View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4405-Insertion-7 (Length: 888)

Name: NF4405-Insertion-7
Description: NF4405
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4405-Insertion-7
NF4405-Insertion-7
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (9-793)||(9305-10087)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (9-793)||(16420593-16421375)
chr7 (244-775)||(28383210-28383741)
chr7 (254-726)||(28387882-28388354)
chr7 (738-788)||(28387558-28387608)
chr7 (156-257)||(28392593-28392694)
chr7 (156-222)||(28383751-28383818)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (8-793)||(3508774-3509558)
chr6 (343-465)||(34128331-34128452)
chr6 (233-270)||(34136836-34136873)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (158-793)||(5537537-5538172)
chr8 (86-135)||(5537493-5537542)
chr8 (8-67)||(5537438-5537492)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (364-424)||(11992633-11992693)


Alignment Details
Target: scaffold0003 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 793
Target Start/End: Complemental strand, 10087 - 9305
Alignment:
Q  9 taaagacatgtaagataatatttttaagtatttgatgataaaatttgtttcactcaactgagttagtagtgtacctccaacaatcacgttttcaaagaaa 108  Q
    |||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10087 taaagacatgtaagatgatctttt-aagtatttgatgataaaacttgtttcactcaactcagttagtagtgtacctccaacaatcacattttcaaagaaa 9989  T
Q  109 atttacccaaagatcaattcctaaatcgacnnnnnnnnnnctcattgcgtaaatgaacaatgctttcaaataatcattcttaagttcaaaaagtatactt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||          |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9988 atttacccaaagatcaattcctaaatcaacaaaaaaa---ctcattacgtaaatgaacaatgctttcaaataatctttcttaagttcaaaaagtatactt 9892  T
Q  209 ctggaaataaaactatannnnnnnactcaaaatttactcaaggttatatttatctagtcaaacatatagatagtagcatactctattgtcatatcaggtc 308  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9891 ctggaaataaaactatattttttaactcaaaatttactcaaggttatattcatctagtcaaacatatagatagtagcatactctattgtcatatcaggtc 9792  T
Q  309 ttgttaatta--agaaaagttcaattatatttgctttaaccataaaattttgatccactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattacta 406  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9791 ttgttaattataagaaaagttcaattatatttgctttaaccataaaattttgatcgactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattacta 9692  T
Q  407 gaacaaggggctaattttgctcatgattaaactcatacaaatatggcccgataaaataggatttcatcaaaatactgagataatgattcaaatataactt 506  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9691 gaacaaggggctgattttgctcatgattaaactcatacaaatatggcccgttaaaatagaatttcatcaaaatactgagataatgattcaaatataactt 9592  T
Q  507 ttagatctaaatgaaaattggtgtaaaatttaacaaagcaacactgatttcttaatcccatcttttgtttcaatttacgtttcaaaattactacttaaag 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  9591 ttagatctaaatgaaaattggtgtaaaatttaacaaagcaacatcgatttcttaatcccatcttttgtttcaatttacgttttaaaattactactttaag 9492  T
Q  607 gtcataataataattataacataggtttgtaagagagaaaaagtttaaggactctacatgctacgttttctacaaaaatatgattgctgattttgattct 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9491 gtcataataataattataacataggtttgtaagagagaaaaagtttaaggactctacatgctacattttctacaaaaatatgattgatgattttgattct 9392  T
Q  707 ttaataataaaaatgacaattagaatactagtaggattcttacttggtgatgataattttgtttagattgtctttgctctctcttgg 793  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  9391 ttaataataaaaatgacaataagaatactagtaggattcttacttggtaatgataattttgttaagattgtcttttctctctcttgg 9305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 793
Target Start/End: Complemental strand, 16421375 - 16420593
Alignment:
Q  9 taaagacatgtaagataatatttttaagtatttgatgataaaatttgtttcactcaactgagttagtagtgtacctccaacaatcacgttttcaaagaaa 108  Q
    |||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16421375 taaagacatgtaagatgatctttt-aagtatttgatgataaaacttgtttcactcaactcagttagtagtgtacctccaacaatcacattttcaaagaaa 16421277  T
Q  109 atttacccaaagatcaattcctaaatcgacnnnnnnnnnnctcattgcgtaaatgaacaatgctttcaaataatcattcttaagttcaaaaagtatactt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||          |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16421276 atttacccaaagatcaattcctaaatcaacaaaaaaa---ctcattacgtaaatgaacaatgctttcaaataatctttcttaagttcaaaaagtatactt 16421180  T
Q  209 ctggaaataaaactatannnnnnnactcaaaatttactcaaggttatatttatctagtcaaacatatagatagtagcatactctattgtcatatcaggtc 308  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16421179 ctggaaataaaactatattttttaactcaaaatttactcaaggttatattcatctagtcaaacatatagatagtagcatactctattgtcatatcaggtc 16421080  T
