View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4405-Insertion-2 (Length: 976)

Name: NF4405-Insertion-2
Description: NF4405
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4405-Insertion-2
NF4405-Insertion-2
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (8-751)||(35161976-35162714)
chr2 (7-751)||(44797396-44798139)
chr2 (164-751)||(39840378-39840974)
chr2 (104-751)||(39845273-39845945)
chr2 (7-345)||(44630826-44631159)
chr2 (816-962)||(35162784-35162931)
chr2 (816-962)||(39846005-39846152)
chr2 (816-962)||(44797189-44797336)
chr2 (856-964)||(39840995-39841104)
chr2 (28-102)||(39845164-39845241)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (506-625)||(31696611-31696721)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 687; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 687; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 751
Target Start/End: Original strand, 35161976 - 35162714
Alignment:
Q  8 agaagaagcccagttcttcaaccaagtggtgagtctgttcgttagttatgttgattcactatttcatttcctgctgcaattcaatggatatatattcttg 107  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35161976 agaagaagccgagttcttcaaccaagtggtgagtctgttcgtta----tgttgattcactatt-cattccctgctgcaattcaatggatatatattcttg 35162070  T
Q  108 ttggaagatgattaataacatgataatgtgttccattgtagcttatttaatcatcgatgattaatttttcctttctttacttttctatcagattttaatg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35162071 ttggaagatgattaataacatgataatgtgttccattgtagctaatttaatcatcgatgattaatttttcctttctctacttttctatcagattttaatg 35162170  T
Q  208 agatcaaagatcctaccgaaaaggataggataaccaaatgtgccactttggcaatacgggattataattcacaaactcagaacgactaccaattggtcgt 307  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35162171 atatcaaagatcctaccaaaaaggataggataaccaaatgtgccactttggcaatacgggattataattcacaaactcagaacgactaccaattggtcgt 35162270  T
Q  308 tgttgatacgtttacttcgcaatttgttaatggtttcctttactgtatcacctttcaagccagcaatgctgacaaggaatatgcaactttcgaagccata 407  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35162271 tgttgatacgtttacttcacaatttgttaatggtttcctttactgtatcacctttcaagccagcaatgctgacaaggaatatgcaactttcgaagccata 35162370  T
Q  408 gtgtttggatatggaaaaagagagttcgatttaagaaaggttattagaatcaggatcaaagggaccagtacttggtaatttattttaatcttatcaccag 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35162371 gtgtttggatatggaaaaagagagttcgatttaagaaaggttattagaatcaggatcaaagggaccagtacttggtaatttattttaatcttatcaccag 35162470  T
Q  508 attgtttctcattttttcaaaatgtttctttgcatctcaaattatttcatacatagcaatgctttccacccccctttaccataccatatgtttagcctca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35162471 attgtttctcattttttcaaaatgtttctttgcatctcaaattatttcatacatagcaatgctttccactcccctttaccataccatatgtttagcctca 35162570  T
Q  608 ttttttcgtagcttgtcatttggggtttttaatttgccacgtttagcgtgcgtcctgtcctgaatatgttcatgcttgacattttgatatttcagaacag 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35162571 ttttttcgtagcttgtcatttggggtttttaatttgccacgtttagcgtgcgtcctgtcctgaatatgttcatgcttgacattttgatatttcagaacag 35162670  T
Q  708 catgcctgtgtcatgcccctcccactaatttgcttacattgtaa 751  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35162671 catgcctgtgtcatgcccctcccactaatttgcttacattgtaa 35162714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 44798139 - 44797396
Alignment:
Q  7 aagaagaagcccagttcttcaaccaagtggtgagtctgttcgttagttatgttgattcactatttcatttcctgctgcaattcaatggatatatattctt 106  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44798139 aagaagaagctcagttcttcaatcaagtggtgagtctgttggtta----tgttgattcactatt-cattccctgctgcaattcaatggatatatattctt 44798045  T
