View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4426_high_11 (Length: 417)

Name: NF4426_high_11
Description: NF4426
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4426_high_11
NF4426_high_11
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-400)||(26698586-26698985)
chr3 (1-400)||(26733749-26734148)
chr3 (1-367)||(26750910-26751276)
chr3 (1-400)||(26736974-26737373)
chr3 (1-400)||(26713738-26714137)
chr3 (1-367)||(26743985-26744351)
chr3 (2-377)||(26731642-26732017)
chr3 (2-377)||(26690331-26690706)
chr3 (2-400)||(26694469-26694867)
chr3 (2-288)||(26675375-26675661)
chr3 (56-366)||(47212204-47212514)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (50-363)||(18658548-18658867)
chr7 (50-363)||(21111426-21111745)
chr7 (95-363)||(21108126-21108394)
chr7 (49-366)||(21130385-21130708)
chr7 (50-363)||(21098507-21098820)
chr7 (50-273)||(21123258-21123487)
chr7 (239-342)||(29213149-29213252)
chr7 (104-153)||(29213014-29213063)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (50-366)||(39132028-39132350)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 26698586 - 26698985
Alignment:
Q  1 ccctctaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaaca 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26698586 ccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaaca 26698685  T
Q  101 agtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26698686 agtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacc 26698785  T
Q  201 ttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26698786 ttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaata 26698885  T
Q  301 accccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaactcattccctccttgacttgcatcatgcaatcgcttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26698886 accccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaactcattccctccttgaattgcatcatgcaatcgcttt 26698985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 26733749 - 26734148
Alignment:
Q  1 ccctctaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaaca 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26733749 ccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaaca 26733848  T
Q  101 agtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26733849 agtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacc 26733948  T
Q  201 ttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26733949 ttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaata 26734048  T
Q  301 accccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaactcattccctccttgacttgcatcatgcaatcgcttt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26734049 accccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcaacaagaaactcattccctccttgacttgcatcatgcaatcgcttt 26734148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Original strand, 26750910 - 26751276
Alignment:
Q  1 ccctctaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaaca 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  26750910 ccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttggacagaccaaaatcagctaccttcggttggtaatcggagtcaaca 26751009  T
Q  101 agtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacc 200  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26751010 agtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaatacgcaagtccctttgcagttcccatagcaatgttatacc 26751109  T
Q  201 ttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaata 300  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  26751110 tcttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacccttttccatgtactcataaaccaacaatctatgctttccctcagcacaata 26751209  T
Q  301 accccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaactca 367  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26751210 accccacataccaatcaaattcatgtggttaagccttccaatgatgctaacttcggcaagaaactca 26751276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 26736974 - 26737373
Alignment:
Q  1 ccctctaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaaca 100  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  26736974 ccctcgaatccttgagaagtttgaattatcatgctcattcctgttcaatagcttagacaaaccaaaatctgcaaccttaggtcgataatcagagtcaaca 26737073  T
Q  101 agtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacc 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||   ||| |    
T  26737074 agtatgttttgcggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcatgtaaataagcaagacattttgcagttcctatagcaataccatatc 26737173  T
Q  201 ttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaata 300  Q
    | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  26737174 tctttccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatttatgttttccctcagcacaata 26737273  T
Q  301 accccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaactcattccctccttgacttgcatcatgcaatcgcttt 400  Q
    |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||| |||  |||||||| ||||||    
T  26737274 accccacattccaattaaattcatgtggttaagccttccaatgatgctaacttctgcaagaaactcactgtctccttgatttgtgtcatgcaaacgcttt 26737373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 26713738 - 26714137
Alignment:
Q  1 ccctctaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaaca 100  Q
    ||||| |||||| ||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||||||    
T  26713738 ccctcgaatccttgagaagtttgaattatcatgctcattccttttcaatagcttagacaaaccaaaatctgcaaccttaggtcgataatcatagtcaaca 26713837  T
Q  101 agtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacc 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||   ||| |    
T  26713838 agtatgttttgcggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcatgtaaataagcaagacattttgcagttcctatagcaataccatatc 26713937  T
