View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4432-Insertion-8 (Length: 755)

Name: NF4432-Insertion-8
Description: NF4432
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4432-Insertion-8
NF4432-Insertion-8
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (7-751)||(25025098-25025840)
chr8 (403-700)||(42307818-42308114)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-584)||(19457251-19457828)
[»] scaffold0268 (2 HSPs)
scaffold0268 (7-584)||(22740-23317)
scaffold0268 (581-645)||(23329-23394)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (7-584)||(10196771-10197348)
chr7 (581-645)||(10196694-10196759)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (380-701)||(682675-682995)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 677; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 677; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 25025840 - 25025098
Alignment:
Q  7 atataagcgattctgctgaaaagaatcgattatttcacgcaattgatacaattccgtgtattgctaagaaagctgcttgggctttgaaatggatcgattc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25025840 atataagcgattctgctgaaaagaatcgattatttcacgcaattgacacaattccgtgtattgctaagaaagctgattgggctttgaaatggatcgattc 25025741  T
Q  107 aagcgattcttttgcagaaagaatcgttgctttcgcttgtgttaaaggaattttcttctccggaagcttctgtgcgattttctggttgaaaaaacgcggt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25025740 aagcgattcttttgcagaaagaatcgttgctttcgcttgtgttgaaggaattttcttctccggaagcttctgtgcgattttctggttgaaaaaacgcggt 25025641  T
Q  207 ttaatgccgggattaaccttctcaaacgagcttatttcacgtgacgaaggtttacactgtgatttcgcttgtttgttatactcgcttttgcgtcagaaac 306  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25025640 ttaatgccgggattaactttctcaaacgagcttatttcacgcgacgaaggcttacactgtgattttgcttgtttgttatactcgctattgcgtcagaaac 25025541  T
Q  307 tgagttcagagcgcgtggtgaagattgttcgtgatgctgttgagattgaaagggagtttgtatgcgacgcgcttccttgcgcgttggttgggatgaacgg 406  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25025540 tgagtacagagcgcgtggtgaagattgttcgtgatgcggttgagattgaaagggagtttgtatgcgacgcgcttccttgcgcgttggttgggatgaacgg 25025441  T
Q  407 tgaattgatgagtcagtatattgagtttgttgctgataggttattgggtgagcttggttgtgagaaagtttataatgttcagaatccgtttgattggatg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25025440 tgaattgatgagtcagtatattgagtttgttgctgataggttattgggtgagcttggttgtgagaaagtttataatgttcagaatccatttgattggatg 25025341  T
Q  507 gatttgatttcgcttcaggggaaaaccaatttcttcgagaagcgcgttggggagtatcagaaagcttctgttatgaatggtggtgctgattattgcttta 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25025340 gatttgatttcgcttcaggggaaaaccaatttctttgagaagcgcgttggggagtatcagaaagcttctgttatgaatggtggtgctgattattgcttta 25025241  T
Q  607 ctttggatgaggatttttagattaagaagaaattagggtgtatttatctactaaacttgtttaattaattctttagggttatgtttatgtgttttctgtc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25025240 ctttggatgaggatttttagattaagaagaaattagggtgtatctatctactaaacttgtttaattaattctttagggttatgtttatgtg-tttctgtc 25025142  T
Q  707 ataatttaaatggttaagttgttctgtctccttagttttatcttc 751  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25025141 ataatttaaatggttaagttgttctgtct-cttagttttatcttc 25025098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 403 - 700
Target Start/End: Original strand, 42307818 - 42308114
Alignment:
Q  403 acggtgaattgatgagtcagtatattgagtttgttgctgataggttattgggtgagcttggttgtgagaaagtttataatgttcagaatccgtttgattg 502  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42307818 acggtgaactgatgagtcagtatattgagtttgttgctgataggttattgggtgagcttggttgtgagaaggtttataatgttcagaatccgtttgattg 42307917  T
Q  503 gatggatttgatttcgcttcaggggaaaaccaatttcttcgagaagcgcgttggggagtatcagaaagcttctgttatgaatggtggtgctgattattgc 602  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  42307918 gatggatttgatttcgcttc-ggggaaaaccaatttttttgagaagcgtgttgggaagtatcagaaagcttatgttataaatggtggtgctgattattgc 42308016  T
Q  603 tttactttggatgaggatttttagattaagaagaaattagggtgtatttatctactaaacttgtttaattaattctttagggttatgtttatgtgttt 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  42308017 tttactttggatgaggatttttagattatgaagaaattagggtttatctatccactaatctcgtttaattaattttttaggattatgtttaagtgttt 42308114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 584