Q  107 gttggaagatgattaataacatgataatgtgttccattgtagcttatttaatcatcgatgattaatttttcctttctttacttttctatcagattttaat 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44798044 gttggaagatgattaataacatgataatgtgttccattgtagctaatttaatcatctatgattaatttttcctttctctacttttctatcagattttaat 44797945  T
Q  207 gagatcaaagatcctaccgaaaaggataggataaccaaatgtgccactttggcaatacgggattataattcacaaactcagaacgactaccaattggtcg 306  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44797944 gagatcaaagatcctaccaaaaaggataggataaccaaatgtgccactttggcaatacgggattataattcacaaactcagaaccactaccaattggtcg 44797845  T
Q  307 ttgttgatacgtttacttcgcaatttgttaatggtttcctttactgtatcacctttcaagccagcaatgctgacaaggaatatgcaactttcgaagccat 406  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||      
T  44797844 ttgttgatacgtttacttcgcgatatgttaacggtttcctttacggtatcacctttcaagccagcaatgctgacgtggaatatgcaactttcgaagcccg 44797745  T
Q  407 agtgtttggatatggaaaaagagagttcgatttaagaaaggttattagaatcaggatcaaagggaccagtacttggtaatttattttaatcttatcacca 506  Q
     |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44797744 ggtgtttggatttggaaaaagagagttggatttaaaaaaggttattataatcaggatggaagggaccagtacttggtaatttattttaatcttatcacca 44797645  T
Q  507 gattgtttctcattttttcaaaatgtttctttgcatctcaaattatttcatacatagcaatgctttccacc----cccctttaccataccatatgtttag 602  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||    
T  44797644 gattgtttctcattttttcaatatgtttctttgcatctcaaattatttgatacatagcaatgctttccacccccccccctttaccataccatatgtttag 44797545  T
Q  603 cctcattttttcgtagcttgtcatttggggtttttaatttgccacgtttagcgtgcgtcctgtcctgaatatgttcatgcttgacattttgatatttcag 702  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44797544 cctcattttttcgtagcttgtcatttggggtttttaatttgccacgtttagcgtgcgtcctgtcctgaatatgttcatgcttgacattttgatatttcag 44797445  T
Q  703 aacagcatgcctgtgtcatgcccctcccactaatttgcttacattgtaa 751  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44797444 aacagcatgcctgtgtcttgcccctcccactaatttgcttacattgtaa 44797396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 164 - 751
Target Start/End: Original strand, 39840378 - 39840974
Alignment:
Q  164 atgattaatttttcctttctttacttttctatcagattttaatgagatcaaagatcctaccgaaaaggataggataaccaaatgtgccactttggcaata 263  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39840378 atgattaattgttcctttctctacttttctatcagattttaatgagatcaaagatcctatcgaaaaggataggataaccaaatgtgccactttggcaata 39840477  T
Q  264 cgggattataattcacaaactcagaacgactaccaattggtcgttgttgatacgtttacttcgcaatttgttaatggtttcctttactgtatcacctttc 363  Q
    |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  39840478 caagattataattcacaaactcagaaccactaccaattggtcgttattgatgagtttatttcgcaaatggttaatggtttcctttacattatcacatttc 39840577  T
Q  364 aagccagcaatgctgacaaggaatatgcaactttcgaagccatagtgtttggatatggaaaaagagagttc------------gatttaagaaaggttat 451  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||      || | ||||||||  ||            ||||| | |||||||||    
T  39840578 aagccatgaatgctgacaaggaatatgcaactttcgaagcctatgtgt------atagcaaaagagatctcagactggttattgatttcataaaggttat 39840671  T
Q  452 tagaatcaggatcaaagggaccagtacttggtaatttattttaatcttatcaccagattgtttctcattttttcaaaatgtttctttgcatctcaaatta 551  Q
    |  |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  39840672 tcaaatcgggatcaaagggaccagcacttggtaatttattttaatcttatcaccagattgtttgtcattttttcaatatttttctttgcatctcaaatta 39840771  T
Q  552 tttcatacatagcaatgctttccacccccctttaccataccatatgtttagcctcattttttcgtagcttgtcatttggggtttttaatttgccacgttt 651  Q
    ||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39840772 tttcacagctagcaatgctttccatccccctttaccataccatatgtttagcctcattttttcgtagcttgtcatttggggtttttaatttgccatgttt 39840871  T
Q  652 agcgtgcgtcctgtcctgaatatgttcatgcttgacattttgatatttcagaacagcatgcctgtgtcatgcccc---tcccactaatttgcttacattg 748  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
