View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4445-Insertion-12 (Length: 481)

Name: NF4445-Insertion-12
Description: NF4445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4445-Insertion-12
NF4445-Insertion-12
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (12-479)||(38970249-38970716)
chr4 (36-479)||(10800535-10800978)
chr4 (36-479)||(10996611-10997054)
chr4 (201-468)||(19132776-19133046)
chr4 (311-468)||(22329145-22329302)
chr4 (311-468)||(54954504-54954661)
chr4 (311-414)||(14807603-14807706)
chr4 (38-151)||(13089343-13089454)
chr4 (41-159)||(14807311-14807429)
chr4 (95-159)||(54954834-54954898)
chr4 (40-159)||(22328853-22328972)
chr4 (189-238)||(14807477-14807526)
chr4 (189-258)||(22329020-22329089)
chr4 (189-258)||(54954717-54954786)
chr4 (67-159)||(19132624-19132716)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (12-479)||(35595810-35596277)
chr2 (12-479)||(4966048-4966515)
chr2 (12-479)||(37389760-37390227)
chr2 (189-414)||(21596051-21596279)
chr2 (12-55)||(37390444-37390487)
chr2 (40-159)||(38848483-38848602)
chr2 (41-157)||(21595885-21596001)
chr2 (206-258)||(38848366-38848418)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (12-479)||(18338835-18339302)
chr7 (12-479)||(7302952-7303419)
chr7 (201-468)||(13565774-13566044)
chr7 (206-468)||(12765782-12766047)
chr7 (206-468)||(4807165-4807430)
chr7 (315-414)||(13822905-13823004)
chr7 (311-414)||(17729197-17729300)
chr7 (40-159)||(4807495-4807614)
chr7 (40-159)||(12766112-12766231)
chr7 (40-159)||(17728905-17729024)
chr7 (189-258)||(17729072-17729141)
chr7 (67-158)||(13565622-13565713)
chr7 (206-257)||(13822793-13822844)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (12-479)||(37571717-37572184)
chr5 (36-420)||(22124325-22124709)
chr5 (205-420)||(34627921-34628136)
chr5 (36-165)||(34609268-34609397)
chr5 (311-410)||(23608318-23608417)
chr5 (311-410)||(23839714-23839813)
chr5 (40-159)||(23608026-23608145)
chr5 (40-159)||(23839422-23839541)
chr5 (204-258)||(23608208-23608262)
chr5 (204-258)||(23839604-23839658)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (12-479)||(33905891-33906358)
chr3 (189-414)||(16605978-16606206)
chr3 (311-468)||(23009830-23009987)
chr3 (201-479)||(20148312-20148593)
chr3 (311-414)||(22059333-22059436)
chr3 (41-159)||(16606254-16606372)
chr3 (41-159)||(22059041-22059159)
chr3 (49-159)||(20148143-20148253)
chr3 (40-159)||(23009538-23009657)
chr3 (189-238)||(22059207-22059256)
chr3 (206-258)||(23009722-23009774)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (36-479)||(28954152-28954595)
chr8 (201-479)||(14321744-14322025)
chr8 (67-158)||(14321592-14321683)
chr8 (50-143)||(18762742-18762835)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (36-420)||(58419-58803)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (206-468)||(7407997-7408262)
chr6 (189-414)||(14898335-14898563)
chr6 (41-159)||(14898169-14898287)
chr6 (40-159)||(7408327-7408446)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (189-414)||(359351-359579)
scaffold0002 (41-159)||(359627-359745)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (201-474)||(23958362-23958638)
chr1 (40-159)||(26082130-26082249)
chr1 (67-159)||(23958210-23958302)
chr1 (206-258)||(26082013-26082065)
[»] scaffold0005 (3 HSPs)
scaffold0005 (311-414)||(32021-32124)
scaffold0005 (41-159)||(32298-32416)
scaffold0005 (189-258)||(32181-32250)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 38970716 - 38970249
Alignment:
Q  12 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38970716 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttatga 38970617  T
Q  112 caacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagtggcggttaagtca 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38970616 caatgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagttgcggttaagtca 38970517  T
Q  212 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38970516 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 38970417  T
Q  312 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38970416 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcagcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 38970317  T
Q  412 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38970316 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 38970249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 36 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 10800978 - 10800535
Alignment:
Q  36 agaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatgg 135  Q
    |||||||||| |||||||||||||||  |||| | |||||||||||||| | |||  | |||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||| ||    
T  10800978 agaggttggtcatgaagttgggattaaaagttgataagattgattgttgcataaacagttgcatgttgttttatgacaatgaatttggaaaaaatgacgg 10800879  T
Q  136 agcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagca-gaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataatacc 234  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| || ||  ||||  || | | ||||   |  | || |  ||  |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10800878 agcattggtggaatgcaaattttgtcagagtccacggtatcgtctaaccaagagtgggaggattc-cgaataagacaatgttttacttgccaataatacc 10800780  T
Q  235 aagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggagtgatgcgacatccttctgacggt 334  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||   |||||  ||||| ||||||||||| || || |||    
T  10800779 aagattacaaagattgtttgcatcgatgaaaacttctagccatatgacgtggcatcattcaaacaaaattcttggagtcatgcgacatccatccgatggt 10800680  T
Q  335 gaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctctgacggttttcagccatatgtcc 434  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||    ||| || |||    
T  10800679 gaagcttggaaacactttgatcaagtatatcctgattttgcagcagatccgcgtaatgtaagacttggattgtgctctgatggtttcactccacatatcc 10800580  T
Q  435 aatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
    |  | || |  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  10800579 aggcatcagggaaaccctattcttgttggccgatcattgtaaccc 10800535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 36 - 479
Target Start/End: Original strand, 10996611 - 10997054
Alignment:
Q  36 agaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatgg 135  Q
    |||||||||| |||||||||||||||  |||| | |||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||| ||    
T  10996611 agaggttggtcatgaagttgggattaaaagttgataagattgattgttgcataaacggttgcatgttgttttatgacaatgaatttggaaaaaatgacgg 10996710  T
Q  136 agcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagca-gaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataatacc 234  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| || ||  ||||  || | | ||||   |  | || |  ||  |||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  10996711 agcattggtggaatgcaaattttgtcagagtccacggtatcgtctaaccaagagtgggaggattc-cgaataagacaatgtttttcttgccaataatacc 10996809  T
Q  235 aagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggagtgatgcgacatccttctgacggt 334  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||   |||||  ||||| |||| |||||| || || |||    
