View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4427_low_6 (Length: 449)

Name: NF4427_low_6
Description: NF4427
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4427_low_6
NF4427_low_6
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (19-441)||(49201831-49202253)
chr3 (19-441)||(49186851-49187273)
chr3 (36-425)||(49206803-49207192)
chr3 (19-425)||(49211372-49211766)
chr3 (35-441)||(49190570-49190964)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (19-441)||(51823548-51823970)
chr1 (19-441)||(31526667-31527080)
chr1 (19-441)||(32593321-32593731)
chr1 (169-441)||(37030147-37030419)
chr1 (35-131)||(37030037-37030133)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (56-421)||(26755869-26756231)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-90)||(52267388-52267459)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 441
Target Start/End: Original strand, 49201831 - 49202253
Alignment:
Q  19 cttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49201831 cttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaa 49201930  T
Q  119 cttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggc 218  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49201931 cttctttcatacccatggcaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcggc 49202030  T
Q  219 attaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49202031 attaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattcagaagtgtacttaca 49202130  T
Q  319 tacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49202131 tacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcaagcataaaatgttg 49202230  T
Q  419 catctgctgacgctttctgtgct 441  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  49202231 catctgctgacgctttctgtgct 49202253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 441
Target Start/End: Original strand, 49186851 - 49187273
Alignment:
Q  19 cttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49186851 cttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaa 49186950  T
Q  119 cttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggc 218  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| || | |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  49186951 cttctttcatacccatggcaccatcagttattcccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtattgcctcggc 49187050  T
Q  219 attaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49187051 attaatcttagcaatctcttgaaacatgtcaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 49187150  T
Q  319 tacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttg 418  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||    
T  49187151 tacgctccttgagcttgtccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctttgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttg 49187250  T
Q  419 catctgctgacgctttctgtgct 441  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  49187251 catctgccgacgctttctgtgct 49187273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 425
Target Start/End: Original strand, 49206803 - 49207192
Alignment:
Q  36 tcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatg 135  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49206803 tcccatccaagccggaggaaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatg 49206902  T
Q  136 gaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatct 235  Q
    | |||||||||| || | |||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49206903 gcaccttcagttattcccccattattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatct 49207002  T
Q  236 cttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcatt 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207003 cttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcatt 49207102  T
Q  336 cccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgc 425  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  49207103 cccaagtgtcataatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgc 49207192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 19 - 425
Target Start/End: Original strand, 49211372 - 49211766
Alignment:
Q  19 cttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaa 118  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49211372 cttttgtcagataaggatcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtacacaccagcaa 49211471  T
Q  119 cttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggc 218  Q
    ||||||||||  |      |||||||       | |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49211472 cttctttcatcgc------accttcac------ccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcagc 49211559  T
Q  219 attaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49211560 attaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttactgctgtatagttgtttccaagtgcattcagaagtgtacttaca 49211659  T
Q  319 tacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  49211660 tacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtacagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtgg 49211759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 35 - 441
Target Start/End: Original strand, 49190570 - 49190964
Alignment:
Q  35 ctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccat 134  Q
    |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |       
T  49190570 ctcccatccaagcaggtggtaacattcccgtttgctcatgaacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatcgc--- 49190666  T
Q  135 ggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatc 234  Q
       |||||||       | |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  49190667 ---accttcac------ccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatc 49190757  T
Q  235 tcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcat 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||||    
T  49190758 tcttgaaacatgccaccatttatcatcaagaaatcccttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcat 49190857  T
Q  335 tcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgcttt 434  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  49190858 tcccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttctttgcatatagctctgcttcagctgcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgcttt 49190957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 19 - 441
Target Start/End: Original strand, 51823548 - 51823970
Alignment:
Q  19 cttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaa 118  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51823548 cttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttgaacagaggtggcagcatcttgtagacaccagcaa 51823647  T
