View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4405_low_12 (Length: 482)

Name: NF4405_low_12
Description: NF4405
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4405_low_12
NF4405_low_12
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (1-439)||(31040628-31041066)
chr8 (240-426)||(31076042-31076228)
chr8 (66-188)||(31075902-31076024)
chr8 (89-307)||(30647921-30648139)
chr8 (12-307)||(26088214-26088509)
chr8 (89-298)||(28865082-28865291)
chr8 (12-307)||(14726350-14726645)
chr8 (1-71)||(31075795-31075865)
chr8 (89-197)||(15329087-15329195)
chr8 (89-197)||(15509456-15509564)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (86-307)||(26087520-26087741)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (59-307)||(4818858-4819106)
chr3 (116-224)||(48730203-48730311)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (89-230)||(6612306-6612447)
chr7 (114-213)||(17294160-17294259)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 419; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 419; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 439
Target Start/End: Original strand, 31040628 - 31041066
Alignment:
Q  1 taaaccttcctttcctttgattctaacaagttccttattcatgtctacgaaacgaagcaccatactcttttggttgtgttgcaaggcaagatggattgga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  31040628 taaaccttcctttcctttgattctaacaagttccttattcatgtctacgaaacgaagcaccatactcttttggttgttttgcaaggcaaggtggattgga 31040727  T
Q  101 ctgaacccttgttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatgcagctatatgtagag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31040728 ctgaacccttgttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgaacatgtcccatagatgcagctatatgcagag 31040827  T
Q  201 gagtttcaacaaatggtattaaatctatatattccaaaacatatggatcctcctcaattagtgtatagagaaggtttatatcaccttcttgagctgcaac 300  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31040828 gagtttcaacaaatggaattaaatctatatattccaaaacatatggatcctcctcaattagtgtatagagaaggtttatatcaccttcttgagctgcaac 31040927  T
Q  301 cttcaatttgtaatcaatatcattcattgtgttcatgtttgaagttgtaattttattagattatatatggagcatattcatagctcttaaataagcatcc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31040928 cttcaatttgtaatcaatatcattcattgtgttcatgtttgaagttgtaattttattagattatatatggagcatattcatagctcttaaataagcatcc 31041027  T
Q  401 acaggaacatttcttgtttcacacgtcatgttttatttg 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31041028 acaggaacatttcttgtttcacacgtcatgttttatttg 31041066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 240 - 426
Target Start/End: Original strand, 31076042 - 31076228
Alignment:
Q  240 catatggatcctcctcaattagtgtatagagaaggtttatatcaccttcttgagctgcaaccttcaatttgtaatcaatatcattcattgtgttcatgtt 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |  |||||||||| ||| |||||||||    
T  31076042 catatggatcctcctcaattagtgtataaagaaggtttatatcaccttcttgagctgcaaacttcaccttgtcaataatatcattccttgcgttcatgtt 31076141  T
Q  340 tgaagttgtaattttattagattatatatggagcatattcatagctcttaaataagcatccacaggaacatttcttgtttcacacgt 426  Q
    ||||| | ||||| |||||||||| || ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  31076142 tgaagctttaattatattagattagatttggggcatattcacatctcttaaataagcatccacaggaacaactcttgtttcacacgt 31076228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 66 - 188
Target Start/End: Original strand, 31075902 - 31076024
Alignment:
Q  66 tcttttggttgtgttgcaaggcaagatggattggactgaacccttgttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaa 165  Q
    |||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31075902 tcttttggttgttttgcaatgcaaggtggattggactgaacccttgttgatttagcttcaaagcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaa 31076001  T
Q  166 ttgagcatgtcccatagatgcag 188  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  31076002 ttgaacatgtcccatagatgcag 31076024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 89 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 30648139 - 30647921
Alignment:
Q  89 agatggattggactgaacccttgttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatgcag 188  Q
    |||||||| || ||||| |||||| |||||| |||| | |||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||| | |  ||| ||||| |||||||    
T  30648139 agatggatggggctgaatccttgtggatttaacttcaaagcaaatgaaggtttcaaattcataatttcaatggcaaagtcaatatgacccatggatgcag 30648040  T
