View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4443_low_1 (Length: 445)

Name: NF4443_low_1
Description: NF4443
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4443_low_1
NF4443_low_1
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (6-429)||(2974142-2974565)
chr6 (14-427)||(2927303-2927716)
chr6 (26-427)||(3003306-3003707)
chr6 (9-414)||(2937598-2938003)
chr6 (14-429)||(2964652-2965067)
chr6 (9-429)||(2658505-2658931)
chr6 (13-429)||(2952075-2952494)
chr6 (32-429)||(2934760-2935157)
chr6 (32-429)||(2929470-2929867)
chr6 (19-429)||(2996893-2997303)
chr6 (10-386)||(2983002-2983381)
chr6 (32-175)||(2978408-2978550)
chr6 (172-429)||(2979192-2979437)
chr6 (85-138)||(2954555-2954608)
chr6 (236-282)||(2985693-2985739)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (33-429)||(3339187-3339583)
[»] scaffold0024 (3 HSPs)
scaffold0024 (9-429)||(34762-35182)
scaffold0024 (85-347)||(44533-44795)
scaffold0024 (32-77)||(45123-45168)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (32-356)||(49613597-49613921)
chr3 (36-356)||(49618589-49618897)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 6 - 429
Target Start/End: Original strand, 2974142 - 2974565
Alignment:
Q  6 gatgaacggataatacatataccgactgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggt 105  Q
    |||||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||| |||||||||||    
T  2974142 gatgaacaaataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgaatgtttacatgacttgaggt 2974241  T
Q  106 tttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccata 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  2974242 tttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctta 2974341  T
Q  206 tgagtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattgg 305  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2974342 tcagtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatactgcaaaattgg 2974441  T
Q  306 cttgaagacagtgattctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagact 405  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  2974442 cttggagacagtgattctgttgctatcttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatatcagttctcatttctctattctttgcaaagaat 2974541  T
Q  406 taaatgcttattgtaggaatcctt 429  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  2974542 tgaatgcttattgtaggaatcctt 2974565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 14 - 427
Target Start/End: Original strand, 2927303 - 2927716
Alignment:
Q  14 gataatacatataccgactgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcggga 113  Q
    ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927303 gataaaacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggga 2927402  T
Q  114 ggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtcat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||| | ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||    
T  2927403 ggagttcttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcgactgaaactttattacggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcat 2927502  T
Q  214 atattattgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaaga 313  Q
    |||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||||  ||||| |||    
T  2927503 atattactgattatcgttctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaaatactggaaaatatgcttggaga 2927602  T
Q  314 cagtgattctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaaatgct 413  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| |  || ||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2927603 cggtgattctgtggctaacttgtttaatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattctctattctttgcaaagacttaaatgct 2927702  T
Q  414 tattgtaggaatcc 427  Q
    ||||||| ||||||    
T  2927703 tattgtaagaatcc 2927716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 26 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 3003707 - 3003306
Alignment:
Q  26 accgactgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaa 125  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003707 accgagtgcaactgagttgttagaagctggagttagatttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaa 3003608  T
Q  126 attcctcaattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtcatatattattgatt 225  Q
    ||||||||||||   ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||||  ||||    
T  3003607 attcctcaattattagttgcggattcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatattaccgatt 3003508  T
Q  226 atcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgt 325  Q
    ||| || | |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||||  ||||| |||||||||||||||    
T  3003507 atcgttctgttttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaaatactggaaaatatgcttggagacagtgattctgt 3003408  T
Q  326 ggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaaatgcttattgtaggaat 425  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||  || ||  ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3003407 ggctaacttgtttaatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattctctattcttggcaaagacttaaatgcttattgtaagaat 3003308  T
Q  426 cc 427  Q
    ||    
T  3003307 cc 3003306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 9 - 414
Target Start/End: Original strand, 2937598 - 2938003
Alignment:
Q  9 gaacggataatacatataccgactgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggtttt 108  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2937598 gaacagataatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaattgtttacttgacttgagatttt 2937697  T
Q  109 cgggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatga 208  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  2937698 caggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgaccgaaattttgttttggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctcatga 2937797  T
Q  209 gtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggctt 308  Q
    ||||||||||  |||||||  | || |||||||||||||||||||||| ||||  |||| || |||||||||| |||  || |||||| |||||||||||    
T  2937798 gtcatatattgctgattatgttgttgttttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaaatactggaaaattggctt 2937897  T
Q  309 gaagacagtgattctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaa 408  Q
    | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | |||||| || || ||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||    
T  2937898 ggagacagtgattctgtggctaatttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttctcaattctctattctttgcaaagaattaa 2937997  T
