View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4440-Insertion-2 (Length: 534)

Name: NF4440-Insertion-2
Description: NF4440
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4440-Insertion-2
NF4440-Insertion-2
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (187-458)||(19943314-19943584)
chr3 (187-530)||(24840140-24840497)
chr3 (345-530)||(20005166-20005351)
chr3 (244-458)||(26651684-26651898)
chr3 (7-157)||(19943147-19943298)
chr3 (7-159)||(24840520-24840672)
chr3 (239-469)||(19818203-19818433)
chr3 (248-465)||(19853167-19853384)
chr3 (281-471)||(19955763-19955953)
chr3 (245-465)||(19989174-19989394)
chr3 (234-465)||(19811921-19812152)
chr3 (245-469)||(26646662-26646886)
chr3 (372-471)||(19838163-19838262)
chr3 (281-472)||(19950812-19951003)
chr3 (246-465)||(19857723-19857943)
chr3 (329-472)||(19848723-19848866)
chr3 (465-530)||(19943606-19943672)
chr3 (377-471)||(20016439-20016533)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (217-471)||(9814661-9814915)
chr5 (319-468)||(38435375-38435523)
chr5 (257-423)||(26355215-26355381)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (318-462)||(34408336-34408481)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (245-441)||(1716863-1717062)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (367-472)||(22652327-22652432)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 187 - 458
Target Start/End: Original strand, 19943314 - 19943584
Alignment:
Q  187 gaagcaaaggagtgtccctggaaaatcaattttcaatgggtggcactaccctcaagagaaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaa 286  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19943314 gaagcaaaggagtgtcccttcaaaatcaactt-caatgggtggcactcccctcaagagaaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaa 19943412  T
Q  287 tcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggt 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19943413 tcagtatggaaaaaagctagaatctttgaacctataatgagtattaagagctgcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggt 19943512  T
Q  387 gttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaagatgtcattgttttgg 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19943513 gttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactttggaagatgtcattgttttgg 19943584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 187 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 24840497 - 24840140
Alignment:
Q  187 gaagcaaaggagtgtccctggaaaatcaattttcaatgggtggcactaccctcaagagaaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaa 286  Q
    |||||||||||||| || | ||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  24840497 gaagcaaaggagtggcctttgaaaatccattt-caatgggtggcactacccacatgagaaatggattaagtgggttgatgaacttcagctcaaatatgaa 24840399  T
Q  287 tcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggt 386  Q
    || || |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24840398 tcggtgtggaaaaaagcttgcatctttgaacctataatgagtactaagagctgcataattaaaaaccaagacttggtttgtggggttgttgagaaatggt 24840299  T
Q  387 gttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaagatgtcattgttttggagggtta---------------tcctgt 471  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||| ||               ||||||    
T  24840298 gttgtgaaacaaacaccttcgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactttggaggatgtcattgttttggggggctactctctctttggtcttcctgt 24840199  T
Q  472 tttcacccaacttgaagatcacgagatgagagaggtcaaacagaagctcgtcaacattg 530  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  24840198 tttcgcccaccttgaagatcaagagatgagagaggtggaacagaagctcatcaacattg 24840140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 345 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 20005351 - 20005166
Alignment:
Q  345 ttaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaaga 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20005351 ttaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactttggaaga 20005252  T
