View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4441-Insertion-3 (Length: 800)

Name: NF4441-Insertion-3
Description: NF4441
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4441-Insertion-3
NF4441-Insertion-3
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (7-800)||(34448297-34449086)
chr2 (7-353)||(34459530-34459876)
chr2 (432-699)||(34485308-34485575)
chr2 (7-222)||(34483661-34483876)
chr2 (430-704)||(34473990-34474264)
chr2 (590-707)||(34460206-34460323)
chr2 (107-344)||(34473669-34473906)
chr2 (314-356)||(34483935-34483977)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (7-354)||(6132153-6132500)
chr4 (432-688)||(6131161-6131418)
chr4 (279-321)||(6135842-6135884)
chr4 (172-222)||(6135936-6135986)
[»] scaffold0288 (2 HSPs)
scaffold0288 (579-697)||(16250-16367)
scaffold0288 (591-692)||(15877-15977)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (260-344)||(1593287-1593371)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 729; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 729; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 800
Target Start/End: Original strand, 34448297 - 34449086
Alignment:
7 agccacttattataactgatcttgcttcttctactcactttgctcgatgcttataggatccacaagtagtgcaacaatgtaatcttttagcagttctggt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34448297 agccacttattataactgatcttgcttcttctactcacttagctcgatgcttataggatccacaagtagtgcaacaatgtaatcttttagcagttctggt 34448396  T
107 tttgtgtatttatcctcaaagttttcgtatgcaaactcagtcactcgcgccacattcataataaattcaagcactggtcttgggatgttgtctaacttga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34448397 tttgtgtatttatcctcaaagttttcgtatgcaaactcagtcactcgcgccacattcataataaattcaagcactggtcttgggatgttgtctaacttga 34448496  T
207 gacactcttcattcatgaccttccaataattctcgatttccttgcgaatgaagttataagcctcttctcctgacatgtcatattgcttcatgcaacattc 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34448497 gacactcttcattcatgaccttccaataattctcgatttccttgcgaatgaagttataagcctcttctcctgacatgtcatattgcttcatgcaacattc 34448596  T
307 cactgcagaagcaacatgcactctttcttgctcaaactataaataaagcaaatacaaaaatatgtatacttcagttttgttagatactttcgatgtactt 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
34448597 cactgcagaagcaacatgcactctttcttgctcaaactataaataaagcaaatacaaaaacatgtatacttcagttttgtaagatactttcgatgtactt 34448696  T
407 tcatatgcagatacaaaatatgcagtaccttatgtgaggatatgtcatccgcgagtctaccatgagccgatatagcatcgatgattgttggatagctgaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
34448697 tcatatgcagatacaaaatatgcagtaccttatgtgaggatatgtcatccgcgagtctaccatgagccgatatagcatcgatgattgttggatagttgaa 34448796  T
507 aatccaatcgagaatctcgtcgtttgaaaattctccaagtccaataaaagataatatttgaagtgggtatgaagaagatatagatccattagccttgtat 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34448797 aatccaatcgagaatctcgtcgtttgaaaattctccaagtccaataaaagataatatttgaagcgggtatgaagaagatatagatccattagccttgtat 34448896  T
607 tcatcatatgttggaatatatccttcactgcaccattttgattcaacaaagtaggatcgtgccaatttgtaaaactgtaaattaatgaaaatattgatca 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34448897 tcatcatatgttggaatatatccttcactgcaccattttgattcaacaaagtaggatcgtgccaatttgtaaaactgtaaattaatgaaaatattgatca 34448996  T
707 actaattcactgaaagagcaaaattaagtaaaattggtaatttaaaaatatatatatgaatttgtaagcctacattttgtttgacatattgtat 800  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||  ||     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
34448997 actaattcactgatagagcaaaattaagcacaattggtaattttgaa----gtatatgaatttttaagcctacattttgtttgacatattgtat 34449086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 353
Target Start/End: Original strand, 34459530 - 34459876
Alignment:
