View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4405_low_6 (Length: 566)

Name: NF4405_low_6
Description: NF4405
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4405_low_6
NF4405_low_6
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (97-384)||(43090762-43091049)
chr7 (97-384)||(43087091-43087378)
chr7 (144-383)||(35894405-35894645)
chr7 (129-382)||(35898541-35898795)
chr7 (97-384)||(26023146-26023434)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (96-382)||(3461717-3462003)
chr2 (93-167)||(39190496-39190569)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (97-382)||(11748692-11748977)
chr3 (97-382)||(25810014-25810301)
chr3 (381-480)||(21817980-21818079)
chr3 (1-96)||(21817891-21817986)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (112-382)||(50778040-50778310)
chr1 (110-350)||(50781143-50781383)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (188-382)||(43305428-43305622)
chr4 (191-277)||(6681680-6681766)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (477-530)||(14369616-14369669)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 97 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 43091049 - 43090762
Alignment:
97 tgttagaatagtcactttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataagctgtttttaagcaagatgattataacggaaagttgttacgagaagaga 196  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
43091049 tgttagaacagtcactttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattatgataagctgtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttatgagaagaga 43090950  T
197 gaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgct 296  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43090949 gaataatggaaagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgct 43090850  T
297 atgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaataat 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43090849 atgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaataat 43090762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 97 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 43087378 - 43087091
Alignment:
97 tgttagaatagtcactttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataagctgtttttaagcaagatgattataacggaaagttgttacgagaagaga 196  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
43087378 tgttagaacaatcactttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataaattgtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttatgagaagaga 43087279  T
197 gaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgct 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43087278 gaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgct 43087179  T
297 atgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaataat 384  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43087178 atacaagttaactctctaagtaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaataat 43087091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 144 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 35894645 - 35894405
Alignment:
144 ataagctgtttttaagcaagatgattataacggaaagttgttacgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagtt 243  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35894645 ataagcagtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagtt 35894546  T
244 atgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaatt-aaaacaaactta 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
35894545 atgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgttatgcaagttaactctctaactaatagaaaaaattaaaaacaaactta 35894446  T
343 accaaattagttacaagcagttattattaatacactaataa 383  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
35894445 accaaattagttacaagcagttattattaatacactgataa 35894405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 129 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 35898795 - 35898541
Alignment:
129 aaagtgcttattaagataagctgtttttaagcaagatgattataacggaaagttgttacgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaa 228  Q
    ||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35898795 aaagtgcttatgaaaataagcagtttctaagcaagatgattataacataaagttgttatgagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaa 35898696  T
229 taatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaa 328  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
35898695 taatgcttattagttatcaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgttatgcaagttaactctctaactaataggacaaa 35898596  T
329 tt-aaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaata 382  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
35898595 ttaaaaacaaacttaaccaaattacttacaagcagttattattaatacactaata 35898541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 97 - 384
Target Start/End: Original strand, 26023146 - 26023434
Alignment:
97 tgttagaatagtcactttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataagctgtttttaagcaagatgattataacggaaa-gttgttacgagaagag 195  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||    
26023146 tgttagaacaatcactttattcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataagctgtttctaagcaagatgattataacagaaaagttgttatgagaagag 26023245  T
196 agaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgc 295  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||  |  |||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
26023246 agaataatggatagaatttttgtgtaatgtgaatgttattcattagtaatgaggttcataattacaaaaccttttataggcaaaatggttacttgcttgc 26023345  T
296 tatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaataat 384  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
26023346 tatgcaagttaactctctaactaataggaaaattaaaaacaaacttaaccctattagttacatgcagttattattaatacactaataat 26023434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 255; Significance: 1e-141; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 96 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 3462003 - 3461717
Alignment:
96 atgttagaatagtcactttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataagctgtttttaagcaagatgattataacggaaagttgttacgagaagag 195  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
3462003 atgttagaacagtcactttgttcatgcgcaacaaaagtgcttattaagataagctgtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttatgagaagag 3461904  T
196 agaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgc 295  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
3461903 agaataatggagagaattactgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagtcttttataggcaaaatggttacttgcttgc 3461804  T
296 tatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaata 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