Q  409 atgctt 414  Q
    ||||||    
T  2937998 atgctt 2938003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 14 - 429
Target Start/End: Original strand, 2964652 - 2965067
Alignment:
Q  14 gataatacatataccgactgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcggga 113  Q
    |||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2964652 gataatacatctacctagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcggga 2964751  T
Q  114 ggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtcat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | | |||||| |||||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  2964752 ggagttcttgaaattcctcaattaatagctcacgatgggaccgaaattatgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcgttacccttatgagtcat 2964851  T
Q  214 atattattgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaaga 313  Q
    |||||| ||| |||  |  | ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| ||  || |||||| |||||  ||||| |||    
T  2964852 atattactgactatgttgctgttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaaatactggaaaatatgcttggaga 2964951  T
Q  314 cagtgattctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaaatgct 413  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||| || ||||| ||| ||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  2964952 tagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttccaaatatgttatacattctaatatcagtcttcaattctctattctttgcaaagatttgaatgct 2965051  T
Q  414 tattgtaggaatcctt 429  Q
    | |||| |||||||||    
T  2965052 ttttgtgggaatcctt 2965067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 9 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 2658931 - 2658505
Alignment:
Q  9 gaacggataatacatataccgactgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggtttt 108  Q
    |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2658931 gaacggatgatacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgagcactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggtttt 2658832  T
Q  109 cg------ggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattaccc 202  Q
    |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  2658831 caaaatcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaattttgtttcgaaatatggttgctttggagcaatgtcattaccc 2658732  T
Q  203 atatgagtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaat 302  Q
     |||||||||||||||| |||||||  |  | |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |  || |||||| |||||    
T  2658731 ttatgagtcatatattactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaat 2658632  T
Q  303 tggcttgaagacagtgattctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaag 402  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||| |||   ||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||  |||    
T  2658631 tggcttggagacagtgattctgtggctaacttgtttactggtctttgcaaaaatgttactcattgtaatagcagtcctcatttcactattctttgtgaag 2658532  T
Q  403 acttaaatgcttattgtaggaatcctt 429  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||    
T  2658531 acttaaaagatttttgtaggaatcctt 2658505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 13 - 429
Target Start/End: Original strand, 2952075 - 2952494
Alignment:
Q  13 ggataatacatataccgactgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcggg 112  Q
    |||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  2952075 ggataaaacatctaccgagtgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgga 2952174  T
Q  113 aggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtca 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||    
T  2952175 aggagttcttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcaaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgaggagtca 2952274  T
Q  213 tatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaag 312  Q
    ||||||  |||||||  | || ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||  | |||  ||||| ||    
T  2952275 tatattgctgattatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggatatactagataatatgcttggag 2952374  T
Q  313 a---cagtgattctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaaa 409  Q
    |    |||||||||||||||| |  |||||||||| || | |||||| || || ||| ||||||||||||||| ||||||||| || |||||||  ||||    
T  2952375 aaagtagtgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattctctattattggcaaagaaataaa 2952474  T
Q  410 tgcttattgtaggaatcctt 429  Q
    ||| | |||||| |||||||    
T  2952475 tgcattttgtagtaatcctt 2952494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 32 - 429
Target Start/End: Original strand, 2934760 - 2935157
Alignment:
Q  32 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 131  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934760 tgcaactgaattgttagaagctggagttaggtttaaagtgaatactaaaagtaagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2934859  T
Q  132 caattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtcatatattattgattatcatt 231  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||| ||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||| | |||||||  |     
T  2934860 caattaacggttgacgataggactgaaatttcgtttcgaaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgattcatatatcactgattatgttg 2934959  T
Q  232 ttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctat 331  Q
     | |  ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||   | |||||||| |||  |||||  || ||||||||||||||||     
T  2934960 ctgtcatggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaaatactgcataatatgcttgcggatagtgattctgtggctaa 2935059  T
Q  332 cttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaaatgcttattgtaggaatcctt 429  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||| | | | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  2935060 cttgtttaatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatatcagttctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatcctt 2935157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 32 - 429
Target Start/End: Original strand, 2929470 - 2929867
Alignment:
Q  32 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2929470 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtaagtgtttacttgacttaaggttttcaggaggagttcttgaaattcct 2929569  T
Q  132 caattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtcatatattattgattatcatt 231  Q
    |||||||| ||||  |||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||||  |||||||||||||| ||||||||  |     
