View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4437-Insertion-1 (Length: 1047)

Name: NF4437-Insertion-1
Description: NF4437
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4437-Insertion-1
NF4437-Insertion-1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (219-1044)||(1903468-1904311)
chr8 (8-169)||(1904395-1904554)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 219 - 1044
Target Start/End: Complemental strand, 1904311 - 1903468
Alignment:
Q  219 ctgtcttcctactcacatgaacctgctcagtggaggtgttcaat---aagacatttgagtgca--tatcaatgacagtatctaagtggaa-tttatccac 312  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |  |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  1904311 ctgtcttcgtactcgcgtgaacctgctcagtggaggtgttcaatgtcaagacatttgagtgaagctatccatgacaatatctaagtggaaatttatccac 1904212  T
Q  313 ttagatattgttgtagatagctgcactcaatcattcattcgctttgcagaaaacttttgtagaatttggagcaaacttcatggtgttatggagcctttgg 412  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  1904211 ttagatactgtcgtagacagctgcactcaatcattcgttggctttgcagaaaacttttgtagaatttggagtaaacttcatgatgttatggagcctttgg 1904112  T
Q  413 aaatgtaggaacaataaattgtggaagaataactctgctacagtttcttatatcatcaatcatgtgaggagtggaaaaccatgcagcaaca----tccat 508  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||    ||||     
T  1904111 aaatgcaggaacaataaattgtgggagaataaatcttccacagtttcttatatcatcaatcatgtgatgagtggaaaaccattcaataacatcactccaa 1904012  T
Q  509 ttaatccttgtcttgcaatatgcagctgcagcaaaacaaaccttcacatgactatgcttcagagacacagaacagcttcgaa-ccctgtcgtgcttctgt 607  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1904011 ccaatccttgtcttgcaatatgcagctgcagtgaaacaaaccttcacaggactatggttcaaagacacagaacagcttcgaacccctgtcgtgcttctgt 1903912  T
Q  608 gcctgaggcagaaactttaaccttgcttgaatcgttgcaaactgcacatgctgaaggatttcagcgtgttatttgttatcgcgatagcaaaacacttgtt 707  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| | ||||||||||    
T  1903911 gcctgaggcagaagctttgaccttgcttgagtcgttgcaaactgcacatgccgaaggatttcagcgtgttattttctatcgtgatagaagaacacttgtt 1903812  T
Q  708 tctgcgataaactctctcacttcctgttgtctgaacttggagaaattatatctcaacaatacaataaaagtagatcaatcaaatattt-tnnnnnnnngt 806  Q
    ||| |  ||||  ||||| || ||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          ||    
T  1903811 tctaccctaaa--ctctcgctgcctattgactgaactaggagagattatatctcaacaatagaataaaagtagatcaatcaaatatttaaaaagaaaagt 1903714  T
Q  807 -agctatgtaccataaaataaaatcacttaattaccatatcaacaatacaaatgccaactaaggaggtgctatatactatatttagttcccattcatatt 905  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1903713 aagctatgtaccataaaataaaatcacttaattaccatatcaacaatacaaatgccaactaa-gaactgctatatactatatttagttcccattcatatt 1903615  T
Q  906 aaacaaaatatatggctactc---aaaatcattagtaatgtagtgtttccaccattctatacatc-accatat-aaaactttatgcattgtgtttagtat 1000  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1903614 aaacaaaatatatggctactcaaaaaaatcactagtaatgtagtgtttccaccattctatacatcaatcatataaaaactttatgcattgtgtttagtat 1903515  T
Q  1001 ccatcactcatca-tgccgagaaaagaaca-atgg-actatgtagac 1044  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  1903514 ccatcactcatcattgctgagaagagaacagatggaactatgtagac 1903468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 8 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 1904554 - 1904395
Alignment:
Q  8 cattttcaatgaaccagatgaagcagctatactcagcatgcctcttttttccagaactcaagctgactgtcgcatatgccactattcgagtgacggttcc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  1904554 cattttcaatgaaccagatgaagcagctatactcagcatgcctcttttttttagtactcaagctgactgtcgcatatggcactattcaagcgacggttcc 1904455  T
Q  108 tatataccgtcaaatcaacttacggcttctgtatgaaacagattgttgagccctcacacgaa 169  Q
      ||||| ||||||||  ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  1904454 --tatactgtcaaatctgcttacagcctctgtatgaaacagattattgagtcctcacacgaa 1904395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University