View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4419-Insertion-3 (Length: 839)

Name: NF4419-Insertion-3
Description: NF4419
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4419-Insertion-3
NF4419-Insertion-3
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (18-535)||(12633840-12634357)
chr5 (639-837)||(12633453-12633651)
chr5 (534-603)||(12633686-12633755)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-462)||(28049889-28050315)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-462)||(19851583-19852009)
[»] scaffold0534 (1 HSPs)
scaffold0534 (18-462)||(9144-9570)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (18-462)||(17231167-17231593)
chr8 (640-828)||(31151114-31151300)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (639-837)||(37960988-37961186)
chr7 (18-200)||(37960344-37960526)
chr7 (411-535)||(37960681-37960805)
chr7 (534-603)||(37960883-37960952)
chr7 (220-318)||(37960528-37960617)
chr7 (364-400)||(37960626-37960662)
[»] scaffold0599 (1 HSPs)
scaffold0599 (25-294)||(3311-3577)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (25-294)||(11911617-11911883)
[»] scaffold0042 (1 HSPs)
scaffold0042 (25-246)||(11068-11288)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 466; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 12634357 - 12633840
Alignment:
Q  18 agcggctagcatatgtgagcccgagaggactctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgctgcagatactggagtcgaatttcaaagatgac 117  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12634357 agcggctagcatatttgagcccgagaggtctctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgctgcagatactggagtcgaatttcaaagatgac 12634258  T
Q  118 gaaactaagagtgcttttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggagtttactctatcaagtaaacaacatatctttcctatactctttatcttt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12634257 gaaactaagagtgcttttgtagatcagttcaataaatgcatcaatggaggagtttactctatcaagtaaacaacatatctttcctatactctttatcttt 12634158  T
Q  218 cgaacaattattgcgtatacttattaatgcgtgtcttagaatttgagttgagtctaattcatgaagttagtagttaccatatattgggcatatctagtaa 317  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12634157 cgaacaattattatgtatacttattaatgagtgtcttagaatttgagttgagtctaattcatgaagttagtagttaccatatatcgggcatatctagtaa 12634058  T
Q  318 taatattttatatttgaacactgattaatagctctttgtagacattaaatttcaccactgatgcaacaaaatgtgttttaaatatgcatgtgtaatttgt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12634057 taatattttatatttgaacactgattaatagttctttgtagacattaaatttcaccactgatgcaacaaaatgtgttttaaatatgcatgtgtaatttgt 12633958  T
Q  418 tgcagggggttagacaagaacaagagagaggagaaactcatgggaattttgctgacaacccttgatcaccttggcctccaaatgtttacgcatcagaacc 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||     
T  12633957 tgcagggggttagacaagaacaagagagaggagaaactcatgggaattttgctgacaacccttgattaccttggcctccaaatgtttatgcatcaaaact 12633858  T
Q  518 aggaaaattctcattatt 535  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  12633857 aggaaaattatcattatt 12633840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 639 - 837
Target Start/End: Complemental strand, 12633651 - 12633453
Alignment:
Q  639 gatcagtggaaaaagtggttctcaagctggcactatgaaggaaatagatccaaaagagaagctgaattacttgtgcaaatcataaatttaaccgctggat 738  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12633651 gatcagtggcaaaggtggttctcaagctggcactatgaaggaaacaaatccaaaagagaagctgaattacttgtgcaaatcataaatttaaccgctggat 12633552  T
Q  739 attggtcgaaagaagtacagctcaaccctgagtaccagaaactacttgaagtcacaaacagaatctgcactcgcctccgtaattaccaaatcaacaagg 837  Q
    ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  12633551 atttgtcaaaagaagtacaactcaaccctgagtaccagaaactactttatgtcactaatagaatctgcaccggcctccgtaattaacaaatcaacaagg 12633453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 534 - 603
Target Start/End: Complemental strand, 12633755 - 12633686
Alignment:
Q  534 ttgaacacagttagagccaagtttcagttaaacgaaacatgtaaaagaacggcaaatgagaagaacttta 603  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||  |||||||||||    
T  12633755 ttgaacacaactagagccaagtttcagttaaatgaaacatgtaaaagaatgacaaataggaagaacttta 12633686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 18 - 462
Target Start/End: Original strand, 28049889 - 28050315
Alignment:
Q  18 agcggctagcatatgtgagcccgagaggactctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgctgcagatactggagtcgaatttcaaagatgac 117  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  28049889 agcggccagcatatttgagcctgagaggtctctagagagacttgcatgggcaaaaacaacagctttgctgcaaatactggagtcgaatttcaaagatgaa 28049988  T