7 agccacttattataactgatcttgcttcttctactcactttgctcgatgcttataggatccacaagtagtgcaacaatgtaatcttttagcagttctggt 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||     
34459530 agccacttattataactgatcttgcttcttctactcgcattgctcgatgcttataggatctacaagcagtgcagcaatgtaatctttgagcagatctgga 34459629  T
107 tttgtgtatttatcctcaaagttttcgtatgcaaactcagtcactcgcgccacattcataataaattcaagcactggtcttgggatgttgtctaacttga 206  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||   || | |||  ||||||| | ||| | |||| ||||||||||||| ||||| |||| || ||| || |    
34459630 tttgtgtatttatcctcaaagtcttcgtatatgaagtgagttcctcgcgcaaaattaagaatacattcaagcactggccttggaatgtggtgtaatttta 34459729  T
207 gacactcttcattcatgaccttccaataattctcgatttccttgcgaatgaagttataagcctcttctcctgacatgtcatattgcttcatgcaacattc 306  Q
    | |||||||||||||| ||  ||||  |||  || || |||||| ||||||  |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||    
34459730 ggcactcttcattcataactctccataaatcttcaatctccttgagaatgagtttataagcctcttcttgtgatatgtcatattgcttcatgcaacaatc 34459829  T
307 cactgcagaagcaacatgcactctttcttgctcaaactataaataaa 353  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
34459830 aactgcagaggcaacatgcaccctttcgtgctcaaactgtaaataaa 34459876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 432 - 699
Target Start/End: Original strand, 34485308 - 34485575
Alignment:
432 taccttatgtgaggatatgtcatccgcgagtctaccatgagccgatatagcatcgatgattgttggatagctgaaaatccaatcgagaatctcgtcgttt 531  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||  ||| |||| ||| ||||||||| |||| |  || || |||||||| |  | ||| | ||||    
34485308 taccttatgtgaggatatgtcatctgctagtctgccaatagctgatacagcctcgatgatttttgggtcactaaagatccaatcaaacaactctttgttt 34485407  T
532 gaaaattctccaagtccaataaaagataatatttgaagtgggtatgaagaagatatagatccattagccttgtattcatcatatgttggaatatatcctt 631  Q
    |||||||||||||  || | ||||  ||||||||||||||||  || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
34485408 gaaaattctccaaaccctagaaaacttaatatttgaagtgggagtgtagaagatataattccattagccttgtattcatcatatgttggaataaatcctt 34485507  T
632 cactgcaccattttgattcaacaaagtaggatcgtgccaatttgtaaaactgtaaattaatgaaaata 699  Q
    || |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||    
34485508 cattgcaccattttgtttcaaccaagtaggattgtgccagtttataaaactgtaaattaatcaaaata 34485575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 222
Target Start/End: Original strand, 34483661 - 34483876
Alignment:
7 agccacttattataactgatcttgcttcttctactcactttgctcgatgcttataggatccacaagtagtgcaacaatgtaatcttttagcagttctggt 106  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |    
34483661 agccacttattataattgattttgcttcttctacttgcattgctcgattcttataggatctataagtagtgcaacaatgtaatctttcatcagttctgct 34483760  T
107 tttgtgtatttatcctcaaagttttcgtatgcaaactcagtcactcgcgccacattcataataaattcaagcactggtcttgggatgttgtctaacttga 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || | ||| |||||||| | ||||| ||||||||| |  ||||| ||||| |||| |||||    
34483761 tttgtgtatttatcctcaaagttttcgtatgtgaactctgttattcgtgccacattaagaataatttcaagcaccgaccttggaatgttttctatcttga 34483860  T
207 gacactcttcattcat 222  Q
    | ||||||||||||||    
34483861 ggcactcttcattcat 34483876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 430 - 704
Target Start/End: Original strand, 34473990 - 34474264
Alignment:
430 agtaccttatgtgaggatatgtcatccgcgagtctaccatgagccgatatagcatcgatgattgttggatagctgaaaatccaatcgagaatctcgtcgt 529  Q
    ||||| ||||| |||||||  |||||||||||||| |||  ||| |||| |||||  | ||||||||| |  ||| ||| |||||| || | ||| || |    
34473990 agtactttatgcgaggatacatcatccgcgagtctgccaatagctgatacagcattaacgattgttggttcactggaaagccaatcaagcaactcttcat 34474089  T