Q  189 ctatatgtagaggagtttcaacaaatggtattaaatctatatattccaaaacatatggatcctcctcaattagtgtatagagaaggtttatatcaccttc 288  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||  |||||||| || | ||||| ||| ||||| || | |||||||||| |    
T  30648039 caatatgtaaaggagtttcaacaaatggtattgaatctatatgctccaaaatgtatggatcatcttgaattactgtgtagaggagatctatatcacctgc 30647940  T
Q  289 ttgagctgcaaccttcaat 307  Q
    || ||||||| | ||||||    
T  30647939 ttcagctgcagcattcaat 30647921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 26088509 - 26088214
Alignment:
Q  12 ttcctttgattctaacaagttccttattcatgtctacgaaacgaagcaccatactcttttggttgtgttgcaaggcaagatggattggactgaacccttg 111  Q
    ||||||| ||||||||||| || |||||  |||  |  ||| ||| ||||||||||||||||  || |||||  || |||||||| |||||||| |||||    
T  26088509 ttcctttaattctaacaaggtctttattgttgtgcagaaaatgaaacaccatactcttttggccgttttgcatagcgagatggatgggactgaatccttg 26088410  T
Q  112 ttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatgcagctatatgtagaggagtttcaaca 211  Q
      | |||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| |||||||  |   ||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  26088409 cgggtttagcttccatgcaaatgaaggttttaaattcataatttcattggcaaacggcatatgacccaaagatgcagcaatatgtaaaggagtttcaaca 26088310  T
Q  212 aatggtattaaatctatatattccaaaacatatggatcctcctcaattagtgtatagagaaggtttatatcaccttcttgagctgcaaccttcaat 307  Q
    |||| ||||| ||||||||  |||||||   ||||||| || | ||||| ||  ||||| || | ||||||||||  |||||||||| | ||||||    
T  26088309 aatgatattacatctatattctccaaaatggatggatcatcttgaattactgagtagaggagatctatatcacctgtttgagctgcagctttcaat 26088214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 89 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 28865291 - 28865082
Alignment:
Q  89 agatggattggactgaacccttgttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatgcag 188  Q
    |||||||| || ||||| |||||  ||||||||||  | ||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||  ||   || |||||||||||||    
T  28865291 agatggatggggctgaatccttgcggatttagctttaaggcaaacgaaggtttcaacgtcataatctcagtggcaaaaggaaggtgacccatagatgcag 28865192  T
Q  189 ctatatgtagaggagtttcaacaaatggtattaaatctatatattccaaaacatatggatcctcctcaattagtgtatagagaaggtttatatcaccttc 288  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||| || | ||||| ||| ||||| || |||| ||||||| |    
T  28865191 cgatatgtaaaggagtttcaacaaatggtattaaatctatacgctccaaaacgtatggatcatcttgaattactgtgtagaggagatttacatcacctgc 28865092  T
Q  289 ttgagctgca 298  Q
     |||||||||    
T  28865091 atgagctgca 28865082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 12 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 14726645 - 14726350
Alignment:
Q  12 ttcctttgattctaacaagttccttattcatgtctacgaaacgaagcaccatactcttttggttgtgttgcaaggcaagatggattggactgaacccttg 111  Q
    ||||||| | ||||||||| || ||||| ||||| || || |||  |||||||   |||||||||| |||||| || |||||||| || ||||| |||||    
T  14726645 ttcctttaactctaacaaggtctttattgatgtccacaaagcgatacaccataggtttttggttgttttgcaaagcgagatggatggggctgaatccttg 14726546  T
Q  112 ttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatgcagctatatgtagaggagtttcaaca 211  Q
      ||| ||||||||| |||||||||||||| ||  |||||| ||||||||||||  |   ||| ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||    
T  14726545 cagatctagcttccaagcaaatgaaggttttaaattcataacttcagtggcaaaccggagatgacccatagatgcagcagtatgtaaaggagtttcaaca 14726446  T
Q  212 aatggtattaaatctatatattccaaaacatatggatcctcctcaattagtgtatagagaaggtttatatcaccttcttgagctgcaaccttcaat 307  Q
    || | ||||||||||||||  |||||||   ||||||| || | ||||| ||| ||||| || | ||||||||||  | |||||||| | ||||||    
T  14726445 aaagttattaaatctatatgctccaaaatggatggatcatcttgaattactgtgtagaggagatctatatcacctgttagagctgcagctttcaat 14726350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 71
Target Start/End: Original strand, 31075795 - 31075865
Alignment:
Q  1 taaaccttcctttcctttgattctaacaagttccttattcatgtctacgaaacgaagcaccatactctttt 71  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31075795 taaaccttcccttcctttgattctaacaagttccttattcatgtctacgaaacgaagcaccatactctttt 31075865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 15329195 - 15329087
Alignment:
Q  89 agatggattggactgaacccttgttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatgcag 188  Q
    |||||||| || ||||| |||||  ||||||||||  | ||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||   || |||||||||||||    