T  10996810 aagattacaaagattgtttgcatcgatgaaaactgctagccatatgacgtggcatcattcaaacaaaattcttggagtcatgctacatccatccgatggt 10996909  T
Q  335 gaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctctgacggttttcagccatatgtcc 434  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||    ||| || |||    
T  10996910 gaagcttggaaacactttgatgaagtatatcctgattttgcagcagatccgcgtaatgtaagacttggattgtgctctgatggtttcactccacatatcc 10997009  T
Q  435 aatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
    |  | || |  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  10997010 aggcatcagggaaaccctattcttgttggccgatcattgtaaccc 10997054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 201 - 468
Target Start/End: Original strand, 19132776 - 19133046
Alignment:
Q  201 cggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatgg 300  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | || ||  ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||      
T  19132776 cggttaagtcaatgttttacctgccaatattaccaagactgcagaggttgtatgcatcaatgcaaactgctagtcaaatgacctggcattattccaataa 19132875  T
Q  301 ---aattcccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgaga 397  Q
       || |||    |||||||| ||||||| ||||||||| || ||||| || |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19132876 gtcaaatccacccgtgatgcggcatccttgtgacggtgaggcatggaagcattttgatcgtgttcatcatgattttgcatcagatccacgaaatgtgaga 19132975  T
Q  398 cttggattatgctctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaat 468  Q
     | |||||||||||||| || |||   |||||| ||||| | |||||||  || |||||||||||||||||    
T  19132976 ttgggattatgctctgatggctttacaccatatatccaagcgtcggcaacgccttattcttgttggccaat 19133046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 311 - 468
Target Start/End: Original strand, 22329145 - 22329302
Alignment:
Q  311 gtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgct 410  Q
    |||||||||||||||| |||||| |  || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| ||||||||  ||||||||||||    
T  22329145 gtgatgcgacatccttgtgacggggtggcatggaagcactttgatcaagtacatcgtgattttgcagaagatccacgtaatgtgaggattggattatgct 22329244  T
Q  411 ctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaat 468  Q
    |||| || |||   || ||| ||||| | || ||||  || |||||||||||||||||    
T  22329245 ctgatggatttattccgtatatccaagcatcagcaacgccttattcttgttggccaat 22329302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 311 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 54954661 - 54954504
Alignment:
Q  311 gtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgct 410  Q
    |||||||||||||||| |||||| |  || ||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  54954661 gtgatgcgacatccttgtgacggggtggcatggaagcactttgatcaagtagatcgtgattttgcagaagatccacgtaatgtgaggcttggattatgct 54954562  T
Q  411 ctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaat 468  Q
    |||| || |||   || ||| ||||| | || ||||  || |||||||||||||||||    
T  54954561 ctgatggatttattccgtatatccaagcatcagcaacgccttattcttgttggccaat 54954504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 311 - 414
Target Start/End: Original strand, 14807603 - 14807706
Alignment:
Q  311 gtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgct 410  Q
    |||||||||||||||| |||||| |  |||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14807603 gtgatgcgacatccttgtgacggagtggcgtggcagcactttgataaggtacatcctgattttgcaaacgatccacgtaatgtgagacttggattatgct 14807702  T
Q  411 ctga 414  Q
    ||||    
T  14807703 ctga 14807706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 38 - 151
Target Start/End: Original strand, 13089343 - 13089454
Alignment:
Q  38 aggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggag 137  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||||||| || || || |||||   |||||||||||    
T  13089343 aggttggtcatgaagttgggattagcggttaaaaagattgattcttacaaaaatggatgcatgctgttttatgaaaatgaatttgg--aaaatgatggag 13089440  T
Q  138 cattggaggaatgt 151  Q
    ||||||||||||||    
T  13089441 cattggaggaatgt 13089454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 41 - 159
Target Start/End: Original strand, 14807311 - 14807429
Alignment:
Q  41 ttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcat 140  Q
    ||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||   || ||  | ||||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| || |    
T  14807311 ttggtgatgaagttgggattggaagaaaaaaagattgattgttgtgttaacgggagaatgttgttttacgacaatgaatttggtaagaatgatggcgcgt 14807410  T
Q  141 tggaggaatgtaaattttg 159  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  14807411 tggaggagtgtaaattttg 14807429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 54954898 - 54954834
Alignment:
Q  95 tgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttg 159  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| || |||| || ||||||||||||    
T  54954898 tgcatgttgttttacgacaacgaatttggtaaaaatgatggggcgttggtggcatgtaaattttg 54954834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 159
Target Start/End: Original strand, 22328853 - 22328972
Alignment:
Q  40 gttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagca 139  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||||||||  ||||| |||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||     
T  22328853 gttggtggagaagttgggattggaagttaaaactattgactgttgcgttaatgggtgcatgttgttttacgacaacgaatttggtaaaaatgatggggcg 22328952  T
Q  140 ttggaggaatgtaaattttg 159  Q
    |||| ||  |||||||||||    
T  22328953 ttggtggcgtgtaaattttg 22328972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 189 - 238
Target Start/End: Original strand, 14807477 - 14807526
Alignment:
Q  189 agaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaaga 238  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14807477 agaaacgagtcgcagtcaagtcaatgttttacctgccaataataccaaga 14807526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 189 - 258
Target Start/End: Original strand, 22329020 - 22329089
Alignment:
Q  189 agaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatc 258  Q
    ||||||||||  | || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  22329020 agaaacgagtctcagtcaagtcaatgttttatctgccaataataccaagattgcagagattgtttgcatc 22329089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 189 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 54954786 - 54954717
Alignment:
Q  189 agaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatc 258  Q
    ||||||||||  | || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  54954786 agaaacgagtctcagtcaagtcaatgttttatctgccaataataccaagattgcagagattgtttgcatc 54954717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 67 - 159
Target Start/End: Original strand, 19132624 - 19132716
Alignment:
Q  67 taaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttg 159  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||| |||| || || || |  |||||||| ||| | ||||| |||||||||||    
T  19132624 taaaaggattgattgttgcagtaatgggtgcatgttgttctacaacaatgaattcggtactaatgatggtgcactagaggagtgtaaattttg 19132716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 479
