View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4443-Insertion-6 (Length: 693)

Name: NF4443-Insertion-6
Description: NF4443
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4443-Insertion-6
NF4443-Insertion-6
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (28-693)||(39330361-39331026)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 614; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 693
Target Start/End: Original strand, 39330361 - 39331026
Alignment:
Q  28 tagaagccagagagagaaaggaactaataattaataaactttgttactctatagaatatcatagattatgccataaaataaaacagtactacctattata 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39330361 tagaagccagagagagaaaggaactaataattaataaaccttgttactctatagaatatcatagattatgccataaaataaaacagtactacctattata 39330460  T
Q  128 gtaatataaatttcagcacaaatacaaacatgatagaagcttacatagattaacttttatataaatacccccatttcttattctacaaatgcagcacaac 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39330461 gtaatataaatttcagcacaaatacaaacatgatagaagcttacatagattaatttttatataaatacccccatttcttattctacaaatgcagcacaac 39330560  T
Q  228 tcaggtgctgctagctaatagctataactcttcatttctcacctcacgtgttcttctgggtgctaaatcaactatgctgcaggtgctatatcgatatcgc 327  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  39330561 tcaggtgctgctagccaatatctataactcttcatttctcacctcatgtgttcttctgggtgctaaatcaactatgctgcaggtgctatatcaatatcac 39330660  T
Q  328 catcatcgtcgtctccttcactcttcctctgagtgcaacagttgttgaattgagttgcagccaagtcacttcccatgtttctcatgagaagatttgattc 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39330661 catcatcgtcgtctccttcactcttcctctgagtgcaacagttgttgaattgagttgcagccaagtcacttcccatgtttctcatgagaagatttgattc 39330760  T
Q  428 catggaacttaggaccaccattgtagcacaaatatgttctaaagaataaagagtgttaaatttggctgtaatgtgaagtaagtatgttgactcaagatga 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39330761 catggaacttaggaccaccattgtagcacaaatatgttctaaagaataaagagtgttaaatttggctgtaatgtgaagtaagtatgttgactcaagatga 39330860  T
Q  528 agtcatgagtcttcaaaaccaccttatttatagactaaaacgtttactcaaatttactgcagtnnnnnnnntggacttgtattctgtgcagttgaggagt 627  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39330861 agtcatgagtcttcaaaaccaccttatttatagactaaaacgtttactcaaatttactgcagtaaaaaaaatggacttgtattctgtgcagttgaggagt 39330960  T
Q  628 ttatgtaattgaacagttgtttaatttcaactgtctgatgaagatatgattgtacaaatttaaact 693  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39330961 ttatgtaattgaacagttgtttaatttcaactgtctgatgaagatatgattgtacaaatttaaact 39331026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University