View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4445-Insertion-1 (Length: 1021)

Name: NF4445-Insertion-1
Description: NF4445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4445-Insertion-1
NF4445-Insertion-1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (8-1009)||(48911458-48912460)
chr4 (547-1009)||(48958208-48958671)
chr4 (513-1009)||(48965393-48965887)
chr4 (531-738)||(48962627-48962834)
chr4 (800-1009)||(48961357-48961567)
chr4 (578-906)||(48951399-48951727)
[»] scaffold0536 (4 HSPs)
scaffold0536 (8-1009)||(5624-6626)
scaffold0536 (27-1009)||(9627-10608)
scaffold0536 (296-384)||(860-948)
scaffold0536 (594-749)||(1164-1319)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (513-1009)||(12589787-12590287)
chr6 (594-908)||(12483163-12483477)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (546-908)||(13440363-13440725)
chr2 (547-959)||(13448478-13448887)
chr2 (547-751)||(13455154-13455358)
chr2 (818-905)||(13455000-13455087)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (534-922)||(28385483-28385871)
chr5 (534-1005)||(12540753-12541222)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (536-908)||(12641122-12641494)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (699-922)||(3417334-3417557)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 951; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 951; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1009
Target Start/End: Original strand, 48911458 - 48912460
Alignment:
Q  8 atagcaactctctttgccttacgccgtcaaaatgtcaccatcataaccacaccctccaatgctcaaatccttggcaaatctattcctttaaaccaacacc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911458 atagcaactctctttgccttacgccgtcaaaatgtcaccatcataaccacaccctccaatgctcaaatccttggcaaatctattcctttaaaccaacacc 48911557  T
Q  108 ttcgtattcacactgttccatttccttcacaagcagtaggcctccccgatggtgtcgaacccctcttcaccaccaccgacctcgacaacctcaccaaaat 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911558 ttcgtattcacactgttccatttccttcacaagcagtaggcctccccgatggcgtcgaacccctcttcaccaccaccgacctcgacaacctcaccaaaat 48911657  T
Q  208 ctatcgagcagccactctactccgaccaaccatccaacacttcgtggagcagcacccaccagattgcatcgtcactgatttcatgtatccttgggttcat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  48911658 ctatcgagcagccactctactccgaccaaccatccaacacttcgtggagcagcacccaccagattgcatcgtggctgatttcatgtatccttgggttcat 48911757  T
Q  308 gaacttgcaaacaagctacaaattcctagacttgctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911758 gaacttgcaaacaagctacaaattcctagacttgctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatg 48911857  T
Q  408 aatctgcttcttttgtaattcctcatcttcctcattctattgccatgaatgcagcaccaccgaagcagctgagtaaattgttggaagcgcttcttgagac 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48911858 aatctgcttcttttgtaattcctcatcttcctcattctattgccatgaatgcagcaccaccgaagcagctgagtaaattattggaagcgcttcttgagac 48911957  T
Q  508 agttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttgg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48911958 agttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttgg 48912057  T
Q  608 catcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggctta 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912058 catcttggtccagcttctcttattcgcagaactattcaagagaaggctgagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggctta 48912157  T
Q  708 actcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912158 actcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccaatgtcatttttcggataaacaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatc 48912257  T
Q  808 gagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagaga 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912258 gagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagaatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagaga 48912357  T
Q  908 attatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgag-cacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggt 1006  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912358 attatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggt 48912457  T
Q  1007 gga 1009  Q
    |||    
T  48912458 gga 48912460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 547 - 1009
Target Start/End: Complemental strand, 48958671 - 48958208
Alignment:
Q  547 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 646  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||  ||  ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||    