Target Start/End: Original strand, 35595810 - 35596277
Alignment:
Q  12 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35595810 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttatga 35595909  T
Q  112 caacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagtggcggttaagtca 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35595910 caatgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagttgcggttaagtca 35596009  T
Q  212 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35596010 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 35596109  T
Q  312 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35596110 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcagcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 35596209  T
Q  412 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35596210 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 35596277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 4966515 - 4966048
Alignment:
Q  12 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacga 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  4966515 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttctatga 4966416  T
Q  112 caacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagtggcggttaagtca 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4966415 caatgagtttgggataaatgatggaccattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagttgcggttaagtca 4966316  T
Q  212 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 311  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4966315 atgttttacttgccgataataccaagattacaaagactatttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 4966216  T
Q  312 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4966215 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcagcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 4966116  T
Q  412 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4966115 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 4966048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 37390227 - 37389760
Alignment:
Q  12 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37390227 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttatga 37390128  T
Q  112 caacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagtggcggttaagtca 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37390127 caatgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagtggcggttaagtca 37390028  T
Q  212 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37390027 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 37389928  T
Q  312 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37389927 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcttgattttgcagcagatccacggaatgtgagacttggattacgctc 37389828  T
Q  412 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37389827 cgacggttttcagccatatgtccaatcctcagaaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 37389760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 189 - 414
Target Start/End: Original strand, 21596051 - 21596279
Alignment:
Q  189 agaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggca 288  Q
    |||||||||| ||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||| |||||||||| ||| | || ||| |||| |||||||||||    
T  21596051 agaaacgagtcgcaatcaagtcaatgttttacctgccaataataccaagactgaagagattgtttgcatcaatgcacacggctggtcatatgacgtggca 21596150  T
Q  289 tcattcaaatggaattc---ccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatcca 385  Q
    | |||  |||  || |    | |  |||||| ||||||||| |||||| |  |||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||   ||||||    
T  21596151 ttattacaataaaactgattcagaggtgatgtgacatccttgtgacggagtggcgtggtagcactttgataaggtacatcctgattttgcaaacgatcca 21596250  T
Q  386 cggaatgtgagacttggattatgctctga 414  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||    
T  21596251 cgtaatgtgagacttggattatgctctga 21596279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 37390487 - 37390444
Alignment:
Q  12 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttg 55  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37390487 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgatgttg 37390444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 38848602 - 38848483
Alignment:
Q  40 gttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagca 139  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||||||||  |||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||     
T  38848602 gttggtggagaagttgggattggaagttaaaattattgattgttgcgttaatgggtgcatgttgttttacgacaacgaatttggtaaaaatgatggggcg 38848503  T
Q  140 ttggaggaatgtaaattttg 159  Q
    |||| ||  |||||||||||    
T  38848502 ttggtggcgtgtaaattttg 38848483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 157
Target Start/End: Original strand, 21595885 - 21596001
Alignment:
Q  41 ttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcat 140  Q
    ||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||   || || |||||||||||||||||||| || ||||| |  | ||||||  | |    
T  21595885 ttggtgatgaagttgggattggaagaaaaaaagattgattgttgtgttaacgggtgcatgttgttttacgacaatgaatttggtaagactgatggctcgt 21595984  T
Q  141 tggaggaatgtaaattt 157  Q
    ||||||| |||||||||    
T  21595985 tggaggagtgtaaattt 21596001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 206 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 38848418 - 38848366
Alignment:
Q  206 aagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatc 258  Q
    ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  38848418 aagtcgatgttttatctgccaataataccaagattgcagagattgtttgcatc 38848366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 18339302 - 18338835
Alignment:
Q  12 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18339302 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttatga 18339203  T
Q  112 caacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagtggcggttaagtca 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18339202 caatgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagttgcggttaagtca 18339103  T
Q  212 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 311  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18339102 atgttttacttgccaattataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 18339003  T
Q  312 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18339002 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcagcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 18338903  T
Q  412 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18338902 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 18338835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 7303419 - 7302952
Alignment:
Q  12 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7303419 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttatga 7303320  T
