View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4436_high_1 (Length: 511)

Name: NF4436_high_1
Description: NF4436
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4436_high_1
NF4436_high_1
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (17-498)||(31102368-31102849)
chr7 (17-488)||(31139742-31140213)
chr7 (36-498)||(31183476-31183938)
chr7 (17-498)||(31057933-31058414)
chr7 (230-488)||(31152973-31153231)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 498
Target Start/End: Original strand, 31102368 - 31102849
Alignment:
Q  17 catgaaatcattattatatctcaagattagtaacaatcattttacagatagcatcccaacagaaattggattgctgcaaaggcttgaagagttggatctt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31102368 catgaaatcattattatatctcaagattagtaacaatcattttacagatagcatcccaacagaaattggattgctgcaaaggcttgaagagttggatctt 31102467  T
Q  117 ggaggaaatgagttaagtggcacgataccaaatgaagttgcagagctaccgaagttacgaatgttgaatttgagcagaaacagaattgaaggaagaattc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31102468 ggaggaaatgagttaagtggcacgataccaaatgaagttgcagagctaccgaagttacgaatgttgaatttgagcagaaacagaattgaaggaagaattc 31102567  T
Q  217 catctacgtttgattcagctcttgcttcacttgatcttagtggcaatcgtttgaatggaaacataccaacaagtcttggattcttggtgcagttgtcaat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31102568 catctacgtttgattcagctcttgcttcaattgatcttagtggcaatcgtttgaatggaaacataccaacaagtctcggattcttggtgcagttgtcaat 31102667  T
Q  317 gttgaatctctcacataatatgctttcaggaaccattccttcaacttttagtatgagtttggattttgttaacatatcagacaaccagttagatggtcca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31102668 gttgaatctctcacataatatgctttcaggaaccattccttcaacttttagtatgagtttggattttgttaacatatcagacaaccagttagatggtcca 31102767  T
Q  417 cttccagaaaatccagcttttcttcatgctccgtttgaatcattcaaaaataacaaaggcttatgtggaaatatcacaggtt 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31102768 cttccagaaaatccagcttttcttcgtgctccgtttgaatcattcaaaaataacaaaggcttatgtggaaatatcacaggtt 31102849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 17 - 488
Target Start/End: Original strand, 31139742 - 31140213
Alignment:
Q  17 catgaaatcattattatatctcaagattagtaacaatcattttacagatagcatcccaacagaaattggattgctgcaaaggcttgaagagttggatctt 116  Q
    |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||     
T  31139742 catgaaatcattatttgatctcaagcttagtaacaatcattttacagatagcatcccaacagaatttggattgctacaaagacttgaagtgttggatctc 31139841  T
Q  117 ggaggaaatgagttaagtggcacgataccaaatgaagttgcagagctaccgaagttacgaatgttgaatttgagcagaaacagaattgaaggaagaattc 216  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  31139842 ggaggaaatgagttaagtggcatgataccgaatgaagtcgcagagctaccaaagttacgaatgttgaatttgagcagaaacaaaattgaaggaagtattc 31139941  T
Q  217 catctacgtttgattcagctcttgcttcacttgatcttagtggcaatcgtttgaatggaaacataccaacaagtcttggattcttggtgcagttgtcaat 316  Q
    | |||  ||||  |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||||  |||||||||||    
T  31139942 cttctctgtttcgttcatctctggcttcacttgatcttagtggaaatcgtttgaatggaaagataccagaaattcttggattcttgggtcagttgtcaat 31140041  T
Q  317 gttgaatctctcacataatatgctttcaggaaccattccttcaacttttagtatgagtttggattttgttaacatatcagacaaccagttagatggtcca 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||     
T  31140042 gttgaatctctcacataatatgctttcaggcaccattccttcattttctagtatgagtttggattttgttaacatatcaaacaatcagttagaagggccg 31140141  T
Q  417 cttccagaaaatccagcttttcttcatgctccgtttgaatcattcaaaaataacaaaggcttatgtggaaat 488  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  31140142 cttccggacaatccagcttttcttcatgctccgtttgaatcattcaaaaataacaaagacttgtgtggaaat 31140213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 36 - 498
Target Start/End: Original strand, 31183476 - 31183938
Alignment:
Q  36 ctcaagattagtaacaatcattttacagatagcatcccaacagaaattggattgctgcaaaggcttgaagagttggatcttggaggaaatgagttaagtg 135  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || | |||||||||||||||||||| |||  |||  ||| | |||||||| || |||||||| ||||| ||||    
T  31183476 ctcaagattagtaacaatcatttctcggaaaacatcccaacagaaattggatcgctaaaaacacttaacgagttggacctcggaggaaacgagttgagtg 31183575  T