T  2929570 caattaacagttgcagatgggaccgaaactttattttggaatatgattgctttggagcagtttcattaccctcatgagtcatatattcttgattatgtta 2929669  T
Q  232 ttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctat 331  Q
     |||| ||||||  ||||||||||||||||  || |  ||||||||| ||| ||   | |||||| |||||||| ||| ||||| | ||||||||||||     
T  2929670 ctattatggattttcttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaaatactggaaaattggtttggagacaatcattctgtggctaa 2929769  T
Q  332 cttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaaatgcttattgtaggaatcctt 429  Q
    | ||||||||||| || | ||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  2929770 catgtttaatggtttttgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttctctattctatgcaaagacttaaatgctttttgttagaatcctt 2929867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 19 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 2997303 - 2996893
Alignment:
Q  19 tacatataccgactgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagt 118  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2997303 tacatctaccaagtgcaactgagttgttagaagctggagttaagtttaaagtgaacactaaaagcaagtgtttacttgacttgaggttttcgggagaagt 2997204  T
Q  119 tcttgaaattcctcaattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtcatatatt 218  Q
    |||||||||||||   ||||  ||||| |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |  |  ||| |||||||    
T  2997203 tcttgaaattccttcgttaattgttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagcagtttcattacactaacaagttatatatt 2997104  T
Q  219 attgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtg 318  Q
    | |||||||  || | ||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||  |   | |||||| |||||||||||| ||||||||    
T  2997103 actgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaaatactggaaaattggcttggagacagtg 2997004  T
Q  319 attctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaaatgcttattg 418  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | | |||| || || ||   |||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||    
T  2997003 attctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattctctattctttgcaaggacttaaatgctttttg 2996904  T
Q  419 taggaatcctt 429  Q
    |||||||||||    
T  2996903 taggaatcctt 2996893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 10 - 386
Target Start/End: Original strand, 2983002 - 2983381
Alignment:
Q  10 aacggataatacatataccgactgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttc 109  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  2983002 aacggataatacatatacagactgcaactcagttggtagaagctggagttaggtttcaagtgaaaactaaaagtaagtgtttatatgacttgaggttttc 2983101  T
Q  110 gggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgat---gcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatat 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||| | |||    ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||  ||    
T  2983102 gggaggagttcttgaaattcctcaattaatagttcatgatcggacgaccgaaattttgtttcggaatatgattgctttggagcattgtcattaccctcat 2983201  T
Q  207 gagtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggc 306  Q
    |||||||||||| ||||||||  | || ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||| ||   | |||||  |||| | ||    
T  2983202 gagtcatatattcttgattatgttcttgttttggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaatactagaaaacttgc 2983301  T
Q  307 ttgaagacagtgattctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttc 386  Q
    ||| |||| || | ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||| | |||  |||||| |||||||    
T  2983302 ttggagacggtcaatctatggctatcttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtaaaatctaaactcagttatcatttc 2983381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 32 - 175
Target Start/End: Original strand, 2978408 - 2978550
Alignment:
Q  32 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 131  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2978408 tgcaactgaattgttagaagctgga-ttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 2978506  T
Q  132 caattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatat 175  Q
    |||||||  ||||| |||| |||||||| ||| |||||| ||||    
T  2978507 caattaagagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggtatat 2978550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 172 - 429
Target Start/End: Original strand, 2979192 - 2979437
Alignment:
Q  172 atatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtgga 271  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||    || | || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  2979192 atatggttgctttggagcagtgttattaccctcatgagtcatatattactgattatg---ttgtcttcgattaccttataaataccggtacggatgtgga 2979288  T
Q  272 tatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaat 371  Q
    ||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||  ||||  |||||||||| |||| |  ||||| |         ||||    
T  2979289 tatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattctgctgctaaattgtttaatgatctttgcgaaaatgt---------taat 2979379  T
Q  372 atcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaaatgcttattgtaggaatcctt 429  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| || || ||| |||||||    
T  2979380 atcagttctcatttctctattctttgcaaagatttaaatgatttttatagtaatcctt 2979437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 85 - 138
Target Start/End: Original strand, 2954555 - 2954608
Alignment:
Q  85 agtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaa 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||   | ||||||||| ||||||||||||||    
T  2954555 agtgtttacttgacttgaggttttcacaacgagttcttggaattcctcaattaa 2954608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 236 - 282
Target Start/End: Original strand, 2985693 - 2985739
Alignment:
Q  236 tttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttc 282  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||    
T  2985693 tttggattaccttataaatactagtaaggatgcggatatacttgttc 2985739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 33 - 429
Target Start/End: Original strand, 3339187 - 3339583
Alignment:
Q  33 gcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctc 132  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339187 gcaactgagttgttagaagcaggagttaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctc 3339286  T
Q  133 aattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtcatatattattgattatcattt 232  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |      
