View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4432_high_2 (Length: 580)

Name: NF4432_high_2
Description: NF4432
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4432_high_2
NF4432_high_2
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (236-564)||(35923180-35923504)
chr1 (27-232)||(35923551-35923753)
chr1 (346-534)||(1466747-1466935)
chr1 (359-519)||(5050501-5050661)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (342-562)||(19242359-19242579)
chr5 (346-518)||(9211358-9211530)
chr5 (350-514)||(12560131-12560296)
chr5 (346-518)||(9369955-9370127)
chr5 (346-533)||(38783797-38783984)
chr5 (346-518)||(35181989-35182162)
chr5 (386-510)||(12556892-12557016)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (352-532)||(9450676-9450856)
chr3 (346-534)||(28838370-28838558)
chr3 (359-534)||(17724523-17724698)
chr3 (359-534)||(19025752-19025927)
chr3 (346-547)||(28830405-28830606)
chr3 (356-520)||(26640704-26640868)
chr3 (360-518)||(20798757-20798914)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (359-515)||(19538755-19538911)
chr7 (354-518)||(19545401-19545565)
chr7 (362-518)||(47228519-47228675)
chr7 (393-518)||(47465706-47465831)
chr7 (389-518)||(19549755-19549885)
chr7 (389-502)||(19554968-19555081)
chr7 (438-495)||(19551972-19552029)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (352-516)||(9937274-9937438)
chr8 (352-518)||(9939644-9939811)
chr8 (359-516)||(9945694-9945854)
chr8 (377-491)||(3427899-3428013)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (346-518)||(44089673-44089846)
chr4 (360-405)||(38052155-38052200)
chr4 (424-460)||(54799882-54799918)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (354-446)||(7959610-7959702)
chr2 (450-514)||(43924042-43924105)
chr2 (388-428)||(43923991-43924031)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 236 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 35923504 - 35923180
Alignment:
Q  236 ggttttggattaaatcaactaaaattacaatatcactctcccatctctaataaaactaattaaacaaagtttaccaaaataattaactattatttattcn 335  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||   |||||| || ||||||     
T  35923504 ggttttggactaaatcaactaaaataacaatatcactctcccatctctaataaa-ctaattaaacaaaatttaccaacat---taactactaattattca 35923409  T
Q  336 nnnnnnttatactaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggc 435  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35923408 aaaaaaatatactaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaagc 35923309  T
Q  436 acccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacca 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  35923308 acccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtaagtaattcaatgccatacca 35923209  T
Q  536 ttttattttatagtctccttccctcacag 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35923208 ttttattttatagtctccttccctcacag 35923180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 27 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 35923753 - 35923551
Alignment:
Q  27 cctgatatttcagatctgtttttgtgttttgaatagagaaagatttatgttttaagatttaattttggaagctcttttgattgatgaa-------gatgg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  35923753 cctgatatttcagatctgtttttgtgttttgaatagagaaagatttatgttttaagatttaattttggaagctcttttgattgatgaatgaagatgatgg 35923654  T
Q  120 tgaggatctcaacttttcatttaaagatttattgtcattgaagtcaattgtaggcttagttgatgaagatttgagttgagatcggaaactgttggaatca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35923653 tgaggatctcaacttttcatttaaagatttattgtc----------attgtaggcttagttgatgaaaatttgagttgagatcggaaactgttggaatca 35923564  T
Q  220 atagttaaggtgc 232  Q
    |||||||||||||    
T  35923563 atagttaaggtgc 35923551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 346 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 1466935 - 1466747
Alignment:
Q  346 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 445  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  1466935 actaagattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctccta 1466836  T
Q  446 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 534  Q
    ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1466835 agtgcaatggaagtcacctttctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatttaatccaatgccatacc 1466747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 359 - 519
Target Start/End: Original strand, 5050501 - 5050661
Alignment:
Q  359 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggagg 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| | | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  5050501 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggttgttctacttgagaacaccttaggcgagcacccctcctaagtgcaatggagg 5050600  T
Q  459 tcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgta 519  Q
    ||||   |||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5050601 tcaccaacctaggccatggacctttttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgta 5050661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 342 - 562
Target Start/End: Original strand, 19242359 - 19242579
Alignment:
Q  342 ttatactaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccct 441  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||    
T  19242359 ttatactactattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccgctgcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagactagcacccct 19242458  T
Q  442 cctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccattttat 541  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  19242459 cctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaattcaatgtcataccattttat 19242558  T
Q  542 tttatagtctccttccctcac 562  Q
    |||||| |||| |||||||||    
T  19242559 tttataatctctttccctcac 19242579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 346 - 518