T  48958671 tgaacttgatggtgaagagtgcatcgaacactacaagaaaatcacgggtcacaaggtttggcatcttggtcctgcttctcttattcgccaaaccattcaa 48958572  T
Q  647 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 746  Q
    |||||| || |||| ||| | |||| |||||| |||||||| |  ||| |||||||||| |||| |||   | ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  48958571 gagaaatcagagaggggaaatgagaatgttgttagtgtgcatggttgtctgagttggctcaacttgaagagacataactcagtgttgtacatatgctttg 48958472  T
Q  747 gaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 846  Q
    |||||  |||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| |    
T  48958471 gaagcatatgttatttatctgataaacaactttatgagattgcgtgtgggatagaagcatcaggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaagaaagg 48958372  T
Q  847 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 946  Q
    ||  ||  | || | |||||||||||||| ||| |||||||| || || || ||||||||||  || ||||||||||| | | |||| |||| ||| |||    
T  48958371 gaaagaagacgagagtgaagaggagaaaggaaagtggttgccgaaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgg 48958272  T
Q  947 gctccacaggttatgattctgag-cacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtgga 1009  Q
    || ||||| ||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48958271 gccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtgga 48958208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 513 - 1009
Target Start/End: Complemental strand, 48965887 - 48965393
Alignment:
Q  513 tcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatct 612  Q
    |||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||  || | || | ||  |  ||  |||| || |||||||||||    
T  48965887 tcaaaagtaatggactcattgtcaacaatttcgctgagcttgacggggaagagtacattaaatattatgtgagtagcacgggtcataaggcttggcatct 48965788  T
Q  613 tggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcg 712  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||     
T  48965787 tggtccagcttctcttattcgtaaaactgttcaagagaaagcagagaggggacaagagagtgcagtgagcgtgcaagagtgtttgagttggctcaattcc 48965688  T
Q  713 aaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtc 812  Q
    || | | ||||||| ||| |||||||| ||||||||||||  |||| || |  |||||| || ||||||||||||||||| |  || ||||||||| |||    
T  48965687 aagcgacataactcagtgttgtacataagctttggaagcctctgtcgttatcaggataaacagctttatgagattgcgtgtgcaatagaagcatcgggtc 48965588  T
Q  813 acgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattat 912  Q
    | || || ||||||||| ||||    || ||  |||  ||| |||| | ||||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||  ||    
T  48965587 atgattttatatgggttattccccttaataacgggaaagaggatgagagtgaagaggagaagcaaaagtggttaccaaagggattcgaagagagaaacat 48965488  T
Q  913 cggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgag-cacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtgga 1009  Q
     |||   ||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| ||| | || |||||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  48965487 tgga---aagaagggtttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttgga 48965393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 531 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 48962834 - 48962627
Alignment:
Q  531 ttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttat 630  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  48962834 ttgtcaacaacttcgctgaacttgacggtgaagagtgcatcgaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatctcggtccagtttctcttat 48962735  T
Q  631 tcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtg 730  Q
    ||||| | |  |||||||||||||| | || ||| | |||||||||||| | || || |||||| || | |||||||| || || | | ||||||| |||    
T  48962734 tcgcaaatccgttcaagagaaagcagaaaggggacatgagagtgttgtgggcgtacaagagtgtctgtggtggcttaattcaaagcgacataactcagtg 48962635  T
Q  731 gtgtacat 738  Q
     |||||||    
T  48962634 ttgtacat 48962627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 800 - 1009
Target Start/End: Complemental strand, 48961567 - 48961357
Alignment:
Q  800 gaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttg 899  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || ||| |||  | | |||| |  |||||||||||||| || |||||||| || || ||||    
T  48961567 gaagcatcgggtcacgaatttgtatgggttgttcctgagaaaaaagggaaagtggatgagagcgaagaggagaaagacaagtggttgccgaaaggatttg 48961468  T
Q  900 aagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgag-cacacagccgtgggtgcatttatgacaca 998  Q
