View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4445_high_94 (Length: 253)

Name: NF4445_high_94
Description: NF4445
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4445_high_94
NF4445_high_94
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (10-237)||(12485-12712)
scaffold0400 (15-237)||(6197-6419)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (10-237)||(13128-13355)
scaffold0365 (15-237)||(6841-7063)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (15-237)||(14532929-14533151)
chr1 (14-237)||(14503688-14503911)
chr1 (15-237)||(15024823-15025045)
chr1 (15-237)||(15032164-15032386)
chr1 (15-237)||(15001813-15002035)
chr1 (15-237)||(15010706-15010928)
chr1 (15-237)||(15016821-15017043)
chr1 (15-237)||(14522808-14523030)
chr1 (15-237)||(15036726-15036948)
chr1 (15-237)||(14467509-14467731)
chr1 (15-237)||(15040462-15040687)
chr1 (15-80)||(14481848-14481913)


Alignment Details
Target: scaffold0400 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 10 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 12712 - 12485
Alignment:
Q  10 caatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattann 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      
T  12712 caatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatt 12613  T
Q  110 nnnnncaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaa 209  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  12612 tttttcaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaa 12513  T
Q  210 gataagtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12512 gataagtttcctagctcctttggaattt 12485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 6419 - 6197
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtc-ttctatggatgaagccacttaaattannnnnn 113  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |  | ||| | ||  || |||||||||  ||||  ||||||||||||| ||||||          
T  6419 ggaatgtctccttcaaacttattttggctcaaattcaagtccaataaattaggtaatcttccaagttgttctg-ggatgaagccactgaaattatttgtt 6321  T
Q  114 ncaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagata 213  Q
     |||||||||||  ||||| |   |||| | ||||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||| |||||||| |||| | ||||||  | ||||    
T  6320 gcaagctccaagatagttattttatgcaataatgcaatttgttcaggaacttctcctacaagatgattgctacttatcaagagctggatcaatgaggata 6221  T
Q  214 agtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  6220 agtttcctagctcctttggaattt 6197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 10 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 13355 - 13128
Alignment:
Q  10 caatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattann 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      
T  13355 caatgggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatt 13256  T
Q  110 nnnnncaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaa 209  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  13255 tttttcaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaa 13156  T
Q  210 gataagtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13155 gataagtttcctagctcctttggaattt 13128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 7063 - 6841
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtc-ttctatggatgaagccacttaaattannnnnn 113  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |  | ||| | ||  || |||||||||  ||||  ||||||||||||| ||||||          
T  7063 ggaatgtctccttcaaacttattttggctcaaattcaagtccaataaattaggtaatcttccaagttgttctg-ggatgaagccactgaaattatttgtt 6965  T
Q  114 ncaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagata 213  Q
     |||||||||||  ||||| |   |||| | ||||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||| |||||||| |||| | ||||||  | ||||    
T  6964 gcaagctccaagatagttattttatgcaataatgcaatttgttcaggaacttctcctacaagatgattgctacttatcaagagctggatcaatgaggata 6865  T
Q  214 agtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  6864 agtttcctagctcctttggaattt 6841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Original strand, 14532929 - 14533151
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnnn 114  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||           
T  14532929 ggaatgtttccttcgaacttattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattattttttt 14533028  T
Q  115 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagataa 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  14533029 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaacttctcccaaaagattattgttatttatcgagagtttgattaacaaagataa 14533128  T
Q  215 gtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  14533129 gtttcctagctcctctggaattt 14533151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14503911 - 14503688
Alignment:
Q  14 gggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnn 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||          
T  14503911 gggaatgtttccttcaaacttattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctagggatgaagccacttaaattatttgtt 14503812  T
Q  114 ncaagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagata 213  Q
     |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||  |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14503811 gcaagctccaaggtagttagtgcttgcaatgatgcaatttgtataggaacctctccagaaagatgattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagaca 14503712  T
Q  214 agtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    |||||||||| |||||||||||||    
T  14503711 agtttcctagatcctttggaattt 14503688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15025045 - 15024823
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnnn 114  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||| || || | ||||  ||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||||           
T  15025045 ggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagataacctaccaagtcttttagggatgaagccactcaaattatttgttg 15024946  T
Q  115 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagataa 214  Q
    |||||||||| ||||||||  | |||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15024945 caagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataa 15024846  T
Q  215 gtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  15024845 gttttctagctcctttggaattt 15024823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15032386 - 15032164
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnnn 114  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||| || || | ||||  ||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||||||           
T  15032386 ggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacctagataacctaccaagtcttttagggatgaagccactcaaattatttgttg 15032287  T
Q  115 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagataa 214  Q
