View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4420-Insertion-1 (Length: 900)

Name: NF4420-Insertion-1
Description: NF4420
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4420-Insertion-1
NF4420-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-899)||(7804754-7805651)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 742; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 742; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 899
Target Start/End: Original strand, 7804754 - 7805651
Alignment:
Q  7 aatataaactatgtatctctattttctagaaaatattaagcattctgatgtagctaaaattgtgattacaacaagaactcaaaaaccttcacaaaaagtt 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7804754 aatatcaactatgtatctctattttctagaaaatattaagcattctgatgtagctaaaattgtgattacaacaagcactcaaaaaccttcacaaaaagtt 7804853  T
Q  107 ttttcatttattnnnnnnnngaagtaaaaagtattttatttcttttatcaaattataacctcaaagtatatttaacttttcaaagaaccaacttcaacta 206  Q
    ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7804854 ttttcatttattaaaaaaaagaagtaaaaagtattttatttcttttatcaaattataacttcaaagtatatttaacttttcaaagaaccaacttcaacta 7804953  T
Q  207 aaagatactagctactaaaagagtgcgatgacgtaagagaggacaaaattggctggcgtttgattaaatttt--aatttgtttggaaggtattattagga 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  7804954 aaagatactagctactaaaagagtgtgatgacgaaagagaggacaaaattggctggcgtttgattaaattttttaatttgtttggaaggtattatcagga 7805053  T
Q  305 agtaatcaagtatacaattactaaataagttaatatataaccaaaaggaattacttttgggtacggannnnnnnnnnn-gaattgtttggtgggttatgt 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||      
T  7805054 agtaatcaagtatacaattactaaataagttaatatataaccaaaaggaattacttttgggtacggaattttttttttagaattgtttggtgggttataa 7805153  T
Q  404 tgtggagtcatcacaaaaagagaatagtattagtaacaaagaatcttactaataaataatttgtataagcttcatgacagccaatcagattggtgagtaa 503  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7805154 tgtggagtcaccacaaaaagagaatagtattagtaacaaagaatcttactaataaataatttgtataagcttcatgacagccaatcagattggtgagtaa 7805253  T
Q  504 gtttccttagattcccattgacaa-tcaatattcaaaaaactgaaaaattaattacttagggttcaattaatagtttttaacaacctaaggtacttttaa 602  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7805254 gcttccttagattcccattgacaaatcaatattcaaaaaactgaaaaattaattacttagggttcaattaatagtttttaacaacctaaggtacttttaa 7805353  T
Q  603 gtgtaactaactaatcaataactgtattaagtatacatattttatatttatgtacgtctctcccactcctaaagggtaaagggtaacaagaatcatacct 702  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7805354 gtgtaactaactaattaataactgtattaagtatacatattttatatttatgtacgtctctcccactcctaaagggtaaagggtaacaagaatcatacct 7805453  T
Q  703 ttctagttgatgtaatgcaatctaatctattgcactataatacaacaaaaattaaatattattatcttgttttaagattatcaccgtccaaattatgcct 802  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7805454 ttctagttgatgtaatgtaatctaatctattgcactataatacaacaaaaattaaatattattatcttgttttaagattatcaccgtccaaattatgcct 7805553  T
Q  803 ctgacaagcagcaaaagatcaccgtggaaacttttgttttagagatcatgg-gggacaacctgttacaaattaaaataaaggacattatttacagcaa 899  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7805554 ctgacaagcagcaaaagatcaccgtggaaacttttgttttagggatcatggtggaacaatcagttacaaattaaaataaaggacattatttacagcaa 7805651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University