View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4429-Insertion-8 (Length: 694)
Name: NF4429-Insertion-8
Description: NF4429
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4429-Insertion-8 |
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| [»] chr7 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 635; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 635; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 39178853 - 39178166
Alignment:
| Q |
8 |
cactcattcactcacatttggatttctaaaatttccttcctcgagtaaggcaatagttcatggtaatgaaattgacggggtgtatcacttgacttgtatt |
107 |
Q |
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| T |
39178853 |
cactcattcactcacatttggatttctaaaatttccttcctcgagtaaggcaatagttcatggtaatgaaattgacggggtgtatcacttgacttgtatt |
39178754 |
T |
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| Q |
108 |
aagaatttttgaacagcctaattctatatgctgaataagctagacccatagtttcaaatagaagttgcaatcacagatgtgattgtggctgcacgcagca |
207 |
Q |
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| T |
39178753 |
aagaatttttaaacagcctaattctatatgctgaataagctagacccatagtttcaaatagaagttgcaatcacagatgtgattgtggctgcacgtagct |
39178654 |
T |
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| Q |
208 |
actgaaaatgcaacattgtaagttgtaattgtagttatctaggagttgccgcatatacctttttaccataaatataattcacaaagactcaccttcaaac |
307 |
Q |
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| T |
39178653 |
actgaaaatgcaacattgtaagttgtaattgtagttatctaggagttgtcgcatatacctttttaccataaatataattcacaaagactcaccttcaaac |
39178554 |
T |
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| Q |
308 |
tctccctaacccttaaaaatgtttatatcagacaaccctttaacttgggatataaatcagtttggttatagttttcttaacaacatgaattatgatccac |
407 |
Q |
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| T |
39178553 |
tctccctaacccttaaaaatgtttatatcagacaaccctttaacttgggatataaatcagtttggttatagttttcttaacaacatgaattatgatccac |
39178454 |
T |
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| Q |
408 |
gctaacaacttatgggatgataaaccacaacaagtcaacaacagacttaataatacatcttgacccagaaattcaagtatctgatgcatgtttacattct |
507 |
Q |
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| T |
39178453 |
gctaacaacttatgggatgataaaccacaacaagtcaacaacagacttaataatacatcttgacccagaaattcaagtatctgatgcatgtttacattct |
39178354 |
T |
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| Q |
508 |
cctatgctgtattgaatttactcattctgatcattgtcggatattatcttttgcacttggatttcaagcacattttttgttttctaaatatcattaatca |
607 |
Q |
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| T |
39178353 |
cctatgttgtattgaatttactcattctgatcattgtcggatattatcttttgcacttggatttcaagcacattttttgttttctaaatatcattagtca |
39178254 |
T |
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| Q |
608 |
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694 |
Q |
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| T |
39178253 |
acacacgacccatggttttctacaattcaagtattacacttaaaaaaaattggatttagtatgctacctatctttcgtgattatacag |
39178166 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 130 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 39181909 - 39181358
Alignment:
| Q |
130 |
tctatatgctgaataagctagacccatagtttcaaatagaagttgcaatcacagatgtgattgtggctgcacgcagcaactgaaaatgcaac-attgtaa |
228 |
Q |
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| T |
39181909 |
tctatatgctgaataagctagacgcatagtttcaaataggagttgcaatcacagatgtgattgtggctgaa----gcaactgcaaatgcaaccattgtaa |
39181814 |
T |
|
| Q |
229 |
gttgt---aattgtagttatctaggagttgccgcatatacctttttaccataaatataattcacaaagactcaccttcaa-actctccctaacccttaaa |
324 |
Q |
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| T |
39181813 |
gttgttgtaactgtagttatctag-agttgtcgcatac-cttttttaccataaatataattcacaaa--------ttaaatactcaccttaacctttaaa |
39181724 |
T |
|
| Q |
325 |
aatgtttatatcagacaaccctttaacttgggatataaatcagtttggttatagttttcttaacaacatgaattatgatccacgctaacaacttatggga |
424 |
Q |
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| T |
39181723 |
aatgtttatatcagacaaccctttagcttgggatataaatcagtttggtta--gtttgcttaacaacatgaattatgatccacgctaacaacttatgggg |
39181626 |
T |
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| Q |
425 |
tgataaaccacaacaagtcaacaacagacttaataatacatcttgacccagaaattcaagtatctgatgcatgtttacattctcctatgctgtattgaat |
524 |
Q |
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| T |
39181625 |
tgctaaaccacaacaactcaacaacaaacttaataatacatcttgacccagaaattcaagtatctgatgcatgtttaccttctcttgtgctttattgaat |
39181526 |
T |
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| Q |
525 |
ttactcattctgatcattgtcggatattatcttttgcacttggatttcaagcacattttttgttttctaaatatcattaatcaacacacgacccatggtt |
624 |
Q |
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| T |
39181525 |
ttactcattctgatcattgtcagatattatcttttgcacgtggatttcaagcacattttttgttttctacatattattaatcaacacacgacccatggtt |
39181426 |
T |
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| Q |
625 |
ttctacaattcaagtattacacttnnnnnnntt-ggatttagtatgctacctatctttcgtgattata |
691 |
Q |
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| T |
39181425 |
ttctacaattcaagtattacgcttaaaaaaattgggatttagaatgctacctatcttacgtgattata |
39181358 |
T |
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