    |||||||||  || | ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| | |||||||| |||||||  |||||||| ||    
T  48961467 aagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgca 48961368  T
Q  999 ttgtgggtgga 1009  Q
    ||| |||||||    
T  48961367 ttgcgggtgga 48961357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 578 - 906
Target Start/End: Complemental strand, 48951727 - 48951399
Alignment:
Q  578 tacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttg 677  Q
    ||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||| ||||||||| ||| | |||||||  || || |       
T  48951727 tacgagaaaaccatcggtcacaaggcttggcatcttggtccggcctctcttgttcgcaaaactactcaagagaaggcaaatagaggaggggaaagcgaaa 48951628  T
Q  678 tgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaact 777  Q
    |||| |||||  ||| ||||| |||| | |||||||| ||||||||||| ||| | |||||  |||||||||     ||| | ||  | ||||||||| |    
T  48951627 tgagcgtgcaaaagtatttgaattggttgaactcgaagcaagataactcagtgctttacattagctttggaacaatttgttacttcccagataagcaatt 48951528  T
Q  778 ttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaa 877  Q
     |||||||||||  ||| ||| |||| |||  || | ||||||||||||||||| || ||||||||  ||| |||| | || | ||| |||||||| |||    
T  48951527 gtatgagattgcaagcgcgatagaagaatcaggttatgaattcatatgggttgtcccagaaaagaaggggaaggagaacgagagtgatgaggagaaggaa 48951428  T
Q  878 aaatggttgccaaaggggtttgaagagag 906  Q
    |||||||| || | || ||||||||||||    
T  48951427 aaatggttacccagggagtttgaagagag 48951399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 531; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 531; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1009
Target Start/End: Original strand, 5624 - 6626
Alignment:
Q  8 atagcaactctctttgccttacgccgtcaaaatgtcaccatcataaccacaccctccaatgctcaaatccttggcaaatctattcctttaaaccaacacc 107  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  5624 atagcaacactctttgccttacgccgtcaaaaagttaccatcataaccacaccctccaatgctcaaatccttggcaaatccatccctttaaaccaacacc 5723  T
Q  108 ttcgtattcacactgttccatttccttcacaagcagtaggcctccccgatggtgtcgaacccctcttcaccaccaccgacctcgacaacctcaccaaaat 207  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||| || | ||| |||||||| ||||| ||||||  ||||| | || ||||||||||||| || ||   ||| ||    
T  5724 tccgtattcacaccgttccatttccttcccatgaagttggcctccctgatggcgtcgaaagcctctccgccgccaccgacctcgagaatcttcgcaagat 5823  T
Q  208 ctatcgagcagccactctactccgaccaaccatccaacacttcgtggagcagcacccaccagattgcatcgtcactgatttcatgtatccttgggttcat 307  Q
    || || |||  ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||||| ||| |||||||||| ||    
T  5824 ctttcaagccaccactctcctccaaccacccatccaacacttcgtggagcagcacccaccggattgcattgtggcggatttcttgtttccttgggttgat 5923  T
Q  308 gaacttgcaaacaagctacaaattcctagacttgctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatg 407  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5924 gaacttgcaaacaagcttcaaattcctagactcagtttcaacggtttctctctgtttgcaatttgtgccatagaatctgttaaagcacactctctttatg 6023  T
Q  408 aatctgcttcttttgtaattcctcatcttcctcattctattgccatgaatgcagcaccaccgaagcagctgagtaaattgttggaagcgcttcttgagac 507  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | || |||||||||||| | |||||    
T  6024 aatctgcttcatttgtaattcctggtcttcctcattctattgccatgaatgcagctccgccgaagcagatgagtgacttattggaagcgcttttggagac 6123  T
Q  508 agttttcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttgg 607  Q
     ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  6124 ggttttcaaaagcaacggaatcattgttaacaatttttctgaacttgacggtgaagagtacatcgaacactacgagaaaactacaggtcacaaagcttgg 6223  T
Q  608 catcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggctta 707  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||      
T  6224 catcttggtccggcttctcttattcgtagaactgttcaagaaaaagcacagaggggacaacaaagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggctag 6323  T
Q  708 actcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatc 807  Q
    ||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| | |||  ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  6324 actcgaagccagataactcagtgttgtacatatgctttggaagcttatgccttttcccggataaacaactttacgagattgcatgtgggatagaagcatc 6423  T
Q  808 gagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagaga 907  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||  |||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||    
T  6424 gggtcacaaattcatatgggttgttcctgagaagaaagggaaagaagatgagagtgaagaggagaaaggaaaatggttgccaaagggattcgaagagaga 6523  T
