View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4403-Insertion-1 (Length: 992)

Name: NF4403-Insertion-1
Description: NF4403
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4403-Insertion-1
NF4403-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-992)||(45512731-45513716)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 946; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 946; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 992
Target Start/End: Complemental strand, 45513716 - 45512731
Alignment:
Q  8 acatgtttgttatgattgatgatagagaagattccgtatgagtgagtttattccagctaagatcaaggtacacaagtctcttcaactcagcaaaccatga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513716 acatgtttgttatgattgatgatagagaagattccatatgagtgagtttattccagctaagatcaaggtacacaagtctcttcaactcagcaaaccatga 45513617  T
Q  108 tggaattgaagttaaactatttttagaaaggctaaggtattcaattgaagtcatgtttcgaaaaacccctggaattggaccatgaagctcattggtagaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513616 tggaattgaagttaaactatttttagaaaggctaaggtattcaattgaagtcatgtttcgaaaaacccctggaattggaccatgaagctcattggtagaa 45513517  T
Q  208 agaccaagatgagtaagtttcccaaagatgaaaaaccacggcggaaccgatgtgaaattgtttgtcgaaaggtagagggattcaatggaggtcatgtttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513516 agaccaagatgagtaagtttcccaaagatgaaaaaccacggcggaaccgatgtgaaattgtttgtcgaaaggtagagggattcaatggaggtcatgtttt 45513417  T
Q  308 gaaaaccctcaggaattggaccgtaaagcctgttatattcaagatcaagatacacaagctttcttaggttattgaacgaaaatgatgaacctgaatcaag 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513416 gaaaaccctcaggaattggaccgtaaagcctgttatattcaagatcaagatacaaaagctttcttaggttattgaacgaaaatgatgaacctgaatcaag 45513317  T
Q  408 atagttgtagtaaatactgagatgaaccagggatgacaagttcgtgaaagcatgaggtatttgaccataaagcccattgtaagaaaggtcaagaagggta 507  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45513316 atagttgtagtaaatactgagatgcaccagggatgacaagttcgtgaaagcatgaggtatttgaccataaagcccattataagaaaggtcaagaagggta 45513217  T
Q  508 agtttctcaaagtgactgaaccataatggaatagaagtgaaattatttccagaaaggtagagtgattcaatggaagtcatgtttccaaaagactcaggaa 607  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513216 agtttctcaaagtgaccgaaccataatggaatagaagtgaaattatttccagaaaggtagagtgattcaatggaagtcatgtttccaaaagactcaggaa 45513117  T
Q  608 tcggaccatgaagctcatttgatgagagatcaagatagataagagatgtcatgttttggaaagcataacgaggaatgagtgaattgtcaactctacatcc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513116 tcggaccatgaagctcatttgatgagagatcaagatagataagagatgtcatgttttggaaagcataacgaggaatgagtgaattgtcaactctacatcc 45513017  T
Q  708 agacagtgaaagatttaataaagaaggaagtgtattgagtacctggaacaagttgcgcttgtcattgagacgaataccactcaagtcaaggtgtttgagt 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513016 agacagtgaaagatttaataaagaaggaagtgtattgagtacctggaacaagttgcgcgtgtcattgagacgaataccactcaagtcaaggtgtttgagt 45512917  T
Q  808 gagtgaaggtttgaaatccaactggtgtcgtcatccatttgtaattctctctcttcaaattgcgtaaggtaatagtaattgaagctgagatcaaggaatt 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  45512916 gagtgaaggtttgaaatccaactggtgccgtcatccatttgtaattctctctcttcaaattgcgtaaggtaatagtaattgaagctgagatcaaggaatc 45512817  T
Q  908 gtaggttcttgagatttctgagactgttgggaatcctcccgct-agacgagcatgagacagagagagatactcaaggcgtcccatg 992  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512816 gtaggttcttgagatttctgagactgttgggaatcctcccgctaagacgagcatgagacagagagagatactcaaggcgtcccatg 45512731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University