Target Start/End: Original strand, 19457251 - 19457828
Alignment:
Q  7 atataagcgattctgctgaaaagaatcgattatttcacgcaattgatacaattccgtgtattgctaagaaagctgcttgggctttgaaatggatcgattc 106  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  19457251 atataagcgattccgctgaaaagaatcgcttatttcatgcaattgaaacaattccatgtatcgcgaagaaagctgattgggcgatgaaatggatcgattc 19457350  T
Q  107 aagcgattcttttgcagaaagaatcgttgctttcgcttgtgttaaaggaattttcttctccggaagcttctgtgcgattttctggttgaaaaaacgcggt 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19457351 aagcgattcttttgcagaaagaatcgttgcgtttgcttgtgttgaaggaatctttttctccggaagcttctgtgcgattttctggttgaaaaagcgcggt 19457450  T
Q  207 ttaatgccgggattaaccttctcaaacgagcttatttcacgtgacgaaggtttacactgtgatttcgcttgtttgttatactcgcttttgcgtcagaaac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||  |||| |    
T  19457451 ttaatgccgggattaaccttctcaaacgagcttatttcacgcgacgaaggattgcactgtgatttcgcttgtttgttatactcacttctacgaaagaagc 19457550  T
Q  307 tgagttcagagcgcgtggtgaagattgttcgtgatgctgttgagattgaaagggagtttgtatgcgacgcgcttccttgcgcgttggttgggatgaacgg 406  Q
    | |||||||||||||||    | |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19457551 taagttcagagcgcgtgaaagaaattgtttgtgatgctgttgaaattgaaagggagtttgtgtgccacgcgcttccttgcgcgttggttgggatgaatgg 19457650  T
Q  407 tgaattgatgagtcagtatattgagtttgttgctgataggttattgggtgagcttggttgtgagaaagtttataatgttcagaatccgtttgattggatg 506  Q
     |  |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19457651 gggtttgatgagtacgtatattgagtttgttgctgataggttattgggtgagcttggttgtgaaaaggtttacaatgttcagaatccgtttgattggatg 19457750  T
Q  507 gatttgatttcgcttcaggggaaaaccaatttcttcgagaagcgcgttggggagtatcagaaagcttctgttatgaat 584  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19457751 gaattgatttcgcttcagggaaaaaccaatttttttgagaagcgcgttggggagtatcagaaagcatctgttatgaat 19457828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0268 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 2)
Name: scaffold0268
Description:

Target: scaffold0268; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 7 - 584
Target Start/End: Original strand, 22740 - 23317
Alignment:
Q  7 atataagcgattctgctgaaaagaatcgattatttcacgcaattgatacaattccgtgtattgctaagaaagctgcttgggctttgaaatggatcgattc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || || || |||| ||||||  |||||||||| |||||    
T  22740 atataagcgattctgctgaaaagaatcgcttatttcatgcaattgagacaattccatgtatcgcgaaaaaggctgattgggcaatgaaatggattgattc 22839  T
Q  107 aagcgattcttttgcagaaagaatcgttgctttcgcttgtgttaaaggaattttcttctccggaagcttctgtgcgattttctggttgaaaaaacgcggt 206  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  22840 aagcgattcttttgctgaaagaatcgttgcatttgcttgtgtagaaggaattttcttctccggaagcttttgcgcgattttctggttgaaaaagcgcggt 22939  T
Q  207 ttaatgccgggattaaccttctcaaacgagcttatttcacgtgacgaaggtttacactgtgatttcgcttgtttgttatactcgcttttgcgtcagaaac 306  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |   ||||||    
T  22940 ttaatgccagggttaacattctcaaacgagcttatttcacgtgacgaaggtctgcactgtgattttgcttgtttgttatactcacttctacaaaagaaac 23039  T
Q  307 tgagttcagagcgcgtggtgaagattgttcgtgatgctgttgagattgaaagggagtttgtatgcgacgcgcttccttgcgcgttggttgggatgaacgg 406  Q
    | | ||||||||| |||  | | |||||  |  |||||||||| |||||| | || ||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  23040 taacttcagagcgtgtgaaggaaattgtatgcaatgctgttgaaattgaacgtgaatttgtctgcaaagcacttccttgcgcgttggttgggatgaatgg 23139  T
Q  407 tgaattgatgagtcagtatattgagtttgttgctgataggttattgggtgagcttggttgtgagaaagtttataatgttcagaatccgtttgattggatg 506  Q
    || ||||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23140 tggattgatgagtacttatattgagtttgttgctgatagattattgggtgagcttggttgtgaaaaggtttataatgttcagaatccgtttgattggatg 23239  T
Q  507 gatttgatttcgcttcaggggaaaaccaatttcttcgagaagcgcgttggggagtatcagaaagcttctgttatgaat 584  Q