Target Start/End: Original strand, 9211358 - 9211530
Alignment:
Q  346 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 445  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || | |    
T  9211358 actataattgggaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacctcttcaa 9211457  T
Q  446 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 518  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9211458 agtgcaatgaaggtcacttgcctaggccatgggccttcctgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 9211530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 350 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 12560296 - 12560131
Alignment:
Q  350 aaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttggg-tagaccttaggcaggcacccctcctaagt 448  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  12560296 aaattggaaggggctgcgcgaacgcaaacccccacggcaacaaattatgatgtaggctccaccacttggggtagaccttaggctagcacccctccaaagt 12560197  T
Q  449 gcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagt 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12560196 gcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagt 12560131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 346 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 9370127 - 9369955
Alignment:
Q  346 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 445  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| | |    
T  9370127 actaaaattgggaggggccgcgcgaacgcaagccccaaccacaacatattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcaccccttcaa 9370028  T
Q  446 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 518  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9370027 agtgcaatgaaggtcacttgcctaggccatgggcctttttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 9369955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 346 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 38783984 - 38783797
Alignment:
Q  346 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 445  Q
    |||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | | |||||| | ||||||||||||||    
T  38783984 actataattgaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttaagtaggcacccctccta 38783885  T
Q  446 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatac 533  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  38783884 agtgcaatggaggtcaccaacctaggccatggaccttcttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgttgtccaatgtcatac 38783797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 346 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 35182162 - 35181989
Alignment:
Q  346 actaaaattggaagggg-ccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcct 444  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | | ||||||| |  ||||||||||     
T  35182162 actataattggaagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttagactagcacccctcca 35182063  T
Q  445 aagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 518  Q
    ||||||||||||||||||    ||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35182062 aagtgcaatggaggtcaccaatctaggccatgaaccttaatgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgt 35181989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 386 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 12557016 - 12556892
Alignment:
Q  386 gcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcat 485  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||| ||| |||||| |    
T  12557016 gcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgagtagaccttaggccagcacccctccaaagtgcaatggaggtcattgtcttaggctatgagccttctt 12556917  T
Q  486 gatcacccattgaccccatccaggt 510  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  12556916 gatcacctattgaccccatccaggt 12556892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 352 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 9450856 - 9450676
Alignment:
Q  352 attggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgca 451  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  9450856 attggagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctccaaagtgca 9450757  T
Q  452 atggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccata 532  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9450756 atggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccata 9450676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 346 - 534
Target Start/End: Original strand, 28838370 - 28838558
Alignment:
Q  346 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 445  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  28838370 actaaaattggagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaggcacccctccta 28838469  T
Q  446 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 534  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  28838470 agtgcaatggaggtcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatataatacaatgccatacc 28838558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 359 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 17724698 - 17724523
Alignment:
Q  359 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggagg 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  17724698 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctatgtgcaatggagg 17724599  T
Q  459 tcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 534  Q
    |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17724598 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaataccatacc 17724523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 359 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 19025927 - 19025752
Alignment:
Q  359 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggagg 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  19025927 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggaaggcacccctcctatgtgcaatggagg 19025828  T
Q  459 tcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccatacc 534  Q
    |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19025827 tcaccttcctaggccatgggccttcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaataccatacc 19025752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 346 - 547
Target Start/End: Original strand, 28830405 - 28830606
Alignment:
Q  346 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctccta 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  28830405 actaaaattggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacaacaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaaaagcacccctccta 28830504  T
Q  446 agtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaatccaatgccataccattttatttta 545  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||    
T  28830505 agtgcaatggaggtcacctttctaggccatggaccttcttgatcatccattgaccccatccaggtaagtatataatccaatgccataccctttcttttta 28830604  T
Q  546 ta 547  Q
    ||    
T  28830605 ta 28830606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 356 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 26640868 - 26640704
Alignment:
Q  356 gaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatgg 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  26640868 gaaggggccgcgcgaacgcaggcccccactgcaacaaattatgatgtaggttccaccacttgggtagaccttagactagcacccctcctaagtgcaatgg 26640769  T
Q  456 aggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgtaa 520  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  26640768 aggtcacttgtctaggccatgggccttcttgatcacccatcgaccccatccaggtaagtaagtaa 26640704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 360 - 518
Target Start/End: Original strand, 20798757 - 20798914
Alignment:
Q  360 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggt 459  Q
    |||| ||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||    
T  20798757 gggctgcgcgaacgcaagccccg-ctgcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggctagcacctttcctaagtgcaatggaggt 20798855  T
Q  460 cacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 518  Q
    |||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20798856 cacttgcctaggccatgaacattcttgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 20798914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 359 - 515
Target Start/End: Original strand, 19538755 - 19538911
Alignment:
Q  359 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggagg 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||    
T  19538755 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttaggtagaccttaggatagcacccctccaaagtgcaatggagg 19538854  T
Q  459 tcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagta 515  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19538855 tcactttcctaggccatgggccttcgtgatcacccattgaccccatccaggtaagta 19538911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 354 - 518
Target Start/End: Original strand, 19545401 - 19545565
Alignment:
Q  354 tggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaat 453  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| |||||||||    
T  19545401 tggagggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttagaagagcacccctccaaagtgcaat 19545500  T
Q  454 ggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 518  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19545501 ggaggtcacttttctaggccataggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 19545565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 362 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 47228675 - 47228519
Alignment:
Q  362 gccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtca 461  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||    
T  47228675 gccgcgcgaacgcagaccccctcagcaacaaattataatgtaggctccaccacttggatagaccttagaaaaacacccctcctaagtgcaatggaggtca 47228576  T
Q  462 cttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 518  Q
    | |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47228575 cctttctaggccataggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 47228519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 393 - 518
Target Start/End: Original strand, 47465706 - 47465831
Alignment:
Q  393 attatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacc 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||||    
T  47465706 attatgatgtaggctccaccacttgagtagaccttagaaaagcacccctcccaagtgcaatggaggccacctttctaggccatgggccttcatgatcacc 47465805  T
Q  493 cattgaccccatccaggtaagtatgt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  47465806 cattgaccccatccaggtaagtatgt 47465831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 389 - 518
Target Start/End: Original strand, 19549755 - 19549885
Alignment:
Q  389 acaaattatgatgtagg-ctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatga 487  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||   |||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||  |||    
T  19549755 acaaattatgacgtaggtctccaccacttgggtgagccttagacaagcaaccctcctaagtgcaatggaagtcactcgtctaggtcatgggccttattga 19549854  T
Q  488 tcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 518  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  19549855 tcacccattgaccccgtccaggtatgtatgt 19549885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 389 - 502
Target Start/End: Original strand, 19554968 - 19555081
Alignment:
Q  389 acaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgat 488  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||| |  ||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||  ||||    
