View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4421-Insertion-1 (Length: 1093)

Name: NF4421-Insertion-1
Description: NF4421
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4421-Insertion-1
NF4421-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-1014)||(7804754-7805770)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 832; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 832; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1014
Target Start/End: Original strand, 7804754 - 7805770
Alignment:
Q  7 aatataaactatgtatctctattttctagaaaatattaagcattctgatgtagctaaaattgtgattacaacaagaactcaaaaaccttcacaaaaagtt 106  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7804754 aatatcaactatgtatctctattttctagaaaatattaagcattctgatgtagctaaaattgtgattacaacaagcactcaaaaaccttcacaaaaagtt 7804853  T
Q  107 ttttcatttattnnnnnnnngaagtaaaaagtattttatttcttttatcaaattataacttcaaagtatatttaacttttcaaagaaccaacttcaacta 206  Q
    ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7804854 ttttcatttattaaaaaaaagaagtaaaaagtattttatttcttttatcaaattataacttcaaagtatatttaacttttcaaagaaccaacttcaacta 7804953  T
Q  207 aaagatactagctactaaaagagtgcgatgacgaaagagaggacaaaattggctggcgtttgattaaatttt--aatttgtttggaaggtattattagga 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  7804954 aaagatactagctactaaaagagtgtgatgacgaaagagaggacaaaattggctggcgtttgattaaattttttaatttgtttggaaggtattatcagga 7805053  T
Q  305 agtaatcaagtatacaattactaaataagttaatatataaccaaaaggaattacttttgggtacggannnnnnnnnnnnngaattgtttggtgggttatg 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||     
T  7805054 agtaatcaagtatacaattactaaataagttaatatataaccaaaaggaattacttttgggtacggaatttttttttta-gaattgtttggtgggttata 7805152  T
Q  405 ttgtggagtcatcacaaaaagagaatagtattagtaacaaagaatcttactaataaataatttgtataagcttcatgacagccaatcagattggtgagta 504  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7805153 atgtggagtcaccacaaaaagagaatagtattagtaacaaagaatcttactaataaataatttgtataagcttcatgacagccaatcagattggtgagta 7805252  T
Q  505 agtttccttagattcccattgacaa-tcaatattcaaaaaactgaaaaattaattacttagggttcaattaatagtttttaacaacctaaggtactttta 603  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7805253 agcttccttagattcccattgacaaatcaatattcaaaaaactgaaaaattaattacttagggttcaattaatagtttttaacaacctaaggtactttta 7805352  T
Q  604 agtgtaactaactaatcaataactgtattaagtatacatattttatatttatgtacgtctctcccactcctaaagggtaaagggtaacaagaatcatacc 703  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7805353 agtgtaactaactaattaataactgtattaagtatacatattttatatttatgtacgtctctcccactcctaaagggtaaagggtaacaagaatcatacc 7805452  T
Q  704 tttctagttgatgtaatgtaatctaatctattgcactataatacaacaaaaattaaatattattatcttgttttaagattatcaccgtccaaattatgcc 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7805453 tttctagttgatgtaatgtaatctaatctattgcactataatacaacaaaaattaaatattattatcttgttttaagattatcaccgtccaaattatgcc 7805552  T
Q  804 tctgacaagcagcaaaagatcaccgtggaaacttttgttttagagatcatggtggaacaatcagttacaaattaaaataaaggacattatttacagc-aa 902  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7805553 tctgacaagcagcaaaagatcaccgtggaaacttttgttttagggatcatggtggaacaatcagttacaaattaaaataaaggacattatttacagcaaa 7805652  T
Q  903 tactttgattattagtaaggcatatggcgtccaattacattatgag-aaaggtgaac-atattttggatttggatataacacagt--atgcat-cacgta 997  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||    
T  7805653 tactttgattattagtaaggcatatggcgtgcaattacattatgagaaaaggtgaacaatattttggatttggatataacacagttattgcatccacgta 7805752  T
Q  998 gtaa-tgatctgtagcat 1014  Q
    |||| |||||||||||||    
T  7805753 gtaattgatctgtagcat 7805770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University