Q  445 tgtcattgttttggagggttatcctgttttcacccaacttgaagatcacgagatgagagaggtcaaacagaagctcgtcaacattg 530  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20005251 tgtcattgttttggggggttatcctgttttcacccaacttgaagatcaggagatgagagaggtcgaacagaagctcgtcaacattg 20005166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 244 - 458
Target Start/End: Original strand, 26651684 - 26651898
Alignment:
Q  244 gaaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgcata 343  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||    
T  26651684 gaaatgggttaagtgggttgatcaacttaagcccaagtatgaatcagtgtggaaaaaagccggcatctttgaacctataatgagtactaagagccgcgta 26651783  T
Q  344 attaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaag 443  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||| |||||   |||||| ||||  |||||||| |||||||||||| |||| |    
T  26651784 atgaaaaatcaagacttggtttatgggatttctgagaaatggtgtagtgagacaaattgctttgtttttccttttggtgaggcaacaatcactttggagg 26651883  T
Q  444 atgtcattgttttgg 458  Q
    |||||||||||||||    
T  26651884 atgtcattgttttgg 26651898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 157
Target Start/End: Original strand, 19943147 - 19943298
Alignment:
Q  7 acaaccattgaaagatagcatcttggagatgagggaagatttcatgatttaaccacctagtcacagtaaacaaacctttagaactgtcca-ttttcttaa 105  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  19943147 acaaccattgaaagatagcatcatggagatgagggaagatttcatgatttcaccagatggtcacagtaaacaaacctttagaactgcccatttttcttaa 19943246  T
Q  106 acctattgcaaatttcatccatgaacttaacctcaatgagtttaaccttaac 157  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19943247 acctattgcaaattccattcatgaacttaacctcaatcagtttaaccttaac 19943298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 7 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 24840672 - 24840520
Alignment:
Q  7 acaaccattgaaagatagcatcttggagatgagggaagatttcatgatttaaccacctagtcacagtaaacaaacctttagaactgtccattttcttaaa 106  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||  | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24840672 acaaccattgaaagataccatcatggagataagggaaggtttcatgatttcaccagttggtgacagtaaacaaacctttagaactgcccattttcttaaa 24840573  T
Q  107 cctattgcaaatttcatccatgaacttaacctcaatgagtttaaccttaactc 159  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||    
T  24840572 cctattgcaagttccatccatgaacttaacttcaatgagatcaaccttaactc 24840520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 239 - 469
Target Start/End: Original strand, 19818203 - 19818433
Alignment:
Q  239 caagagaaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagct 338  Q
    |||||||||||| |||  |||||||| |||||||| || || |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||  |||| |||||||||||  |||    
T  19818203 caagagaaatggtttagttgggttgatgaacttaaaccaaagtatgaatctgtgtggaagaaagctagaatctttgatgctattatgagtactaaatgct 19818302  T
Q  339 gcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactat 438  Q
     |||   |||||||||| ||||| | | |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||| |    
T  19818303 acattcataaaaatcaaaacttgctatttggggttgttgagaaatggtgttgtgagactaacacctttgtttttccatttggtgaggcaactatcacttt 19818402  T
Q  439 ggaagatgtcattgttttggagggttatcct 469  Q
    ||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  19818403 ggaggatgtcatagttttggggggttatcct 19818433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 248 - 465
Target Start/End: Original strand, 19853167 - 19853384
Alignment:
Q  248 tgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgcataatta 347  Q
    |||||||||||||||||  ||||| | | ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  19853167 tgggttaagtgggttgatcaacttcaactcaaatatgaatcactatggaagaaagttggaatctttgatgctattatgagtactaagagctgcataaaga 19853266  T
Q  348 aaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaagatgt 447  Q
    || ||||| ||||| | |||||| ||||||| |||||||||| ||| || || || |||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  19853267 aagatcaaaacttgttatgtggggttgttgacaaatggtgttctgagaccaatacatttgtgttcccatttggtgaagcaacaataactttggaggatgt 19853366  T
