View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4404_high_1 (Length: 861)
Name: NF4404_high_1
Description: NF4404
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4404_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 851
Target Start/End: Complemental strand, 44286710 - 44285863
Alignment:
| Q |
17 |
agtttctaccagaaatcaaattcccctttgaaatttcttcgatcataattga----------cccccaaccattttctctcttctgcaacgttcccttcg |
106 |
Q |
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| T |
44286710 |
agtttctaccagaaatcaaattcccctttgaaatttcttcgatcataattcattatttcacacccccaacccttttctctcttctgcaacgttcccttcg |
44286611 |
T |
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| Q |
107 |
tttccattttcccattcctcttattgccaacttttgttctcaggttattcatatggtaattttcttttccctctttcttacaatttttgtttccttcatg |
206 |
Q |
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| T |
44286610 |
tttccattttcccattcctcttattgccaacttttcttctcaggttattcatatggtaattttcttttccctctttcttacaatttttgtttccttcatg |
44286511 |
T |
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| Q |
207 |
ttcgactctaagtaataacaagtacattattattgttattattatt---ttgaaggatcctcatgctgctgaagatttgcctcaatacattcatatcaat |
303 |
Q |
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| T |
44286510 |
tttgactctaagtaataacaagtacattattattattattattattattttgaaggatcctcatgctgctgaagatttgcctcaatacattcatatcaat |
44286411 |
T |
|
| Q |
304 |
caaaatgannnnnnnatgcgaaggttactattcattttcttataatttatttaggtcattcaatttaatttgctatcttatgcttatgatggaatatata |
403 |
Q |
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| T |
44286410 |
caaaatgatttttttatgcgaaggttagtattcattttcttataatttatttaggtcattcaatttaatttgctatcttatgcttatgatggaatatata |
44286311 |
T |
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| Q |
404 |
atttgattctaaactttgttaaaaatattatcactcggtagcattactaactggttatgttaattactggtttgctaagttaattatcagttgcattact |
503 |
Q |
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| T |
44286310 |
atttgattctaaactttgttaaaaatattatcactcggtagcattactaactggttatgttaattactggtttgctaagttaactatcaggtgcattact |
44286211 |
T |
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| Q |
504 |
attatgagttatttaggttataggatagtttgatgttgctctgtcttggacttttctgtattcaattaggctttgtttggattagtttctctcttatggt |
603 |
Q |
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| T |
44286210 |
gttatgagttatttaggttataggatagtttgatgttgctctatcttggacttttctgtattcaattaggctttgtttggattagtttctctcttatggt |
44286111 |
T |
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| Q |
604 |
aggttccagggccggcccaataattttcaatattcggtgaggcttaaatcaaattttataacacgggactttcttatccgcatatgatgccnnnnnnnnc |
703 |
Q |
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| T |
44286110 |
aggttccagggccggcccaataattttcaatattcggtgaggcttaaatcaaattttataacacgggacttttttatccgcatatgatgccttttttttc |
44286011 |
T |
|
| Q |
704 |
tttataaaactgaagacagataaatttttgttggtgggccgaaaacaagggctttagtggatttacccttgggctggcccttgtaggttctcttctcaat |
803 |
Q |
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| T |
44286010 |
tttataaaactgaagacagataaatttttgttggtgggccgaaaacaagggctttagtggatttacccttgggccggcccttgtaggttctcttctcaat |
44285911 |
T |
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| Q |
804 |
taacataagtttaattgttaagaagctttagtactcaatccgtctctg |
851 |
Q |
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|
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| T |
44285910 |
taacataagtttaattgttaagaagctttagtactcaatccatctctg |
44285863 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 851