3461803 tatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaaacagttattattaatacactaata 3461717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 93 - 167
Target Start/End: Original strand, 39190496 - 39190569
Alignment:
93 taaatgttagaatagtcactttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataagctgtttttaagcaagatga 167  Q
    |||||||||||| | ||||| ||||| | ||||||| ||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||    
39190496 taaatgttagaacaatcactgtgttc-tacgcagcataagtgcttatggaaataagctgtttttcagcaagatga 39190569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 97 - 382
Target Start/End: Original strand, 11748692 - 11748977
Alignment:
97 tgttagaatagtcactttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataagctgtttttaagcaagatgattataacggaaagttgttacgagaagaga 196  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||    
11748692 tgttagaacagtcactttcttcatgcgcatcaaaagtgcttattaagataagctgtttctaagcaagatgattataacagaaaattgttatgagaagaga 11748791  T
197 gaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgct 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
11748792 gaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgct 11748891  T
297 atgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaata 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
11748892 atgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaactaaattagttacaagcagttattattagtacactaata 11748977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 97 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 25810301 - 25810014
Alignment:
97 tgttagaatagtcactttgttcatgcgcagcaaaa-gtgcttattaagataagctgtttttaagcaagatgattataacggaaa-gttgttacgagaaga 194  Q
    |||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||| |||||||    
25810301 tgttagaacagtaactttgttcaagcgcatcaaaaagtgcttatgaagataagctatttttaagcaagatgattgaaacagaaaagttgttatgagaaga 25810202  T
195 gagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttg 294  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25810201 gagaatgagggatagaattattgtgtaatgtgaatattattcattagttatgaggttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttg 25810102  T
295 ctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaata 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| | |||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
25810101 ctatgcaagttaactctctaactaataggaaaattaaaaacaaatttaacaatattagttatatgcagttattattaatacactaata 25810014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 381 - 480
Target Start/End: Original strand, 21817980 - 21818079
Alignment:
381 taataaagctaagcatatcatcccaaaatgttagggtttgcaaagatatcccataatttaccaaagtgtctgctacctcattgccttctctatatatgtg 480  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
21817980 taataaagctaggcatatcatcccaaaatgttagggtttgcaaagatatcccataatttgccaaagtgtctgctacatcattgccttctctatatatgtg 21818079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 96
Target Start/End: Original strand, 21817891 - 21817986
Alignment:
1 aagatggagaggaccaagccaaaactccaatcaaaaagtaataaatctaaaggatggcatccccaacagatttttaataagattagccctaataaa 96  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
21817891 aagatgtagaggaccaagccaaaactccaatcaaaaagtaataaatctaaaggatggcatccctaactgatttttaataagattagccctaataaa 21817986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 112 - 382
Target Start/End: Original strand, 50778040 - 50778310
Alignment:
112 tttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataagctgtttttaagcaagatgattataacggaaagttgttacgagaagagagaataatggagagaa 211  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||| |||||    
50778040 tttgttcatgcacaacaaaagtgcttatgaaaataagcagtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttaaaagaagagagaataatggggagaa 50778139  T
212 ttattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgctatgcaagttaactct 311  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
50778140 ttattgtgtaatgtgaatattgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggtcacttgcttgcaatgcaagttaactct 50778239  T
312 ctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaata 382  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
50778240 ctaactaatagaaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagaagttattattaatacactaata 50778310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 110 - 350
Target Start/End: Original strand, 50781143 - 50781383
Alignment:
110 actttgttcatgcgcagcaaaagtgcttattaagataagctgtttttaagcaagatgattataacggaaagttgttacgagaagagagaataatggagag 209  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
50781143 actttgttcatgcacaacaaaagtgcttatgaaaataagcagtttctaagcaagatgattataacagaaagttgttatgagaagagagaataatggggag 50781242  T
210 aattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttacttgcttgctatgcaagttaact 309  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
50781243 aattattgtgtaatgtgaatattgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttatagacaaaatggttacttgcttgctatgcaagttaact 50781342  T
310 ctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaatt 350  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
50781343 ctctaactaataggaaaaactaaaacaaacttaaccaaatt 50781383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 175; Significance: 6e-94; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 188 - 382
Target Start/End: Original strand, 43305428 - 43305622
Alignment:
188 gagaagagagaataatggagagaattattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttac 287  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43305428 gagaagagagaacaatggagataattattgtgtaatgtgaatattgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttttataggcaaaatggttac 43305527  T
288 ttgcttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacactaata 382  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
43305528 ttacttgctatgcaagttaactctctaactaataggaaaaattaaaacaaacttaaccaaattagttacaagcagttattattaatacagtaata 43305622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 191 - 277
Target Start/End: Original strand, 6681680 - 6681766
Alignment:
191 aagagagaataatggagagaat-tattgtgtaatgtgaataatgctcattagttatgaagttcacaattacaaagccttt-tataggca 277  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  |  |||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||    
6681680 aagagagaataatggagagaatatatt-tgtaatgtgaatgttattcattagttatgagtttcacaa-tacaaagcctttatataggca 6681766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 477 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 14369669 - 14369616
Alignment:
477 tgtgagttacaatgcaattcatttgtcgaagaatgagcttcatgtttttccatc 530  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
14369669 tgtgagtcacaatgcaattcatttgacgtagaatgagcttcatgtttttccatc 14369616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University