Q  908 attatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgag-cacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggt 1006  Q
    | ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| |||  ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  6524 aatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctctgggtgcgtttatgacgcattgtgggt 6623  T
Q  1007 gga 1009  Q
    |||    
T  6624 gga 6626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 1009
Target Start/End: Original strand, 9627 - 10608
Alignment:
Q  27 tacgccgtcaaaatgtcaccatcataaccacaccctccaatgctcaaatccttggcaaatctattcctttaaaccaacaccttcgtattcacactgttcc 126  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  9627 tacgctgtcaaaatgttaccatcataaccacaccttccaacgctcaaatccttggcaaatctatccctttaaaccaacatctccgtattcacactgttcc 9726  T
Q  127 atttccttcacaagcagtaggcctccccgatggtgtcgaacccctcttcaccaccaccgacctcgacaacctcaccaaaatctatcgagcagccactcta 226  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||   ||||   || |||| ||| || | ||| |   |||||||| || |||  |||||||     
T  9727 atttccttcccaagaagtaggcctccccgacggtgtagaaagtctctctgccgccactgacttcaataacatggtcaaaatctttcaagctaccactctc 9826  T
Q  227 ctccgaccaaccatccaacacttcgtggagcagcacccaccagattgcatcgtcactgatttcatgtatccttgggttcatgaacttgcaaacaagctac 326  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  9827 ctccgaccacccatccaacacttcgtggagcagcacccaccggattgcatcgtgacagattttttgtttccttgggttgatgaacttgcaaacaagcttc 9926  T
Q  327 aaattcctagacttgctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactctctttatgaatctgcttcttttgtaat 426  Q
    ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  9927 aaattccaagactctctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatctgttaaagcacactcactttatggatatgcttcttttgtaat 10026  T
Q  427 tcctcatcttcctcattctattgccatgaatgcagcaccaccgaagcagctgagtaaattgttggaagcgcttcttgagacagttttcaaaagtaacgga 526  Q
    ||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||| ||||| || | |||| || || | | ||||  |||||||||||| | ||     
T  10027 tcctggtcttcctcattctattgtcatgaatgcaacaccgcctaagcagatgagtgaaatcttgggagagcgtttggagatggttttcaaaagtcaaggg 10126  T
Q  527 atccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctc 626  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||| || || | |||||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  10127 atccttgtcaataattttgtagaacttgacggtaaatagcacatcgaacactacaagaaaactacgggtcagaaagcttggcatcttagtccagcttatc 10226  T
Q  627 ttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactc 726  Q
    || |||| | |||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| | |||||  ||    
T  10227 ttgttcgtagaactgttcaagagaaaacagagagaggagaacagagtgttgtgagtgtgcatgagtgtctgagttggcttaacttgaagcgagata--tc 10324  T
Q  727 ggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgg 826  Q
     ||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||| || |||||||  ||||     
T  10325 agtgttgtacatttgctttggaagcctatgttatttttcagataaacaactttatgagattgcgtgcagggtagaagcatcgggttacgaatttgtatga 10424  T
Q  827 gttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaagg 926  Q
    ||||||||||| |||||| |||  ||| |||| | | |||||||||||||||||||| | || || || |||||||| ||| |||| | |||||||||||    
T  10425 gttgttcctgagaagaaagggaaagagaatgagagtcaagaggagaaagaaaaatggctaccgaaaggatttgaagaaagagttattgcaaagaagaagg 10524  T
Q  927 ctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgag-cacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtgga 1009  Q
     | ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10525 gtttgattattaagggttgggcccctcaggttatgattctaagccacactgttgtgggtgcgtttatgacacattgtgggtgga 10608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 296 - 384
Target Start/End: Original strand, 860 - 948
Alignment:
Q  296 ccttgggttcatgaacttgcaaacaagctacaaattcctagacttgctttcaacggtttctctctgtttgctatttgtgccatggaatc 384  Q
    ||||||||  |||| || ||||||||||| || ||||| ||| |||| |||||||||||||| || ||| | || ||||||||||||||    
T  860 ccttgggtggatgagctggcaaacaagcttcacattccgagatttgccttcaacggtttctcactatttaccatatgtgccatggaatc 948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 594 - 749
Target Start/End: Original strand, 1164 - 1319
Alignment:
Q  594 gtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtg 693  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||| |||||| ||| | ||||||||||||| | || |||||| ||||     ||||||||||  |||     
T  1164 gtcacaaggcttggcttcttggcccagcatctcttgttcgcaaaaccactcaagagaaagcaaataggggagaaaagagcacgttgagtgtgcaaaagtt 1263  T