530 ttgaaaattctccaagtccaataaaagataatatttgaagtgggtatgaagaagatatagatccattagccttgtattcatcatatgttggaatatatcc 629  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||  |||||||  || ||||||||||  ||||||||| || ||||||||||||||||| |||  |||    
34474090 ttgaaaattctccaagtccaacgaaagatattattgaaagtgggattgtagaagatataagtccattagctttatattcatcatatgttggtataattcc 34474189  T
630 ttcactgcaccattttgattcaacaaagtaggatcgtgccaatttgtaaaactgtaaattaatgaaaatattgat 704  Q
    |||| ||| |||||| | ||| || ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
34474190 ttcattgccccatttagtttccaccaagtaggattgtgccaatttatagaactgtaaattaatcaaaatattgat 34474264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 590 - 707
Target Start/End: Original strand, 34460206 - 34460323
Alignment:
590 atccattagccttgtattcatcatatgttggaatatatccttcactgcaccattttgattcaacaaagtaggatcgtgccaatttgtaaaactgtaaatt 689  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||||| || |||| |||||||| ||| |||||||| |||      
34460206 atccattaaccttgtattcatcatatgttggaatatatcctgctttgcaccattttgcttcaaccaaataggctcgtgccactttataaaactgaaaaca 34460305  T
690 aatgaaaatattgatcaa 707  Q
    ||| ||||||||||||||    
34460306 aataaaaatattgatcaa 34460323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 107 - 344
Target Start/End: Original strand, 34473669 - 34473906
Alignment:
107 tttgtgtatttatcctcaaagttttcgtatgcaaactcagtcactcgcgccacattcataataaattcaagcactggtcttgggatgttgtctaacttga 206  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |  ||||| || | ||| |||||||| | |||| |||||||||| ||  | ||||||| |||||||||||    
34473669 tttgtgtatttatcctcgtagttttcgtaggtgaactcggttattcgtgccacattaagaatacattcaagcacagggttggggatgtagtctaacttga 34473768  T
207 gacactcttcattcatgaccttccaataattctcgatttccttgcgaatgaagttataagcctcttctcctgacatgtcatattgcttcatgcaacattc 306  Q
    |  |||||||||| ||  || ||||| |||  || || ||||||  ||||   ||||| |||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||    
34473769 ggaactcttcatttatatccatccaaaaatcttcaatgtccttgttaatgtgcttataggcctcttcttgtgacatgttgtattgcttcatgcaacattc 34473868  T
307 cactgcagaagcaacatgcactctttcttgctcaaact 344  Q
     ||||| | |||||||||||| ||||  ||||||||||    
34473869 aactgctgcagcaacatgcaccctttgctgctcaaact 34473906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 356
Target Start/End: Original strand, 34483935 - 34483977
Alignment:
314 gaagcaacatgcactctttcttgctcaaactataaataaagca 356  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
34483935 gaagcaacatgcactctttgctgctcaaactataaataaagca 34483977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 6132500 - 6132153
Alignment:
7 agccacttattataactgatcttgcttcttctactcactttgctcgatgcttataggatccacaagtagtgcaacaatgtaatcttttagcagttctggt 106  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||  ||| |||| || ||  ||||||||||| |  | ||  |||  ||||||||| ||||| |||| |||        
6132500 agccacttattataactaattttgcttcacctattcacatttctaaatgcttataggttttagaatcagtttaacaatgtagtctttcagcaattcccca 6132401  T
107 tttgtgtatttatcctcaaagttttcgtatgcaaactcagtcactcgcgccacattcataataaattcaagcactggtcttgggatgttgtctaacttga 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |  |||||||||||||| | ||||  ||| | |||||| |||||||||  |||||| ||||    
6132400 tttgtgtatttatcctcaaagttttcgtatgtgaactcggctactcgcgccacattaacaatactttcgaccactgggcttgggatgcagtctaatttga 6132301  T
207 gacactcttcattcatgaccttccaataattctcgatttccttgcgaatgaagttataagcctcttctcctgacatgtcatattgcttcatgcaacattc 306  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||  ||||| || ||  ||||||  || ||||| || |||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
6132300 gacactcttcattcataactatccaataatcttcgatctctttcagaatgagtttgtaagcttcctcttgtgacatatcatattgcttcatgcaacattc 6132201  T