Q  201 ttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaata 300  Q
    | || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  26713938 tctttccccaatcaagttcatttgataagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatttatgttttccctcagcacaata 26714037  T
Q  301 accccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaactcattccctccttgacttgcatcatgcaatcgcttt 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||| |||  |||| ||| ||||||    
T  26714038 accccacattccaatcaaattcatgtggttaagccttccaatgatgctaacttctgcaagaaactcactatctccttgatttgtgtcatacaaacgcttt 26714137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Original strand, 26743985 - 26744351
Alignment:
Q  1 ccctctaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaaca 100  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||| | |||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  26743985 ccctcgaatcctcgagaattttgaatgatcaaagtcgtccctatttaatagcttggacaaaccaaaatccgctaccttcggttggtaatcagagtcaaca 26744084  T
Q  101 agtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacc 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26744085 agtatgttttgcggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaataagcaaggccctttgcagttcccatagcaatgttatacc 26744184  T
Q  201 ttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaata 300  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  26744185 ttttactccaatcaagtttatttgatgaaagattatcggctaaagtaccgttttccatgcactcgtaaaccaacaatctatgttttccctcagcacaata 26744284  T
Q  301 accccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaactca 367  Q
     |||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26744285 gccccacataccaattaagttcatgtggttaagccttccaatgatgcttacttcagcaagaaactca 26744351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 26732017 - 26731642
Alignment:
Q  2 cctctaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaa 101  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |  ||||| |  | || ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||  |    
T  26732017 cctctcatccttgagaaacttgaattatcaagattgttcctttgtagtaacttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaatcagagtcaatta 26731918  T
Q  102 gtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacct 201  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  26731917 gtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaagacactttgcagttccgagagcaattttatacct 26731818  T
Q  202 tttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaataa 301  Q
     |||||||||| |||| || ||||||| | |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  26731817 cttaccccaattaagtgcatttgatgacaaattatccgctaaagaacctttttccatgtactcaaaaactaacaatctgtgttttccctctgcacaatac 26731718  T
Q  302 ccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaactcattccctcctt 377  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  26731717 ccccacataccaatcaaattcatgtggttaagccttccaatgacgctaacttcagcaagaaattcactctctcctt 26731642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 26690706 - 26690331
Alignment:
Q  2 cctctaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaa 101  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |  ||||| |  | || ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||  |||||||  |    
T  26690706 cctctcatccttgagaaacttgaattatcaagattgttcctttgtagtaacttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaatta 26690607  T
Q  102 gtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacct 201  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||    
T  26690606 gtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaagacactttgcagttccgagagcaattttatacct 26690507  T
Q  202 tttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaataa 301  Q
     |||||||||| |||| || ||||||| | |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  26690506 cttaccccaattaagtgcatttgatgacaaattatccgctaaagaacctttttccatgtactcaaaaactaacaatctgtgttttccctctgcacaatac 26690407  T
Q  302 ccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaactcattccctcctt 377  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  26690406 ccccacataccaatcaaattcatgtggttaagccttccaatgacgctaacttcagcaagaaattcactctctcctt 26690331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 26694867 - 26694469
Alignment:
Q  2 cctctaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaa 101  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||||||  |  ||||| |  | || ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||  |||||||  |    
T  26694867 cctctcatccttgagaaacttgaattatcaaaattgttcctttgtactaacttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaatta 26694768  T
Q  102 gtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacct 201  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||| || |||||    
T  26694767 gtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacct 26694668  T
Q  202 tttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaataa 301  Q
     |||||||||| |||  || ||||||| | |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  26694667 cttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagttaaagaacctttttccatgtactcaaaaactaacaatctgtgttttccctctgcacaatac 26694568  T
Q  302 ccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaactcattccctccttgacttgcatcatgcaatcgcttt 400  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| || || |||   |||| |||||||||| ||||    
T  26694567 ccccacataccaatcaaattcatgtggttaagccttccaatgacgctaagttcagcaagaaattcactctcttctttgtttgcttcatgcaatctcttt 26694469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 288
Target Start/End: Original strand, 26675375 - 26675661
Alignment:
Q  2 cctctaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaa 101  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||| ||| |  |||||||  |||||||||||||| ||||||||| |||  || ||| | ||||| ||||||| ||    