Q  112 caacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagtggcggttaagtca 211  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  7303319 caatgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaggcagaaacgagttgcggttaagtca 7303220  T
Q  212 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 311  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7303219 atgttttacttgccgataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 7303120  T
Q  312 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7303119 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcagcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 7303020  T
Q  412 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7303019 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 7302952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 201 - 468
Target Start/End: Original strand, 13565774 - 13566044
Alignment:
Q  201 cggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatgg 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||  ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||  |||      
T  13565774 cggttaagtcaatgttttacctgccaataataccaagactgcagaggttgtatgcatcaatgcaaactgctagtcaaatgacctggcattattacaataa 13565873  T
Q  301 ---aattcccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgaga 397  Q
       || |||    |||||||  ||||||| ||||||||| || ||||| || |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13565874 gtcaaatccacccgtgatgcagcatccttgtgacggtgaggcatggaagcattttgatcgtgttcatcatgattttgcatcagatccacgaaatgtgaga 13565973  T
Q  398 cttggattatgctctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaat 468  Q
     | |||||||||||||| || |||   |||||| ||||| | |||||||  || |||||||||||||||||    
T  13565974 ttgggattatgctctgatggatttacaccatatatccaagcgtcggcaacgccttattcttgttggccaat 13566044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 206 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 12766047 - 12765782
Alignment:
Q  206 aagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattc 305  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |   | || |||  | ||||||| |||||| |||  |||  || |     
T  12766047 aagtcaatgttttatctgccaataataccaagattacagagattgtttgcatcaactcacacggctgataaaatgacctggcattattacaataaaacta 12765948  T
Q  306 ---ccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttgg 402  Q
       | || |||||||||||||||| |||||| |  || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||    
T  12765947 attcaggtgtgatgcgacatccttgtgacggggtggcatggaagcactttgatcaagtacatcgtgattttgcagaagatccacgtaatgtgaggcttgg 12765848  T
Q  403 attatgctctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaat 468  Q
    |||||||||||| || |||   |||||| ||||| | || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  12765847 attatgctctgatggatttattccatatatccaagcatcagcaacaccttattcttgttggccaat 12765782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 206 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 4807430 - 4807165
Alignment:
Q  206 aagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattc 305  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |   | || |||  | ||||||| |||||| |||  |||  || |     
T  4807430 aagtcaatgttttatctgccaataataccaagattacagagattgtttgcatcaactcacacggctgataaaatgacctggcattattacaataaaacta 4807331  T
Q  306 ---ccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttgg 402  Q
       | || |||||||||||||||| |||||| |  || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||    
T  4807330 attcaggtgtgatgcgacatccttgtgacggggtggcatggaagcactttgatcaagtacatcgtgattttgcagaagatccacgtaatgtgaggcttgg 4807231  T
Q  403 attatgctctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaat 468  Q
    |||||||||||| || |||   |||||| ||||| | || ||||  || |||||||||||||||||    
T  4807230 attatgctctgatggatttattccatatatccaagcatcagcaacgccttattcttgttggccaat 4807165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 315 - 414
Target Start/End: Original strand, 13822905 - 13823004
Alignment:
Q  315 tgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctctga 414  Q
    |||||||||||| |||||| |  || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  13822905 tgcgacatccttgtgacggggtggcatggaagcactttgatcaagtacatcgtgattttgcagaagatccacgtaatgtgaggcttggattatgctctga 13823004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 311 - 414
Target Start/End: Original strand, 17729197 - 17729300
Alignment:
Q  311 gtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgct 410  Q
    |||||||||||||||| |||||| |  || ||||| ||||||||||  ||||||| |||||||| |  ||||||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  17729197 gtgatgcgacatccttgtgacggggtggcatggaagcactttgatctcgtacatcgtgattttgtagaagatccacgtaatgtgaggcttagattatgct 17729296  T
Q  411 ctga 414  Q
    ||||    
T  17729297 ctga 17729300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 4807614 - 4807495
Alignment:
Q  40 gttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagca 139  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||||||||  |||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||     
T  4807614 gttggtggagaagttgggattggaagttaaaattattgattgttgcgttaatgggtgcatgttgttttacgacaacgaatttggtaaaaatgatggggcg 4807515  T
Q  140 ttggaggaatgtaaattttg 159  Q
    |||| ||  |||||||||||    
T  4807514 ttggtggcgtgtaaattttg 4807495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 12766231 - 12766112
Alignment:
Q  40 gttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagca 139  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||||||||  |||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||     
T  12766231 gttggtggagaagttgggattggaagttaaaattattgattgttgcgttaatgggtgcatgttgttttacgacaacgaatttggtaaaaatgatggggcg 12766132  T
Q  140 ttggaggaatgtaaattttg 159  Q
    |||| ||  |||||||||||    
T  12766131 ttggtggcgtgtaaattttg 12766112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 159
Target Start/End: Original strand, 17728905 - 17729024
Alignment:
Q  40 gttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagca 139  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||||||||  |||||||||||    ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||     
T  17728905 gttggtggagaagttgggattggaagttaaaactattgattgttgcgttaatgggtgcaggttgttttacgacaacgaatttggtaaaaatgatggggcg 17729004  T
Q  140 ttggaggaatgtaaattttg 159  Q
    |||| ||  |||||||||||    
T  17729005 ttggtggcgtgtaaattttg 17729024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 189 - 258
Target Start/End: Original strand, 17729072 - 17729141
Alignment:
Q  189 agaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatc 258  Q
    ||||||||||  | || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  17729072 agaaacgagtctcagtcaagtcaatgttttatctgccaataataccaagattgcagagattgtttgcatc 17729141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 158
Target Start/End: Original strand, 13565622 - 13565713
Alignment:
Q  67 taaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaatttt 158  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || || || |  |||||||| ||| | ||||| ||||||||||    
T  13565622 taaaaggattgattgttgcagtaatgggtgcatgttgttctacgacaatgaattcggtactaatgatggtgcactagaggagtgtaaatttt 13565713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 206 - 257
