View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4422_low_6 (Length: 496)

Name: NF4422_low_6
Description: NF4422
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4422_low_6
NF4422_low_6
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (10-484)||(17793632-17794106)
chr5 (105-484)||(20333651-20334026)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (10-484)||(1541510-1541984)
chr4 (105-484)||(25428760-25429139)
chr4 (207-481)||(15537709-15537983)
chr4 (378-481)||(16938056-16938159)
chr4 (207-334)||(16938159-16938286)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (10-484)||(26401143-26401617)
chr1 (105-480)||(49211323-49211697)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (10-484)||(7034212-7034686)
chr6 (105-481)||(26254262-26254638)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (105-481)||(8986229-8986605)
chr7 (207-481)||(35972704-35972978)
chr7 (207-481)||(35994116-35994390)
chr7 (105-481)||(43583110-43583491)
chr7 (105-275)||(35939621-35939791)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (105-481)||(18011437-18011813)
chr8 (313-481)||(43441895-43442063)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 467; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 17794106 - 17793632
Alignment:
Q  10 catcatcacttgcactaaaattcttcttgttctttttcttccacattttctctctgtcttgatacttgactgaaagtgctccttcaacaactccttcttg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17794106 catcatcacttgcactaaaattcttcttgttctttttcttccacattttctctctgtcttgatacttgactgaaagtgctccttcaacaactccttcttg 17794007  T
Q  110 cctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggctagagat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17794006 cctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttctgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggctagagat 17793907  T
Q  210 gcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaagta 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17793906 gcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaagta 17793807  T
Q  310 atttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctcatc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17793806 atttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctgcaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctcatc 17793707  T
Q  410 ccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17793706 ccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 17793632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 105 - 484
Target Start/End: Original strand, 20333651 - 20334026
Alignment:
Q  105 tcttgcctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggcta 204  Q
    |||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  20333651 tcttgcctcataagccttcgttgttcttgggcttgcaaggcatgtatgacttctgccaaagtgatcttactaagatcctttgtgttctctaaacaggcta 20333750  T
Q  205 gagatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaataga 304  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  20333751 gagatgcctcatatctttcaggcactgtaaccaaaaaaaattctacaattctggaatcagcaaatccagtgccaagtaatctaaccttgtttgcaataga 20333850  T
Q  305 aagtaatttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctc 404  Q
     |  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||    
T  20333851 caacaatttgtctgagtattctttgattgtctcagactctttcattttctgcaactcaaa----ctcatcagattcaacatttgtatgcttcgaattctc 20333946  T
Q  405 tcatcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 484  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20333947 tcatcacctgcatattcttccttcaaatagtcccatattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 20334026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 467; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 1541984 - 1541510
Alignment:
Q  10 catcatcacttgcactaaaattcttcttgttctttttcttccacattttctctctgtcttgatacttgactgaaagtgctccttcaacaactccttcttg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541984 catcatcacttgcactaaaattcttcttgttctttttcttccacattttctctctgtcttgatacttgactgaaagtgctccttcaacaactccttcttg 1541885  T
Q  110 cctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggctagagat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541884 cctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttctgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggctagagat 1541785  T
Q  210 gcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaagta 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541784 gcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaagta 1541685  T
Q  310 atttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctcatc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541684 atttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctgcaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctcatc 1541585  T
Q  410 ccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1541584 ccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 1541510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 105 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 25429139 - 25428760
Alignment:
Q  105 tcttgcctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggcta 204  Q