Q  119 cttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggc 218  Q
    | |||||||||||||| |||||||| | | || | || ||| | || |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||    
T  51823648 cctctttcatacccatagaaccttcggctattccgcctccattgtcccctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtactgcctcagc 51823747  T
Q  219 attaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 318  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51823748 attaatcttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 51823847  T
Q  319 tacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttg 418  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||  |||||||||||||    
T  51823848 tacgctccttgagcatttccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagatctgcttcagctgcttgcttgcacgcataaaatgttg 51823947  T
Q  419 catctgctgacgctttctgtgct 441  Q
    |||||||  | ||||||||||||    
T  51823948 catctgccaatgctttctgtgct 51823970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 19 - 441
Target Start/End: Original strand, 31526667 - 31527080
Alignment:
Q  19 cttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaa 118  Q
    ||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31526667 cttttgtctgataaggttcctatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaaacaccagcaa 31526766  T
Q  119 cttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggc 218  Q
    | |||||||||||||| ||||||||          || ||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  31526767 cctctttcatacccatagaaccttcg---------cctccattgtcacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtaccgcctcagc 31526857  T
Q  219 attaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 318  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526858 attaatcttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 31526957  T
Q  319 tacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttg 418  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  31526958 tacactccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcatatagctccgcttcggctgcttgcttgcgcgcataaaatgttg 31527057  T
Q  419 catctgctgacgctttctgtgct 441  Q
    ||||||   | ||||||||||||    
T  31527058 catctgacaatgctttctgtgct 31527080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 19 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 32593731 - 32593321
Alignment:
Q  19 cttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaa 118  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  32593731 cttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcagcatcttgtaaacaccagcaa 32593632  T
Q  119 cttctttcatacccatggaaccttcagttttttcaccaccactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggc 218  Q
    | |||||||| ||||| |||||||| ||| || | || |||            ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||| ||    
T  32593631 cctctttcatgcccatagaaccttccgttattccgcctcca------------ttagtccaaatactaatcttaggttcaagtccatgtactgcctcagc 32593544  T
Q  219 attaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 318  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593543 attgatcttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 32593444  T
Q  319 tacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttg 418  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  32593443 tacactccttgagcattcccaagtgtcacaatcccttctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttg 32593344  T
Q  419 catctgctgacgctttctgtgct 441  Q
    |||||||  | ||||||||||||    
T  32593343 catctgccaatgctttctgtgct 32593321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 169 - 441
Target Start/End: Original strand, 37030147 - 37030419
Alignment:
Q  169 ccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaat 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030147 ccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtcctcgtattgcctcggcgttaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaat 37030246  T
Q  269 cccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctctttttt 368  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | |||||||| |  |||| ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  37030247 ccctcacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattaagaagtttacttacatacaccccttgagcttgtccaactgtcacaattccctctgcctccttttt 37030346  T
Q  369 ctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 441  Q
    |||||| || ||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  37030347 ctttgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttgcatctgccgatgctttctgtgct 37030419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 35 - 131
Target Start/End: Original strand, 37030037 - 37030133
Alignment:
Q  35 ctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacc 131  Q
    |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030037 ctcccatccaagcaggtggtaacattcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacc 37030133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 56 - 421
Target Start/End: Original strand, 26755869 - 26756231
Alignment:
Q  56 acatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggaaccttcagttttttcacc 155  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||||||||| ||    
T  26755869 acatgcctgtttgctcatggactgtcttaaacagaggtggcaacatcttgtacacaccagcaacttctttcatacctatgccaccgtcagttttttcgcc 26755968  T
Q  156 accactatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccattt 255  Q
    |||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  26755969 accgttatcac---cattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccgcgtatagcctcagcattaatcttcgcaatatctcgaaacatgccaccattt 26756065  T
Q  256 atcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccct 355  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |    ||||||||| |||||||| ||||||||| || | |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  26756066 atcatcaagtagtcccttacagctgtataatcacctccaagtgcgttgagaagggtacttacacacaccccttgaccattcccaagtgtcacgatcccct 26756165  T
Q  356 ctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcgagcataaaatgttgcat 421  Q
    | ||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  26756166 ccgcctccttcttctttgcatatagctctgcttcggctgcttgtttacgagcataaaatgttgcat 26756231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 52267459 - 52267388
Alignment:
Q  19 cttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaa 90  Q
    ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  52267459 cttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaa 52267388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University