    |||||||||| ||||||||  | |||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15032286 caagctccaatgcagttagctcgtgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaaggtgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataa 15032187  T
Q  215 gtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  15032186 gttttctagctcctttggaattt 15032164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15002035 - 15001813
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnnn 114  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||| || || | ||||  ||||||| | |||||| ||  | ||||||| ||||| ||||||           
T  15002035 ggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacatagacaacataccaagtttttcagggatgaatccactcaaattatttgttg 15001936  T
Q  115 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagataa 214  Q
    |||||||||| |||||||||   |||| ||||||||||||||| |||| ||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15001935 caagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtactggaacttctccataaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataa 15001836  T
Q  215 gtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    |||| ||| ||||||||||||||    
T  15001835 gttttctaactcctttggaattt 15001813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15010928 - 15010706
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnnn 114  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||| || || | ||||  ||||||| | |||||| || || ||||||||||||| ||||||           
T  15010928 ggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaactgcaataacatagacaacataccaagttttttagggatgaagccactcaaattatttattg 15010829  T
Q  115 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagataa 214  Q
    |||||||||| |||||||||   |||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  15010828 caagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgttacttaaggagagtttgaacaacaaagataa 15010729  T
Q  215 gtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    || | ||| ||||||||||||||    
T  15010728 gtattctaactcctttggaattt 15010706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15017043 - 15016821
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnnn 114  Q
    |||||||| || |||||| |||||||||||||||| || |  | ||||  ||||||| | |||||| ||  | ||||||||||||| ||||||           
T  15017043 ggaatgttcccctcaaacttattttggctcaaatttaacttcaataacctagacaacataccaagtttttcagggatgaagccactgaaattatttgctg 15016944  T
Q  115 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagataa 214  Q
    |||||||||| ||||||| | | |||| |||| |||||||| |||||| ||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15016943 caagctccaatgcagttaattcgtgcaatgattcaatttgttcaggaacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgatcaacaaagataa 15016844  T
Q  215 gtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    |||| ||||||||||||||||||    
T  15016843 gttttctagctcctttggaattt 15016821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Original strand, 14522808 - 14523030
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnnn 114  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||  |||||||||||||||| ||  | |||| || ||||||||||||           
T  14522808 ggaatgtttccttcaaacttattttggctcaaattcaactgcaataacctagacaaccttccaagtttttcagggataaaaccacttaaattatttgttg 14522907  T
Q  115 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagataa 214  Q
    |||| ||||| | ||||||| | |||| ||||||||| || | ||||| ||||||  |||||| ||| |||||||||||||||| |||||    ||||||    
T  14522908 caagatccaatgtagttagttcatgcaatgatgcaatctgcataggaacttctcccgaaagatgattattacttatcgagagttggatcagtgcagataa 14523007  T
Q  215 gtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    ||||||||| |||||||||||||    
T  14523008 gtttcctagatcctttggaattt 14523030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15036948 - 15036726
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnnn 114  Q
    |||||||| || |||| | |||| |||||||||||||| || | ||||  ||||||| | |||||| ||    |||||||||||||||| |||           
T  15036948 ggaatgttcccctcaagcttattatggctcaaattcaactgcaataacctagacaacataccaagtttttccaggatgaagccacttaagttatttgttg 15036849  T
Q  115 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagataa 214  Q
    |||||||||| |||||||||   |||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  15036848 caagctccaatgcagttagttgatgcaatgatgcaatttgtacaggaacttctccagaaagatgattgttacttaacgagagtttgaacaacaaagataa 15036749  T
Q  215 gtttcctagctcctttggaattt 237  Q
     | |  |||||||||||||||||    
T  15036748 atattttagctcctttggaattt 15036726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 14467731 - 14467509
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnnn 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |||| ||||   ||||| |||||||||  | |  ||||  | ||||||||||||           
T  14467731 ggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgtaataacattgacaaacttccaagttgttttgggattgaaccacttaaattatttgttg 14467632  T
Q  115 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgagagtttgatcaacaaagataa 214  Q
     ||||||||||| |  ||||   |||| |||||||| |||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  14467631 aaagctccaaggtatctagtttttgcaatgatgcaacttgtgcaggaacttctcctgaaagatgattgttacttaccgagagttggatcaacaaagataa 14467532  T
Q  215 gtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    | || ||||||||||||||||||    
T  14467531 gctttctagctcctttggaattt 14467509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15040687 - 15040462
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagtcttctatggatgaagccacttaaattannnnnnn 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||| ||||  ||| || |||||||||  | |  ||| ||||||||||||||||           
T  15040687 ggaatgtttccttcaaacttattttggctcatatttaagtgtaataacatagataatcttccaagttgttttgggacgaagccacttaaattatttgttg 15040588  T
Q  115 caagctccaaggcagttagtgcctgcagtgatgcaatttgtacaggaatttctcctaaaagattattgttacttatcgaga---gtttgatcaacaaaga 211  Q
    | |||||||||  ||  | | ||| || ||| |||||||||||||||| ||| ||| |||  | |||| ||||||||||||   ||| ||||||  ||||    
T  15040587 ccagctccaagatagcaacttccttcaatgaggcaatttgtacaggaacttcccctgaaaagtaattgctacttatcgagagttgttggatcaatgaaga 15040488  T
Q  212 taagtttcctagctcctttggaattt 237  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||    
T  15040487 taagttgcctagctccattggaattt 15040462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 15 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 14481913 - 14481848
Alignment:
Q  15 ggaatgtttccttcaaacctattttggctcaaattcaaatgtattaactcagacaaccttccaagt 80  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |||| ||||   ||||| |||||||||    
T  14481913 ggaatgtttccttcaaacatatttttgcttaaattcaagtgtaataacattgacaaacttccaagt 14481848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University