T  39840872 agcgtgcgtcctgttctgaatatgttcatgcttgacattttgatatttcagaacagcatgcctgtgtcatgccccgggtcccactaatttgcttacattg 39840971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 104 - 751
Target Start/End: Original strand, 39845273 - 39845945
Alignment:
Q  104 cttgttggaagatgattaataacatgataatgtgttccattgtagcttatttaatcatcgatgattaatttttcctttctttacttttctatcagatttt 203  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||   ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39845273 cttgttggaagatgattaatgacatgataatgtgttccattgtagttaatttaatc---gatgattaattgttcctttctctacttttctatcagatttt 39845369  T
Q  204 aatgagatcaaagatcctaccgaaaa------------ggataggataaccaaatgtgccactttggcaatacgggattataattcacaaactcagaacg 291  Q
    ||| | ||| || |||  | ||||||            ||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39845370 aatcaaatcgaaaatcgaatcgaaaatcaaatcgaaaaggataggcttatcaaatgtgtcactttggcaatacgggattataattcacaaactcggaacg 39845469  T
Q  292 actaccaattggtcgttgttgatacgtttacttcgcaatttgttaatggtttcctttactgtatcacctttcaagccagcaatgctgacaaggaatatgc 391  Q
    |||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  39845470 actaccaattggtcgttaatgatgagtttatttcgcaaatggttaattgtttcctttaccgtatcacatttcaagccatgaatgctgacaaggaatatgc 39845569  T
Q  392 aactttcgaagccatagtgtttggatatggaaaaagagagttcgatt---------taagaaaggttattagaatcaggatcaaagggaccagtacttgg 482  Q
    |||||| ||||||   |||| ||||| |||||||||||| |  ||||         | |||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  39845570 aacttttgaagcccatgtgtatggatttggaaaaagagattatgattatttgaatctcagaaagttttttagaatcaggatggaagggaccagtacttgg 39845669  T
Q  483 taatttattttaatcttatcaccagattgtttctcattttttcaaaatgtttctttgcatctcaaattatttcatacat---agcaatgctttccacccc 579  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  39845670 taatttattttaatcttatcaccagattgtttgtcattttttcaatatgtttctttgcatctgaaattatttcatacatagcagcaatgctttccacccc 39845769  T
Q  580 cctttaccataccatatgtttagcctcattttttcgtagcttgtcatttggggtttttaatttgccacgtttagcgtgcgtcctgtcctgaatatgttca 679  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39845770 cctttaccataccacatgtttagcctcattttttcgcagcttgtcatttgggg-ttttaatttgccacgtttagcgtgcgtcctgtcctgaatatgttca 39845868  T
Q  680 tgcttgacattttgatatttcagaacagcatgcctgtgtca-----tgcccctcccactaatttgcttacattgtaa 751  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39845869 tgcttgacattttgatatttctgaacagcatgcctgtgtcatgccctgcccctcccactaatttgattacattgtaa 39845945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 7 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 44631159 - 44630826
Alignment:
Q  7 aagaagaagcccagttcttcaaccaagtggtgagtctgttcgttagttatgttgattcactatttcatttcctgctgcaattcaatggatatatattctt 106  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44631159 aagaagaagctcagttcttcaatcaagtggtgagtctgttggtta----tgttgattcactatt-cattccctgctgcaattcaatggatatatattctt 44631065  T
Q  107 gttggaagatgattaataacatgataatgtgttccattgtagcttatttaatcatcgatgattaatttttcctttctttacttttctatcagattttaat 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44631064 gttggaagatgattaataacatgataatgtgttccattgtagctaatttaatcatctatgattaatttttcctttctctacttttctatcagattttaat 44630965  T
Q  207 gagatcaaagatcctaccgaaaaggataggataaccaaatgtgccactttggcaatacgggattataattcacaaactcagaacgactaccaattggtcg 306  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44630964 gagatcaaagatcctaccaaaaaggataggataaccaaatgtgccactttggcaatacgggattataattcacaaactcagaaccactaccaattggtcg 44630865  T
Q  307 ttgttgatacgtttacttcgcaatttgttaatggtttcc 345  Q