Q  448 cattgttttggagggtta 465  Q
     || ||||||| ||||||    
T  19853367 tatggttttggggggtta 19853384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 281 - 471
Target Start/End: Original strand, 19955763 - 19955953
Alignment:
Q  281 tatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgaga 380  Q
    |||||||| || ||||  |||| | ||||||| ||  ||||||||||||||||  ||| |||   ||||||| || ||||| | | |||  |||||||||    
T  19955763 tatgaatctgtttggaggaaagttggaatctttgatgctataatgagtactaaatgctacattcataaaaataaaaacttgctatttggagttgttgaga 19955862  T
Q  381 aatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaagatgtcattgttttggagggttatcctgt 471  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  19955863 aatggtgttgtgagacaaatacatttgtgtttccatttggtgaggcaacaatcactttggaagatgtcatggttttggggggttaccctgt 19955953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 245 - 465
Target Start/End: Original strand, 19989174 - 19989394
Alignment:
Q  245 aaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgcataa 344  Q
    ||||||||| | ||||||||  ||||||| ||||||| |||||  || ||||| |||| | | ||||| ||| |||| |||||||| ||| | |||||||    
T  19989174 aaatgggtttattgggttgatcaacttaaacccaaatttgaatatgtgtggaagaaagttggcatctttgaagctattatgagtaccaagtgttgcataa 19989273  T
Q  345 ttaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaaga 444  Q
      ||| ||||  ||||| | | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  19989274 agaaagatcataacttgctatttggggttgttgagaaatggtgttgtgagacaaacacatttgtttttccatttggtgaggcaactatcactttggaaga 19989373  T
Q  445 tgtcattgttttggagggtta 465  Q
    ||| || ||||| | ||||||    
T  19989374 tgttatggttttagggggtta 19989394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 234 - 465
Target Start/End: Original strand, 19811921 - 19812152
Alignment:
Q  234 accctcaagagaaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaa 333  Q
    |||| |||||||| |||||||  |||||||| || ||||| || || ||||||||  | ||||| |||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||    
T  19811921 acccacaagagaagtgggttagatgggttgatgagcttaaaccaaagtatgaatctttgtggaagaaagctagaatctttgatgctattatgagtaccaa 19812020  T
Q  334 gagctgcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatc 433  Q
    | |   |||| | ||||||| | | ||| | | |||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||    
T  19812021 gtgtcacatactcaaaaatctaaaattgctctttggggttgttgagaaatggtgttgtgagactaacacctttgtttttccatttggtgaagcaactatc 19812120  T
Q  434 actatggaagatgtcattgttttggagggtta 465  Q
    ||| |||| ||| | || ||||||| ||||||    
T  19812121 actttggaggatattatggttttggggggtta 19812152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 245 - 469
Target Start/End: Original strand, 26646662 - 26646886
Alignment:
Q  245 aaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgcataa 344  Q
    ||||||||||  ||||||||  ||||||| | |||||||||| |||| ||||| |||| | | ||||| ||| | |||||| | || | | || |||||     
T  26646662 aaatgggttagatgggttgatcaacttaaactcaaatatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagcaataatgggcacaaggtgccgcatac 26646761  T
Q  345 ttaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaaga 444  Q
     ||||||||| |||||| | | |||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||   |||||||||||||| || ||| |||| ||    
T  26646762 ataaaaatcatgacttgctatatggggtagttgagaaatggtgttgtgagacaaatacctttgtgattgcctttggtgaagcaactattactttggagga 26646861  T
Q  445 tgtcattgttttggagggttatcct 469  Q
    | |||| ||||||| ||||||||||    
T  26646862 tatcatggttttggggggttatcct 26646886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 372 - 471
Target Start/End: Original strand, 19838163 - 19838262
Alignment:
Q  372 ttgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaagatgtcattgttttggagggttatcctgt 471  Q