Q  136 gcacgataccaaatgaagttgcagagctaccgaagttacgaatgttgaatttgagcagaaacagaattgaaggaagaattccatctacgtttgattcagc 235  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||    
T  31183576 gcacgataccgaaagaagttgcggagctaccgaggttacgaatgttgaatttgagcagaaacaaaattgaaggaagtattccatctctgtttggttcagc 31183675  T
Q  236 tcttgcttcacttgatcttagtggcaatcgtttgaatggaaacataccaacaagtcttggattcttggtgcagttgtcaatgttgaatctctcacataat 335  Q
    |||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  31183676 tcttgagtcacttgatctcagtggcaatcttttgaatggaaaaataccaacagctcttgaagacttggtgcagttgtcaatgttgaatctctcacacaat 31183775  T
Q  336 atgctttcaggaaccattccttcaacttttagtatgagtttggattttgttaacatatcagacaaccagttagatggtccacttccagaaaatccagctt 435  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||||   | || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||  ||| ||||||||    
T  31183776 atgctttcaggaaccattcctcaaaattttgaaaggaatttggtttttgttaatatatcagacaaccagttagaaggcccacttcctaaaattccagctt 31183875  T
Q  436 ttcttcatgctccgtttgaatcattcaaaaataacaaaggcttatgtggaaatatcacaggtt 498  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31183876 ttcttcttgctccgtttgaatcattaaaaaataacaaaggcttatgcggaaatatcacaggtt 31183938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 498
Target Start/End: Original strand, 31057933 - 31058414
Alignment:
Q  17 catgaaatcattattatatctcaagattagtaacaatcattttacagatagcatcccaacagaaattggattgctgcaaaggcttgaagagttggatctt 116  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||     
T  31057933 catgaaatcattatttgatctcaagattagcaacaatcatttctcagataacatcccatcagaaattggattgctgcaaagacttcaagagttggatctc 31058032  T
Q  117 ggaggaaatgagttaagtggcacgataccaaatgaagttgcagagctaccgaagttacgaatgttgaatttgagcagaaacagaattgaaggaagaattc 216  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||    
T  31058033 ggaggaaatgagttgagtggcaagataccaaaagaacttgtagagctaccgaatttacgaatgctgaatttgagcagaaacaaaattgaaggaattattc 31058132  T
Q  217 catctacgtttgattcagctcttgcttcacttgatcttagtggcaatcgtttgaatggaaacataccaacaagtcttggattcttggtgcagttgtcaat 316  Q
    ||  || ||||||||||| | | |  || |||||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||| |||||| |  |||||||| ||||||||     
T  31058133 caattaagtttgattcaggtttagaatctcttgatctcagtggcaattttttgaaaggaaatataccaacaggtcttgcagacttggtgcggttgtcaaa 31058232  T
Q  317 gttgaatctctcacataatatgctttcaggaaccattccttcaacttttagtatgagtttggattttgttaacatatcagacaaccagttagatggtcca 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| | | || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  31058233 gttgaatctctcacataatatgctttcaggaaccattcctcaaaattttggaaggaatttggtttttgttaatatatcagacaaccagttagaaggtcca 31058332  T
Q  417 cttccagaaaatccagcttttcttcatgctccgtttgaatcattcaaaaataacaaaggcttatgtggaaatatcacaggtt 498  Q
    || ||| ||| ||| |||||||||  |||| | ||||||||||| |||||||||||   |||||| |||||||||| |||||    
T  31058333 ctaccaaaaattccggcttttcttagtgcttcatttgaatcattaaaaaataacaatcacttatgcggaaatatcagaggtt 31058414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 230 - 488
Target Start/End: Original strand, 31152973 - 31153231
Alignment:
Q  230 ttcagctcttgcttcacttgatcttagtggcaatcgtttgaatggaaacataccaacaagtcttggattcttggtgcagttgtcaatgttgaatctctca 329  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  31152973 ttcatctcttgcttcacttgatcttagtggaaatcgtttgaatggaaagataccaaaaattcttggattcttgagtcagttgtcaatgttgaatctctca 31153072  T
Q  330 cataatatgctttcaggaaccattccttcaacttttagtatgagtttggattttgttaacatatcagacaaccagttagatggtccacttccagaaaatc 429  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |  ||||| || ||||    
T  31153073 cataatatgctttcaggcaccattccttcattttctaggatgagtttggattttgttaacatatcagacaatcagttagaagggcggcttccggacaatc 31153172  T
Q  430 cagcttttcttcatgctccgtttgaatcattcaaaaataacaaaggcttatgtggaaat 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  31153173 cagcttttcttcatgctccgtttgaatcattcaaaaataacaaagacttgtgtggaaat 31153231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University