    |||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||  ||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  25429139 tcttgcctcataagccttcgttgttcttgggcttgcaaggcatgtacgacttctgccaaagtgatcttactaagatcatttgtgttctctaaacaggcta 25429040  T
Q  205 gagatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaataga 304  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  25429039 gagatgcctcatatctttcaggcactgtaaccaaaaaaatttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccaagtaatctaaccttgtttgcaataga 25428940  T
Q  305 aagtaatttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctc 404  Q
     |  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25428939 caacaatttgtctgagtattctttgattgtctcagactctttcattttctgcaactcaaactctctcatcagattcagcacttgcatgcttcaaattctc 25428840  T
Q  405 tcatcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 484  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25428839 tcatcacctgcaaattcttccttcaaatagtcccatattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 25428760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 207 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 15537983 - 15537709
Alignment:
Q  207 gatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaa 306  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||| |||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  15537983 gatgcttcatatctctcaggcaccgtaaccataattttttcaacaattctagaatcagcgaattgagtgccgagtaacctaaccttgtttgcaatagaaa 15537884  T
Q  307 gtaatttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctc 406  Q
    | ||| ||| |||||| ||||| |||||||  ||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||  ||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  15537883 gcaatctgttagagtaatctttgattgtcttagactctttcattttctgcatctcaaattccctcatcaagttcagtacttgcatgcctcgaatcctctc 15537784  T
Q  407 atcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaac 481  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  15537783 atcccctgcgtattcttccttcaaatagtcccatatttattttgctgttttgagggtcataattctggtgaaaac 15537709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 378 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 16938159 - 16938056
Alignment:
Q  378 ttcagcacttgcatgcttcgaattctctcatcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtga 477  Q
    |||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  16938159 ttcagcacttgcatgcctcgaatcctttcatcccccgcatattattccttcaaatagtcccatatttcttttgctgttttgagagtcataattctggtga 16938060  T
Q  478 aaac 481  Q
    ||||    
T  16938059 aaac 16938056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 207 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 16938286 - 16938159
Alignment:
Q  207 gatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaa 306  Q
    ||||| ||||| || |||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||||||  ||||  | ||||||||| ||||    
T  16938286 gatgcttcatatctctcaggcactgtaaccagaattttttcaacaattctggaatcagcaaatttagggccgagtaacctaatatcgtttgcaatggaaa 16938187  T
Q  307 gtaatttgtcagagtattcttttattgt 334  Q
    | ||| |||||||||| ||||| |||||    
T  16938186 gcaatatgtcagagtaatctttaattgt 16938159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 26401617 - 26401143
Alignment:
Q  10 catcatcacttgcactaaaattcttcttgttctttttcttccacattttctctctgtcttgatacttgactgaaagtgctccttcaacaactccttcttg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26401617 catcatcacttgcactaaaattcttcttgttctttttcttccacattttctctctgtcttgatacttgactgaaagtgctccttcaacaactccttcttg 26401518  T
Q  110 cctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggctagagat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26401517 cctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagggcatgaatgacttctgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggctagagat 26401418  T
Q  210 gcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaagta 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26401417 gcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaagta 26401318  T
Q  310 atttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctcatc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26401317 atttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctgcaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctcatc 26401218  T
Q  410 ccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26401217 ccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 26401143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 105 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 49211697 - 49211323
Alignment:
Q  105 tcttgcctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggcta 204  Q
    |||||||||||   | ||||||| ||||| |||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  49211697 tcttgcctcataagcgttcgttgttcttgggcttgcaaggcatgtatgacttctgccaaagtgatcttactaagatcctttgtgttctctaaacaggcta 49211598  T
Q  205 gagatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaataga 304  Q
    ||||||||||| |   |||||||||  ||||||| |    |||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||    
T  49211597 gagatgcctcaca-tattcaggcactataaccaaaaaaaattctacaatttttgaatcagcaaatccagtgccaagtaatctaaccttgttttcaataga 49211499  T
Q  305 aagtaatttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctc 404  Q
