View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4436_high_6 (Length: 286)

Name: NF4436_high_6
Description: NF4436
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4436_high_6
NF4436_high_6
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (8-268)||(15885704-15885964)
chr1 (8-268)||(12609903-12610163)
chr1 (8-268)||(12636999-12637256)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (11-265)||(62154-62408)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (8-268)||(6496-6756)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (8-268)||(23039039-23039299)
chr3 (8-268)||(23036168-23036428)
chr3 (8-268)||(23145918-23146178)
chr3 (8-268)||(23148756-23149016)
chr3 (8-233)||(22971949-22972174)
chr3 (8-265)||(23017060-23017317)
chr3 (18-268)||(23024280-23024530)
chr3 (18-268)||(23140054-23140304)
chr3 (18-194)||(22946412-22946588)
chr3 (8-257)||(22831833-22832082)
chr3 (8-257)||(22941327-22941576)
chr3 (91-268)||(23032780-23032957)
chr3 (10-140)||(22986277-22986407)
chr3 (8-61)||(23032712-23032765)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (8-268)||(21779811-21780071)
chr6 (8-140)||(12438302-12438434)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-257)||(5593983-5594232)
chr8 (13-145)||(23610220-23610352)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (105-142)||(41305310-41305347)
chr5 (104-140)||(41465811-41465847)
chr5 (8-50)||(7154493-7154535)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 15885964 - 15885704
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15885964 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtcca 15885865  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15885864 atactttggatctcttccaatcgcccatgcattgactatcaccttgcttttggttggtatatgataaccatcaatctcacatgcttgttcacattctctt 15885765  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15885764 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 15885704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Original strand, 12609903 - 12610163
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  12609903 ttcttccagcaccaaagggaatgtactcaaaattattccctttgtagtcaatagagctaccgatgaatctctccggataaaacttctctggttcagtcca 12610002  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  12610003 gtactttggatctcttccaatcgcccatgcattgactatcaccttgcttttgattggtatacgatacccatcaatctcacatgcttgtccacattctctt 12610102  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12610103 ggaagtaaaagaggacctggaggatgtaaccttaaggtctctttcacaactgactttaaat 12610163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Original strand, 12636999 - 12637256
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  12636999 ttcttcctgcaccaaaaggaatgtactcaaaattatttcctttgtagtcaatagagctaccaatgaatctctctggatgaaacctctctggttcagtcca 12637098  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
     |||||||||||||| ||||| | ||| ||||| | ||| ||||| ||||||  |||||||||| | || ||||| |||||||||||  ||||||||||     
T  12637099 gtactttggatctctaccaattgtccatgcatttactatcaccttacttttggctggtatatgatacccttcaatttcacatgcttgtccacattctct- 12637197  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
      |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||    
T  12637198 --aagtaaaagaggagttggagggtgtaaccttagagtctctttcactactaacttcaaat 12637256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 265
Target Start/End: Original strand, 62154 - 62408
Alignment:
Q  11 ttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtccaata 110  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||    
T  62154 ttccagcaccaaaaggaatgtactcgaaattattcccgttgtagtcaatagaactaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttccgtccagta 62253  T
Q  111 ctttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctc-acattctcttgg 209  Q
    | ||||||||||||| || ||||| ||||| | ||| | |||  |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  62254 ccttggatctcttccgattgcccatgcattaactatcagctttgttttcattggtatatgatacccatcaatctcacatgctt-ctctacattctcttgg 62352  T
Q  210 aagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttca 265  Q
    ||||||||||| | |||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  62353 aagtaaaagagcacctggggggtgtaacctcagggtctctttcacaattgacttca 62408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 109; Significance: 7e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 6756 - 6496
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6756 ttcttccagcaccaaaaggaatgtactcaaaattaccccctttatagtcaatagtgctgtcagtgaatctctctggataaaacctctctggttcagtcca 6657  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
      | |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||| ||  | |  ||||| | | ||||||  |||||||||||||   |||||||||||    
T  6656 gaagtttggatctcttgcaattgcccaagcattgattatcaccttactcctaaacggtatgttataaccatttatctcacatgctttaccacattctctt 6557  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    || || |||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |||||||    