Target Start/End: Original strand, 13822793 - 13822844
Alignment:
Q  206 aagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcat 257  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| |||||||||    
T  13822793 aagtcaatgttttatctgccaataataccaagattgcagagattgtttgcat 13822844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 37572184 - 37571717
Alignment:
Q  12 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37572184 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggagtatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttatga 37572085  T
Q  112 caacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagtggcggttaagtca 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37572084 caatgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagttgcggttaagtca 37571985  T
Q  212 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 311  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37571984 atgttttacttgccgataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 37571885  T
Q  312 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37571884 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcatggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcagcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 37571785  T
Q  412 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37571784 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 37571717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 36 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 22124709 - 22124325
Alignment:
Q  36 agaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatgg 135  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  ||||   |||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||  |    
T  22124709 agaggttggtgatgaggttgggattaaaagttgttaagattgattgttgcataaacggctgcatgttgttttatgacaatgaatttgggaaaaatgaatg 22124610  T
Q  136 agcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagtgg----cggttaagtcaatgttttacttgccaataat 231  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||  || |    || ||| |  | | ||    ||  ||||  |||||||||||||||||||||    
T  22124609 agcattggtggaatgcaaattttgtcaaagtccatggtatcgtct----aaccaggagtgggaggattccgaataagataatgttttacttgccaataat 22124514  T
Q  232 accaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggagtgatgcgacatccttctgac 331  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||   |||||| ||||| ||||||||||| |||||     
T  22124513 accaagattacaaagattgtttgcatcgatgaaaactgcgagtcatatgacgtggcatcattcaaacaaaattcctggagtcatgcgacatccatctgat 22124414  T
Q  332 ggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctctgacggttt 420  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |||| ||| |||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  22124413 ggtgaagcttggaaacactttgatgaagtatatcttgattttgcagcagatccgcgtaatgtaagacttggattgtgctctgatggttt 22124325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 205 - 420
Target Start/End: Original strand, 34627921 - 34628136
Alignment:
Q  205 taagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaatt 304  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||   ||||    
T  34627921 taagacaatgttttacttgccaataatacccagattacaaagattgtttgcatcgatgaaaactgcaagtcatatgacgtggcatcattcaaacaaaatt 34628020  T
Q  305 cccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggat 404  Q
    |  ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||    
T  34628021 catggagtcatgcgacatccttctgatggtgaagcttggaaacactttgatgaagtatatcctgattttgcagcagatccgcgtaatgtaagacttggat 34628120  T
Q  405 tatgctctgacggttt 420  Q
    | |||||||| |||||    
T  34628121 tgtgctctgatggttt 34628136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 36 - 165
Target Start/End: Original strand, 34609268 - 34609397
Alignment:
Q  36 agaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatgg 135  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||  |||| | |||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||| ||    
T  34609268 agaggttggtgatgaggttaggattaaaagttgataagattgattgttgcataaacggctgcatgttgttttatgacaatgaatttgggaaaaatgacgg 34609367  T
Q  136 agcattggaggaatgtaaattttgtcaaag 165  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  34609368 agcattggtggaatgcaaattttgtcaaag 34609397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 311 - 410
Target Start/End: Original strand, 23608318 - 23608417
Alignment:
Q  311 gtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgct 410  Q
    |||||||||||||||| |||||| |  || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  23608318 gtgatgcgacatccttgtgacggggtggcatggaagcactttgatcaagtacatcgtgattttgcagaagatccacgtaatgtgaggcttggattatgct 23608417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 311 - 410
Target Start/End: Original strand, 23839714 - 23839813
Alignment:
Q  311 gtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgct 410  Q
    |||||||||||||||| |||||| |  || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  23839714 gtgatgcgacatccttgtgacggggtggcatggaagcactttgatcaagtacatcgtgattttgcagaagatccacgtaatgtgaggcttggattatgct 23839813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 159
Target Start/End: Original strand, 23608026 - 23608145
Alignment:
Q  40 gttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagca 139  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||||||||  |||||||||||    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||| ||     
T  23608026 gttggtggagaagttgggattggaagttaaaactattgattgttgcgttaatgggtgcatgttgttttatgacaacgaatttggtaaaaatgatggggcg 23608125  T
Q  140 ttggaggaatgtaaattttg 159  Q
    |||| ||  |||||||||||    
T  23608126 ttggtggcgtgtaaattttg 23608145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 159
Target Start/End: Original strand, 23839422 - 23839541
Alignment:
Q  40 gttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagca 139  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||||||||  |||||||||||    ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||| ||     
T  23839422 gttggtggagaagttgggattggaagttaaaactattgattgttgcgttaatgggtgcatgttgttttatgacaacgaatttggtaaaaatgatggggcg 23839521  T
Q  140 ttggaggaatgtaaattttg 159  Q
    |||| ||  |||||||||||    
T  23839522 ttggtggcgtgtaaattttg 23839541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 258
Target Start/End: Original strand, 23608208 - 23608262
Alignment:
Q  204 ttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatc 258  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  23608208 ttaagtcaatgttttatctgccaataataccaagattgcagagattgtttgcatc 23608262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 258
Target Start/End: Original strand, 23839604 - 23839658
Alignment:
Q  204 ttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatc 258  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  23839604 ttaagtcaatgttttatctgccaataataccaagattgcagagattgtttgcatc 23839658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 432; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 432; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 33906358 - 33905891