     |  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49211498 caacaatttgtctgagtattctttgattgtctcagactctttcattttctgcaactcaaactctctcatcatattcaacacttgcatgcttcgaattctc 49211399  T
Q  405 tcatcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaa 480  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49211398 tcatcacctgcatattcttccttcaaatagtctcatattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaa 49211323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 7034686 - 7034212
Alignment:
Q  10 catcatcacttgcactaaaattcttcttgttctttttcttccacattttctctctgtcttgatacttgactgaaagtgctccttcaacaactccttcttg 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7034686 catcatcacttgcactaaaattcttcttgttctttttcttccacattttctttctgtcttgatacttgactgaaagtgctccttcaacaactccttcttg 7034587  T
Q  110 cctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggctagagat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7034586 cctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggctagagat 7034487  T
Q  210 gcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaagta 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7034486 gcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatctagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaagta 7034387  T
Q  310 atttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctcatc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7034386 atttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctgcaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctcatc 7034287  T
Q  410 ccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7034286 ccctgcatattcttccttcaaatagtcccaaattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaactgt 7034212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 105 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 26254638 - 26254262
Alignment:
Q  105 tcttgcctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggcta 204  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| || |||| |||||| |  |||  ||| || ||||||||  | | ||| |||||||||||||| | || ||    
T  26254638 tcttgcctcatgagccttcgttgctcttgagcctgcaaagcatgtaacactgctgctaaggtgatctttgacaaatcttttgtgttctccaaggtggtta 26254539  T
Q  205 gagatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaataga 304  Q
      ||||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  26254538 ttgatgcttcatatctctcaggcaccgtaaccagaattttttcaacaattctggaatcagcaaattgagtgccgagtaacctaaccttgtttgcaatgga 26254439  T
Q  305 aagtaatttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctc 404  Q
    ||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||    
T  26254438 aagcaatctgtcagagtaatctttgattgtctcagactctttcattttctgcatctcaaattccctcatcaaattcagcacttgcatgcctcgaatcctc 26254339  T
Q  405 tcatcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaac 481  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26254338 tcatcccccgcgtattcttccttcaaatagtcccagatttctttggctgttttgagggtcataattctggtgaaaac 26254262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 105 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 8986605 - 8986229
Alignment:
Q  105 tcttgcctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggcta 204  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| || |||| |||||| |  |||  ||| || ||||||||  | | ||| ||| |||||||||| | || ||    
T  8986605 tcttgcctcatgagccttcgttgctcttgagcctgcaaagcatgtaacactgctgctaaggtgatctttgacaaatcttttatgttctccaaggtggtta 8986506  T
Q  205 gagatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaataga 304  Q
      ||||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  8986505 ttgatgcttcatatctctcaggcaccgtaaccagaattttttcaacaattctagaatcagcaaattgagtgccgagtaacctaaccttgtttgcaatgga 8986406  T
Q  305 aagtaatttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctc 404  Q
    ||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||    
T  8986405 aagcaatctgtcagagtaatctttgattgtctcagactctttcattttctgcatctcaaattccctcatcaaattcagcacttgcatgcctcgaatcctc 8986306  T
Q  405 tcatcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaac 481  Q
    ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8986305 tcaccccccgcgtattcttccttcaaatagtcccagatttctttggctgttttgagggtcataattctggtgaaaac 8986229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 207 - 481
Target Start/End: Original strand, 35972704 - 35972978
Alignment:
Q  207 gatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaa 306  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||| | ||||    
T  35972704 gatgcttcatatctctcaggcaccgtaaccagaattttttcaacaattctggaatcagcaaattgagtgccgagtaacctaaccttgtttgcagtggaaa 35972803  T
Q  307 gtaatttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctc 406  Q
    | ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  35972804 gcaatctgtcagagtaatctttgattgtctcagactctttcattttctgcatctcaaattccctcatcaaattcagcacttgcatgcctcgaatcctctc 35972903  T
Q  407 atcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaac 481  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  35972904 atcccccgcgtattcttccttcaaatagtcctagatttctttggctgttttgagggtcataattctcgtgaaaac 35972978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 207 - 481