Q  118 gaaactaagagtgcttttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggagtttactctatcaagtaaacaacatatctttcctatactctttatcttt 217  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||   | |||||||||||||||||||                     
T  28049989 gaaactaggaatgcttttgtagaccagttcaataaatgcattaatggaggaaactactcagacgagtaaacaacatatctttct---------------- 28050072  T
Q  218 cgaacaattattgcgtatacttattaatgcgtgtcttagaatttgagttgagtctaattcatgaagttagtagttaccatatattgggcatatctagtaa 317  Q
      ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  28050073 --aacaattattgtgtatgcttattaatgcgtgtcttaaaatttgagttgtgtctaattcatgaagttagtagttaccatatatctggcatatctagtaa 28050170  T
Q  318 taatattttatatttgaacactgattaatagctctttgtagacattaaatttcaccactgatgcaacaaaatgtgttttaaatatgcatgtgtaatttgt 417  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28050171 taatattttatatttgaacattggttaatagctctctgtagacgttaaatttcatcactgatgcaacaaaatatgttttagatatgcatgtgtaatttgt 28050270  T
Q  418 tgcagggggttagacaagaacaagagagaggagaaactcatggga 462  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28050271 tgcagggggttagacgagaacaagagagaggaaaaactcatggga 28050315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 18 - 462
Target Start/End: Original strand, 19851583 - 19852009
Alignment:
Q  18 agcggctagcatatgtgagcccgagaggactctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgctgcagatactggagtcgaatttcaaagatgac 117  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||     
T  19851583 agcggccagcatatttgagcctgagaggtctctagagagaattgcatgtgcaaaaacaacagctttgctgcaaatactggagtcgaatttgaaagatgaa 19851682  T
Q  118 gaaactaagagtgcttttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggagtttactctatcaagtaaacaacatatctttcctatactctttatcttt 217  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |   | |||||||||||||||||||                     
T  19851683 gaaactaggaatgcttttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggaaactacacagacgagtaaacaacatatctttct---------------- 19851766  T
Q  218 cgaacaattattgcgtatacttattaatgcgtgtcttagaatttgagttgagtctaattcatgaagttagtagttaccatatattgggcatatctagtaa 317  Q
      ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19851767 --aacaattattgtgtatgcttattaatgtgtgtcttaaaatttgagttgagtctaattcatgaagttagtagttaccatatatctggcatatctagtaa 19851864  T
Q  318 taatattttatatttgaacactgattaatagctctttgtagacattaaatttcaccactgatgcaacaaaatgtgttttaaatatgcatgtgtaatttgt 417  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  19851865 taatattttatatttgaacattggttaatagctctctgtagacgttaaatttcatcactgatgcaacaaaatatgttttagatatgcatgtgtaatttgt 19851964  T
Q  418 tgcagggggttagacaagaacaagagagaggagaaactcatggga 462  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19851965 tgcagggggttagacgagaacaagagagaggaaaaactcatggga 19852009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0534 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: scaffold0534
Description:

Target: scaffold0534; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 462
Target Start/End: Original strand, 9144 - 9570
Alignment:
Q  18 agcggctagcatatgtgagcccgagaggactctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgctgcagatactggagtcgaatttcaaagatgac 117  Q
    |||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||     
T  9144 agcggccagcatatttgagcctgagaggtctctagagagacttgcatgggcaaaaacaacagcgttgctgcaaataatggagtcgattttcaaagatgaa 9243  T
Q  118 gaaactaagagtgcttttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggagtttactctatcaagtaaacaacatatctttcctatactctttatcttt 217  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||||   | |||||||||||||||||||                     
T  9244 gaaactaggaatgcttttgtagaccagttcaataaatgcattaatggaggaaactactcagacgagtaaacaacatatctttct---------------- 9327  T
Q  218 cgaacaattattgcgtatacttattaatgcgtgtcttagaatttgagttgagtctaattcatgaagttagtagttaccatatattgggcatatctagtaa 317  Q
      ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  9328 --aacaattattgtgtatgcttattaatgcgtgtcttaaaatttgagttgtgtctaattcatgaagttagtagttaccatatatctggcatatctagtaa 9425  T
Q  318 taatattttatatttgaacactgattaatagctctttgtagacattaaatttcaccactgatgcaacaaaatgtgttttaaatatgcatgtgtaatttgt 417  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  9426 taatattttatatttgaacattggttaatagctctctgtagacgttaaatttcatcactgatgcaacaaaatatgttttagatatgcatgtgtaatttgt 9525  T
Q  418 tgcagggggttagacaagaacaagagagaggagaaactcatggga 462  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9526 tgcagggggctagacgagaacaagagagaggaaaaactcatggga 9570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 18 - 462
Target Start/End: Original strand, 17231167 - 17231593
Alignment:
Q  18 agcggctagcatatgtgagcccgagaggactctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgctgcagatactggagtcgaatttcaaagatgac 117  Q