    || |||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23240 gagttgatttcccttcaagggaagacgaatttctttgagaagcgtgttggggagtatcagaaagcttctgttatgaat 23317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0268; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 581 - 645
Target Start/End: Original strand, 23329 - 23394
Alignment:
Q  581 gaatggtggtgctgattattgctttactttggatgaggatttttagattaag-aagaaattagggt 645  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||    
T  23329 gaatggtgctgctgatttttgctttagtttggatgaagatttttagatcatgaaagaaattagggt 23394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 7 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 10197348 - 10196771
Alignment:
Q  7 atataagcgattctgctgaaaagaatcgattatttcacgcaattgatacaattccgtgtattgctaagaaagctgcttgggctttgaaatggatcgattc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| || || || |||| ||||||  |||||||||| |||||    
T  10197348 atataagcgattctgctgaaaagaatcgcttatttcatgcaattgagacaattccatgtatcgcgaaaaaggctgattgggcaatgaaatggattgattc 10197249  T
Q  107 aagcgattcttttgcagaaagaatcgttgctttcgcttgtgttaaaggaattttcttctccggaagcttctgtgcgattttctggttgaaaaaacgcggt 206  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  10197248 aagcgattcttttgctgaaagaatcgttgcatttgcttgtgtagaaggaattttcttctccggaagcttttgcgcgattttctggttgaaaaagcgcggt 10197149  T
Q  207 ttaatgccgggattaaccttctcaaacgagcttatttcacgtgacgaaggtttacactgtgatttcgcttgtttgttatactcgcttttgcgtcagaaac 306  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |   ||||||    
T  10197148 ttaatgccagggttaacattctcaaacgagcttatttcacgtgacgaaggtctgcactgtgattttgcttgtttgttatactcacttctactaaagaaac 10197049  T
Q  307 tgagttcagagcgcgtggtgaagattgttcgtgatgctgttgagattgaaagggagtttgtatgcgacgcgcttccttgcgcgttggttgggatgaacgg 406  Q
    | | ||||||||| |||  | | |||||  |  |||||||||| |||||| | || ||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10197048 taacttcagagcgtgtgaaggaaattgtatgcaatgctgttgaaattgaacgtgaatttgtctgctatgctcttccttgcgcgttggttgggatgaatgg 10196949  T
Q  407 tgaattgatgagtcagtatattgagtttgttgctgataggttattgggtgagcttggttgtgagaaagtttataatgttcagaatccgtttgattggatg 506  Q
    || ||||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10196948 tggattgatgagtacttatattgagtttgttgctgatagattattgggtgatcttggttgtgaaaaggtttataatgttcagaatccgtttgattggatg 10196849  T
Q  507 gatttgatttcgcttcaggggaaaaccaatttcttcgagaagcgcgttggggagtatcagaaagcttctgttatgaat 584  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10196848 gatttgatttctcttcaagggaatactaatttctttgagaagcgtgttggggagtatcagaaagcttctgttatgaat 10196771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 581 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 10196759 - 10196694
Alignment:
Q  581 gaatggtggtgctgattattgctttactttggatgaggatttttagattaag-aagaaattagggt 645  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||    
T  10196759 gaatggtgctgctgatttttgctttagtttggatgaagatttttagatcatgaaagaaattagggt 10196694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 380 - 701
Target Start/End: Original strand, 682675 - 682995
Alignment:
Q  380 tccttgcgcgttggttgggatgaacggtgaattgatgagtcagtatattgagtttgttgctgataggttattgggtgagcttggttgtgagaaagtttat 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  682675 tccttgcgcgttggttgggatgaacggtgaattgatgagttagtatattgagtttgttgctgataggttattggatgagcttggttgtgagaaggtttat 682774  T
Q  480 aatgttcagaatccgtttgattggatggatttgatttcgcttcaggggaaaaccaatttcttcgagaagcgcgttggggagtatcagaaagcttctgtta 579  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  682775 aatgttcataatccgtttgattggatggatttgattttgcttcaggggaaaa-caatttttttgataagcgcgttggggagtatcagaaagcttctgtta 682873  T
Q  580 tgaatggtggtgctgattattgctttactttggatgaggatttttagattaagaagaaattagggtgtatttatctactaaacttgtttaattaattctt 679  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||  | |||||||||||| ||    
T  682874 tgaatggtggtgctgattattgttttactttggatgaggatttttagattatgaagaaattagggtttatctatccactaatgtcgtttaattaattttt 682973  T
Q  680 tagggttatgtttatgtgtttt 701  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  682974 tagggttatgtttatgtgtttt 682995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University