    |||||||||||||||| ||||| || || || |||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  19838163 ttgttgagaaatggtgctgtgagaccaatacatttgtgtttccatttggtgaggcaacaatcactttggaagatgtcatggttttggggggttaccctgt 19838262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 281 - 472
Target Start/End: Original strand, 19950812 - 19951003
Alignment:
Q  281 tatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgaga 380  Q
    |||||||| || ||||| |||||| ||||||| ||  |||| ||||||||||| |||   |||  |||||||||  ||||| ||| |||| |||||||||    
T  19950812 tatgaatctgtgtggaagaaagctggaatctttgatgctattatgagtactaaaagcataatacataaaaatcataacttgctttttggggttgttgaga 19950911  T
Q  381 aatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaagatgtcattgttttggagggttatcctgtt 472  Q
    ||||||||  ||| || || || |||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||| ||||| || ||||||| |||||| ||||||    
T  19950912 aatggtgtactgagaccaatacatttgtgtttccatttggtgaggcaactatcactttggaggatgttatggttttggggggttaccctgtt 19951003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 246 - 465
Target Start/End: Original strand, 19857723 - 19857943
Alignment:
Q  246 aatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgcataat 345  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||| || ||||| ||||||  ||| || ||  |||| | |||||||||  || |||||||    
T  19857723 aatgggttaagtgggttgaccaacttcaaccaaaatatgaatctgtgtggaagaaagctgaaatttttgatgctattaggagtactaaatgccgcataat 19857822  T
Q  346 taaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtga-aacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaaga 444  Q
     ||| ||| | ||||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||| | | || || || |||||||  ||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  19857823 gaaagatccaaacttggtttatggggttgttgacaaatggtgttctgagacccaatacattcgtgtttccctttggtgaagcaacaattactatagagga 19857922  T
Q  445 tgtcattgttttggagggtta 465  Q
    |||  | ||||||| ||||||    
T  19857923 tgttgtggttttggggggtta 19857943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 329 - 472
Target Start/End: Original strand, 19848723 - 19848866
Alignment:
Q  329 actaagagctgcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaa 428  Q
    |||||| ||| | ||| |||||||||| ||||| |   |||| | |||||||||||||||  | | ||||| ||||||||||||   |||||||||||||    
T  19848723 actaagtgctacttaaataaaaatcaaaacttgctagttggggtagttgagaaatggtgtcctaatacaaatacctttgtgttttcctttggtgaagcaa 19848822  T
Q  429 caatcactatggaagatgtcattgttttggagggttatcctgtt 472  Q
    |||||||| |||| ||| |||| ||| | | |||||||||||||    
T  19848823 caatcactttggaggatatcatggttctagggggttatcctgtt 19848866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 465 - 530
Target Start/End: Original strand, 19943606 - 19943672
Alignment:
Q  465 atcctgtttt-cacccaacttgaagatcacgagatgagagaggtcaaacagaagctcgtcaacattg 530  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| ||||  ||||||||||| ||| |||||    
T  19943606 atcctgtttttcacccaacttgaagatcaggagattagaaaggtggaacagaagctcatcagcattg 19943672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 377 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 20016533 - 20016439
Alignment:
Q  377 gagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaagatgtcattgttttggagggttatcctgt 471  Q
    ||||||||||||| | | ||||| || |||||||||| ||||| |||||| ||||||||| |||| ||| | || |||||||  ||||| |||||    
T  20016533 gagaaatggtgttctaagacaaatacatttgtgtttccatttgctgaagctacaatcactttggaggatattatggttttgggtggttaccctgt 20016439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 217 - 471
Target Start/End: Original strand, 9814661 - 9814915
Alignment:
Q  217 tttcaatgggtggcactaccctcaagagaaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaa 316  Q
    ||||||||| ||||  ||||| |||||||||||| || | ||||||||  ||||||| || || ||||||||  | ||||| ||||   | ||||| ||     
T  9814661 tttcaatggatggcgttacccacaagagaaatggatttattgggttgatcaacttaaaccaaagtatgaatctttgtggaagaaagtaggtatctttgat 9814760  T
Q  317 cctataatgagtactaagagctgcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctat 416  Q