Alignment:
Q  12 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacga 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  33906358 tgccaatgaattatcatgctgcgaagaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttctatga 33906259  T
Q  112 caacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagtggcggttaagtca 211  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33906258 caatgagtttgggataaatgatggaccattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagcagaaacgagttgcggttaagtca 33906159  T
Q  212 atgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggag 311  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33906158 atgttttacttgccgataataccaagattacaaagactatttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaatttccggag 33906059  T
Q  312 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33906058 tgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcagcagatccacggaatgtgagacttggattatgctc 33905959  T
Q  412 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33905958 tgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 33905891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 189 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 16606206 - 16605978
Alignment:
Q  189 agaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggca 288  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||| |||||||||| ||| | || ||| |||| |||||||||||    
T  16606206 agaaacgagtcgcagtcaagtcaatgttttacctgccaataataccaagactgaagagattgtttgcatcaatgcacacggctggtcatatgacgtggca 16606107  T
Q  289 tcattcaaatggaattc---ccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatcca 385  Q
    | |||  |||  || |    | |  |||||||||||||||| |||| | |  |||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||   ||||||    
T  16606106 ttattacaataaaactgattcagaggtgatgcgacatccttgtgacagagtggcgtggcagcactttgataaggtacatcctgattttgcaaacgatcca 16606007  T
Q  386 cggaatgtgagacttggattatgctctga 414  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||    
T  16606006 cgtaatgtgagacttggattatgctctga 16605978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 311 - 468
Target Start/End: Original strand, 23009830 - 23009987
Alignment:
Q  311 gtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgct 410  Q
    |||||||||||||||| |||||| |  || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  23009830 gtgatgcgacatccttgtgacggggtggcatggaagcactttgatcaagtacatcgtgattttgcagaagatccacataatgtgaggcttggattatgct 23009929  T
Q  411 ctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaat 468  Q
    |||| || |||   |||||| ||||| | || ||||  || |||||||||||||||||    
T  23009930 ctgatggatttattccatatatccaagcatcagcaacgccttattcttgttggccaat 23009987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 201 - 479
Target Start/End: Original strand, 20148312 - 20148593
Alignment:
Q  201 cggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatgg 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||  ||| |||||| ||| |||||||| || ||||||| |||||| | |  |||      
T  20148312 cggttaagtcaatgttttacctgccaataataccaagactgcaaaggttgtatgcatcaatgcaaactgctggtaaaatgacctggcattactacaataa 20148411  T
Q  301 ---aattcccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgaga 397  Q
       || |||      |||||| ||||||| ||||||||| |  ||||| || ||||| || || |||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  20148412 gtcaaatccaccttagatgcggcatccttgtgacggtgaggaatggaagcattttgaccgtgttcatcatgattttgcatcaaatccaccaaatgtgaga 20148511  T
Q  398 cttggattatgctctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
     | |||||||||||||| || |||   |||||| ||||| | || ||||  || ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  20148512 ttgggattatgctctgatggctttacaccatatatccaagcgtctgcaacgccttattcttgttggccaattattgttaccc 20148593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 311 - 414
Target Start/End: Original strand, 22059333 - 22059436
Alignment:
Q  311 gtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgct 410  Q
    |||||||||||||||| |||| | |  |||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22059333 gtgatgcgacatccttgtgacagagtggcgtggcagcactttgataaggtacatcctgattttgcaaacgatccacgtaatgtgagacttggattatgct 22059432  T
Q  411 ctga 414  Q
    ||||    
T  22059433 ctga 22059436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 41 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 16606372 - 16606254
Alignment:
Q  41 ttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcat 140  Q
    ||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||   || || |||||||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| || |    
T  16606372 ttggtgatgaagttgggattggaagaaaaaaagattgattgttgtgttaacgggtgcatgttgttttacgacaatgaatttggtaagaatgatggtgcgt 16606273  T
Q  141 tggaggaatgtaaattttg 159  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  16606272 tggaggagtgtaaattttg 16606254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 41 - 159
Target Start/End: Original strand, 22059041 - 22059159
Alignment:
Q  41 ttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcat 140  Q
    ||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||   || || |||||||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| || |    
T  22059041 ttggtgatgaagttgggattggaagaaaaaaagattgattgttgtgttaacgggtgcatgttgttttacgacaatgaatttggtaagaatgatggtgcgt 22059140  T
Q  141 tggaggaatgtaaattttg 159  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  22059141 tggaggagtgtaaattttg 22059159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 49 - 159
Target Start/End: Original strand, 20148143 - 20148253
Alignment:
Q  49 gaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaa 148  Q
    |||||||||||||  |  ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| || || || | ||||||||| ||| | |||||     
T  20148143 gaagttgggattagaatctaaaaggattgattgttgtagtaatgggtgcatgttgttctatgacaatgaattcggtacaaatgatggtgcactagaggag 20148242  T
Q  149 tgtaaattttg 159  Q
    |||||||||||    
T  20148243 tgtaaattttg 20148253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 159
Target Start/End: Original strand, 23009538 - 23009657
Alignment:
Q  40 gttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagca 139  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||||||||  | |||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||     
T  23009538 gttggtggagaagttgggattggaagttaaaactactgattgttgcgttaatgggtgcatgttgttttacgacaacgaatttggtaaaaatgatggggcg 23009637  T
Q  140 ttggaggaatgtaaattttg 159  Q
    |||| ||  |||||||||||    
T  23009638 ttggtggcgtgtaaattttg 23009657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 189 - 238
Target Start/End: Original strand, 22059207 - 22059256
Alignment:
Q  189 agaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaaga 238  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22059207 agaaacgagtcgcagtcaagtcaatgttttacctgccaataataccaaga 22059256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 258