T  19554968 acaaattatgacgtaggcaccaccacttgggtgggccttagaccagcaaccctcctaagtgcaatggaggttactcgtctaggtcatggacctttttgat 19555067  T
Q  489 cacccattgacccc 502  Q
    || |||||||||||    
T  19555068 catccattgacccc 19555081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 438 - 495
Target Start/End: Original strand, 19551972 - 19552029
Alignment:
Q  438 ccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccat 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  19551972 ccctcctaagtgcaatggaggtcactcgtctaggtcatgggccttcttgatcacccat 19552029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 9e-50; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 352 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 9937438 - 9937274
Alignment:
Q  352 attggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgca 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   | ||||| | | |||||||  |||||||||||| |||||||    
T  9937438 attggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaactatgatgtaggctgttctacttgagaacaccttagataggcacccctccgaagtgca 9937339  T
Q  452 atggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtat 516  Q
    |||||||||||   |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9937338 atggaggtcaccaacctaggccatggaccttcatgatcatccattgaccccatccaggtaagtat 9937274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 352 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 9939811 - 9939644
Alignment:
Q  352 attggaag-gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgc 450  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| | | |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  9939811 attggaagagggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggttgttctacttgagaacaccttaggtaggcacccctccaaagtgc 9939712  T
Q  451 aatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 518  Q
    ||||||||||||   |||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9939711 aatggaggtcaccaacctaggccatagaccttcatgatcatccattgaccccatccaggtaagtatgt 9939644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 359 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 9945854 - 9945694
Alignment:
Q  359 ggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctcca---ccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatgg 455  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    | ||||| | | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  9945854 ggggccacgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattataatgtaggctgctgttctacttgagaacaccttaggcagacacccctccaaagtgcaatgg 9945755  T
Q  456 aggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtat 516  Q
    |||||||   |||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  9945754 aggtcaccaacctaggccatagaccttcatgatcgtccattgaccccatccaggtaagtat 9945694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 377 - 491
Target Start/End: Original strand, 3427899 - 3428013
Alignment:
Q  377 gcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatg 476  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||| | ||||||||||||||||  |||||| | |||    
T  3427899 gcccctactgcaacaaattacgatgtaaactccaccacttgggcagaccttaagctagcacccctccaaggtgcaatggaggtcacacgcctagacgatg 3427998  T
Q  477 ggccttcatgatcac 491  Q
    ||||||| |||||||    
T  3427999 ggccttcttgatcac 3428013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 346 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 44089846 - 44089673
Alignment:
Q  346 actaaaattgga-aggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcct 444  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||   | ||||| | | |||||||  ||||||||||||     
T  44089846 actaaaattgggcaggggccgcgcgaacgcaggccccctcagcaacaaattatgatgtagactgttctacttgagaacaccttagataggcacccctcca 44089747  T
Q  445 aagtgcaatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagtatgt 518  Q
    ||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  44089746 aagtgcaatggaggtcaccaacctaggccatgagccttcatgatcactcatagaccccatccaggtaagtatgt 44089673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 360 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 38052200 - 38052155
Alignment:
Q  360 gggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtagg 405  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  38052200 gggccgcgcgcacgcaggcctccacaacaacaaattataatgtagg 38052155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 424 - 460
Target Start/End: Original strand, 54799882 - 54799918
Alignment:
Q  424 ccttaggcaggcacccctcctaagtgcaatggaggtc 460  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  54799882 ccttaggcaggcacccctcataagtgcaatgtaggtc 54799918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 354 - 446
Target Start/End: Original strand, 7959610 - 7959702
Alignment:
Q  354 tggaaggggccgcgcgaacgcaggcccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagaccttaggcaggcacccctcctaa 446  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||   |||||||||||||||    
T  7959610 tggaaggggccgcgcgaacgcagacccccacagcaacaaattatgatgtaggctccaccatttggatagaccttaaaaaggcacccctcctaa 7959702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 450 - 514
Target Start/End: Original strand, 43924042 - 43924105
Alignment:
Q  450 caatggaggtcacttgcctaggccatgggccttcatgatcacccattgaccccatccaggtaagt 514  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  43924042 caatgaaggtcacttgcctaggccatgggccttcttgatca-ccattgaccccattcaggtaagt 43924105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 388 - 428
Target Start/End: Original strand, 43923991 - 43924031
Alignment:
Q  388 aacaaattatgatgtaggctccaccacttgggtagacctta 428  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43923991 aacaaattataatgtaggctccaccacttgagtagacctta 43924031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University