T  26675375 cctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaaaatctactattttgggtcggtaatcagagtcaataa 26675474  T
Q  102 gtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttatacct 201  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  26675475 gtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgcaagagcctttgcggttcctagagcaatgttatacct 26675574  T
Q  202 tttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttcc 288  Q
     ||||||||||||||| || |||||||||| || |||||||||| ||| ||||| | | ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  26675575 cttaccccaatcaagtgcatttgatgagaggttttcagctaaagaacccttttctacgaactctaaaaccaacaatctgtgttttcc 26675661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 366
Target Start/End: Original strand, 47212204 - 47212514
Alignment:
Q  56 gacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgt 155  Q
    ||||||||||||||||  | ||| ||||||||||  || || | ||| |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  47212204 gacaaaccaaaatctgaaatctttggttgataattagaatccaaaagaatgttttgtggcttcacatcacaatgcaaaatccactccaaacactcttcat 47212303  T
Q  156 gtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttc 255  Q
    | | |||||| | ||| |||||||| || | ||| |||| | | ||||| |||||||| | || | | ||    | ||  || ||||||| |||||| ||    
T  47212304 ggatataagccaaaccttttgcagtgcctaaagctatgtcaaatctttttccccaatccaatttattagactttatatgttctgctaaagaaccattatc 47212403  T
Q  256 catgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaataaccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttca 355  Q
    |||| ||||||| || | || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||     
T  47212404 catgaactcatacacaagcattctatgttttccctctgcacaataaccccacatttcaatcaaattcatgtggttaagctttccaatgctgcttacttct 47212503  T
Q  356 gcaagaaactc 366  Q
    || ||||||||    
T  47212504 gcgagaaactc 47212514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 50 - 363
Target Start/End: Original strand, 18658548 - 18658867
Alignment:
Q  50 agcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacact 149  Q
    |||||||| || ||||||||||||| |||||| ||| | |  || |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |    
T  18658548 agcttagataatccaaaatctgctaacttagggtgaaagttagaatcaagaagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccattccaaacatt 18658647  T
Q  150 cttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagt---tcactt---gatgagagattatcagctaa 243  Q
    |||| |||| |||||| ||| | || || ||||| | |||||| | ||||||||||| ||| ||||||   | | ||   ||||| ||||| ||||||||    
T  18658648 cttcatgtagataagctagaactttagctgttcctaaagcaatatcataccttttactccagtcaagtgtgttagttttagatgaaagattttcagctaa 18658747  T
Q  244 agtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaataaccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatg 343  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| || || || || |||||||| ||||||||  | ||||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  18658748 agatccattttccatgtactcatataccaaaagtctatgcttaccttcagcacaatatccccacatatcaatcaagttcatgtggttaagccgtccaatg 18658847  T
Q  344 atgctaacttcagcaagaaa 363  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  18658848 atgcttacttcagcaagaaa 18658867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 50 - 363
Target Start/End: Original strand, 21111426 - 21111745
Alignment:
Q  50 agcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacact 149  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||| | |  || |||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || | ||| |    
T  21111426 agcttagacaatccaaaatctgctaacttgggctgaaagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaatatccattcgagacatt 21111525  T
Q  150 cttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagt---tcactt---gatgagagattatcagctaa 243  Q
    |||| |||| |||||||||| |  | || ||||| | |||||| | ||||||||||| ||||||||||   | | ||   ||||| ||||| ||||||||    
T  21111526 cttcatgtagataagcaagaactctagctgttcctaaagcaatatcataccttttactccaatcaagtgtgttagttttagatgaaagattttcagctaa 21111625  T
Q  244 agtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaataaccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatg 343  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||| | ||| || || || || |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||||    
T  21111626 agatccattttccatgtactcatataccaaaagtctatgcttaccttcagcacaatatccccacatttctatcaagttcatgtggttaagccgtccaatg 21111725  T
Q  344 atgctaacttcagcaagaaa 363  Q
    || || ||||| ||||||||    
T  21111726 atacttacttcggcaagaaa 21111745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 95 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 21108394 - 21108126
Alignment:
Q  95 tcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgt 194  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| || | | |  ||||  ||   | | |||| |    
T  21108394 tcaagaagtatgttttgtggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtagatatgctaaaactcttgctattgataaaacaattt 21108295  T
Q  195 tataccttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggc 294  Q
    | |||||||||| ||||||||||| | | |  || |  || || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||||| ||    
T  21108294 tgtaccttttactccaatcaagtttattagccgataagttttcggctaaagaaccattttccatgtactcgtaaaccaatagtctatattttccctcagc 21108195  T
Q  295 acaataaccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgctaacttcagcaagaaa 363  Q
     ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||    
T  21108194 gcaatatccccacatttcgatcaaattcatgtgattaagccttccaatgattcctacttcagctagaaa 21108126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 49 - 366
Target Start/End: Original strand, 21130385 - 21130708
Alignment:
Q  49 tagcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacac 148  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||| | |  || |||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||     
T  21130385 tagcttagacaatccaaaatcggctaacttgggctgaaagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaaaatccattccaaacat 21130484  T
Q  149 tcttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagt----tcactt--gatgagagattatcagcta 242  Q
    ||||| |||| ||| || | | |  | || ||||| | |||||| | ||||||||||  ||||||||||    |   ||  ||||| ||||| || ||||    
T  21130485 tcttcatgtagatatgctaaaactctagctgttcctaaagcaatatcataccttttagtccaatcaagtgtgttggttttggatgaaagattttccgcta 21130584  T
Q  243 aagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaataaccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaat 342  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||| | ||| || || || ||  ||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||| || ||||    
T  21130585 aagaaccattttccatgtactcatataccaaaattctatgcttaccttcaacacaatatccccacatttcaatcaaattcatgtggttaagcttttcaat 21130684  T
Q  343 gatgctaacttcagcaagaaactc 366  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  21130685 gatgcttacttcagcaagaaactc 21130708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 50 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 21098820 - 21098507
Alignment:
Q  50 agcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacact 149  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||   | |  || |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| |    
T  21098820 agcttagacaatccaaaatccgctaacttgggttcgaagttagaatcaagaagtatattttgcggctttatatcacaatgtaaaatccattccaaacatt 21098721  T
Q  150 cttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtacc 249  Q
    |||| |||| ||| || | | |  || |  ||   | |||||| || |||||||||| ||||||||||| | | |  || |  || || ||||||| |||    
T  21098720 cttcatgtagatatgctaaaactcttcctattgataaagcaattttgtaccttttactccaatcaagtttattagccgataagttttcggctaaagaacc 21098621  T
Q  250 attttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaataaccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatgatgcta 349  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | ||| | ||||||||| || ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |      
T  21098620 attttccatgtactcgtaaaccaatagtctatattttccctcagcgcaatatccccacatttcgatcaaattcatgtgattaagccttccaatgattcct 21098521  T
Q  350 acttcagcaagaaa 363  Q
    |||||||| |||||    
T  21098520 acttcagctagaaa 21098507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 50 - 273
Target Start/End: Original strand, 21123258 - 21123487
Alignment:
Q  50 agcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacact 149  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| | |  || |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| |    
T  21123258 agcttagacaatccaaaatctgctaacttgggttgaaagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccatacatt 21123357  T
Q  150 cttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagt---tcactt---gatgagagattatcagctaa 243  Q
    |||| |||| |||||||||| |  | || ||||| | |||||| | ||||||||||| ||||||||||   | | ||   ||||| ||||| ||||||||    
T  21123358 cttcatgtagataagcaagaactctagctgttcctaaagcaatatcataccttttactccaatcaagtgtgttagttttagatgaaagattttcagctaa 21123457  T
Q  244 agtaccattttccatgtactcataaaccaa 273  Q
    ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  21123458 agatccattttccatgtactcatataccaa 21123487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 239 - 342
Target Start/End: Original strand, 29213149 - 29213252
Alignment:
Q  239 gctaaagtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaataaccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttc 338  Q
    ||||||| |||||| | |||| ||||||| || |||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||| |||    
T  29213149 gctaaagaaccattatacatgaactcatagacaaacattctatgtattccctctgcacaataaccccacaattcaatcaaattcatgtggttaagctttc 29213248  T
Q  339 caat 342  Q
    ||||    
T  29213249 caat 29213252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 104 - 153
Target Start/End: Original strand, 29213014 - 29213063
Alignment:
Q  104 atgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacactcttc 153  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29213014 atgttttgtggcttcacatcacaatgcaaaatccactccaaacactcttc 29213063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 50 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 39132350 - 39132028
Alignment:
Q  50 agcttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactctaaacact 149  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| |  || |||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |    
T  39132350 agcttagacaatccaaagtctgctaacttgggttgatagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgtaaaatccactccaaacatt 39132251  T
Q  150 cttcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaag---ttcactt---gatgagagattatcagctaa 243  Q
    |||| |||| |||||| ||  |  | || ||||| | |||||| | ||||||||||| |||||||||    | | ||   ||||| ||||| ||||||||    
T  39132250 cttcatgtagataagctaggactctagctgttcctaaagcaatatcataccttttactccaatcaagcatgttagttttagatgaaagattttcagctaa 39132151  T
Q  244 agtaccattttccatgtactcataaaccaacaatctgtgttttccctcggcacaataaccccacattcctatcaaattcatgtgattaagccttccaatg 343  Q
    ||   |||| | |||||||||||| ||||| | ||| || || || ||  ||||||| ||||||||| | || || ||||||||||| |||||||| |||    
T  39132150 agagtcattcttcatgtactcatataccaaaattctatgcttaccttcaacacaatatccccacatttcaattaagttcatgtgattgagccttccgatg 39132051  T
Q  344 atgctaacttcagcaagaaactc 366  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  39132050 atgcttacttcagcaagaaactc 39132028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University