T  3339287 aattaacagttgacgatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctgatgagtcatatattattgattatgttgc 3339386  T
Q  233 tattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctatc 332  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  |||  | |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||      
T  3339387 ttttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaaatactagaaaattggcttgcagacagtgattctgtggctaaa 3339486  T
Q  333 ttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaaatgcttattgtaggaatcctt 429  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||  ||| || | | |||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  3339487 ttgtttaatggtctttgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttccctactcttggcaaagacttaaatgatttttgtaagaatcctt 3339583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 3)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 9 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 35182 - 34762
Alignment:
Q  9 gaacggataatacatataccgactgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggtttt 108  Q
    |||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || ||| | ||||||||||||||||| ||||||    
T  35182 gaacagataatacatctaccgagtgcaactcagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaagcctaaaagtgagtgtttacttgacttggggtttt 35083  T
Q  109 cgggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatga 208  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| ||||   ||||| |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  35082 cggaaggagtgcttgaaattcctcgattagaagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattacccttatga 34983  T
Q  209 gtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggctt 308  Q
    ||||||||||| |||||||  | || ||||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||   | ||||||   |||| ||||    
T  34982 gtcatatattactgattatgttgttgttttggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaaatactgactaatttgctt 34883  T
Q  309 gaagacagtgattctgtggctatcttgtttaatggtcttggaaaaaatattataaattgtaatatcagttctcatttctctattttttgcaaagacttaa 408  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  34882 ggagacagtgattctgtggctaacttgtttaatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatatcagttctcatttctctattctttgcaaaaacttaa 34783  T
Q  409 atgcttattgtaggaatcctt 429  Q
    |||| | |||||| |||||||    
T  34782 atgcattttgtagtaatcctt 34762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 85 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 44795 - 44533
Alignment:
Q  85 agtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgatgcgacc-gaaactttatttcggaatatggttgctt 183  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||  | ||| ||| | ||| |||| ||| ||| | ||||||||||||     
T  44795 agtgtttacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaagagctgatgat-caacctgaaattttgttttgaaatatggttgcta 44697  T
Q  184 tggagctgtgtcattacccatatgagtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcg 283  Q
    |||||  || |||||||||  |||| |||||||||||| |||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||| ||||||    
T  44696 tggagtagtatcattaccctaatgaatcatatattattaattatgttgctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatatacatgttcg 44597  T
Q  284 gagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctatcttgtttaatggtctt 347  Q
    ||| || |||||| |||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||  |||||||||| ||||    
T  44596 gagcaaaatactggaaaatttgcttggagacagtcattatgtggctaatttgtttaatgatctt 44533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 32 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 45168 - 45123
Alignment:
Q  32 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacact 77  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  45168 tgcaaatgagttgttagaagctggagttaggtttcaagtgaccact 45123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 32 - 356
Target Start/End: Original strand, 49613597 - 49613921
Alignment:
Q  32 tgcaactgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcct 131  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  49613597 tgcaactgagttgttagaagctggggtgaggtttaaagtgaacactaaaagtgagtgtttacttgatttgaggttttcaggacgggttcttgaaattcct 49613696  T
Q  132 caattaacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtcatatattattgattatcatt 231  Q
    ||||| |  ||||| |||  ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||   |||||| || ||||  ||||||  |     
T  49613697 caattgaaagttgaggattggactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcaatgtcactaccctagtgagtcctacattacggattatgttg 49613796  T
Q  232 ttattttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctat 331  Q
     | ||||||||| |||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||| ||  || ||||||   ||||||||||  || ||||||||||||||||     
T  49613797 ctgttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaaatactggtgaattggcttggggatagtgattctgtggctaa 49613896  T
Q  332 cttgtttaatggtcttggaaaaaat 356  Q
    |||||||||| ||||| | ||||||    
T  49613897 cttgtttaatagtctttggaaaaat 49613921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 36 - 356
Target Start/End: Original strand, 49618589 - 49618897
Alignment:
Q  36 actgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactgaaaataagtgtttacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaat 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  49618589 actgagttgttagaagctggagttaggtttaaagtgaacactaaaactacatgtttacttgacttgaggttttccggacgagttcttgaaattcctcaat 49618688  T
Q  136 taacggttgacgatgcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagctgtgtcattacccatatgagtcatatattattgattatcattttat 235  Q
    |||  ||||| ||   ||||| |||||||||| ||||||||||||||           |||||||||  |||| || ||||||  |||||||  || | |    
T  49618689 taagagttgaggaccggaccgtaactttattt-ggaatatggttgct-----------tcattaccctcatgattcctatatttatgattatatttctgt 49618776  T
Q  236 tttggattaccttataaatactggtactgatgtggatatacttgttcggagtaatatactgcaaaattggcttgaagacagtgattctgtggctatcttg 335  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||  |||| |||||||||||||| |||    |||| | | |||  ||||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  49618777 tttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagaggaatacaggataatatgcttgcagacagtgattctgtggcaaacttg 49618876  T
Q  336 tttaatggtcttggaaaaaat 356  Q
    | |||||||||| | ||||||    
T  49618877 tataatggtctttggaaaaat 49618897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University