T  6556 ggtagcaaaagaggtgctggagggtgtaacctaagggtttctttgacgactgatttcaaat 6496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 4e-50; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Original strand, 23039039 - 23039299
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| | |||  ||| |||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  23039039 ttcttccggcaccaaaaggaatgtactcataattacttcctttatagtcaatggcgctgtcaaggaatctctctggataaaatctctccggctcagtcca 23039138  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
     || |||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||| ||||| || || || ||||| ||| ||||||  |||||||||| |||   ||||||||||    
T  23039139 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatctcacatgtttgacgacattctctt 23039238  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    || || |||||||| | ||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  23039239 ggcagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacaactgacttcaaat 23039299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Original strand, 23036168 - 23036428
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||  | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  23036168 ttcttccggcaccaaaaggaatgtactcaaagttactccctttgtagtcaatagcgctgtcgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtcca 23036267  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
     || |||||||||||| |||| ||||| ||||| ||| ||||||| || || || ||||| ||| ||||||  ||| ||||||||||  |||| ||||||    
T  23036268 gtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtatgtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctctt 23036367  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    || || |||||||| | ||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||| |||||||    
T  23036368 ggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacgactgatttcaaat 23036428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Original strand, 23145918 - 23146178
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||  | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23145918 ttcttccagcaccaaaaggaatgtactcaaagttactccctttatagtcaatatcgctgtcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtcca 23146017  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
     || |||||||||||| |||  ||||| ||||||| ||  |||||  | || || ||||| ||| ||||||  || |||||| ||||   |||||||||     
T  23146018 gtagtttggatctcttgcaactgcccaagcattgactaacaccttagtcttaatcggtatgtgataaccatttatatcacattcttgactacattctctc 23146117  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    || |  |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  23146118 ggtaacaaaagaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaaat 23146178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Original strand, 23148756 - 23149016
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23148756 ttcttccggcaccaaaaggaatgtactcgaagttactccctttatagtcaatatcgctttcaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtcca 23148855  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
     || |||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||| || ||  | || || || || ||| ||||||  || ||||| |||||   |||||||||     
T  23148856 gtagtttgaatctcttgcaattgcccaagcattgattatcactttagtcttaatcggaatgtgataaccatttatatcacacgcttgactacattctctc 23148955  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    || |  |||||||| || |||||||||| ||||||||| ||||| |||||| | |||||||    
T  23148956 ggtaacaaaagaggtgccggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaaat 23149016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 8 - 233
Target Start/End: Original strand, 22971949 - 22972174
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||  | |||||  | |||| ||| ||| |||| ||||| || ||||||||| | ||||| ||||||||    
T  22971949 ttcttccagcaccaaatggaatgtactcaaaatttgttcctttgaaatcaagagaactatcaataaatctttcaggataaaacttatctggatcagtcca 22972048  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
    ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||  ||||  | |||    
T  22972049 atattttggatcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctacttttgattggtatgtgataaccatcaatctcacaagcttgtccacacaccctt 22972148  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtg 233  Q
    || | |||||||||| | ||||||||    
T  22972149 ggtactaaaagaggaccaggagggtg 22972174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 8 - 265
Target Start/End: Original strand, 23017060 - 23017317
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||||  | |  ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  23017060 ttcttccaccaccaaaaggaatgtattcgaagttactccctttatagtcaataccgttgtcaatgaatctctctggataaaacttctctggttcagtcca 23017159  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
     || |||||||||||| | || ||||| ||||| ||||| |||||  | || | |||||| ||| ||||||  |||||||||||||   |||||||||||    
T  23017160 gtagtttggatctcttgcgattgcccaagcattaattatcaccttagtcttaactggtatgtgataaccatgtatctcacatgctttaccacattctctt 23017259  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttca 265  Q
    || || ||||||||  ||| ||| ||||| || | ||| ||||| |||||||| ||||    
