View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4419_low_2 (Length: 990)

Name: NF4419_low_2
Description: NF4419
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4419_low_2
NF4419_low_2
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (8-860)||(34957943-34958782)
chr5 (871-914)||(34958773-34958816)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 746; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 746; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 860
Target Start/End: Original strand, 34957943 - 34958782
Alignment:
Q  8 ggtagattattcttgaactgggtctatctattttttcatcccatatttatgctatattttaccaaacttttcttcttccatgaatgtcaatttgtgtaat 107  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34957943 ggtaaattattcttcaactgggtctatctattttttcatcccatatttatgctatattttaccaaacttttcttcttccatgaatgtcaatttgtgtaat 34958042  T
Q  108 atagtttcaaatcatggtttgtgtcttaatgatgttacgttgcagagaattgtggtcctgttggttggtgcgatctcaaccacagttgctttgtggttaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34958043 atagtttcaaatcatggtttgtgtcttaatgatgtt-----gcagagaattgtggtcctattggttggtgcgatctcaaccacagttgctttgtggttaa 34958137  T
Q  208 tgatatgaaatagctttaatatgtatttggtaatctaaaatgcgtttaggaccnnnnnnnaaaaaccgtatgtaaatgtatatacagcaccacgtacata 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34958138 tgatatgaaatagctttaatatgt----ggtaatctaaaatgcgtttaggacctttttttaaaaaccgtatgtaaatgtatatacagcaccacgtacata 34958233  T
Q  308 acaaatagattagatacacatgtttggttttaaggtgtagttttttaaagattgaaaaacgattaaatttgattaaacatggatactatatatgtagata 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34958234 acaaatagattagatacacatgtttggttttaaggtgtagttttttaaagattgaaaaacgattaaatttgattaaacatggatactatatatgtagata 34958333  T
Q  408 ttacagtttacagatatatcttttatgagaataattaagaaatatgttaatgctcggtgagactcctcggagcttaaacaaaatcacagtaatttcatta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34958334 ttacagtttacagatatatcttttatgagaataattaagaaatatgttaatgctcggtgagactcctcggagcttaaacaaaatcacagtaatttcatta 34958433  T
Q  508 aactcacccaatctcaacatataataatatttatcaagtattattatatgatcttgggattgaatagaagaaaatgtggtttcttttaaagactatatat 607  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34958434 aactcacccaatctcaacatatactaatatttatcaagtattgttatatgatctttggattgaatagaagaaaatgtggtttcttttaaagactatatat 34958533  T
Q  608 gcgcatattctcactcttactagttcaggatatgtcagtagggtcgaaaaaagtcataattttgttttttgaaaatgaaaaacatatagaaattgtaatt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34958534 gcgcatattctcactcttactagttcaggatatgtcagtagggtcgaaaaaagtcataattttgttttttgaaaatgaaaaacatatagaaattgtaatt 34958633  T
Q  708 aagtaattaagtacaagaacaaagtggaagcaagctttgtttgcaaggctttaaattgtgttagcaatccattaatggtactatgaataaaacggtgttc 807  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34958634 aagtaattaagtacaataacaaagtggaagcaagctttgtttgcaaggctttaaattgtgttagcaatccattaatggtactatgaataaaacagtgttc 34958733  T
Q  808 attgattgatgagaagatgaatatatatcatcatccattctcttcatttttac 860  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  34958734 attgattgatgagaagatgaatatatatcat----cattctcttcatttttac 34958782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 871 - 914
Target Start/End: Original strand, 34958773 - 34958816
Alignment:
Q  871 tcatttttaccccattgggaatttttgaattttaatcattacat 914  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34958773 tcatttttaccccattgggaatttttgaattttaatcattacat 34958816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University