Target Start/End: Original strand, 23009722 - 23009774
Alignment:
Q  206 aagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatc 258  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  23009722 aagtcaatgttttatctgccaataataccaagattgcagagattgtttgcatc 23009774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 36 - 479
Target Start/End: Original strand, 28954152 - 28954595
Alignment:
Q  36 agaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatgg 135  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |||| | |||||||||||||| | ||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||| |||||| ||    
T  28954152 agaggttggtgatgaggttgggattaaaagttgataagattgattgttgcataaacggctgcatgttgttttatgacaatgaatttgggaaaaatgacgg 28954251  T
Q  136 agcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagca-gaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataatacc 234  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||| ||  ||||  || | | ||||   |  | || |  ||  |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28954252 agcattggtggaatgcaaattttgtcaaagtccacggtatcgtctaaccaagagtgggaggattc-cgaataagacaatgttttacttgccaataatacc 28954350  T
Q  235 aagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggagtgatgcgacatccttctgacggt 334  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  28954351 aagattacaaagattgtttgcatcgatgaaaactgctagtcatatgacgtggcatcattcaaacaaaattcctggagtcatgcgacatccatctgatggt 28954450  T
Q  335 gaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctctgacggttttcagccatatgtcc 434  Q
    ||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||    ||| || |||    
T  28954451 gaagcttggaaacactttgatgaagtatatcctgattttgcagcagatccgcgtaatgtaagacttggattgtgctctgatggtttcactccacatatcc 28954550  T
Q  435 aatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
    |  | || |  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  28954551 aggcatcagggaaaccctattcttgttggccgatcattgtaaccc 28954595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 201 - 479
Target Start/End: Original strand, 14321744 - 14322025
Alignment:
Q  201 cggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatgg 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||  ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| |||  |||      
T  14321744 cggttaagtcaatgttttacctgccaataataccaagactacagaggttgtatgcatcaatgcaaactgctagtcaaatgacctggcattattacaataa 14321843  T
Q  301 ---aattcccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgaga 397  Q
       || |||    |||||| | ||||||| ||||||||| || ||||| || |||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||    
T  14321844 gtcaaatccacccgtgatgtggcatccttgtgacggtgaggcatggaagcattttgatcgtgttcatcatgattttgcattagatccacgaaatgcgaga 14321943  T
Q  398 cttggattatgctctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgtaaccc 479  Q
     |  ||||||||||||| || |||   |||||| ||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  14321944 ttgagattatgctctgatggctttacaccatatatccaagcgtcggcaacaccttattcttgttggccaattattgttaccc 14322025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 158
Target Start/End: Original strand, 14321592 - 14321683
Alignment:
Q  67 taaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaatttt 158  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || || || |  |||||||| ||| | ||||| ||||||||||    
T  14321592 taaaaggattgattgttgcagtaatgggtgcatgttgttctacgacaatgaattcggtactaatgatggtgcactagaggagtgtaaatttt 14321683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 143
Target Start/End: Original strand, 18762742 - 18762835
Alignment:
Q  50 aagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcattgg 143  Q
    |||||||||||   ||||||||  |||||||||||    ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| | ||||||||| |||||||    
T  18762742 aagttgggattggaagttaaaactattgattgttgcgttaatgggtgcatgttgttttacgataatgaatttggtaaaaatgatggggcattgg 18762835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 36 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 58803 - 58419
Alignment:
Q  36 agaggttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatgg 135  Q
    |||||||||| |||||||||||||||  |||| | |||||||||||||| | |||  | |||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||| ||    
T  58803 agaggttggtcatgaagttgggattaaaagttgataagattgattgttgcataaacagttgcatgttgttttatgacaatgaatttggaaaaaatgacgg 58704  T
Q  136 agcattggaggaatgtaaattttgtcaaagcccgaggtacggtattagcaagca-gaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataatacc 234  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| || ||  ||||  || | | ||||   |  | || |  ||  |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  58703 agcattggtggaatgcaaattttgtcagagtccacggtatcgtctaaccaagagtgggaggattc-cgaataagacaatgttttacttgccaataatacc 58605  T
Q  235 aagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattcccggagtgatgcgacatccttctgacggt 334  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||   |||||  ||||| ||||||||||| || || |||    
T  58604 aagattacaaagattgtttgcatcgatgaaaacttctagccatatgacgtggcatcattcaaacaaaattcttggagtcatgcgacatccatccgatggt 58505  T
Q  335 gaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgctctgacggttt 420  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  58504 gaagcttggaaacactttgatcaagtatatcctgattttgcagcagatccgcgtaatgtaagacttggattgtgctctgatggttt 58419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 206 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 7408262 - 7407997
Alignment:
Q  206 aagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatggaattc 305  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |   | || |||  | ||||||| |||||| |||  |||  || |     
T  7408262 aagtcaatgttttatctgccaataataccaagattacagagattgtttgcatcaactcacacggctgataaaatgacctggcattattacaataaaacta 7408163  T
Q  306 ---ccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttgg 402  Q
       | || |||||||||||||||| |||||| |  || ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||    
T  7408162 attcaggtgtgatgcgacatccttgtgacggggtggcatggaagcactttgatcaagtacatcgtgattttgcagaagatccacgtaatgtgaggcttgg 7408063  T
Q  403 attatgctctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaat 468  Q
    |||||||||||| || |||   |||||| ||||| | || |||| ||| |||||||||||||||||    
T  7408062 attatgctctgatggatttattccatatatccaagcatcagcaacaccttattcttgttggccaat 7407997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 189 - 414
Target Start/End: Original strand, 14898335 - 14898563
Alignment:
Q  189 agaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggca 288  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||| |||||||||| ||| | || ||| |||| |||||||||||    
T  14898335 agaaacgagtcgcagtcaagtcaatgttttacctgccaataataccaagactgaagagattgtttgcatcaatgcacacggctggtcatatgacgtggca 14898434  T
Q  289 tcattcaaatggaattc---ccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatcca 385  Q
    | |||  |||  || |    | |  |||||||||||||||| |||||| |  |||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||   ||||||    
T  14898435 ttattacaataaaactgattcagaggtgatgcgacatccttgtgacggagtggcgtggcagcactttgataaggtacatcctgattttgcaaacgatcca 14898534  T