Q  309 ttgttaatta--agaaaagttcaattatatttgctttaaccataaaattttgatccactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattacta 406  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16421079 ttgttaattataagaaaagttcaattatatttgctttaaccataaaattttgatcgactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattacta 16420980  T
Q  407 gaacaaggggctaattttgctcatgattaaactcatacaaatatggcccgataaaataggatttcatcaaaatactgagataatgattcaaatataactt 506  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16420979 gaacaaggggctgattttgctcatgattaaactcatacaaatatggcccgttaaaatagaatttcatcaaaatactgagataatgattcaaatataactt 16420880  T
Q  507 ttagatctaaatgaaaattggtgtaaaatttaacaaagcaacactgatttcttaatcccatcttttgtttcaatttacgtttcaaaattactacttaaag 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  16420879 ttagatctaaatgaaaattggtgtaaaatttaacaaagcaacatcgatttcttaatcccatcttttgtttcaatttacgttttaaaattactactttaag 16420780  T
Q  607 gtcataataataattataacataggtttgtaagagagaaaaagtttaaggactctacatgctacgttttctacaaaaatatgattgctgattttgattct 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16420779 gtcataataataattataacataggtttgtaagagagaaaaagtttaaggactctacatgctacattttctacaaaaatatgattgatgattttgattct 16420680  T
Q  707 ttaataataaaaatgacaattagaatactagtaggattcttacttggtgatgataattttgtttagattgtctttgctctctcttgg 793  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  16420679 ttaataataaaaatgacaataagaatactagtaggattcttacttggtaatgataattttgttaagattgtcttttctctctcttgg 16420593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 244 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 28383741 - 28383210
Alignment:
Q  244 actcaaggttatatttatctagtcaaacatatagatagtagcatactctattgtcatatcaggtcttgttaatt--aagaaaa--gttcaattatatttg 339  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||  ||  |||||||  ||| |||||||||||    
T  28383741 actcaaggttatattcatctaatcaaacagatatatagtagcatactctaatgtcatgtcaggtcctgtttttttcaagaaaaatgttaaattatatttg 28383642  T
Q  340 ctttaaccataaaattttgatccactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattactagaacaaggggctaattttgctcatgattaaact 439  Q
    ||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||    
T  28383641 ctttagccatacaatgttgatcgactaatcattccaataaaccattttaactcatccaggattactagaac-aggggctgattttgctcatggttaaact 28383543  T
Q  440 catacaaatatggcccgataaaataggatttcatcaaaatactgagataatgattcaaatataacttttagatctaaatgaaaattggtgtaaaatttaa 539  Q
    |||| |||||||||| | | |||||| ||||| |||||||||| | | ||||| |||| ||||| |||||| | | ||||||||||||  ||||||| ||    
T  28383542 cataaaaatatggccagttgaaatagaatttcttcaaaatacttaaagaatga-tcaagtataa-ttttagttgt-aatgaaaattggaataaaattcaa 28383446  T
Q  540 caaagcaacactgatttcttaatcccatcttttgtttcaatt-tacgtttcaaaattactacttaaaggtcataataataattataacata--ggtttgt 636  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||  |||||||  |  ||||||||||||||||| ||| || ||||||||   | ||||||  | ||| |    
T  28383445 caaagcaacactgattgtttaaccccatcttttcgttcaattcaaattttcaaaattactactttaagatcgtaataata---agaacataaggatttat 28383349  T
Q  637 aagagagaaaaagtttaaggactctacatgctacgttttctacaaaaatatgattgctgattttgattctttaataataaaaatgacaattagaatacta 736  Q
    || || |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  | |||||||||||||  ||||||||||| |||||| | |||| ||    
T  28383348 aaaagtgaaagagtttaaggactctacatgctacattttctacaaaaataagaggggtgattttgattctccaataataaaaaggacaataaaaatatta 28383249  T
Q  737 gtaggattcttacttggtgatgataattttgtttagatt 775  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||    
T  28383248 gtaggattcttacttggtgatgataactatgttaagatt 28383210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 254 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 28388354 - 28387882
Alignment:
Q  254 atatttatctagtcaaacatatagatagtagcatactctattgtcatatcaggtcttgttaatt--aagaaaa--gttcaattatatttgctttaaccat 349  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||  ||  |||||||  ||| |||||||||||||||| ||||    
T  28388354 atattcatctagtcaaatagacagatagtagcatactctaatgtcatgtcaggtcctgtttttttcaagaaaaatgttaaattatatttgctttagccat 28388255  T
Q  350 aaaattttgatccactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattactagaacaaggggctaattttgctcatgattaaactcatacaaata 449  Q
    ||||| |||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  28388254 aaaatgttgatcgactaatcattccaataaactactttaactcatccaggattactagaacaaggg-ctaattttgctcatggttaaactcataaaaata 28388156  T
Q  450 tggcccgataaaataggatttcatcaaaatactgagataatgattcaaatataacttttagatctaaatgaaaattggtgtaaaatttaacaaagcaaca 549  Q
