View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4441-Insertion-5 (Length: 616)

Name: NF4441-Insertion-5
Description: NF4441
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4441-Insertion-5
NF4441-Insertion-5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-616)||(46465836-46466444)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 585; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 585; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 616
Target Start/End: Complemental strand, 46466444 - 46465836
Alignment:
Q  8 aaatgaactacactagtatctaaagaagcaatttctcaccttcagatcaaagaagacactaactatggtaactaatcctttctttctatttattaactta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466444 aaatgaactacactagtatctaaagaagcaatttctcaccttcagatcaaagaagacactaactatggtaactaatcctttctttctatttattaactta 46466345  T
Q  108 cttattagaacacttttggacttgtttgattacttgccagggaatctgtagaagtatggctacacaaccaaggatacaaagaagactaggagggaaaaga 207  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466344 cttattagaacacttttgaacttgtttgattacttgccagggaatctgcagaagtatggctacacaaccaaggatacaaagaagactaggagggaaaaga 46466245  T
Q  208 gctgcactttttgtatatggtaagagcttggaaaatcccatgtatgaacttttatatgctaaaaatgttttgtttgtatttattaaattgaaattccaat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466244 gctgcactttttgtatatggtaagagcttggaaaatcccatgtatgaacttttatatgctaaaaatgttttgtttgtatttattaaattgaaattccaat 46466145  T
Q  308 ttttggatgcagctatggaagggttggagaacatggcttttgttgccaatgcagtgagcttaataacttatttcactgggtccatgaacttcagcttaac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466144 ttttggatgcagctatggaagggttagagaacatggcttttgttgccaatgcagtgagcttaataacttatttcactgggtccatgaacttcagcttaac 46466045  T
Q  408 aaaatcagcaacaaccctaaccaacttactgggaactgcttttttactaccactcctaggtggattaatttctgatacatatttgtctaggttcaagact 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46466044 aaaatcagcaacaaccctaaccaacttaatgggaactgcttttttactaccactcctaggtggattaatttctgatacatatttgtctaggttcaagact 46465945  T
Q  508 tgtgttctgtttgcaagcatggaattgttggtaagtttaatcaatttctcttgctagcaattttttcgataatgcaaaaatatcatcagagtgtatcttc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  46465944 tgtgttctgtttgcaagcatggaattgttggtaagtttaatcaatttctcttgctatcaattttttcgataatgcaaaaatatcatcagagtgtatcttt 46465845  T
Q  608 tattagtag 616  Q
    |||||||||    
T  46465844 tattagtag 46465836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University