     ||||||||||||| ||| || ||||||| ||| ||||| ||||| | | |||| |||||||||||||||||||| | || || || ||||||||||  |    
T  9814761 gctataatgagtaccaagtgccgcataatgaaagatcaaaacttgctatatggggttgttgagaaatggtgttgtaagacgaatacatttgtgtttccgt 9814860  T
Q  417 ttggtgaagcaacaatcactatggaagatgtcattgttttggagggttatcctgt 471  Q
    ||||||| || || || | | |||| ||||| || ||||||| ||||||||||||    
T  9814861 ttggtgaggcgacgattagtttggaggatgttatggttttggggggttatcctgt 9814915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 319 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 38435523 - 38435375
Alignment:
Q  319 tataatgagtactaagagctgcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctattt 418  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||  |||||||||  ||||| | | | || |||||||||||||||||||| | || || || |||||||||| | ||    
T  38435523 tataatgagtactaaatgctacatacataaaaatcataacttgttatttagggttgttgagaaatggtgttgtaagaccaatacatttgtgtttccactt 38435424  T
Q  419 ggtgaagcaacaatcactatggaagatgtcattgttttggagggttatcc 468  Q
    |||| ||||||||||||| | |||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  38435423 ggtgtagcaacaatcacttttgaagatatcatggttttgg-gggttatcc 38435375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 257 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 26355381 - 26355215
Alignment:
Q  257 tgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgcataattaaaaatcaag 356  Q
    ||||||||  ||||||||| |||||||||| | || ||||| |||||| | || || ||  ||||||||||||| ||  || ||||| | |||||||||     
T  26355381 tgggttgatcaacttaagctcaaatatgaaccggtttggaagaaagctgggatttttgatgctataatgagtaccaaatgccgcatactgaaaaatcaaa 26355282  T
Q  357 acttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtga 423  Q
    ||||| |||  ||| |||| ||||||||||||||||| || || || ||||||||||  ||||||||    
T  26355281 acttgctttacggggttgtggagaaatggtgttgtgagactaatacatttgtgtttccgtttggtga 26355215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 318 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 34408481 - 34408336
Alignment:
Q  318 ctataatgagtactaagagctgcataattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatt 417  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||  |||||||||||||| | || | ||||||| ||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||| | ||    
T  34408481 ctataatgagtacttagagttgcataaagaaaaatcaagacttcgattataggattgtcgagtaatagtgttgtgagacaaatacctttgtgtttttctt 34408382  T
Q  418 t-ggtgaagcaacaatcactatggaagatgtcattgttttggaggg 462  Q
    | ||||| | |||||||||| |||| ||||| || |||||||||||    
T  34408381 taggtgatggaacaatcactttggatgatgtgatggttttggaggg 34408336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 245 - 441
Target Start/End: Original strand, 1716863 - 1717062
Alignment:
Q  245 aaatgggttaagtgggttgacgaacttaagcccaaatatgaatcagtatggaaaaaagctagaatcttcgaacctataatgagtactaagagctgc---a 341  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| | |||| ||||| |||| ||||| |||| | | ||||| ||| |||||||||| || ||| |  |    |    
T  1716863 aaatgggataagtgggttgatgaacttaaactcaaacatgaaacagtgtggaagaaagttggcatctttgaagctataatgagcaccaagtgtcgtcgta 1716962  T
Q  342 taattaaaaatcaagacttggtttgtgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatgga 441  Q
    |||  ||||||||| ||||| | | |||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  1716963 taaagaaaaatcaaaacttgttatatgggattgttgaaaaatggtgttgtgagacaaatacatttgtgtttccttttggtgaagccacaatcactttgga 1717062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 22652432 - 22652327
Alignment:
Q  367 tgggattgttgagaaatggtgttgtgaaacaaacacctttgtgtttctatttggtgaagcaacaatcactatggaagatgtcattgttttggagggttat 466  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||| ||||||||| ||||| |||||  | |||||||| ||  |||| ||||||||     
T  22652432 tggggttgttgagaaatggtgctgtgagacaaactcatttgtgtttccatttggtgaggcaactatcaccttagaagatgttatgattttagagggttac 22652333  T
Q  467 cctgtt 472  Q
    ||||||    
T  22652332 cctgtt 22652327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University