    ||||| | | |||||| ||||| |||||||||| | | |||||| ||| ||||| |||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  28388155 tggccagttgaaatagaatttcttcaaaatacttaaagaatgat-caagtataa-ttttagttgtaaatgaaaattggaataaaattcaacaaagcaaca 28388058  T
Q  550 ctgatttcttaatcccatcttttgtttcaatttacgttt-caaaattactacttaaaggtcataataataattataacatagg--tttgtaagagagaaa 646  Q
    ||||||  |||| ||||||||||  ||||||| |  ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||    |||||| |  ||| ||| || ||||    
T  28388057 ctgattgtttaaccccatcttttcgttcaattcaaattttcaaaattactactttaagatcataataataag---aacataaggatttataaaagtgaaa 28387961  T
Q  647 aagtttaaggactctacatgctacgttttctacaaaaatatgattgctgattttgattctttaataataaaaatgacaat 726  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||  | | |||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  28387960 gagtttaag-actctacatgctacgttttctagaaaaataagaggggtaattttgattctccaataataaaaaggacaat 28387882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 738 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 28387608 - 28387558
Alignment:
Q  738 taggattcttacttggtgatgataattttgtttagattgtctttgctctct 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||    
T  28387608 taggattcttacttggtgatgataactatgttaagattttctttgctctct 28387558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 156 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 28392694 - 28392593
Alignment:
Q  156 cgtaaatgaacaatgctttcaaataatcattcttaagttca-aaaagtatacttctggaaataaaactatannnnnnnactcaaaatttactcaaggtta 254  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||| ||||||| ||| ||||||||| ||       ||||| ||||||||||||||||    
T  28392694 cgtaaataaacaatgctttcaaataatcattttaaagttgagaaaattatacttttgggaataaaactcta-tatttgactcacaatttactcaaggtta 28392596  T
Q  255 tat 257  Q
    |||    
T  28392595 tat 28392593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 28383818 - 28383751
Alignment:
Q  156 cgtaaatgaacaatgctttcaaataatcattcttaagttca-aaaagtatacttctggaaataaaact 222  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||| ||||||| ||| |||||||||    
T  28383818 cgtaaataaacaatgctttcaaataatcattttaaagttaagaaaattatacttatgggaataaaact 28383751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 618; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 618; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 793
Target Start/End: Complemental strand, 3509558 - 3508774
Alignment:
Q  8 gtaaagacatgtaagataatatttttaagtatttgatgataaaatttgtttcactcaactgagttagtagtgtacctccaacaatcacgttttcaaagaa 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3509558 gtaaagacatgtaagataatctttt-aagtatttgatgataaaacttgtttcactcaactcagttagtagtgtacctccaacaatcacattttcaaagaa 3509460  T
Q  108 aatttacccaaagatcaattcctaaatcgacnnnnnnnnnnctcattgcgtaaatgaacaatgctttcaaataatcattcttaagttcaaaaagtatact 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||          |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3509459 aatttacccaaagatcaattcctaaatcaacaaaaaaa---ctcattacgtaaatgaacaatgctttcaaataatctttcttaagttcaaaaagtatact 3509363  T
Q  208 tctggaaataaaactatannnnnnna-ctcaaaatttactcaaggttatatttatctagtcaaacatatagatagtagcatactctattgtcatatcagg 306  Q
    ||||||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3509362 tctggaaataaaactatatttttttaactcaaaatttactcaaggttatattcatctagtcaaacatatagatagtagcatactctattgtcatatcagg 3509263  T
Q  307 tcttgttaatta--agaaaagttcaattatatttgctttaaccataaaattttgatccactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattac 404  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3509262 tcttgttaattataagaaaagttcaattatatttgctttaaccataaaattttgatcgactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattac 3509163  T
Q  405 tagaacaaggggctaattttgctcatgattaaactcatacaaatatggcccgataaaataggatttcatcaaaatactgagataatgattcaaatataac 504  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3509162 tagaacaaggggctgattttgctcatgattaaactcatacaaatatggcccgttaaaatagaatttcatcaaaatactgagataatgattcaaatataac 3509063  T
Q  505 ttttagatctaaatgaaaattggtgtaaaatttaacaaagcaacactgatttcttaatcccatcttttgtttcaatttacgtttcaaaattactacttaa 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3509062 ttttagatctaaatgaaaattggtgtaaaatttaacaaagcaacatcgatttcttaatcccatcttttgtttcaatttacgtttcaaaattactacttta 3508963  T
Q  605 aggtcataataataattataacataggtttgtaagagagaaaaagtttaaggactctacatgctacgttttctacaaaaatatgattgctgattttgatt 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3508962 aggtcataataataattataacataggtttgtaagagagaaaaagtttaaggactctacatgttatgttttctacaaaaatatgattgatgattttgatt 3508863  T