    ||  ||||  ||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  44630864 ttaatgatgagtttatttcgcaaatggttaatggtttcc 44630826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 816 - 962
Target Start/End: Original strand, 35162784 - 35162931
Alignment:
Q  816 atgatctttttcatctgttccattgcaatttgggtttatatttaaaaacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaatttcgttttc-aatttc 914  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  35162784 atgatctttttcatctgttccgttgcaatttgggtttatatttaaaaacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaa-ctcgttttcaaatttc 35162882  T
Q  915 cctggtaatgtgtttgtatatattaaaaacgg-aaagttaacatccccc 962  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35162883 ccctgtaatgtgtttgtatatattaaaaacggaaaagttaacatccccc 35162931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 816 - 962
Target Start/End: Original strand, 39846005 - 39846152
Alignment:
Q  816 atgatctttttcatctgttccattgcaatttgggtttatatttaaaaacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaatttcgttttc-aatttc 914  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  39846005 atgatctttttcatctgttcctatgcaatttgggtttatatttaataacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaa-ttcgttctcaaatttc 39846103  T
Q  915 cctggtaatgtgtttgtatatattaaaaacgg-aaagttaacatccccc 962  Q
    ||   ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39846104 ccctataatgtgtttgcatatattaaaaacggaaaagttaacatccccc 39846152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 816 - 962
Target Start/End: Complemental strand, 44797336 - 44797189
Alignment:
Q  816 atgatctttttcatctgttccattgcaatttgggtttatatttaaaaacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaatttcgttttcaa-tttc 914  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  44797336 atgatctttttcatctgttcctatgcaatttgggtttatatttaaaaacattatcagcacattcttcttgttctttttgtaaactt-gttttcaaatttc 44797238  T
Q  915 cctggtaatgtgtttgtatatattaaaaac-ggaaagttaacatccccc 962  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  44797237 ccctgtaatgtgttcgtatatattaaaaacagaaaagttaacatccccc 44797189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 856 - 964
Target Start/End: Original strand, 39840995 - 39841104
Alignment:
Q  856 tttaaaaacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaatttcgttttc-aatttccctggtaatgtgtttgtatatattaaaaacgg-aaagtta 953  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  39840995 tttaaaaacattatcagcacattcttcttattctttttgtaaa-ctcgttctcaaatttcccctgtaatgtgtttgcatatattaaaaacggaaaagtta 39841093  T
Q  954 acatcccccta 964  Q
    |||||||||||    
T  39841094 acatcccccta 39841104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 28 - 102
Target Start/End: Original strand, 39845164 - 39845241
Alignment:
Q  28 accaagtggtgagtctgttcgtta---gttatgttgattcactatttcatttcctgc-tgcaattcaatggatatatat 102  Q
    |||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||||    
T  39845164 accatgtggtgagtctgttcgttactcgttatgttgattcactatt-cattccctccctgcaattcaatggatatatat 39845241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 506 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 31696721 - 31696611
Alignment:
Q  506 agattgtttctcattttttcaaaatgtttctttgcatctcaaattatttcatacatagcaatgctttccacccccctttaccataccatatgtttagcct 605  Q
    ||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||| ||   ||||||||||| |||||| |||      || | | |||||||||||||    
T  31696721 agattgtttgtcatttttccaatatgtttctctgcatctgaaattactt---acatagcaatggtttccaaccc------ccctgcaatatgtttagcct 31696631  T
Q  606 cattttttcgtagcttgtca 625  Q
    |||||||| |||| ||||||    
T  31696630 catttttttgtaggttgtca 31696611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University