Q  694 tttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaa 749  Q
     || | |||||| ||||| || | ||||||||| ||  | ||||||||||||||||    
T  1264 cttaacttggctcaactcaaagcgagataactcagtactctacatatgctttggaa 1319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 143; Significance: 1e-74; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 513 - 1009
Target Start/End: Original strand, 12589787 - 12590287
Alignment:
Q  513 tcaaaagtaacggaatccttgtcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatct 612  Q
    |||||||||| ||| || |||| ||||| || ||||||||||| ||  |||||| | || ||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||||||    
T  12589787 tcaaaagtaatggactcattgttaacaacttcgctgaacttgatggccaagagtgtgtcaaacactatgagaaaaccacaggtcacaaggcttggcatct 12589886  T
Q  613 tggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcg 712  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| | || ||| | |||||||||||||  ||||| |||||| |||||||||| ||||||    
T  12589887 tggtccagcttctcttattcacaaaactgttcaagagaaagcagataggggaaatgagagtgttgtgaacgtgcaagagtgtctgagttggctaaactcg 12589986  T
Q  713 aaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtc 812  Q
    || | ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||  |||  |||| || ||||| ||||||||||||||| |||| || || ||||||||  | |    
T  12589987 aagcgagataactctgtgttgtacatatgctttgggagcatatgctatttctcagataaacaactttatgagatttcgtgtggcatagaagcatcaggcc 12590086  T
Q  813 acgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattat 912  Q
    |||||||| |||||||| |||| || || ||| ||| |||  |||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||| |  || |||||||||||||  ||    
T  12590087 acgaattcgtatgggttattcccgagaaaaaagggaaggaagatgagagtgatgaggataaacaaaaatggttgcctagtggatttgaagagagaaacat 12590186  T
Q  913 cg---gaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgag-cacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtgg 1008  Q
     |   |||||||||||| | |||| |||| ||||||||| ||||| || |||||| |||| ||||  || ||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  12590187 tgggagaaagaagaagggtttgatcattaggggttgggccccacaagtaatgattatgagccacaatgcagtgggcgcgtttatgacacattgtggatgg 12590286  T
Q  1009 a 1009  Q
    |    
T  12590287 a 12590287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 594 - 908
Target Start/End: Original strand, 12483163 - 12483477
Alignment:
Q  594 gtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtg 693  Q
    ||||||| ||||||||| | ||||||  ||| |||||| |   |||| ||||||| || ||| |||| ||| | |||||||||||||| ||||| |||||    
T  12483163 gtcacaaggcttggcatttaggtccacattcacttatttgtgaaactgttcaagaaaaggcagagaggggaaacgagagtgttgtgagcgtgcatgagtg 12483262  T
Q  694 tttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgc 793  Q
    |   |||||||| ||||| || ||||| || || ||| |||||||||||||||| |||| |||  |||| || ||||| || ||||| || ||| | |||    
T  12483263 tcaaagttggctaaactcaaagcaagaaaattcagtgttgtacatatgctttgggagcctatgcaatttctctgataaacagctttacgaaatttcatgc 12483362  T
Q  794 gggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaagg 893  Q
    || || ||||||||| || |  |||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||  |||| |  || |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  12483363 ggaatagaagcatcgggtaaaaaattcatatgggttgttcctgagaaaaaagggaaggaagatgagagcgatgaggagaaagaaaagtggttgccgaagg 12483462  T
Q  894 ggtttgaagagagaa 908  Q
    | ||||| |||||||    
T  12483463 gatttgaggagagaa 12483477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 95; Significance: 6e-46; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 546 - 908
Target Start/End: Complemental strand, 13440725 - 13440363
Alignment:
Q  546 ctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattca 645  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||| ||||||| |||||||| ||  ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |||||    
T  13440725 ctgaacttgacggagaagagtgcatccaacactatgagaaaaccacgggtcacaaggtttggcatctcggtccaacttctcttattcgtaaaaccattca 13440626  T
Q  646 agagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgcttt 745  Q
    |||||||||| |||| ||| | ||| ||| |||||   ||||||| ||  ||||||||||  ||||  |  ||| |||||||||| |||||||||| |||    
T  13440625 agagaaagcagagaggggaaaggagggtgatgtgaacatgcacgaatgcatgagttggctcgactcagagaaagttaactcggtgttgtacatatgtttt 13440526  T
Q  746 ggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaac 845  Q