T  15329195 agatggatggggctgaatccttgcggatttagctttaaagcaaacgaaggtttcaacgtcataatctcagtggcaaaatgaaggtgacccatagatgcag 15329096  T
Q  189 ctatatgta 197  Q
    | |||||||    
T  15329095 cgatatgta 15329087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 15509564 - 15509456
Alignment:
Q  89 agatggattggactgaacccttgttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatgcag 188  Q
    |||||||| || ||||| |||||  ||||||||||  | ||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||   || |||||||||||||    
T  15509564 agatggatggggctgaatccttgcggatttagctttaaagcaaacgaaggtttcaacgtcataatctcagtggcaaaatgaaggtgacccatagatgcag 15509465  T
Q  189 ctatatgta 197  Q
    | |||||||    
T  15509464 cgatatgta 15509456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 86 - 307
Target Start/End: Original strand, 26087520 - 26087741
Alignment:
Q  86 gcaagatggattggactgaacccttgttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatg 185  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||    
T  26087520 gcaagatggatgggactgaatccttgctgatttagtttccaagcatatgaaggtttcaaattcataatttcagtggcaaattgaagatgacccatagatg 26087619  T
Q  186 cagctatatgtagaggagtttcaacaaatggtattaaatctatatattccaaaacatatggatcctcctcaattagtgtatagagaaggtttatatcacc 285  Q
    ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||  |||||||| || | ||||| ||| ||||| || | |||||||||    
T  26087620 cagccgtatgtaaaggagtttcaacaaatggtattaaatctatacgctccaaaatgtatggatcatcttgaattactgtgtagaggagatctatatcacc 26087719  T
Q  286 ttcttgagctgcaaccttcaat 307  Q
    | ||| ||||||| | ||||||    
T  26087720 tgcttcagctgcacctttcaat 26087741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 59 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 4819106 - 4818858
Alignment:
Q  59 accatactcttttggttgtgttgcaaggcaagatggattggactgaacccttgttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcag 158  Q
    |||||||| |||||||||| |||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||| || |    
T  4819106 accatactgttttggttgttttgcatagcaagatggataggactgaatccttgttgatttagcttccaagcaaatgaaggttttaacttcataatctcgg 4819007  T
Q  159 tggcaaattgagcatgtcccatagatgcagctatatgtagaggagtttcaacaaatggtattaaatctatatattccaaaacatatggatcctcctcaat 258  Q
     |||||||||   ||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||   ||||||| || | |||    
T  4819006 aggcaaattggagatgacccatagatgcagcaatatgcaaaggagtttcaacaaatggtattaaatctatcatctccaaaatgaatggatcatcttgaat 4818907  T
Q  259 tagtgtatagagaaggtttatatcaccttcttgagctgcaaccttcaat 307  Q
    || |||||| || || | |||||||||| ||| ||||||| | ||||||    
T  4818906 tactgtataaaggagatctatatcacctgcttcagctgcaccattcaat 4818858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 224
Target Start/End: Original strand, 48730203 - 48730311
Alignment:
Q  116 tttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatgcagctatatgtagaggagtttcaacaaatg 215  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||    | ||||||   || |||||| ||||| | |||||| ||||||||||    
T  48730203 tttagtttccaagcaaatgaaggttttagtctcataatctcagtggcaaaacttgtatgtccagaagctgcagcaatatgcaaaggagtatcaacaaatg 48730302  T
Q  216 gtattaaat 224  Q
    |||||||||    
T  48730303 gtattaaat 48730311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 89 - 230
Target Start/End: Original strand, 6612306 - 6612447
Alignment:
Q  89 agatggattggactgaacccttgttgatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatgcag 188  Q
    |||||||| || ||||| |||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||   ||| ||||||  |||||    
T  6612306 agatggatggggctgaatccttgcgggtttagcttccaagcaaatgaaggtttcaacatcataatttcagtagcaaattggagatgacccatatctgcag 6612405  T
Q  189 ctatatgtagaggagtttcaacaaatggtattaaatctatat 230  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  6612406 atatatgtaaaggagtttcaacaaatggtatcgaatctatat 6612447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 213
Target Start/End: Original strand, 17294160 - 17294259
Alignment:
Q  114 gatttagcttccatgcaaatgaaggtttcaatctcataatttcagtggcaaattgagcatgtcccatagatgcagctatatgtagaggagtttcaacaaa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||  ||  |||||||  ||  ||| ||| ||||||| || ||||| | |||||||||||||||    
T  17294160 gatttagcttccaagcaaatgaaggtttcaaattcataacctcgatggcaaaccgaagatgccccctagatgcggcgatatgcaaaggagtttcaacaaa 17294259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University