Target Start/End: Original strand, 44069372 - 44070150
Alignment:
| Q |
68 |
acccccaaccattttctctcttctgcaacgttcccttcgtttccattttcccattcctcttattgccaacttttgttctcaggttattcatatggtaatt |
167 |
Q |
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|
| T |
44069372 |
acccccaacccttttctcgcttctgcaag-----cttcgtttccattttctcattcctcttattgccaacttttgttctcaggttattcatatggtaatt |
44069466 |
T |
|
| Q |
168 |
ttcttttccctctttcttacaatttttgtttccttcatgttcgactctaagtaataacaagtacattattattgttattattattttgaaggatcctcat |
267 |
Q |
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|
| T |
44069467 |
ttcttttccctctttcttacaatttttgtttccttcatgttcgactctaagtaataacaagtacattattattgttattattattttgaaggatcctcat |
44069566 |
T |
|
| Q |
268 |
gctgctgaagatttgcctcaatacattcatatcaatcaaaatgannnnnnnatgcgaaggttactattcattttcttataatttatttaggtcattcaat |
367 |
Q |
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| T |
44069567 |
gctgctgaagatttgcctcaatacattcatatcaatcaaaatgatttttttatgcgaaggttagtattcattttcttataatttatttaggtcattcaat |
44069666 |
T |
|
| Q |
368 |
ttaatttgctatcttatgcttatgatggaatatataatttgattctaaactttgttaaaaatattatcactcggtagcattactaactggttatgttaat |
467 |
Q |
| |
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|
| T |
44069667 |
ttaatttgctatcttatgcttatgatggaatatataatttgattctaaactttgttaaaaatattatcactcggtagcattactaactggttatgttaat |
44069766 |
T |
|
| Q |
468 |
tactggtttgctaagttaattatcagttgcattactattatgagttatttaggttataggatagtttgatgttgctctgtcttggacttttctgtattca |
567 |
Q |
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| T |
44069767 |
tactggtttgctaagttaactatcggttgcattactgttatgagttagttaggttataggttagtttgatcttgctctgtcttggacttttctgtattta |
44069866 |
T |
|
| Q |
568 |
attaggctttgtttggattagtttctctcttatggtaggttccagggccggcccaataattttcaatattcggtgaggcttaaatcaaattttataacac |
667 |
Q |
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| T |
44069867 |
aataggcttactttggattagtttctctcttatggtaagttccagggccggcccaataattttcaatattcggtgaggcttaaatcaaatattataatac |
44069966 |
T |
|
| Q |
668 |
gggac-tttcttatccgcatatgatgccnnnnnnnnctttataaaactgaagacagataaatttttgttggtgggccgaaaacaagggctttagtggatt |
766 |
Q |
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|
| T |
44069967 |
gggactttttttatctgcgtatgaggcc-tttttttctttataaaactgaagacaaataaatttgtgttggtgggccgaaagcaagagctttagtggtct |
44070065 |
T |
|
| Q |
767 |
tacccttgggctggcccttgtaggttctcttctcaattaacataagtttaattgttaagaagctttagtactcaatccgtctctg |
851 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
44070066 |
tacccttgggccggcccgtgtaggttctcttctcaattaacataagtttaatttctaaggagctttagtactcaatctgtctctg |
44070150 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 218 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 44084285 - 44083824
Alignment:
| Q |
218 |
gtaataacaagtacattattattgttattattatt---ttgaaggatcctcatgctgctgaagatttgcctcaatacattcatatcaatcaaaatgannn |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44084285 |
gtaataacaagtacattattattattattattattattttgaaggatcctcatgctgctgaagatttgcctcaatacattcatatcaatcaaaatgattt |
44084186 |
T |
|
| Q |
315 |
nnnnatgcgaaggttactattcattttcttataatttatttaggtcattcaatttaatttgctatcttatgcttatgat-ggaatatataatttgattct |
413 |
Q |
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|
|
| T |
44084185 |
ttttatgcgaaggttagtattcattttcttataatttattcaggtcattcaatttaatttgctatcttctacttatcattggaatatataatttgattct |
44084086 |
T |
|
| Q |
414 |
aaactttgttaaaaatattatcactcggtagcattactaactggttatgttaattactggtttgctaagttaattatcagttgcattactattatgagtt |
513 |
Q |