Q  705 ctttaataataaaaatgacaattagaatactagtaggattcttacttggtgatgataattttgtttagattgtctttgctctctcttgg 793  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  3508862 ctttaataataaaaatgacaataagaatactagtaggattcttacttggtgatgataattttgttaagattgacttttctctctcttgg 3508774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 343 - 465
Target Start/End: Original strand, 34128331 - 34128452
Alignment:
Q  343 taaccataaaattttgatccactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattactagaacaaggggctaattttgctcatgattaaactcat 442  Q
    |||| |||||||||||||| | || |||||| ||||| |||||||||||||   | ||| |||||||||| || ||||||||  ||||| ||  ||||||    
T  34128331 taactataaaattttgatcgattagtcattccaataa-ccattttaactcaccaaggataactagaacaatggactaattttattcatggttgcactcat 34128429  T
Q  443 acaaatatggcccgataaaatag 465  Q
    | |||||||||||| | ||||||    
T  34128430 aaaaatatggcccgtttaaatag 34128452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 270
Target Start/End: Original strand, 34136836 - 34136873
Alignment:
Q  233 actcaaaatttactcaaggttatatttatctagtcaaa 270  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  34136836 actcaaaatttactcaaggtcatattcatctagtcaaa 34136873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 555; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 158 - 793
Target Start/End: Original strand, 5537537 - 5538172
Alignment:
Q  158 taaatgaacaatgctttcaaataatcattcttaagttcaaaaagtatacttctggaaataaaactatannnnnnnactcaaaatttactcaaggttatat 257  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  5537537 taaatcaacaatgctttcaaataatcattcttaagttcaaaaagtatacttctggaaataaaactatatttttttactcaaaatttactcaaggttatat 5537636  T
Q  258 ttatctagtcaaacatatagatagtagcatactctattgtcatatcaggtcttgttaattaagaaaagttcaattatatttgctttaaccataaaatttt 357  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5537637 tcatctagtcaaacatatagatagtagcatactctattgtcatatcaggtcttgttaattaagaaaagttcaattatatttgctttaaccataaaatttt 5537736  T
Q  358 gatccactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattactagaacaaggggctaattttgctcatgattaaactcatacaaatatggcccga 457  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5537737 gatcgactaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattactagaacaaggggctagttttgctcatgattaaactcatacaaatatggcccgt 5537836  T
Q  458 taaaataggatttcatcaaaatactgagataatgattcaaatataacttttagatctaaatgaaaattggtgtaaaatttaacaaagcaacactgatttc 557  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  5537837 taaaatagaatttcatcaaaatactgagataatgattcaaatataacttttagatctaaatgaaaattggtgtaaaatttaacaaagcaacatcgatttc 5537936  T
Q  558 ttaatcccatcttttgtttcaatttacgtttcaaaattactacttaaaggtcataataataattataacataggtttgtaagagagaaaaagtttaagga 657  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5537937 ttaatcccatcttttgtttcaatttacgtttcaaaattactactttaaggtcataataataattataacataggtttgtaagagagaaaaagtttaagga 5538036  T
Q  658 ctctacatgctacgttttctacaaaaatatgattgctgattttgattctttaataataaaaatgacaattagaatactagtaggattcttacttggtgat 757  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5538037 ctctacatgttatgttttctacaaaaatatgattgatgattttgattctttaataataaaaatgacaataagaatactagtaggattcttacttggtgat 5538136  T
Q  758 gataattttgtttagattgtctttgctctctcttgg 793  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  5538137 gataattttgtcaagattgtctttgctctctcttgg 5538172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 86 - 135
Target Start/End: Original strand, 5537493 - 5537542
Alignment:
Q  86 caacaatcacgttttcaaagaaaatttacccaaagatcaattcctaaatc 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5537493 caacaatcacgttttcaaagaaaatttacccaaagatcaattcctaaatc 5537542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Original strand, 5537438 - 5537492
Alignment:
Q  8 gtaaagacatgtaagataatatttttaagtatttgatgataaaatttgtttcactcaact 67  Q
    |||||||||||||||||||| ||||     |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5537438 gtaaagacatgtaagataatctttt-----atttgatgataaaacttgtttcactcaact 5537492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 364 - 424
Target Start/End: Original strand, 11992633 - 11992693
Alignment:
Q  364 ctaatcattctaataaaccattttaactcattcaagattactagaacaaggggctaatttt 424  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||  || ||||||||    
T  11992633 ctaatcattccaataaaccattctaactcactcaagattgctagaacactggactaatttt 11992693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University