgtgtgatgttaacaagtgcttgactc 9297856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University