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|
|
| T |
44084085 |
aaactttgttaaaaatattatcactcggtagcattactaactggttatgttaattactggtttgctaagttaactatcggttgcattactgttatgagtt |
44083986 |
T |
|
| Q |
514 |
atttaggttataggatagtttgatgttgctctgtcttggacttttctgtattcaattaggctttgtttggattagtttctctcttatggtaggttccagg |
613 |
Q |
| |
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| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
44083985 |
agttaggttataggttagtttgatcttgctctgtcttggacttttctgtattcaattaggcttactttggattagtttctctcttatggtaagttccagg |
44083886 |
T |
|
| Q |
614 |
gccggcccaataattttcaatattcggtgaggcttaaatcaaattttataacacgggacttt |
675 |
Q |
| |
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|
|
| T |
44083885 |
gccggcccaataattttcaatatttggtgaggcttaaatcaaatattataatacgggacttt |
44083824 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 716 - 773
Target Start/End: Original strand, 47442470 - 47442527
Alignment:
| Q |
716 |
aagacagataaatttttgttggtgggccgaaaacaagggctttagtggatttaccctt |
773 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| || ||| | | ||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
47442470 |
aagacagataaatttttgttggtggacctaaagctatggctttagtggccttaccctt |
47442527 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 218 - 851
Target Start/End: Original strand, 16443135 - 16443773
Alignment:
| Q |
218 |
gtaataacaagtacattattattgttattattatt---ttgaaggatcctcatgctgctgaagatttgcctcaatacattcatatcaatcaaaatgannn |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16443135 |
gtaataacaagtacattattattattattattattattttgaaggatcctcatgctgctgaagatttgcctcaatacattcatatcaatcaaaatgattt |
16443234 |
T |
|
| Q |
315 |
nnnnatgcgaaggttactattcattttcttataatttatttaggtcattcaatttaatttgctatcttatgcttatgatggaatatataatttgattcta |
414 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
16443235 |
ttttatgcgaaggttagtattcattttcttataatttatttaggtcattcaatttaatttgctatcttatgcttatgatggaatatataatttgattcta |
16443334 |
T |
|
| Q |
415 |
aactttgttaaaaatattatcactcggtagcattactaactggttatgttaattactggtttgctaagttaattatcagttgcattactattatgagtta |
514 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
16443335 |
aactttgttaaaaatattatcactcggtagcattactaactggttatgttaattactggtttgctaagttaactatcggttgcattactgttatgagtta |
16443434 |
T |
|
| Q |
515 |
tttaggttataggatagtttgatgttgctctgtcttggacttttctgta-ttcaattaggctttgtttggattagtttctctcttatggtaggttccagg |
613 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
16443435 |
gttaggttataggttagtttgatcttgctctgtcttggacttttctgtatttaaattaggcttactttggattagtttctctcttatggtaagttccagg |
16443534 |
T |
|
| Q |
614 |
gccggcccaataattttcaatattcggtgaggcttaaatcaaattttataacacgggac-tttcttatccgcatatgatgccnnnnnnnnctttataaaa |
712 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||| || ||||| ||| |||||||||| |
|
|
| T |
16443535 |
gccggcccaataattttcaatanttggtgaggcttaaatcaaatattataatacgggactttttttatctgcgtatgaggccttttttttctttataaaa |
16443634 |
T |
|
| Q |
713 |
ctgaagacagataaatttttgttggtgggccgaaaacaagggctttagtggatttacccttgggctggcccttgtaggttctcttctcaattaacataag |
812 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16443635 |
ctgaagacaaataaatttgtgttggtgggccgaaagcaagagctttagtggtcttacccttgggccggcccgtgtaggttctcttctcaattaacataag |
16443734 |
T |
|
| Q |
813 |
tttaattgttaagaagctttagtactcaatccgtctctg |
851 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
16443735 |
tttaatttctaaggagctttagtactcaatctgtctctg |
16443773 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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