T  23017260 ggtagcaaaagaggtactgaaggatgtaatctaagggtttctttgacaactgatttca 23017317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Original strand, 23024280 - 23024530
Alignment:
Q  18 accaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtccaatactttgga 117  Q
    |||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||   ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||    
T  23024280 accaaaaggaatatactcaaagttactccctttatagtcaatatcactatcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcggtccagtaatttgga 23024379  T
Q  118 tctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctcttggaagtaaaa 217  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||| ||| |||||  | ||  |||| || | | |||| || |||| ||||| |||  |||||||||| || | |||||    
T  23024380 tctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttagtcttagttggaatgtcataaccgtctatcttacatgattgagcacattctctcggtattaaaa 23024479  T
Q  218 gaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    | || || |||||||||||||| | ||| ||||| |||| ||| |||||||    
T  23024480 gtggtgccggagggtgtaacctcagggtttctttgacaattgatttcaaat 23024530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Original strand, 23140054 - 23140304
Alignment:
Q  18 accaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtccaatactttgga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| || ||||||    
T  23140054 accaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtgtttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttgga 23140153  T
Q  118 tctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctcttggaagtaaaa 217  Q
    |||||  | || ||||| |||||||  |  |||||  | || | |||||| ||| ||||||  ||||||||||||||  |||| |||||||| || ||||    
T  23140154 tctctcgcgattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaaatggtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaa 23140253  T
Q  218 gaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    ||||  | |||| ||||||||| ||||| ||||| || | ||| |||||||    
T  23140254 gaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgacgattgatttcaaat 23140304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Original strand, 22946412 - 22946588
Alignment:
Q  18 accaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtccaatactttgga 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||  | |||||  | |||| ||| ||| |||| ||||| || ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||    
T  22946412 accaaatggaatgtactcaaaatttgttcctttgaaatcaacagaactatcaataaatctttcaggataaaacttatctggatcagtccaatattttgga 22946511  T
Q  118 tctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttg 194  Q
    || |||||||| ||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  22946512 tcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctactattgattggtatgtgataaccatcaatctcacatgcttg 22946588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 257
Target Start/End: Original strand, 22831833 - 22832082
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| | | | ||| |||||||||| || |||||||| || ||||||||   |||    
T  22831833 ttctaccagcaccaaaaggaatgaactcaaaattattacccttatagtccacacaactatcaatgaatctttcaggataaaatctttctgggtcgtccca 22831932  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| || |||||||| |  ||||||| | | ||||  |||||||||||||   |||||||||||    
T  22831933 atgatttggatctcttccaatagcccaagcattcactatcactttgcttttaaaaggtatatcatacccatttatctcacatgcttttccacattctctt 22832032  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaac 257  Q
    ||||| ||||  |  |  ||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  22832033 ggaagcaaaaatgttgacggagggtgtaatctcaatgtctctttcacaac 22832082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 22941576 - 22941327
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| || ||||| || | | | ||  |||| || || || |||||||| ||||||||||||  |||    
T  22941576 ttcttccagcaccaaatggaatgaactcaaaattatttcccttataatctacacaactttcaataaacctttcaggataaaatctctctgggtcatccca 22941477  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| || |||||||| |  ||||||| | | ||||  || |||||||||||  |||||||||||    
T  22941476 atgatttggatctcttccaatggcccaagcattcactatcactttgcttttaaaaggtatatcatacccatttatttcacatgcttgtccacattctctt 22941377  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaac 257  Q
    ||||| ||||  | ||| |||||||| || || || ||||||||||||||    
T  22941376 ggaagcaaaaatgcagcaggagggtgcaatctcaatgtctctttcacaac 22941327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 91 - 268
Target Start/End: Original strand, 23032780 - 23032957
Alignment:
Q  91 ctctctgggtcagtccaatactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatg 190  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||||| ||| ||||||  ||||||||||    
T  23032780 ctctctggttcagtccagtagtttggatctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttacttttaattggtatgtgataaccatttatctcacatg 23032879  T
Q  191 cttgctcacattctcttggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    ||||  | ||||||||||| || ||||||||  ||| |||||| ||||| | ||| ||||| || ||||| |||||||    