Target Start/End: Original strand, 35994116 - 35994390
Alignment:
Q  207 gatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaatagaaa 306  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||| | ||||    
T  35994116 gatgcttcatatctctcaggcaccgtaaccagaattttttcaacaattctggaatcagcaaattgagtgccgagtaacctaaccttgtttgcagtggaaa 35994215  T
Q  307 gtaatttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctc 406  Q
    | ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  35994216 gcaatctgtcagagtaatctttgattgtctcagactctttcattttctgcatctcaaattccctcatcaaattcagcacttgcatgcctcgaatcctctc 35994315  T
Q  407 atcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaac 481  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  35994316 atcccccgcgtattcttccttcaaatagtcctagatttctttggctgttttgagggtcataattctcgtgaaaac 35994390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 105 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 43583491 - 43583110
Alignment:
Q  105 tcttgcctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggcta 204  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| || |||| |||||| |  |||  ||| || ||||||||  | | ||| |||||||||||||| | || ||    
T  43583491 tcttgcctcatgagccttcgttgctcttgagcctgcaaagcatgtaacactgctgctaaggtgatctttgacaaatcttttgtgttctccaaggtggtta 43583392  T
Q  205 gagatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaataga 304  Q
      ||||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||  | ||||||||||||||| ||    
T  43583391 ttgatgcttcatatctctcaggcaccgtaaccagaattttttcaacaattctggaatcagcaaattgagtgccgagtaaccaaaccttgtttgcaatgga 43583292  T
Q  305 aagtaatttgtcagagtattcttttattgtctctg-----actccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaa 399  Q
    ||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| |     |||| |||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  43583291 aagcaatctgtcagagtaatctttgattgtctcagactctactctttcattttctgcatctcaaattccctcatcaaattcagcacttgcatgcctcgaa 43583192  T
Q  400 ttctctcatcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaac 481  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  43583191 tcctctcatcccccgcgtattcttccttcaaatagtcccagatttctttggctgttttgagggtcataattttggtgaaaac 43583110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 105 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 35939791 - 35939621
Alignment:
Q  105 tcttgcctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggcta 204  Q
    |||||||||||   ||||||||| ||||| |||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  35939791 tcttgcctcataagccttcgttgttcttgggcttgcaaggcatgtatgacttctgccaaagtgatcttactaagatcctttgtgttctctaaacaggcta 35939692  T
Q  205 gagatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtg 275  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |    |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35939691 gagatgcctcatatctttcaggcactataaccaaaaaaaattctacaattctggaatcagtaaatccagtg 35939621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 145; Significance: 4e-76; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 105 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 18011813 - 18011437
Alignment:
Q  105 tcttgcctcatggcccttcgttgctcttgtgcttgcagagcatgaatgacttttgccaaagtgatcttacaaagatcctttgtgttctccaaagaggcta 204  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||| || ||||  ||||| |  |||  ||| || ||||||||| | |  || |||||||||||||| | || ||    
T  18011813 tcttgcctcataagccttcgttgctcttgagcctgcatcgcatgtaacactgctgctaaggtgatcttagacaagtcttttgtgttctccaaggtggtta 18011714  T
Q  205 gagatgcctcatacctttcaggcaccgtaaccaagattttttctacaattctggaatcagcaaatccagtgccgagtagtctaaccttgtttgcaataga 304  Q
      ||||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||| |||||||| |||||||| |||  ||| |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  18011713 ttgatgcttcatatctctcaggcaccgtaaccagaattttttcaacaattctagaatcagcgaattgagtaccgagtaacctaaccttgtttgcaataga 18011614  T
Q  305 aagtaatttgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctc 404  Q
    ||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||| |||||||  ||||| |||||||||| |||||| |||    
T  18011613 aagcaatctgtcagagtaatctttgattgtctcagactctttcattttctgcatctcaaattccctcatcaagttcagtacttgcatgcctcgaatcctc 18011514  T
Q  405 tcatcccctgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaac 481  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  18011513 tcatcccctgcgtattcttccttcaaatagtcccatatttcttttgctgttttgagggtcataactctggtgaaaac 18011437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 313 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 43442063 - 43441895
Alignment:
Q  313 tgtcagagtattcttttattgtctctgactccttcattttctacaactcaaattctctcatcagattcagcacttgcatgcttcgaattctctcatcccc 412  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  43442063 tgtcagagtaatctttgattgtctcagactctttcattttctgcatctcaaattccctcatcaaattcagcacttgcatgcctcgaatcctctcatcccc 43441964  T
Q  413 tgcatattcttccttcaaatagtcccagattgcttttggtgttttgagggtcatgattctagtgaaaac 481  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  43441963 cgcgtattcttccttcaaatagtcccagatttctttgactgttttgagggtcataattatggtgaaaac 43441895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University