View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4411-Insertion-1 (Length: 1065)

Name: NF4411-Insertion-1
Description: NF4411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4411-Insertion-1
NF4411-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-1006)||(55013373-55014377)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (181-210)||(33332363-33332392)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 903; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 903; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1006
Target Start/End: Complemental strand, 55014377 - 55013373
Alignment:
Q  8 aagctctctgccgaggtcttgtaagattcaagagattcaacatttccatctaggacttcctataacaacaattcatttactattgatcagcatttacatt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55014377 aagctctctgccgaggtcttgtaagattcaagagattcaacatttccatctaggacttcctataacaacaattcatttactattgatcagcatttacatt 55014278  T
Q  108 aaaacaatgtcaaatatatacatttgtgcgatttcaacttattaatttaattcctctctggttgacaaaagagaagagcccgtctagctcagttggtaga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  55014277 aaaacaatgtcaaatatatacatttgtgcgatttcaacttattaatttaattcctctctcgttgacaaaagagaagagcccgtttagctcagttggtaga 55014178  T
Q  208 gcgaaagactaatgnnnnnnnagtaaaaaggcaagagttgaactgatttatttttaataaaagttgaattgaatagagatggaaccttggagacaagaac 307  Q
    |||||||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55014177 gcgaaagacttatgtttttttagtaaaaaggcaagagttgaactgatttatttttaataaaagttgaattgaatagagatggaaccttggagacaagaac 55014078  T
Q  308 gttgaggccagcatgcttgttgtcccaaccgaactcattgatgttgtcttcagcaccaagtgttttaccattgctttgaatgtagtttaggtaattttca 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55014077 gttgaggccagcatgcttgttgtcccaaccgaactcattgatgttgtcttcagcaccaagtgttttaccattgctttgaatgtagtttaggtaattttca 55013978  T
Q  408 tcctgagtagccctccttaaccatgcggcaccccataacaattcgtcctgtacaatgtatccaaaccaattaatagtgtaacaa-------ttaacatgt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||    
T  55013977 tcctgagtagccctccttaaccatgcggcaccccataacaattcgtcctgtacaatgtatccaaaccaattaatagtgtaacaaataacaattaacatgt 55013878  T
Q  501 caaaatctaagttactattattccacgaattgccatcagacaaatattactcatagtaataatcaattgtctttgtctgatgtaactggtgagtattgtt 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55013877 caaaatctaagttactattattccacgaattgccatcagacaaatattactcatggtaataatcaattgtctttgtctgatgtaactggtgagtattgtt 55013778  T
Q  601 cacagatttaattaaaacaatttcctatataattcgatgttcattgaagcataatcatatttcagcccaaaaaattctcgagatgcaattaatctaacac 700  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55013777 cacagatttcattaaaacaatttcctatataattcgatgttgattgaagcataatcatatttcagcgcaaaaaattctcgagatgcaattaatctaacac 55013678  T
Q  701 ttccattatgtgtcgggatcacgtgaatgaattagtgaattacttttaattaattcagtcacttaaacaaattgtcagttagagacagagttgtcatcga 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55013677 ttccattatgtgtcgggatcacgtgaatgaattagtgaattac-tttaattaattcagtcacttaaacaaattgtcagttagagacagagttgtcatcga 55013579  T
Q  801 tcgtcattttatatcatatatacacttcaatgcgacaaaacacaaaataagctaaatgttcacaagtcgattctcacaagttaaacttgtaggaagatac 900  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55013578 tcgtcattttatatcatctatacacttcaatgcgacaaaacacaaaataagctaaatgttcacaagtcgattctcacaagttaaacttgtaggaagatac 55013479  T
Q  901 tatataataaatggaatagtgcatacttggattctcaatatgtttgaaaaatcacggtaattttgacaaaaactataaagcttatgtaaaacggtgcatc 1000  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  55013478 tgtataataaatggaatagtgcatgcttggattctcaatatgtttgaaaaatcacagtaattttgacaaaaactatatagcttatgtaaaacggtgcatc 55013379  T
Q  1001 gtgact 1006  Q
    ||||||    
T  55013378 gtgact 55013373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 181 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 33332392 - 33332363
Alignment:
Q  181 aagagcccgtctagctcagttggtagagcg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33332392 aagagcccgtctagctcagttggtagagcg 33332363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University