    ||||||       |||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||  || |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  13440525 ggaagcatcaactatttctctgataaacaactatatgagatggcgtgcgcaatagaagcatctagtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaag 13440426  T
Q  846 ggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 908  Q
    |||  ||  |||| | ||| || ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  13440425 ggaaagaagatgagagtgaggaagagaaagaaaagtggttgccaaagggattcgaagagagaa 13440363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 547 - 959
Target Start/End: Complemental strand, 13448887 - 13448478
Alignment:
Q  547 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 646  Q
    ||||||||| || |||||||  ||  |||||||||||||| | ||  ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||    
T  13448887 tgaacttgatggagaagagtgcatacaacactacgagaaagccacgggtcacaaggtttggcatcttggtccaacttctcttattcgcaaaactgctcaa 13448788  T
Q  647 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 746  Q
    |||||| || |||| ||| | ||| ||| ||||| |||||||||| |  ||||||||||  | ||  |   || |||||| ||| |||||||||| ||||    
T  13448787 gagaaatcagagaggggaaatgagggtgctgtgaatgtgcacgagagcctgagttggctcgattcagagagagttaactcagtgttgtacatatgttttg 13448688  T
Q  747 gaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacg 846  Q
    |||||       ||||||| ||||| ||||| || ||||| || || | ||| ||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  13448687 gaagcatcaactatttttctgataaacaactatacgagatggcatgtgcgatagaagcatccggtcacccattcatatgggttgttcctgagaagaaagg 13448588  T
Q  847 gacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgg 946  Q
    ||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||   |||||||| | |||| |||| |||||||    
T  13448587 gaaagaagatgagagcgaagaagagaaagaaaagtggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcgg---gaagaagggtttgatcattaggggttgg 13448491  T
Q  947 gctccacaggtta 959  Q
    || ||||||||||    
T  13448490 gccccacaggtta 13448478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 547 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 13455358 - 13455154
Alignment:
Q  547 tgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgcacaactattcaa 646  Q
    |||| |||| || |||||||  ||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| | ||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||  |||||    
T  13455358 tgaatttgatggagaagagtgcatccaacactacgaaaaaacaacaggtcacaaggtttggcatattggtccaacttctcttatttgcagaaccgttcaa 13455259  T
Q  647 gagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttg 746  Q
    || ||| || |||| ||| | |||  | |||||| ||| ||||||||  |||| |||||| |||| ||   || |||||| ||  |||||||||| ||||    
T  13455258 gaaaaatcagagaggggaaacgaggtttttgtgaatgtacacgagtgcctgagctggcttgactcaaagagagttaactcagtattgtacatatgttttg 13455159  T
Q  747 gaagc 751  Q
    |||||    
T  13455158 gaagc 13455154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 818 - 905
Target Start/End: Complemental strand, 13455087 - 13455000
Alignment:
Q  818 ttcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagaga 905  Q
    ||||||||||||||||| || |||||| |||  ||  |||| |  |||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  13455087 ttcatatgggttgttccggagaagaaagggaaagaagatgagagcgaagaggagaaacaaaagtggttgccgaagggatttgaagaga 13455000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 534 - 922
Target Start/End: Complemental strand, 28385871 - 28385483
Alignment:
Q  534 tcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcg 633  Q
    ||||||| |||| ||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  28385871 tcaacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtcaaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcctttattcg 28385772  T
Q  634 cacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 733  Q
     | |||| |||||||||||||| |||  ||| |  |||||| |||||| | |||||||||  |||  ||||| || ||  | | || |||||| || |||    
T  28385771 taaaactgttcaagagaaagcagagaagggaaacaagagtgatgtgagcgagcacgagtgcctgaactggctcaaatcacagcgagttaactcagttgtg 28385672  T
Q  734 tacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 833  Q
    |||||||| |||||||||  |   ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||   | ||||||||  |||||  |||||||||||||||||    
T  28385671 tacatatgttttggaagcataaaccatttctctgataaacaactatatgagattgcatgcgcagtagaagcatcaggtcacccattcatatgggttgttc 28385572  T
Q  834 ctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaag 922  Q
    |||| |||||| |||  ||  |||| |  ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||    