T  23032880 cttgaccgcattctcttggtagcaaaagaggtactgtagggtggaacctaagggtttctttgacgactgatttcaaat 23032957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 140
Target Start/End: Original strand, 22986277 - 22986407
Alignment:
Q  10 cttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtccaat 109  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||| | |||||  | |||||||| ||| |||| || ||||| ||||||||| | || |||||| ||||||    
T  22986277 cttccagcaccaaatggaatgtactcaaaattagttcctttgaaatcaatagaactatcaataaacctctcaggataaaacttatcggggtcattccaat 22986376  T
Q  110 actttggatctcttccaatcgcccacgcatt 140  Q
    | || ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  22986377 atttaggatcccgtccaatggcccaagcatt 22986407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 8 - 61
Target Start/End: Original strand, 23032712 - 23032765
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatag 61  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  23032712 ttcttccggcaccaaagggaatgtactcaaaattacttcctttatagtcaatag 23032765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 268
Target Start/End: Original strand, 21779811 - 21780071
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  21779811 ttcttccggcaccaaatggaatgtactcaaaattactccctttaaagtcaatatcgctatcgatgaatctctctggataaaacatctctggttcagtcca 21779910  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
     || |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||  | || || || || ||  ||||||  || |||||||||||   |||||||||     
T  21779911 gtagtttggatctcttgcaattgcccaagcattgattatcaccttagtcttaatcggaatgtggtaaccatttatatcacatgcttgactacattctctc 21780010  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaactgacttcaaat 268  Q
    || |  |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  21780011 ggtaacaaaagaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactgatttcaaat 21780071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 8 - 140
Target Start/End: Original strand, 12438302 - 12438434
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    ||||||||| ||||||||| ||  |||| ||||||  |||||| || ||||| |  | | |||| |||||||| |||| |||| | |||   ||| ||||    
T  12438302 ttcttccagcaccaaaaggtataaactcgaaattagaccctttgtaatcaattggacaatcaataaatctctcaggattaaacttttctccttcattcca 12438401  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcatt 140  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  12438402 atactttgggtctcttccaattgcccatgcatt 12438434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 5594232 - 5593983
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtcca 107  Q
    |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| | | | ||| |||||||||| || |||||||| || ||||||||   |||    
T  5594232 ttctaccagcaccaaaaggaatgaactcaaaattattacccttatagtccacacaactatcaatgaatctttcaggataaaatctttctgggtcgtccca 5594133  T
Q  108 atactttggatctcttccaatcgcccacgcattgattattaccttgcttttgattggtatatgaaaaccatcaatctcacatgcttgctcacattctctt 207  Q
    ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| || |||||||| |  ||||||| | | ||||  |||||||||||||   |||||||||||    
T  5594132 atgatttggatctcttccaatagcccaagcattcactatcactttgcttttaaaaggtatatcatacccatttatctcacatgcttttccacattctctt 5594033  T
Q  208 ggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttcacaac 257  Q
    ||||| ||||  |  |  ||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  5594032 ggaagcaaaaatgttgacggagggtgtaatctcaatgtctctttcacaac 5593983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 145
Target Start/End: Original strand, 23610220 - 23610352
Alignment:
Q  13 ccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttatagtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctgggtcagtccaatact 112  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||||||| | |||    | |||||||||||| |||| || || || ||||||||| | ||||||||| ||||||| |    
T  23610220 ccagcaccaaatggaatgaactcaaaattagttcctgagaaatcaatagagctatcaataaacctttcaggataaaacttatctgggtcattccaatatt 23610319  T
Q  113 ttggatctcttccaatcgcccacgcattgatta 145  Q
    | ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||    
T  23610320 taggatcccttcctattgcccaagcatttatta 23610352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 105 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 41305347 - 41305310
Alignment:
Q  105 ccaatactttggatctcttccaatcgcccacgcattga 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41305347 ccaatactttggatctcttccaatcgcccaagcattga 41305310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 41465847 - 41465811
Alignment:
Q  104 tccaatactttggatctcttccaatcgcccacgcatt 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41465847 tccaatactttggatctcttccaatcgcccatgcatt 41465811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 7154535 - 7154493
Alignment:
Q  8 ttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattcccttt 50  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  7154535 ttcttccagcaccaaaaggaatatactcaaaattatttccttt 7154493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University