Q  386 cggaatgtgagacttggattatgctctga 414  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||    
T  14898535 cgtaatgtgagacttggattatgctctga 14898563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 41 - 159
Target Start/End: Original strand, 14898169 - 14898287
Alignment:
Q  41 ttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcat 140  Q
    ||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||   || || |||||||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| || |    
T  14898169 ttggtgatgaagttgggattggaagaaaaaaagattgattgttgtgttaacgggtgcatgttgttttacgacaatgaatttggtaagaatgatggtgcgt 14898268  T
Q  141 tggaggaatgtaaattttg 159  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  14898269 tggaggagtgtaaattttg 14898287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 7408446 - 7408327
Alignment:
Q  40 gttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagca 139  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||||||||  |||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||     
T  7408446 gttggtggagaagttgggattggaagttaaaattattgattgttgcgttaatgggtgcatgttgttttacgacaacgaatttggtaaaaatgatggggcg 7408347  T
Q  140 ttggaggaatgtaaattttg 159  Q
    |||| ||  |||||||||||    
T  7408346 ttggtggcgtgtaaattttg 7408327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 189 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 359579 - 359351
Alignment:
Q  189 agaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggca 288  Q
    |||||||||| || ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||| |||||||||| ||| | || | | |||| |||||||||||    
T  359579 agaaacgagtcgcagtcgagtcaatgttttacctgccaataataccaagactgaagagattgtttgcatcaatgcacacggttggtcatatgacgtggca 359480  T
Q  289 tcattcaaatggaattc---ccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatcca 385  Q
    | |||  |||  ||||    | | ||||||||||||||||| |||||| | ||||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||   ||||||    
T  359479 ttattacaataaaattgattcagaagtgatgcgacatccttgtgacggagtagcgtggcagcactttgataaggtacatcctgattttgcaaacgatcca 359380  T
Q  386 cggaatgtgagacttggattatgctctga 414  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||    
T  359379 cgtaatgtgagacttggattatgctctga 359351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 41 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 359745 - 359627
Alignment:
Q  41 ttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcat 140  Q
    |||||||||||||| |||||   ||  ||||||||||||||||||   || || |||||||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| || |    
T  359745 ttggtgatgaagtttggattggaagaaaaaaagattgattgttgtgttaacgggtgcatgttgttttacgacaatgaatttggtaagaatgatggcgcgt 359646  T
Q  141 tggaggaatgtaaattttg 159  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  359645 tggaggagtgtaaattttg 359627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 201 - 474
Target Start/End: Original strand, 23958362 - 23958638
Alignment:
Q  201 cggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatcgatgaaaactgctagtcaaatgacgtggcatcattcaaatgg 300  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||  ||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||| |||  |||      
T  23958362 cggttaagtcaatgttttacatgccaataataccaagactgcagaggttgtatgcatcaatgcaaactgctagtcaaatgacctgtcattattacaataa 23958461  T
Q  301 ---aattcccggagtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgaga 397  Q
       || |||    |||||||| ||||||| ||||||||| || ||||| || |||||||| || |||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||    
T  23958462 gtcaaatccatccgtgatgcggcatccttgtgacggtgaggcatggaagcattttgatcgtgttcatcatgattttgcattagattcacgaaatgtgaga 23958561  T
Q  398 cttggattatgctctgacggttttcagccatatgtccaatcctcggcaaaaccatattcttgttggccaatcattgt 474  Q
     | ||||||||||| || || |||   |||||| ||||| | | |||||  || ||||||||||||||||| |||||    
T  23958562 ttgggattatgctccgatggctttacaccatatatccaagcgttggcaatgccttattcttgttggccaattattgt 23958638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 26082249 - 26082130
Alignment:
Q  40 gttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagca 139  Q
    |||||||  ||||||||||||   ||||||||  |||||||||||    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||     
T  26082249 gttggtggagaagttgggattggaagttaaaattattgattgttgcgttaatgggtgcatgttgttttacgacaacgaatttggtaaaaatgatggggct 26082150  T
Q  140 ttggaggaatgtaaattttg 159  Q
    |||| ||  |||||||||||    
T  26082149 ttggtggcgtgtaaattttg 26082130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 67 - 159
Target Start/End: Original strand, 23958210 - 23958302
Alignment:
Q  67 taaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcattggaggaatgtaaattttg 159  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || || || | ||||||||  ||| | ||||| |||||||||||    
T  23958210 taaaaggattgattgttgcagtaatgggtgcatgttgttctacgacaatgaattcggtacaaatgatgctgcactagaggagtgtaaattttg 23958302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 206 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 26082065 - 26082013
Alignment:
Q  206 aagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatc 258  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  26082065 aagtcaatgttttatctgccaataataccaagatttcagagattgtttgcatc 26082013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 3)
Name: scaffold0005
Description:

Target: scaffold0005; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 311 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 32124 - 32021
Alignment:
Q  311 gtgatgcgacatccttctgacggtgaagcgtggaaacactttgatcgagtacatcctgattttgcatcagatccacggaatgtgagacttggattatgct 410  Q
    |||||||||||||||| |||||| |  |||||| | |||||||||   ||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32124 gtgatgcgacatccttgtgacggagtggcgtggcagcactttgataaggtacatcctgattttgcaaacgatccacgtaatgtgagacttggattatgct 32025  T
Q  411 ctga 414  Q
    ||||    
T  32024 ctga 32021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 41 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 32416 - 32298
Alignment:
Q  41 ttggtgatgaagttgggattatcagttaaaaagattgattgttgtagaaatggatgcatgttgttttacgacaacgagtttgggataaatgatggagcat 140  Q
    ||||||||||||||||||||   ||  ||||||||||||||||||   || ||  | ||||||||||||||||| || ||||| |  |||||||| || |    
T  32416 ttggtgatgaagttgggattggaagaaaaaaagattgattgttgtgttaacgggagaatgttgttttacgacaatgaatttggtaagaatgatggcgcgt 32317  T
Q  141 tggaggaatgtaaattttg 159  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  32316 tggaggagtgtaaattttg 32298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0005; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 189 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 32250 - 32181
Alignment:
Q  189 agaaacgagtggcggttaagtcaatgttttacttgccaataataccaagattacaaagactgtttgcatc 258  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||| ||||||||||    
T  32250 agaaacgagtcgcagtcaagtcaatgttttacctgccaataataccaagactgaagagattgtttgcatc 32181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University