T  28385571 ctgagaagaaagggaaagaagatgagatcgaagaagagaaagaaaagtggctgccaaagggatttgaggagagaaacattggaaagaag 28385483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 534 - 1005
Target Start/End: Complemental strand, 12541222 - 12540753
Alignment:
Q  534 tcaacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcg 633  Q
    ||||||| |||| ||||||||| || ||||||| | || |||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||     
T  12541222 tcaacaactttgttgaacttgatggagaagagtgtgtccaacactacgagaaaaccacgggtcacaaggcttggcatcttggtccaacttcttttattca 12541123  T
Q  634 cacaactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtg 733  Q
     | ||  |||||||||||||||  ||| ||| | ||| ||| || ||| | ||||||||   | || ||||| |||||  | |||| |||||| ||||||    
T  12541122 gaaaaacattcaagagaaagcagggaggggaaatgagggtgctgcgagcgagcacgagtcccttagctggctcaactcacagcaagttaactcagtggtg 12541023  T
Q  734 tacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttc 833  Q
    |||||||| |||||||||  |  |||||| |  || || ||||| ||||||||||| || |   | |||| |  | |||||  |||||||||||||||||    
T  12541022 tacatatgttttggaagcataaatcatttctttgacaaacaactatatgagattgcatgtgcagtagaaggaatgggtcacccattcatatgggttgttc 12540923  T
Q  834 ctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgat 933  Q
    |||| |||| | |||  ||  |||| | |||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||  || |||   || |||| | ||||    
T  12540922 ctgagaagagagggaaagaagatgagactgaagaagagaaagaaaagtggatgccgaagggatttgaggagagaaacattgga---aaaaagggtttgat 12540826  T
Q  934 tattaagggttgggctccacaggttatgattctgag-cacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtggg 1005  Q
     |||| ||||||||| |||||||||| |||  |||| ||| | || ||||| | |||||||||||||||||||    
T  12540825 cattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacacattgtggg 12540753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 57; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 536 - 908
Target Start/End: Original strand, 12641122 - 12641494
Alignment:
Q  536 aacaattttgctgaacttgacggtgaagagtatatcgaacactacgagaaaactacttgtcacaaagcttggcatcttggtccagcttctcttattcgca 635  Q
    ||||| |||| ||||||||| |||||||| |  ||| ||||||| |||||||| |   || |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  12641122 aacaactttgttgaacttgatggtgaagattgcatcaaacactatgagaaaaccatgggttacaaggcttggcatcttggtccaacttgtcttattcgca 12641221  T
Q  636 caactattcaagagaaagcacagagaggagaagagagtgttgtgagtgtgcacgagtgtttgagttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgta 735  Q
     |||| || |||||||| |   ||| ||  | |||||||| || || | |||  ||||| |  ||||||| || || || |||||||| || ||| | ||    
T  12641222 aaacttttgaagagaaatctatgaggggcaatgagagtgtggttagcgcgcataagtgtctaggttggctcaattcaaagcaagataattcagtgttata 12641321  T
Q  736 catatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggattgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcct 835  Q
    |||||| ||||| |||   | | |||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| || |||   ||  ||||||||||  ||||||||||||||    
T  12641322 catatgttttgggagcatctcttatttctctgataaacaactttacgagattgcgagcggaatagaaaattcaggtcacgaatttgtatgggttgttcct 12641421  T
Q  836 gaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaa 908  Q
    || |||||| |||   |  |||| | |||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||    
T  12641422 gagaagaaagggaaaaaagatgagagtgaagaggagaaagaaaagtggttgcctaaaggattcgaagagagaa 12641494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 52; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 699 - 922
Target Start/End: Original strand, 3417334 - 3417557
Alignment:
Q  699 gttggcttaactcgaaacaagataactcggtggtgtacatatgctttggaagccgatgtcatttttcggataagcaactttatgagattgcgtgcgggat 798  Q
    ||||||| |||||  |||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||  |    |||| || ||||| ||||| ||||||||||| | ||  ||    
T  3417334 gttggctcaactcacaacaagttaactcagtgttgtacatatgttttggaagcttaaactatttctctgataaacaactatatgagattgcatacgcaat 3417433  T
Q  799 tgaagcatcgagtcacgaattcatatgggttgttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggttt 898  Q
     ||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||| |||||| | |  ||  |||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  3417434 agaagcatcgggtcacccattcatatgggttgttcttgagaagaaaggaaaagaagatgagaacgaagaagagaaagaaaagtggttgccgaagggattt 3417533  T
Q  899 gaagagagaattatcggaaagaag 922  Q
    || |||||||  || |||||||||    
T  3417534 gaggagagaaacattggaaagaag 3417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University