307 cactgcagaagcaacatgcactctttcttgctcaaactataaataaag 354  Q
     |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||| ||||    
6132200 aactgcagaagcaacatgcactctttgctgctcaaactgtaaacaaag 6132153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 432 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 6131418 - 6131161
Alignment:
432 taccttatgtgaggatatgtcatccgcgagtctaccatgagccgatatagcatcgatgattgttggatagctgaaaatccaatcgagaatctcgtcgttt 531  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||| ||  ||| | |  ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| || | ||| | ||||    
6131418 taccttatgtgaggatttgtcatcggtgagtctagcaatagctgctgcagcattgatgattgttgggtcgctgaaaatccaatcaagtaactctttgttt 6131319  T
532 gaaaattctccaagtccaataaaagataatat-ttgaagtgggtatgaagaagatatagatccattagccttgtattcatcatatgttggaatatatcct 630  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||| ||  |||||||| |  || ||||||||||  ||||||||| ||||||||||  || ||||||||| |||||    
6131318 gaaaattctccaagaccaagaaaagatagtaagttgaagtgagagtgtagaagatataattccattagctttgtattcattgtaagttggaataaatcct 6131219  T
631 tcactgcaccattttgattcaacaaagtaggatcgtgccaatttgtaaaactgtaaat 688  Q
    ||| |||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||    
6131218 tcattgcaccattttgcttcaaccaagtaggattttgccaatttataaaactgtaaat 6131161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 279 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 6135884 - 6135842
Alignment:
279 acatgtcatattgcttcatgcaacattccactgcagaagcaac 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
6135884 acatgtcatattgcttcatgcaacattcaactgtagaagcaac 6135842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 172 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 6135986 - 6135936
Alignment:
172 ttcaagcactggtcttgggatgttgtctaacttgagacactcttcattcat 222  Q
    |||||||||||||||||| |||   ||||||||||| ||||||||||||||    
6135986 ttcaagcactggtcttggtatgcaatctaacttgaggcactcttcattcat 6135936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 579 - 697
Target Start/End: Original strand, 16250 - 16367
Alignment:
579 agaagatatagatccattagccttgtattcatcatatgttggaatatatccttcactgcaccattttgattcaacaaagtaggatcgtgccaatttgtaa 678  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||| |||| |||| ||  ||| |||| | ||||||||||||||||| || || |||  | ||||||| |||    
16250 agaagatataagtccattaaccttgtattcattatatattggtatgaatc-ttcattccaccattttgattcaaccaaatatgattctaccaatttataa 16348  T
679 aactgtaaattaatgaaaa 697  Q
    |||||||||||||| ||||    
16349 aactgtaaattaatcaaaa 16367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 591 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 15977 - 15877
Alignment:
591 tccattagccttgtattcatcatatgttggaatatatccttcactgcaccattttgattcaac-aaagtaggatcgtgccaatttgtaaaactgtaaatt 689  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| | || ||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||  ||||| |||| || ||||||||| ||||    
15977 tccattagcgttatattcatcatatgttgta-taaatc-ttcattgcaccattttgattcaacaaaaatacaatcgtaccaacttataaaactgtgaatt 15880  T
690 aat 692  Q
    |||    
15879 aat 15877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 260 - 344
Target Start/End: Original strand, 1593287 - 1593371
Alignment:
260 ttataagcctcttctcctgacatgtcatattgcttcatgcaacattccactgcagaagcaacatgcactctttcttgctcaaact 344  Q
    ||||| || ||||||  ||||||||  ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| | |||| |||||||||||    
1593287 ttatatgcatcttctggtgacatgttgtattgcttcatgcaacactcaactgctgaagcaacatgctccctttgttgctcaaact 1593371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University