    |||||| | ||||| |||||| ||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||| |||||||||||||||     
T  17231167 agcggccaacatatttgagcctgaggggtctctagagagacttgcatgggcaaaaacaacagatttgttgcaaatactggagttgaatttcaaagatgaa 17231266  T
Q  118 gaaactaagagtgcttttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggagtttactctatcaagtaaacaacatatctttcctatactctttatcttt 217  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||   |||||   | |||||||||||||||||||                     
T  17231267 gaaactaggaatgcttttgtagaccagttcaataaatgcattattggaggaaactactcatacgagtaaacaacatatctttct---------------- 17231350  T
Q  218 cgaacaattattgcgtatacttattaatgcgtgtcttagaatttgagttgagtctaattcatgaagttagtagttaccatatattgggcatatctagtaa 317  Q
      ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||    
T  17231351 --aacaattattgtgtatgcttattaatgtgtgtcttaaaatttgagttgtgtctaattcaagaagttagtagttaccatatatctagcatatctagtaa 17231448  T
Q  318 taatattttatatttgaacactgattaatagctctttgtagacattaaatttcaccactgatgcaacaaaatgtgttttaaatatgcatgtgtaatttgt 417  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  17231449 taatattttatatttgaacattggttaatagctctctgttgacgttaaatttcatcgctgatgcaacaaaatatgttttagatatgcatgtgtaatttgt 17231548  T
Q  418 tgcagggggttagacaagaacaagagagaggagaaactcatggga 462  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17231549 tgcagggggttagacgagaacaagagagaggaaaaactcatggga 17231593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 640 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 31151300 - 31151114
Alignment:
Q  640 atcagtggaaaaagtggttctcaagctggcactatgaaggaaatagatccaaaagagaagctgaattacttgtgcaaatcataaatttaaccgctggata 739  Q
    |||||||| ||| |||||||||||  |||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |    
T  31151300 atcagtggcaaaggtggttctcaa--tggcacgatgaaggaaacaaatccaaaagagaagctgaattacttgtggaaatcataaatttaaccgcgggaaa 31151203  T
Q  740 ttggtcgaaagaagtacagctcaaccctgagtaccagaaactacttgaagtcacaaacagaatctgcactcgcctccgtaattaccaaa 828  Q
    |||| | ||||| ||||| ||||| || |||||| | ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  31151202 ttggacaaaagatgtacatctcaatccagagtacaataaactacttgatgtcacaaacataatctgcactggcctccgtaatttccaaa 31151114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 143; Significance: 1e-74; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 639 - 837
Target Start/End: Original strand, 37960988 - 37961186
Alignment:
Q  639 gatcagtggaaaaagtggttctcaagctggcactatgaaggaaatagatccaaaagagaagctgaattacttgtgcaaatcataaatttaaccgctggat 738  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||||||  | |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37960988 gatcagtggcaaaggtggttttcaagctgggtcaatgaaggaaacaaatccaaaagagaagctaaattacttgtgcaaatcataaatttaaccgctggat 37961087  T
Q  739 attggtcgaaagaagtacagctcaaccctgagtaccagaaactacttgaagtcacaaacagaatctgcactcgcctccgtaattaccaaatcaacaagg 837  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  37961088 attggtcaaaagaagtacagctcaatcctgagtaccagaaactacttgaagtcacaaacggaatctgcactggcctccgtaattaccaaagcaacaagg 37961186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 200
Target Start/End: Original strand, 37960344 - 37960526
Alignment:
Q  18 agcggctagcatatgtgagcccgagaggactctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgctgcagatactggagtcgaatttcaaagatgac 117  Q
    |||||| | ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  37960344 agcggccaacatatttgagcctgagaggtctctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgttgcagatactggagtcgaatttcgaagatgaa 37960443  T
Q  118 gaaactaagagtgcttttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggagtttactctatcaagtaaacaacatatctttc 200  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |   ||||| |  |||||||||| |||||||||    
T  37960444 gaaactaggactgcttttgtagaccagttcaataaatgcattaatgaagaaaactactcaaagaagtaaacaaaatatctttc 37960526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 411 - 535
Target Start/End: Original strand, 37960681 - 37960805
Alignment:
Q  411 aatttgttgcagggggttagacaagaacaagagagaggagaaactcatgggaattttgctgacaacccttgatcaccttggcctccaaatgtttacgcat 510  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | ||    
T  37960681 aatttgttgcagggtgatagacaagaacaagagagaggagaaactcatggggattttgctgacaacccttgatgaccttgacctccaaatgtttaggaat 37960780  T
Q  511 cagaaccaggaaaattctcattatt 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  37960781 cagaaccaggaaaattctcattatt 37960805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 534 - 603
Target Start/End: Original strand, 37960883 - 37960952
Alignment:
Q  534 ttgaacacagttagagccaagtttcagttaaacgaaacatgtaaaagaacggcaaatgagaagaacttta 603  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||   ||||||||||    
T  37960883 ttgaacactgctagagccaagtttcagttaaatgaaacatgtaaaagaatggcaaatagaaagaacttta 37960952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 220 - 318
Target Start/End: Original strand, 37960528 - 37960617
Alignment:
Q  220 aacaattattgcgtatacttattaatgcgtgtcttagaatttgagttgagtctaattcatgaagttagtagttaccatatattgggcatatctagtaat 318  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||         ||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  37960528 aactattattgtgtatacttattaatgtgtgtcttaaaa---------agtctaattcatgaaattagtagttaccatatatcaagcatatctagtaat 37960617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 364 - 400
Target Start/End: Original strand, 37960626 - 37960662
Alignment:
Q  364 aaatttcaccactgatgcaacaaaatgtgttttaaat 400  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37960626 aaatttaaccactgatgcaacaaaatgtgttttaaat 37960662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599 (Bit Score: 127; Significance: 4e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0599
Description:

Target: scaffold0599; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 25 - 294
Target Start/End: Original strand, 3311 - 3577
Alignment:
Q  25 agcatatgtgagcccgagaggactctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgctgcagatactggagtcgaatttcaaagatgacgaaacta 124  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  3311 agcatatttgagcctgagaggtctctagagagacttgcatgggcaaaaacaacaactttgctgcaaatactggagtcgaatttcaaagataaagaaacta 3410  T
Q  125 agagtgcttttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggagtttactctatcaagtaaacaacatatctttcctatactctttatctttcgaacaa 224  Q
     ||  |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |  ||   | | ||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||    
T  3411 gga-agggtttgtagatcagttcaataaatgcattagtggaggaaactgttcagacgattaaacaacatatctttcatattctatttatctttctaacaa 3509  T
Q  225 ttattgcgtatacttattaatgcgtgtcttagaatttgagttgagtctaattcatgaagttagtagttac 294  Q
    |||||| |||| |||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3510 ttattgtgtatgcttattaat--gtgtcttaaaatttgaattgagtctaattcatgaagttagtagttac 3577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 127; Significance: 4e-65; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 25 - 294
Target Start/End: Original strand, 11911617 - 11911883
Alignment:
Q  25 agcatatgtgagcccgagaggactctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgctgcagatactggagtcgaatttcaaagatgacgaaacta 124  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  11911617 agcatatttgagcctgagaggtctctagagagacttgcatgggcaaaaacaacaactttgctgcaaatactggagtcgaatttcaaagataaagaaacta 11911716  T
Q  125 agagtgcttttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggagtttactctatcaagtaaacaacatatctttcctatactctttatctttcgaacaa 224  Q
     ||  |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||   |  ||   | | ||||||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||    
T  11911717 gga-agggtttgtagatcagttcaataaatgcattagtggaggaaactgttcagacgattaaacaacatatctttcatattctatttatctttctaacaa 11911815  T
Q  225 ttattgcgtatacttattaatgcgtgtcttagaatttgagttgagtctaattcatgaagttagtagttac 294  Q
    |||||| |||| |||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11911816 ttattgtgtatgcttattaat--gtgtcttaaaatttgaattgagtctaattcatgaagttagtagttac 11911883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0042 (Bit Score: 110; Significance: 5e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0042
Description:

Target: scaffold0042; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 25 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 11288 - 11068
Alignment:
Q  25 agcatatgtgagcccgagaggactctagagagacttgcatgggctaaaacaacagctttgctgcagatactggagtcgaatttcaaagatgacgaaacta 124  Q
    ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11288 agcatatttgagcctgagaggtctctagagagacttgcatgggcaaaaacaacagctttgcttcaaatactggagtcgaatttcaaagatgaagaaacta 11189  T
Q  125 agagtgcttttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggagtttactctatcaagtaaacaacatatctttcctatactctttatctttcgaacaa 224  Q
     ||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||   | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||    
T  11188 gga-agggtttgtagatcagttcaataaatgcattaatggaggaaactgttcagacgagtaaacaacatatctttcatatactatttatctttctaacaa 11090  T
Q  225 ttattgcgtatacttattaatg 246  Q
    |||||| |||  ||||||||||    
T  11089 ttattgtgtacgcttattaatg 11068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University